DreINT0090557 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000004789 | lrp1ba
Description
low density lipoprotein receptor-related protein 1Ba [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050208-608]
Coordinates
chr22:14660973-14666408:-
Coord C1 exon
chr22:14666280-14666408
Coord A exon
chr22:14661231-14666279
Coord C2 exon
chr22:14660973-14661230
Length
5049 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
CGAAATGTTCTCTCTTTCAGATC
3' ss Score
11.71
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCATGATGAATGCAGGGATTACGGGACATGCAGTCAGATCTGTATGAACACGCAGGGATCGTACAGATGCGCTTGCACAGATGGCTTCAGCCTGCAGGCCAACAGACGATCCTGCAAAGCCAAAACAG
Seq A exon
GTGAGTCCATTTATCATCCCTGTTAGTTTCAGAACCACAAAAAAAGCTCATTAAGCAACATGTATTTTATTTTGATTTTCAGCAGTGCTTTAAGAGCTCAAGTCTAAAAATAATTTAACCCCTGCATAAATGTAATATTTGCAGAAACTATGAGCTGGAAGGAGTCAGTGTGTGAGAGAGTTACCTCTAACTTCAATTGATTTCTTAAACTTTTTGACTAATATTTAGCATTGTGAGTAGATTTCGGGGTACAATGTGTCATGGTAGTGCATTGCTGTGTGTTTATTGGGGGTTTGGATAGTGGCTAGCCAGTTAGTAAGCAAGTTAAATGCTTTAGCAAATTACTTATACATTTTCTATGGTGTTGTAGGACATTGCTAATTGGTTTTTAGCACATTGATATGTGATTTCTGGGAATTTGCTAGCATAATTTTTTGCAAGTTTTTAGCTCCGTGCTAGAGTTGGTATTTCTAGGGTGTTCTGAAAACTGTCCTAGTTAGTTGCTGTATGAGTACTGAAGGAGTTTTAGCAGCATGTGGTTGTTGTTGTTGTTGTAACTTGAAATAGTTGATTGCCAGTTGGTAAGCAAATTAAAAACCTAACCTCTGGTCCACACTCCGGAGCTGAAGGTGGCGGTAATGCATCAAAACGCTGGATGTCAACCGCCATAAAAGTAAGAAAATTCCATTTTTTAGCATAGCACATTTTCATAAGATTTCTGCGGCGTTCTAGGATGTTGTTAATTGGTTGTCAGCACATTGAAATGTAGTTTCCTGGAATTTGCTAGCATAATTTTTGCTAGTTTTTAGCTCATTGCTAGAGTTCGTAATTTTAGGGTGTTCTGGAAACTGCATTAGTAGATTGCTGTAGGAGTACTGAATGGGTTTTATCAGCATGTGGTTGTTGTTGTAAATTTGAATAGTTGCTAGCCAGTTGGTAAGCAAGTAAAATTCTCTAGCACTTTACTATACTGTTTCTATGGTGTGCCAGAATGTTGCTAATTGGTGGTTAGCACATTGAAATGTGGTTTCTTGGAATTTGCTAGCATGATTTTGCTAGTTTTTAGCTCAGTGCTAGAGTTGGTCAATCTAGAGAGTTCTGGAAACTGCGCTATCTGGTTGCTGTATGAGTACCGGAAGATTTTTAGCAGCAGTGGTTGTTGCTGTAATTTTTTCAATACTTGCTAGCCAGTTGGTAAGCAAGTTAAATTCTTTAGCACCTTACTATAAAGTTTTATAGGACATTCTAGGATATTCATAATTGGTTGTTACCACATTTTTATTAAGTTTTTAGGAATTTTGCTTGCATGATTTTTGCTAGTTTTTGCTCAGTGTTAAAATTGGTAATTTTAGGGTGTTCTTGACACTGCACTATTTGGTTGCTGTATGAGTACTGAATGGGTTTTGGCAGCATGTTGTTGTAATTTTGAATAGTTTAAACACATGTTCAGCATGTAGCTCTGTATATCAGAGTAGTTTATTTCTACTAGGAAGTTTTTAGCGTTTTGCTTAGCATTTTTAAAACATATGATTGAAATTGCTAGCCTGTTGCTGTGGTTTTTTAGGAGGATTTTAGCTTTTAGCTATTCACTGCGTTGTATGTGGGTTTTGGAAATTTGCATAATTGCTAGGCAGCTGCTAAAGAACTATATATTTTTTCCAACACATTACCATGTATATTCTAAGAAGTTTCTTTTTTTTAAAACAGTAATATGCGTCTAGAATGTTCTAGGAAGTTTTTAGCTTTCTGCTAAGTATTGTCAAAAGATATGCGATTGAGATGTCTAGCTTGTTGCTGTGTTGTTTAGAAGGGTTTTAGATTTTTGCTATTTGTTGCATTGTATTTGTTTTTGGGGAATTTGGGTAATTGCCTCCCAGCTGCTAACTGATTCTGAACATTTTTAGCACATTGCTATGTTGCCTATATTCTAAGTAGGCTAGTTTTTAGCTTTTTGCTTAGCATTTTCAAAGTAGATGCAATTAATATTGCTAGCCTGTTGCTGTGGTGTTAAGGGGTTTTAGCTTTTTGCTATTTGCTGAATGGTATGTGATTTTGGGGAATTTGGGTTATTGTTAGCTAGCTGCTAACCAATTCTAAATGTTTCTAGCACATTGTTATGTATATTACTATGTATATTCTGAGTAGTTAGTTATTAGCCTGTTGCTGCAGGGTTCAGAAGGGTTTTATCCCAGCACCATTTGCTTTTTAGGGCGTTTAAAATAGTTGATTTGGGGTTGTTAAATGTTTCTGGAGGATTTTTAGTGCACACAAAGCTGCTATTAAGTTGCTTAGGCATTCTGAGGGATCTTATTTAATATATCGCTGCATTTTTGACAAATTTCTGTGTTGTTGCTAGCATGTTAAAATGTGCTTCGGTGACAGTTTAGCGCATTACCTCATGGTTTCCATCAGGGTTGTTTTTATAGACAGTTTCTAAATAAATTGTTGCTATTTTATCCTATTTACATTGCACTTCTTAATTGTGCGTTTAGCATTGCTGAAACACTCAATCAAAGTGTTAACACACAATAAAAGCAGTTCTATACTCGACATTTTCTCTCAGCAGGAGCCTCTAGAAACTAAGTGTCCAATTTTCCGAACAAAAGAAGGTCAGCAAACTCGGCACTTGACATTTTGCTCAACATACAAATTATAGTTGTTTTAAAAAGCTAGTCTAGACTAGATTGGTAAAAAACAATGGCTTCTGGGTTGTTTGATTAAACAGGATGGCCTCAGAAGGCTAGCATGATCAGCTGTGTGCATTAGTGTATGTGACACTGTCATTCGCCTGATATGAGTGTCAGTTACACTTATTGTCATCAATATGCAAATGGCCGTTGGCGAGCTGGGCTGCCACAGATATAAACAGAGGAGGCCTTAATGGAAAGTCAATCAGAGACGACCAGCGACTGTCTGTCAAACTTAGAGATGATTACATGCTTACAGTTAATTGCACTTCATGGTGTCTGTTGATTAGCGTGAAAGAGAAAAAAAAAAAGTGTAAGACCATCACAAAGTTTATGTTTGCATAATTTGGGTTGCAGTAATTAGTCTTACTTTTAATAAGTGAAAGCTGGGTAGTAAGTGTTTGAAGTGCTATATAGGTAAGCAAAAATGTGTATAAATATTTATTGACCAAAATATTAGTATGCATTATTTATGTGGGTGTTTCTTCAAGTTCAGACACTTTCACTTTTCTGTGCTGATTAAAAATATGTATTACATAAAGAGCACATTAATACATGCACACTCTTTTCTACATTTTAATGTGATCTTTATTTAATAGAAAAATATATTAAGATGAGTTTAATTCATTTTTTTAATACATTTATCATATGCTTTTTGTTATATTTCAGTATTTGTTTATTTCTTTTGAAATTATGAGATGTATTTTAAAATATCCAGCAAATTAAGAACAATTATATGGTAATGCAACTTTATATTTAGTAAAGCAAACCGTATATTTTGCTGTAATCATGTTGAAAGCTGAAAACTGATGTATCAAGGCGAAATTGTAAAAAAAAAAATCATAAATTGCATGAACATATTAGGTAATTGTGTGTATTTAAAATTATAAAGTTAGAAATTAGCCTTAGCAAGACAAAGAAGTCTGCTTTTTTACTCTAAAAACATGTTAAAATCTATTTCAATTTATTTTTATTTCTATAGCTCTTTTACAATGTAGATTGTATCAAAGCAGCTTAGCATAGAAGTTCTAGTAAGCTGCAATTGAAACTGTATCCGTTCAGTTTTCAGATATAAAGTTTTGTTTAGTTCAGCTCAGTGTGGCTTATTATCACTGCTGAAAGTCCAAACACTGAAGAGCAAATCCATCGATGAGCAGCTCCACAAGTCCAAAACCAAGCAAACCAGTGGTGAGGAACAAAACTTCACCAATTGACTAAAGTGAAGGAAAAAAAAAACTCTAGAGAAACCAGGCTCAGTTGGGCACGACTATTTTTCCTATGGACAAACTACCTGTGCAGAGCTTTAGTCTAGGCAGAAACTGCATGTGTGTGAGTAGGTCATCGACAGGTGTACAGGGTCAGTGCAGACACTCGTCTGTCTCTGGTGTCTTTCAGGAATCAGTCTCTTGCTCTCCAATCCTCCTCGACCACCAGAGCATCTGCTTAGGATACGACCTGATCCAGGATTACGGAGACCACAGGCTAATGAAAAACAGACTAACATAAGCGTAGATGACACTAAAATTATAATGTTATCTGGGAAGTTTTCCCGTCTCTGGTTACCTTAATTAATGCAGCCTAACAATCCTTTAGAATATTTGTATTTCAAAAACATTTGTTTTTAATTTTTTATGTATAAATTCCAAAACTTAATCTTTAGTTTGTAATTTACACCATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTTTTTTTTTTTTTTACATGTTTTTATATTTTTAAAAAAAAGTTAACTTTTGTTTGTGTTTTCTGTGCTTTTTGTGTTTGGTGAAGAAAAATAACAATGACACAACCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAAATGTTATTTTATTGTCAACATAAATGGCTGATCTATTTATATACAGTTGAAGTCAGAATTATTGGCCCCCCTGAATTATTAGTCCCCCTGTTTATTTTTCCCCCAATTTATGTTTAGCGGAAAGAAGATTTTTTTCAACACATTTCTAAACATAATAGTTTTAATAACTCATTTGTTCTGTAGACTATCGAAAAAAAAATTATAGCTTAAAGGGGCTAATTATATTGTCCCTAATGTTGTTAAAAAAATAATAATTGCTTTTATTCTAGCCGAAATAAAAGGAAAAAATAGAATTTCCTCTCCAGAGGAAAAAATATTAACAGACATACTGTGAAAATTTTCTTGCTCTTTGCTGGAAAATTTTAATTCTAAGGCTGGCTAATAATTCTGACCTAAACTGTACATCAGAAAAAAAAATTATCCGAAATGTTCTCTCTTTCAG
Seq C2 exon
ATCCTGGTGATAAACCTCCGGTTCTGTTGACAACAAATCTGAATTTCATATCAGTTCTTTACCTCAATGGATCAACTATGCCAAATCTCAAGTCCATGGAGACAAATGGGACTCAAATGCTGGACTTTATTTACAGAGAAGAGTCTTTATGTTGGCTGTCGGTGGTGCAGGACACGGGGCAGCTGTGGTGCGCTCGCATGACCAAACTTAAAGGATTTTCAGAAAAACACCAGATACGGATAGGCCAAAACCTACAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000004789:ENSDART00000133385:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF126622=cEGF=PD(12.5=7.0),PF146701=FXa_inhibition=WD(100=81.4)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]