DreINT0089684 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000095019 | lmo2
Description
LIM domain only 2 (rhombotin-like 1) [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-980526-419]
Coordinates
chr18:38309726-38315657:+
Coord C1 exon
chr18:38309726-38309941
Coord A exon
chr18:38309942-38314601
Coord C2 exon
chr18:38314602-38315657
Length
4660 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAATA
5' ss Score
8.55
3' ss Seq
TATTGTTTCCTTCCTTTCAGACT
3' ss Score
10.44
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAGCCGGTGGATGAGGTGCTCCAGATGCCGCCGTCACTGCTGACCTGTGGCGGGTGTCAGCAGAGCATCGGAGACCGCTTCTTTCTGAAGGCCATCGAGCAGTACTGGCACGAGGACTGTCTGAGCTGTGACCTCTGCGGCTGCCGCTTAGGGGAGGTGGGACGCAGGCTTTACTACAAACTCGGCAGAAAGCTGTGCAGGAGAGATTACCTCAG
Seq A exon
GTAATAATCTGGAAGAACTTTTAAACTGTATTTAAATGGCACCTGATAAATAGGGGAGCAAGTCGATGAAAGAGAGGGTGCATAAAAATATGGCATCATTACACAAACTTGTTTCTTTTCATCTGTTAAACATGAAAATATATATTTTGATATATATTTTATATAAATATTTTGTGTCACGCTGCAGTGGGTAGCACGATCCCCTCACAGCTAAAAGGTCGCTGGTTTGAACCTCGACTGGGTCAATTGGCATTTCTGTGTGGAGAATTGGGAAGGCTAAATTGAACATAGTGTGTGAATGAGTGTGCATGGATGTTTCCCAATGATGGGTTACAGCTGGAAGGGCATCCGCTGCTTAAAAACATATGCTGCTGGATAAGTTGCTGGTTCATTTTCTCTGTAGCGACCCCAGATTAATAAAGAGACTAAGCTGAAAAGAAAATGAATGAATGATATTTTGTGTTGGTTTTTGCCGAATTCTGAACCATGCTTGTTACTCCCCTCTTAAGACCCTACAGTATATAGGCCTACTTCAAACAAAATAATGCATGAACTAAAATGAGTGATTTCAACTAAATAAAATGGCCAAAACAAAGTGTGTTTGGAGGTTGTTTTAGCAGTTCAAAGCAGTTAATTAAAGCAATTTTTTTAGGGGGGTTTGTTTGGCTTCTAAACAATCAGAGAGGGTCACCCTCCAGACGATTGCTCACCACCACCTTCGCTCAGCATCTTCTAATATTCTAAACACAGTTGAATTCGGGGTCTATACGCTGCAAATAAGAATTTATATTTAAGGCCCTGGTATATAGTTACCAACTAATGAAGTTAACAAATTTGAAAAGGCTGAGTGAAGGTATACTGTTACTCGAATCTTCTGACATACCCATGCTGCAGTAGGTGGTGGCGTTCTAAATGTGTCACGCTGCTCACGTCAGTGTTGCCCATAAACACAACAATGGTGGCTGAGGCAGATGAACATGTGCATGAGAAGCACCGCTGCAGTGAATCAAATGTTTACATTGTTTTTATTTTTGTTTTTTTTTGCCATGGCACTTCTTGTTCGCTGTGTGATTTAAAATCATTCCTTGAGCGATCATATGGGTACAGATACATCTGTACAAGTGTTTTTATGTGGCTTTTGTTGAATGTTGTTTTCCTGTCTGACCTCCGCGGATACAAAGCATGTCAAAGAAGGCAGAGTTCCAGAATGGTTGTCTTGAATCAAAAGTACACAACTCTGACAAAACTTTTCTTTGGTGAGCTGTTTCAAACTGCCCAATCAAACTCAAAAAAGAACTTTTTGTTTAGGCCAGATTTTCTTCAAAACCATGTCATGTCATTTCAGTTCATTGTTTTTGTTTGGTTTGAGGTATACCACAGCCTTTAGGGTTAGGGGTTGTGGGGTATGAGGGGTTAGGATTAAGAGTGAGGTTATGGATTAGGCAGTCAGGTAGTGACAAAGACCCCATGCAGCGGTGATGAGTTTATTATTGATATTACAACAAAACCTGGTAATGCTGTATCAAGACAACCAGAGCTTCAGATAATTTTAAATTCAGCATGGTTTCCTGTTTACTCATCACATTGAGAAAGGACTTGCGATCTTCTGCGATTGTAGTGTATCCTGCAGCTCTGTCTGTGCTTGTTTATAGGGCATCATATACAGTACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCCCCTTTGATTTATTTATATTTTTAAAATATTTCCCAAATGATGTTTAACAGAGCAAGGAAAATTTCACAGTATATCTGATAATATTTTTTTCTTTCGGATAAAGTCTTATTTGTTTTATTTCGGCTAGAATAAAAGCAGTTTTTATTTTTTTTTAAGCCATTTTAAGGTCAAAATTATTAGCCTCTTTAAGCTATAGGCAAGCTGATCTGTTGGATGTTCATTCTTTAAAATTATTGTCAGGAAACCCCATTTTGATCATGCTACCTTATTTTGGTTTAGTAGCTGCTCACAGAGTATAAAGGAAAAATTTCAAAAGACACAAAATAAATTAGTACGAATAATTTTAAAAATTCATCATAGAGCACATTTGCACAAAGATTTTTTTTAAAGAATTAGGTATGTTAACTGCTAGGAATAGAGTATGTTTGTTTAAACTGGAAATGATACGTAAACTGTTTAATAATGTGCTTCCTAGTTATTTGGTGAAATATTTTCAAATGGTTAGGCAACAGCATTCATACAGAACTAGGGGTTTGGATTGTAGTATTTGTTTATTTAAATTTAAAAGTCTAGTAGGGAAAAAGAGGTTTTCATACACAAGTGCAATCATGTGGAACAAATTAACAAAACCGATCAAGGAAATAAAAGACTTAAGAAGGTTAAAAAAAGCTATCAAAACATAGTTGTTTGATGAGGATAATTAGTTTGCTTGGTGGATGAGGATGTTTTATTTTATATGTTATTTGATTGTGAATAGGGTTGAGCTGGAGGGGCATCCGCAGCGTAAAACATGTGCTGGATAAGTTGGTGGTTCATTCCGCTGTGGCGACCCCTGATTATAAGAGGGACTGAACCGAAAAGAAAAATGAATGAATAAAGGAATACATGTATTTGTGAATTATCTTGTTCCTATTTTAAAGTGTGGAGGTACTGTTTGTTTAATGCATAATCTGTATTTTGAAGCCATACTTTGTTTTATTAAACAGTGAGGAGCACAATGGAAACAAGCCCAGGGCTTTATTGTGTTTTTATCCTCTACAGTTTTTATTTAACTATGTGTGGGATACTTGTATTTTTGTACAGTTAAAATCTGTCAAATAAAATTCAATTTAATTTCTACTTTTGATATGTGTATGGAGTACGTATGGGAAGATAACCGTTTTCACATAAGAACTTTTAGTTTTTTACTCAGACATTTAAAAACAACATATTTTAGAGCAGGATCCACAATACAGTGAAAAAGTGATGTTTTTATCCAAGGTTATAAAATCATCAGAATCTTATACTGGCCCATGTCTAGTGTGGACTCAAAACTTTCAGAATCATTCATTCATTCATTCATTTTCTTTTCAACTTAGTCTCTTTAATAATCCAGGGTCGCCACAGCAGAATGAACCGCCAACTTATCCAGCACATGTTTTTTGCAGCGAATGCCCTTCCAGCTGCAACCCATCTCTGGGAAACATCCGTTCACACACATACACTACGGACAATTTAGACTACCCAATTCACCTGTACCACATGTCTTTGGACTGTGGGGGAAACTGGAGCAAACCCACGCGAACGCATTGGTATTAATGTTGTTATTATTATTATTATTACTTCTACTACTACTACTACTATTATTATTATTATTATTACTGCTACTATTATTATTATTATTATTACAAATGTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTTCTACTATTATTATTAGTACTATTATTATTATTATTCATTCATTCATTTTCTTGTCGGCTTTGTCCCTTTATAAATCTGAGGTCGCCACAGCGGAATGAGCTGCCAACTTATCCAGCAAGTTTTTACACAGCGGATGCCCTTCCAGCCGCAACCCATCTCTGGGAAACATCCATCCACAGACACACACACACAAACACACACACACACACACACACACACACACACTATGGACAATTTAGCCTACCCAATTCACCTGTACTGCATGTCTTTGGACTGTGGGGGAAACCGGAGCACCCGGAGGAAACCCACGCTAACGCAGGGAGAACATGCAAACTCAGAAACACCATCTGAGCTCAGGTTCGAACCAGCAACCTTCTTGCTGTGAGGCGACAGCACTACCTACTGCGCCACTACGTCGCCTATTATTATTATTATTATTTTTTATTATCATTTTTTTTTTCAATGATGACCATGTTATTTTACATTTGATTCAATTTCTGTACTTGCTGTTACAGTTACGGTCAGACATTTCCTGAAAGTTATACCACTGTTTATTTATTTATTTTTGCTTCTAATCTATTATCATTTATGCACATGTACTGCATAGAAAAATACTTGATCATCCCAGTCAATCTAAATAAATGAAATCTTTCCCAATAAAGTTATTCAAATCATCTGGTGAAATTTTATTTATATCGCAATAAATATGACAAAATATTGTACGTTTTTTTCCAATATCGTGCAGCCCTAATTTGTGATGTCTTTTTGAATGTCGTTTTGACATCCAGGTGTCCACTGGTAATAGAACATATTATTTTTGTCACATATTTGTTTCTTTTATAGTAGGATTTCAGATGAAGCCTAGGTTCTTTGTTGCTGTAGTGGTGCAAAAGCATTTAAAGGTTTAGTTTACCTGAATAGAAAAATGTACTAAAATATTTGTGAGTTTTATCTGTTGAAATAAGACATTTTGGAAAAAAGTTGGAGGCTGTTAAACCATTGACAACCGTAGAAAAAAAATGGAAGTCAATGGCTCCCATTTTAAAACATAAAAAAGCACCTTCATTGAAGCTCATTTGTGTTCACTAAAGTAAAAAAAAAACTCAAAAAGGTTTGGAACTATTCTATCGAGAGTAAATAACAGAATTGCAATTTTAATCAAATATCATAGACTGTAAAATGGGTGAATATTCCTTTCATAAGTTTAGCTCATAGCTCCCTCTGTTGGTCAAAATAATCACTATATTGTTTCCTTCCTTTCAG
Seq C2 exon
ACTGTTTGGTCAGGACGGACTCTGTGCTTCCTGTGAAAAGAGGATCCGGGCCTTTGAAATGACCATGCGTGTGCGTGACAAAGTCTATCACCTCGAATGCTTCAAATGTGCTGCCTGTCAGAAACACTTCTGTGTTGGAGATCGTTACCTGCTCATCAACTCGGACATTGTGTGTGAGCAGGACATTTTTGAGTGGACCAAACTCAACGGCAGCATAGTATAGTTTTCTGCCGAAATCATAAACAAAATGTAACCTGTCAGCATTTTCAACAAACCCTTTACTAATAGAACATCAATAACAAAATATATATTTTAAAGAAATGATCTTTCTGGCTCTATTAGCTGTGCTCTAAATGCTTGTCTCTTTTTGTTATTTAAACTTGAGAAAAATGCCACCAGGTTTCCCAGTGTTGGGTTGCAGCTGGAAGGGCATCCACTGCGTAAAACATATGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATCCCGCTGTGGCGACCCCTGATTTTTAAAGGGACTAAGCCGAAAAGAAAATGAATAAATGAATGATAATTGCCACCAGCAACATGAACCTTTTTTAAATTTGATGTATTTTTGCAGAACAGCGTTATACAATTTTTAATGTATTGCAATAAAAACTGATTCCCTTTGCTACTTTTACACAATTACTTCGATTTGAACTATAGTTCTATTTGTTTTGAAGTAACACAATTGCAATAAAATGTACAGACATCTTAGAAAGATGATGCTTATTTTCTCAAGCTGCATTTTGTTCACTGGACAACTGTTTTCTGTCAATTTTTAAAAATGTATTTTATTTTTGTGATGCAAGGCTGCATTTTCAGCAGTCTTCAATCCCATCTTCAGTGTCATATTAGCTTTAATTGGAGCTCAAGAAACATTTTTTCACATTATTTTTTATTGTGTGATGCTTTTTTGTGATGTGATATCTATAATATGTTATCAAAGTGCCAACAGAGCACACCCAATATTCCTAAAAGGACATATTGTATACATTTCATATATATTGTGTACATATTGTATGCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000095019:ENSDART00000134247:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.014 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0041217=LIM=PU(94.9=76.7),PF103674=Vps39_2=PU(19.6=12.3)
A:
NA
C2:
PF0041217=LIM=PD(3.4=2.7),PF103674=Vps39_2=PD(78.3=48.0),PF079757=C1_4=WD(100=56.0),PF0041217=LIM=WD(100=78.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]