DreINT0098337 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000007198 | mta1
Description
metastasis associated 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-131121-353]
Coordinates
chr17:37563249-37597853:+
Coord C1 exon
chr17:37563249-37563534
Coord A exon
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Coord C2 exon
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Length
34251 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGA
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Secondary ID
ENSDARG00000007198:ENSDART00000045583:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.400 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0142613=BAH=PU(4.2=60.0)
A:
NA
C2:
PF0142613=BAH=FE(15.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]