GgaINT0102632 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000007928 | MLLT10
Description
NA
Coordinates
chr2:17912936-17917854:-
Coord C1 exon
chr2:17917745-17917854
Coord A exon
chr2:17913040-17917744
Coord C2 exon
chr2:17912936-17913039
Length
4705 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATAA
5' ss Score
7.08
3' ss Seq
AAGTATTTTCTCTTTGACAGACT
3' ss Score
6.42
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTGGGCTCATGTGGTTTGTGCTCTGTACATTCCCGAGGTGCAGTTTGCGAATGTCGCTACAATGGAACCTATTGTGTTGCAGTCCGTTCCTCATGATCGTTATAATAAG
Seq A exon
GTATAATTATGTGTGTCTTTTTATCTATATGTAATGTATTTATTTGAAAACTTGTGTGCTTTAAATAATCTAAAACTACAGTTCTTAACATGCAGCTTATGAGAAATTTATCAATAGCTACTGTAACATTGTACGTTTTCCTCCATGTACCAATGATAAGTTCAGGAATTAAGAAAGCTGTGTTATTCAGTTAAGCTGCAAAGTTATCTGCAATGTCTCATTATTCTTATACAGAGTAGGGACTGTTTTGTTAATTAAAAATATTGTGATCTTTGAATAATGGTTTATTTTGAAAGCAATGTGAAATATTTCCCACATGTAAGAATATTATTGCACCTTATTTGAAATGTTGATATTAATTACCGCTAAGTCCTACTGTTTTAATTATTAATAAGAAGTTCATAAACAAGAACAGCAATACCAATATATTAAGGCCAAATCTTGCAGACTTTTGCTTTTGTAAACAGTGTTTTCTTTAACAGGATTAGTTGCCTATAGAAGAAATAGAATAACTGCTCCTAAATAATTGTCAGTGAGATGGAATCTGTTTTGAAGTGTGGCAAGACTTAGTTAAAAAAAATAGTTAAGATTTTATACTGATAGCTTATTTTTTCTGCTTGGTCTTCCACTTGCACTACCTTTCCCCATGATACCTACCTACTTCCTCCTTCGTATTTTTGTATTTTCCCTTTTGTAGGCAGCAAACTCAATTTATGAGTAGATTTGTTAGCACATTTTTGTGCAGTTGCTTATAATTCTGGTTTCTTTCTCTTCGTTTATTCCATGATGGTTTGTGGATATAGGGGCAAAAGAAGAATACACTTCATTACATAAAAAAAAACACCAAAACATGTCGTTTCCTACAGGGAAACCAGTCCTTCTTGTGTTGTTTCTGTAACCTCTCTTTTTGTTCTTTTTTTTTTCCAGCTTACATCTCTGATTTTATTTATTTTTTTTCACTCTCTCATAAAGGTCCTCATTATACTTCTACTCTTTTTCCTTTCTTTCTGGTCTTTTTTCCTGCTTAATATGTTGGTCTTTTCCTTATCTGTTTCATTTGCTAATAATTGCTGTTTCATAGGCTTTTCCCTTCCTACTTACCAGTGTATGAAAAGAGTCGAACTGTATCTTTCTAATGTTTTCTTATTACATACTACCTGAGTATCTGTTTCAGCTTTTGACTGTGAACTTCCTTCTTCATTGGCCAGAAAATGTAGTAGTGAGATTAAGTGCAGAACTAATAGATGTTTTGTGCTTCGACATAAAGCAGTATTTTTTTCTCGGCTCAACTTTGGGCCAGTAGAGTATCTGTTTTCTCCTTTTTTCCCCATCAGTAGTCATAGTGGTTTTTTTAATCTGTAATGGTTCTTCCTTAATTTACCTAAAACATGTCATTGAATACAAATGGCATACAGATAGTGCAGAGTTCCTGTTGTTAAATTTTTAGTTTTCTGCTTTTTTGTTGGTGTTCAGATTTGGGACGGTTTTCCAAGAGTTGCTGTCAGCCTAAAACTACTTTAATACAGGCTAATACAGTACATTAGAAAACGTAATAACGCATCAGAAATTGCAAATCTGGGGTCATAACTCCAGTCAGTTTCATTCTGCTTGTCAACTTAGGTTGGAAAAGAATGATTCTAGAATTATTTGATTTCTTGTGAAGTCCTGACTAATTTTGTGTACGCAGCTGTGTATGTATGGAAGTAGCCTTCCATATGGAATTGGGGTAAAACGTAGATCAACAAAAATTGTCACAAGGAAGAATTCATGCTGTAGTCTTCAAAAGAAAGAAAAGCCTCCTTGGAATTCTGCCAGGAGATACTGCTTGTTTTACATAGGATTCTTTTATGTAGTTGTTTCCTTATTTTATGTTGTAAAATACGTAGTATTATGCAGTACTTTAATCTTGGGTACAAGAATGAACACAGATGATGCCAGAGCATGAGACTTATGGCCATTCATTCTGTGGGTTTACCTGCTCCTTGGATAAAAGCCATCGTGGTACAGGGTAAACCCACTGGGTGACCTGGTGAGTGAGTTAACAGGAAAGCTCTTCCTACACAGTTGCTTCCAAAAAAGAAATGGACTAGAAATCGTTCTCCCATTGAATAGATGTTTGTTATTTCTTGGCTGCTTGTGTGTGTATAATCTCTTACTTGTTTTATGAGAGCTTTATTTGTCTTTCTTAGGTACATTTGAAGTCTGTGGTAATTGAATATAGTTATTGCTTTTAAGAGCCTCTTCAGAGTTGATTTAAAAAATAAGTGTGTTTGAAGTTTCTTGATCTACCTAGAAGTTAAGGCAGCTGTTAAAATTTTATTTCATTATTTGTTGCAACGATGAGAAACTTCTGTACAAACTCTTAAGTTCAATTCGGTAGATAGGCAATACTCTTAGGTAGCTTTTACAAGTAGAATAAACTGCTTCTCAGATTACTTTTTTTGCAAGGCATTCCTCACCTCGTCTTCCCTTCTGCCTTTTTTTGTGGAGGAGGTTTACAGTTTTGAGTCTTCGAAGGAAAATTACTGACAGACAACTCAAGGCAGCTTTGCAAAATGTCTTTAGATATTTGTGTTGGGTAGGCAGTCCGCAGTGTTGTGTTTAAACTTGTTTGTAATGTATCCAGTCAATCTTTTTTTTTCCCAGTCATTTTACTGTAAATCAGTTTAAGGGGTCCTGAATGCAGCACATGCTGTCAAAGAACAGGACCTACATCCTTACTGTATGGAACGCTTACACCACTTCTGAACTTCAGTGAGAAAAACTTTTTAGGCAGAACTCTCTCAAAACAGAATGGTAACTGGAGCTTGGTCTGTATGGAATCTGTTGAACTCTGTTTACAGACCTAACTTATGTTGAGACTTAGTTATTCACATGCAGTTGATAGATTATGACCTAGTTTGTTCATAAAATCTTCATGTGTCAGGTCATGGTATGGAAAGCTAAAAAGTGGCCAATCTCTGACCCTGGCAAATGACCCAGTGGGTAGTGTGCGGTACCTGGTACAACGGGAGCAAGGCAAAGAATCATGTCCCCCTTCCTCAACCCTCAAATGTTAGGAGATAGGGTGTGGTTTTGGGTTATGTTAGCTACTGCTCTTAGTGCTTTCCAAAAGCCTAGAGAAAACCATGCCAACTAACTCATCTACCTCAGAGTCTTGCACAGTAACAAAAGTGCTTTACTTGGCTGACTTCTCACATCAAGTATTGAACACAGATAACTGTTCAAGGCAGTTCTGATTTCAGAATTTCACTGATTTTCACTTTTTTTGTAAAGAACATCAGTTTTATGGTATTTCCTTTTTCATTCTCAGTTTCAGTGATGTTTTTGGACATTTTTCTTAAACACTGGGTAGCAAAGAAGTGTTTATGTTCTTTTTATTTATTTATTATCCTACTTGCCTTTTATTTATTTATTATCCTACTTTGCCTTTCTGGAGGAGTTTGCAATGCAGTTGGGAAAAATCAGTTACACCTAAGGTCTTACAATGGAATACCTATAGATAGCAGTGTACCATTGATATTTGTCCCTTCAATAAGATTCTGTCTTATTTAAGAAGAGAAACTTGATTGTACTGATGCTGTATTCATTAAGAATTGACAGATAAACAGTTAAATTTTACTTGGGCTGCAGTTTGCAACTGATGATACAAATGTGATGTGATAGATTTTTCTAGATGACATTTTGGTTATTGGAGGAGTTATAGAAGAAGATGTACTTTTAACTAATGTTTCTCACTGAAATGCTAGTGAGAGTTTGTAGTGATGTCTAGTGTAATAGCGAGCTTCCACACAAGTATCTCTGTTCATCAGCTACGTATAAAATAACGTGATGGATACTGCATTCTTTTTATCTTGATTTTTTTTCTCCCCCACACTTCATTGAGAATTTTTTCTAAAAATCTTACAAACTGCCATTGTATCCCAGTAAGGCACATTTATGAGAGAAATTCTGTGAAAAGATTTTCAGGTAATAGAAAACTCATTCTCATTTTAGCTTGAATTCAAGCTTTTAAGCTTGAAATAGGTTTAGTATATTAGTTTAAACTGTTTACGGAGAGTTCTTACTTCATTACTTTCTAAGATGCTTGTGGAGCTGTCTGAAAATAAAGCAGAACTCTGTTAAACAGAATATTTAATTGAAGGTAACTGAATGCCATATGAATATCAAAACATTCTGTGAGACTTCAGAGAACTGTTTACACCAAAAGTGAAAGTAAAATTTTAAGCTTGCAGCTTTTCCATTGGTAGTTTGTGTAGATATATGCATATATACCTTATGGTACCTCCTACTGGTAGGCACTCAGTCTGGCTTGATGTTTCTGAATTATTGCTACAAGTACTGTTAAATGACTGTCAAAATGATTGCAACTTAAAAAGACGTAAATGCAAACTTGAAAGCCAGGAAAATCCCAAAGCCTAATGCTATTAGCCTTTGGTTGTTTAACCATTTTGGCTGGTTGGGTAGCAGTATAGAATTTAAATAAATTAGTATTTGTACTGCTTTAGCACTGATGAAGTGTTACACAGATCCAAAGTGTCTACCAGATAATCTTCTTCTGCAAACAAATGTAATTAGACTTCTTTATAAAGAAGTTATTACATAAGGTTAGCTGCACAATCCAACACTTCTCACCTTAGAATTTCCTGTGACACATAACTTATTTGTTTGCTTTTCATCATGTAAAGTATTTTCTCTTTGACAG
Seq C2 exon
ACTTGCTATATCTGTGATGAACAAGGCAGAGAAAGTAAAGCAGCCACTGGTGCATGCATGACATGTAATAAACACGGATGTCGACAAGCTTTTCATGTAACATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000007928:ENSGALT00000012873:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF138321=zf-HC5HC2H_2=FE(37.5=100),PF099474=DUF2180=PU(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF138321=zf-HC5HC2H_2=FE(35.4=100),PF099474=DUF2180=FE(79.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]