DreINT0085335 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000046010 | kdm2bb
Description
lysine (K)-specific demethylase 2Bb [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-080225-13]
Coordinates
chr10:42074358-42078229:-
Coord C1 exon
chr10:42078065-42078229
Coord A exon
chr10:42074503-42078064
Coord C2 exon
chr10:42074358-42074502
Length
3562 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTGTGT
5' ss Score
4.96
3' ss Seq
GTCGTGTGACGTGTGTCCAGCGC
3' ss Score
3.95
Exon sequences
Seq C1 exon
TCACAGCGCACTACACTAAAATGGTTCCTACTTTAGTTTTCAGCACAAGCAATCAAAGTGTGCGCAACTTCGCGCGTGAAAAATGCCCGAAATAACGCGCTAAAGGGGGAAACAAACACGGACAACTCGGACATGGAGGCGTGCGCAGAATCCGGACGCAAACTG
Seq A exon
GTGTGTAGTTGAAGCTGTCCGCGCAAACACTCGCTTTAAATCGAGATGCATTGTGTTTAGTGGCCTGAATAGGGGCGACTCGCTGCAACACGACATTATATATAGCGATTGATGCTGCGATCATAGCTTATATTCAATTAACAGTCGTAATGGTAAACGTTAAAGGACATATGCTTCTTAATATTACCAAAAAGGAGCCTGCAGATGCTCCGTTTGCAGACGCAGAACACATTGTCCAAGTATGAACCTCGTGTCTTCATATTCATCGGGAAGTTGAACGCGATTGCGCTGATTTTGACGTGTTATTATTATTGTTATTAAATATATCTGACGGTCACAGATGAAGGCCCACATACGGGAAAATACATCTGTACATTTCCTGGCCAAAATGTATTTTAAATATATGTTGTATCTAACTATATGTGTTGTTTTGAAACTGAAATTTCATTATTTCAAATATATATTTGGAGTGAAGAAAATATTTGTGTGGAGATTAAAGTATCTATTATTTAAAATGTATTTGAAGTAAGTAATAACAACAATAACAGCCTATTAGATGTGCATCTTATGTCTCATTAAAACAGTTTAAATGCAAACGATAAATCACAAATCTTATTTCTTAAAGTTATTATTTTCTATTAAATGCTATGCAATGTTATATTTGTGCATTAGTATATTAAGTAATGAAGCCAAATCTGGAGCTAATCTAACAATATAACTTAGAACGGTTCAAAAATGAGTAGCCCAAATTAATGTGAAAATATTAAATAAAAATAAAAAAGAGGAAAATTAAATTAATTAAAGCTATATGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTCAGATTGAATGTAGCAGTTTTCGCTAGATTTAAATGTATTATATTTTTATTTCTAAAGATGTTTGGTGACTGAATTTATTTATCAAATAAATCTATTTAATAAATCTGTTTTGCTAAAATTTACCAAAATGTATTGCTTTGAATATTGATGAATTTAAATTGAACAACTCTACATAATGCAACATCTCTTTCATGTACAGTAACACAAAGGCAAATGGATAAAAATATTCATTTTTAAAATGGGATGTACTCTATGCTGAGCACTCTGTGTGTGTGTGTGTGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTAATAAGTTCATTGGTAGATGTGTAAATAAAGATTTACCTAATGTTATATGTGAATGTATTTTCTTGGATTAAAATCTATGGAAATGATAAAGGCGACATTTATTAAATGTAAAGAAAATTTGTTAAATTCTTTTTTTATTCAATATTTATTTATTACTTATTGTATGTAGTTTCAAATGAAATTATTACTTCAGTCATTGCTTTTATTTTAATTACCATTAATAATAATAATAATAATTAACATTAGTGATTTCTGAAGGATCATGTGACTGATGAAAACTGGAGTAATGAAGCTGAAAATAATCTTTAAAATCACTGGAATCAATTATTAAATTATAAACTATTTCTGAACAGTTATTTTATATTGCAATAACATTTCACAATTTTACAAATTGTACTGTATTTTTGACTAAATAAATGCAACCTTGTTGAGCAGGAGAAGCTTATTTTAAAACATTTAAAAATCCTACTGACTCCAAATCCTTACTGTGTGTGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGTGTGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTATACAGTTGAATTGAGTCAGAATTATTAGCCCCTCTTTGAATTTTGTTTTCTTTTTTAAATTTTTCCTAAATGATAATTAAAAGAGCAATGAAATTTTCACAGTATGTCTGATCATGTTTTTTCTTCTGGAGAAAGTCTTATTTGTTTTATTTCGGCTAGAATAAAAGCAGTTATTAATTTTTTAAACACCATTTTAGGGACAAAATTATTAGCCCCGTTAAGCTAATTTTTTGATAGTCTACAGAACAAACCATCATTATAAAATAGCTTGCCTAATTACCCTAACTTGCCTGGTTAACCTAATTAACCTAGTAAAGCCTTTAAATGTCACTTTAAGCTGTATAGAAGTGCCTTGAAAAATATCTAGTCAAATATTATTTACTGTCATCATGACAAAGATAAAATAAATCAGTTAATAGAGATGAGTTATTAAAACTATTATGATTAGAAATGTGTTGAAAAGAAATCTTCTCTCTGTAAATAGTCAAATATATATTTGACTGTATGGGCTTGCAAGTGGTGTTTATGTGAATAGCTCTGTCTCCATATTCAATATATGGACCATATTATCGCACAACACATGGACGTGACCTCAATCATCTTTGTTGATGTTTTAAATATCTAAAAAAAAAAGGTAATGTTTCGCACTCATTTGCTTCGTACTGTTTTTATTTTCTTACATTTTACGGGTGATTAAAAGAGACAGACGTTTCGGCACAAAGACCTTCCTCAGTTCCTCACACTGTGCTGAAACATCTGTGTCTTTTAATCACCCGTAATATGTAAGAAAATAAAAACAGTACGAAGCAAATGAGTGTGAATCATTACCTTTTTTTTTTGAATAATAGCATTAAGATTTTTTTAGTTCCTAAAAAAAAAACGCAAGCGCGCAGGGCAAACTTCAGTAACTCTACACGTTATATATATATATATCTCCCATAAAAAACAATTCTAGTAACATTTGAGCTGATTGTGCAACATCTCTATCTCTATTGGATGTGTCAGTGTCAGTATGGTTAATAAAACACTGTAGTATTTCCTATAAATGACTATAGTTTATTCCAGCCTGATCTCACGAGAAAACGTAAGTATTTTACGTTTTGCCAGTTTAGTGGCTAATTCGTACAAATTCGTACGAGTTCAGTCGTACGAAATGGTACGATTTTAAAAAGGAGGCGTGGCACCTGACCCCACCCCTAACCCCAACCGTCATTGGGGGATGAGCAAATCGTACTAAATTGTACGAATTAGATCGTACGAATTCATACGAATTAGCCACTAAATGAAAAAGTTACGAATTGCCGTGAGATTGTGTTGTTTATTCTCATGTTGGTGACTAATGAAATAGATCTGCAAGCAGATATCACAGCCTCTGTTACTCTTTACCTTGTACTCTTTTGTTAATATTTGTTCTTATTTATTTAGGATATGCGATTTCACATTCTGACTTCAATGCCTGATTATGAAACTGTTAAAATGACTATAATTAAATAAAAATACTCTTAAGAAGATATATGATGTGCTCTTTGGAAGAGTGTACTTGCGTCGTGATGATATTTTATTGACATTCTGGCATTTATAATGATGAGTGGCATAAAATGACAATAATATCGTTTATCGCTGTATGTTTTGCTGCAGCATATCGTACAACAGAAAATAGATGTCATGACAGGCCTATGTGTGACTGTTTTGCGCTTTCTAACGTTTTGTTTGTTGGTCGTGTGACGTGTGTCCAG
Seq C2 exon
CGCTCGATCTGCCGGAGGATGTACGATGAGAATGAGGATCTGTCAGATGTGGAGGAGATCACCAATGTCAGGGGCTTCAGTCTGGAGGACAAACTGGACAGCGCTTCATACAACAGCCAGCTAGTGCAGTTCATGGAGGGGAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000046010:ENSDART00000102530:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.043
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]