DreINT0096581 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000045401 | mllt10
Description
myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia (trithorax homolog, Drosophila); translocated to, 10 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-041114-176]
Coordinates
chr24:17018149-17021235:+
Coord C1 exon
chr24:17018149-17018258
Coord A exon
chr24:17018259-17021131
Coord C2 exon
chr24:17021132-17021235
Length
2873 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACGT
5' ss Score
10.75
3' ss Seq
TTGGTGCCTTTTTTTTCAAGACA
3' ss Score
5.38
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTGGGCCCATGTGGTTTGCGCTCTTTACATCCCAGAAGTGGAGTTCGCCAATGTATCCACCATGGAGCCCATTGTGCTTCAGTCTGTCCCCCATGAACGTTATAACAAG
Seq A exon
GTACGTTCCCAAACCTCTGAAAAAACACACGCTGATAGTCCGCATATCTATAGGAAAGCAAAGGCTCCACATAAGAGCCCCATAAATCAGCTCAACAATGTAAACAGTATGTGTGTAAGGAGTTTAGGTCTATACTGTGAATGTGTTTTCTTAAGGGACCTAATGCTACATTTATCAACCCTGCAATAACATAGAATGTTGTCGTTAATTCTGCGCTAAGGCTGATTGAACGAAAGCTGAGATCCATGTTATGGAGATTTACACATATATACAATCTAAAATGAAAAGAATCAACCATACTTATTTTTCAGTGGAAGTCCTTATCCATCATAGAAGTGGAATTTATCCTTTATTCGTCAGAAAGAAGTTGTAATTAAATTGTAATTGTAATTTCAAGGCCTGAAAAAAGTAATAAAAAAATCTTGTAGTAAATATTGAAGTAATATATTAAAATAGTTCATTGGTGAATTTTTTTTTCTTGCAGTACGTGTTTGTTTGTTTATTTATATAGGCTATATACTTGATATGTCTGGATAGAGGGTCAAAATAAATAAAAACATTTGCCATAATTTACCTGTGATTTGCACTAAAATGTCATTCAATGTTATAATAATTTAGACCTAAATTGTCAGTTATATTTAGAGCGATGCACTTTTTGGACTTTCTCTTAATATAACAAGGTTATCAAGTTGTACTGCAAACACCCTTGCATTTTTGATTCCGTTAGCAAGACGGTGTATAATTTTATTATGGAAGAGAAGGTTTTTTGACAACTAGTTGCGAGATGCAATGTGCTTCAACCATTTCAAAAAATCAAGTTTACAATAAACAGCAATTCTGAAACATGGGACCCATTTAGAATTTTAATAATCCGAGCATGCCAGCATCTCTACTGACTGTCATCTAAATCTTAGGGCCAAGTAAAGCGAACATAATTAAATACTTTGTATAAATGTCTGAGGATTAATGTTTGTAATATTGGGTTATCAAGGTACATGTGTATTCTGTACAGTTTTTTAAAATTAAATTTTTATTTATAAATTAATTTGTTTTTTATTATAGTTATTATTATTATTGTTGTTATTATTATTATTATATTTATATTTATATTTATTCATTCATTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTATTATATTTATATTTATTCATTATTGTTGTTGTTGTTATTATTATTATATTTATATTTATTCGTTGTTGTTGTTGTTGGTATTATTATTATTATATTTATATTTATTCATAATTATTATTATTATTTTAATTATGTTATCGTTATTATTAATATTATTATAAACAAATAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTTCTTTTGCATAAATGTAATTTCACCGTGCTTAACAGTAGGGGTGGAATAATATTTGTTTAAATTTCTCTGTAAAATCACTTTGTTATATCTGTGAGTTTAATAAACATATTACAAATATTTAGAGCGATATCATTTGAAGTTTAAAATGCTTTCTACTGTATGTATCTACAGATGAATCAGAATTATTCTACCCTCTATTATTTATTTTTTCTTTTCTAAATATTTCCAAAATGATATTTAACAAAGCAAGGAAATTTTCACACCATGTCTAATAATTTTTTTCTTCTTCTGGAGAAAGTCTTATTTGTTTTATTTCGGCTGGAATAAATACAGTTTTAATTAAAAAAAAAAAAAAACATTTTAAGATCAAAATTATTAGCCCCTTTAAGCTATAAATTTTTTTCGATAGCCTACAGAACAAACCATCGATATACAATAACTTGACTAATTACCCTGACCTACAGAGTTAACCTAATTAACCTAGTTAAGCCTTATAGAAGATAACTTAGTTAAGCCTTATAAAAAGTATATAATAGAAGTAATATAGAAAAGTCTTGAAAAATATCTAGTGAAATATTATTTACTGTAATCATGGCAAAGATAAAATAAATCAGTTATTAGAAATGAGTTATTAAAACGATTATGTTTAGAAATGTGTTAATCTTCTCTCCGTTAAACAGAAATGTGGGAAAAATATAAACTGGGGCTAATAATTCAGGGGGGCTAATAATTCTAACTTCATCTGTACATTTTTCTTTTTTAATTTCTTTTTTAAAATTATTACTGATTATTATTTTTTTTATTTACATTGACATCCGCTAAATGGGACATCTTGTCTTTCACCCGTGTGTAGCTAATATGTTTTCATGGGATTTGGGTTACTTACAGGTGTAGGTTTTTACTACTACCGGTTGGATTCCTGTGCATCAGCGTAACTCAGAACTAATTGCAAAGTCCAGATGTTTAGACGTTAGCTTCAAACTTTTCCCACCCAACCGTGAGGGTAAAGAAAACAATGTTACATCAAGCTCTAATGGGATATGCCATCATGACACCACTCTTTCATTTTTCATTTGAAAACCTAATTATGTTTTGTTTTCTATGGATGCCCTTCAATGCAGTAGATAAGTAAAATACAATCAGTTTGCATTCTATGATTTGGCTTCAATACTGTGTCTGATGACTCGCAGGACTAAGGAGCCAAGTTTAATCTCATGCTTGAAATAGTGGGTTTAAAATCTGGGATAAAATAGATTCAGCTCTGTTGGTAATTGAGTCCTCACTGTGAGCCAATTTAAAATGGCATGGTTATCACTTGCCTAATAATCGAGGCGCTGGGAAGGGAGGCTTCTGAGAGACTTGTTAAATTGGTAGAGCCTTCACGCTAAACAAGCTGTGGGCCGTGCAGCAATGCATTATATACCATAATAACGGCTTTCTGTATGTGAGGAATCACTTTGGTGCCTTTTTTTTCAAG
Seq C2 exon
ACATGCTACATCTGTGAGGAACAGGGTCGTGAGAGCAAAGCTGCTACTGGAGCCTGCATGACATGCAATAAACATGGCTGCAGACAGGCCTTTCATGTCACATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000045401:ENSDART00000148756:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF138321=zf-HC5HC2H_2=FE(30.5=100)
A:
NA
C2:
PF138321=zf-HC5HC2H_2=FE(28.8=100),PF0465211=DUF605=PU(3.2=17.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]