DreINT0084836 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000043220 | kcnh5a
Description
potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 5a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-061106-2]
Coordinates
chr20:20065181-20112527:-
Coord C1 exon
chr20:20112331-20112527
Coord A exon
chr20:20066417-20112330
Coord C2 exon
chr20:20065181-20066416
Length
45914 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTAAGC
5' ss Score
9.14
3' ss Seq
ACATCTTTATGTCTTCACAGATT
3' ss Score
9.58
Exon sequences
Seq C1 exon
GTAAGGGCGATGTGTTTGGTGACGTGTTCTGGAAGGAGTCGTCTCTGGCTCATGCCTGTGCAAACGTGAGGGCCCTGACATACTGCGACCTGCACGTCATCAGGAGAGACGCATTACTCAAAGTGCTGGAGTTTTACACGGCCTTCGCTAACTCCTTTTCCAGAAACCTCATCCTCACCTGCAACCTCCGCAAGCGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATTGTTTTCCGCAAGATTGCAGATGTAAAGAAGGAGGAAGAAGAGAGGAGACACCAAAAGAATGAGGTGACATTGTCTATCCCTGTGGACCATCCTGTCCGCAAGCTCTTCCAAAAATTCAAACAGCAAAAGGAGATGCGCACACAAGGTCCATCCCAGTATGACCTGGAGAGGAACCAGTTTCAGGTAGAACACCACCTCCATCCGCTGTCCCACCAGCTTCATCAGCAGCAATATCAGCCCCAGTACCAGGGACATCATTCCCTTCAACACCAACACGTGGCCCCTATGCAAAATGGGGCCCCTGGCTCGGGAAATGGTAATGGTGGTTCTTGTGTCGTGACTGTCTCACAAATAACCCCAATACAGAGTGCCCTAGCCTACGCTCAGACTGAGGAAACGAACATGAGTGAAGGTCATGAGGCTATGGAGCTCAAGCCCAACTTTGGTGCAGAGGACTCGAATTGTCTAAAGGTAACAAGTCCTGTGAAACCCAGAGCAGGAAAGGGACGAGGCTGGATGCGTTTCCATAACATTGCATCCGGATCATCTCCAATGCTTCCACTGGAATTAGAGAAACAGCCACAGCAGAAGGAAGAGGAGTGGGGGGATGTATCTCAGCCCCTGAATGCAATCTCAGAGGACAGGAAGGGCCAGGAAGCAGAGGGTGGTGGGTCCCAGAAAGAGGGTCCCAGTGGAAACAGTAACAGTAGCGAGGAGACTGATGAGAATAGTGCCCTACACAAGACTGATTCTTGTGACAGTGGAATCACAAAGAGTGACTTGCGTATTGACCGAGTAGGGGATTCGCGTAGCCCTTATGATAGGTGCTCAATGGAAAGGAGCCCTTTTGATCAGCCTAGTCCAGGAGTGGTAGACGTGACTCTTCGGGGGATTCACTTTCAGCCTGTTCCAGACCAGGCTGTGCTTCAGAACAGCTTGTACGAGGCAAAGCAGGAACTGAAAGGTGACATCCAGACATTAAACAGCCGACTAGCGGCTCTGGAGGACCAGGTAGGGGAGATTTTAAGACTTCTCTCCGAAAAAAGGAAACCTTCTCCACCTTCCCAGACCTCCTCGCCAAAAACCACACTTGAGTGCCAGGACATATTTGCTGTTTCTCAGCCCGTCACTCCAGAGACGGAGGGCGATGATGGGCCGCTTTGAATTAGGAGAAATATATTTAGATATTGATATGCTGTTTTTATTTATCACTTGCCCTTCCTCTCACTCAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000043220:ENSDART00000103532:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.863
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0002724=cNMP_binding=PD(53.4=71.2)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]