MmuINT0085505 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000034402 | Kcnh5
Description
potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 5 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:3584508]
Coordinates
chr12:75998204-76066308:-
Coord C1 exon
chr12:76066112-76066308
Coord A exon
chr12:75999442-76066111
Coord C2 exon
chr12:75998204-75999441
Length
66670 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTATGT
5' ss Score
8.79
3' ss Seq
TCATCTCTCCCTTTCTCCAGATC
3' ss Score
11.56
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAAAGGTGACGTGTTTGGAGACATCTTCTGGAAGGAAACCACCCTTGCTCATGCGTGTGCCAATGTCCGGGCCCTGACTTACTGTGATCTGCACATCATCAAGCGAGAAGCCTTGCTCAAGGTCCTTGACTTCTATACAGCATTTGCAAACTCATTTTCCAGGAACCTCACTCTCACTTGCAATCTAAGGAAGCGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000034402-Kcnh5:NM_172805:10
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: