DreINT0088248 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000093572 | lamc3
Description
laminin, gamma 3 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060531-121]
Coordinates
chr5:33896809-33918913:+
Coord C1 exon
chr5:33896809-33897042
Coord A exon
chr5:33897043-33918724
Coord C2 exon
chr5:33918725-33918913
Length
21682 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTGGG
5' ss Score
5.26
3' ss Seq
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3' ss Score
12.78
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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Main Inclusion Isoform:
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Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]