DreINT0098340 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000007198 | mta1
Description
metastasis associated 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-131121-353]
Coordinates
chr17:37649715-37655712:+
Coord C1 exon
chr17:37649715-37649842
Coord A exon
chr17:37649843-37655560
Coord C2 exon
chr17:37655561-37655712
Length
5718 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACAGTGAGT
5' ss Score
8.34
3' ss Seq
GTTTTTTTTTTTATATTTAGCCA
3' ss Score
6.7
Exon sequences
Seq C1 exon
CAACAAGCCCAATCCTAACCAGCTGAGTGTGAACAGTGTTAAGCCTGGGCTGGTGAATGGAGCGGGGGCTCTTCCGGGAGCTCCAGGACAGCCGGTCGGATTGGGGCGAGCTTGCGAGAGCTGCTACA
Seq A exon
GTGAGTGTATGAACTCTTTCACATGTATAATATGTTAAAGCATGTCTATGGCAGTGATATTGCCTTTTCTGCAGAGTTTACCTTCAACATTGATCAAACTTGCGCTTGATTCGGATCATAAATATGTACACTAGATATCACATACGGACCCTGAGCATGCATCAATATCGCCGCCACATTTGTACAGTGCTCCCGGCACAAATTCATTCAACTGCTCTAGTCAAGACTAAAGCCAATGTGAAGATGTTGGACTTAAGCACTGCGTATGATTTTGTTTTACGATTTTAAGAATGAATGTCAACAAGTAGCGTTATTGATGATAATACAGTCACTTACTCCATTGACCATAAGGCAAAGTAGCACCAACTCTCACTCAATACCAGGCTTATGGTAGTTTTGTTGAATAAAATCAGCAAACAATGTAAATGAAATATGAAAGATGCTGTGGTGCTAGAAACTTGTATTATTGTCGGCTAAGTGAACGAGTCATTCATAAAGGGCATTCGTTCACAAACGAATCACTCCTTCTGTAAGAATTAGAAGTGAAAGCAGGAGAGAGAGTGTGTTCAGCGTTTCCATGGAGTCTTAATAAAAAGTCTTAAAATGTCTTAAATTTCAAAACTTATATTTTATGCCTTAAAAAGTCTTAAATTCTCTGACATATTGTAAGTCTTTGTAAATTGTTGTAAGTCTTAAATTATTTTAAACCAGTCTTAATTCTGCTTTGCCCAAGTAAAGCTACTCAATTTGGACTGATTTCCATTCAATGAGCGACAATACATCTCAAAAAAACCTTATTTATATTTAAGTTTTTTTTATTGCAAAGAGCACAATTACTGCACAGTAGCGGTTAGCTTAAAATTTTACAGCAAATTCCCCAAATTAAATTCCCTAATCAGTGGAAAAAAACTAAAAACAATTACATGATTCCTCATGATAATACTGGTTTATTAGGAAAATTTTAACCCTGTATAAGTCTAAAATGTCATTTTTTTTGTGGTCCTAAAAGGTTCTTAAAAAGTCTTAAATTTAAATTGATGAAACCTGTAGACACCCTGGTGTTTCAGGACACTTTTAGATTAGATCAAATTTAACAGGGAGGGTGGATAATACATTTCCATGCACACATATACACTCTTTGTCGGCAGTGCCCATGCGGTCACTTATCCATCGATGTAAAAAAAGATGTAAAACTATAGTTTTCGTGATTTAAAAAACTCCTGGTCATAGATAGATGTATAAATGTGTATATATCTTTTCTATAATCTTTGGGACATACTACTTCCTCATTAACAGACTGTTATGAGTTTTATTACATCCCTTGTCAATCATCTTGACACATCCACATTTCTTTCATGGGTCAGTGCCAACTGACCCAGCTGGGGCTCGAACCAGTGACCTTCTTGCACCATTGTGTTGCCCATACTACGATTTGAGACGCACTAATTCTATTTTGAATACTATTTAGAAGGCATAGTATGCAAATTGGGACGCAGCATGTTTCCATAGACCTATTTTTGTCATTCTTAAACTTTTCACATTTTTGGATGGAGGCATAGTTAATAATTAATAGACTACATGGATTCTAAATCTCTGTCACTTTAGTAATTAAAGTGTACATTAATACACAAGATGTGGCTTATCTGATGCAAGTTACCATGAAAAGTGACCATATGGTGTGTTTCAGTGGCCAAAAAGGATTTACAAAACAACCTATTTGTTGATTTAATCTCAGTTAGAAACTAAGAGATGTGGATTCGGATGGCATTTAAATCACCACATGTCCTTGGTGTCACAAAAAAAAACTAGGTATTCGGCTGGGATTTTCATGTGGGTTGTGAGAGATACAGACGTACTAGATTTGGACAGCTATGAAGTCACCAACTACCTCCTCGTGAGTGGTGAAAATGCTTTTTGTCCCCCTTGAGAAACAGTTACCCTCCGGATAGGACTGTCAATAGTAATCTTAGAGGCTTAATATGTGCTTTAGTTAATGTGGAAAAAGTTGAATGTGTGTTTAAATATATTCTGCGCTATCTTTATCATTTTATCATATTTATAATTTATTGAGAGTAACAACAGATGACTTGCCTCAGATTTTGTCAATAAAAGCAATAAGCACATTCACTCTGTTCGAACCAACAAGTGTGTTCAATAATGAAGGTGGTTTCTGTCACTTCATGTGTATTTTTAAAAACCATCAACCACTTTGCTTATGAAATAATAAGTAGCAAAGGGTGGTCACACACTAGACAAAGCACAGCACCACAGTTTTGGGAAACATTGCCCAATTGGTGTATGGTGTATTTCACGCAGGTGAGTGGGCTTGACAAACCACCTGTTCATGACACACTCTTTTTCTCTCCATATGCACCAGACACCTTACAGTATGAGCAACCCTTACTTGAAGACATTGTGTAATTCTGAGTGTGCTCCACACAGGTGAGTGGGCTTCACAAACCACCTGCAGGACACATTCTCCTTTCGTATGCTCAGACAAAAAAAAGAGAAGAAAAAATTAATAAAAAAACTAATAAACTTGTTAAAATGTTAATATACTGCTACTCTCTGATGATTTTTAAGGGCTTCTTTTATTTTTCTTGTCACTTTAGATAAATGCATCTACACTGGATAAAAGCTTTCATTTAAAAATGAAAAAAAAAAAATAATAATAATACTTGGGTAATGGTTCACATCTAAACTTGACCCAATGAAAAATAAATAATTTGCCTTAAACATTATTCTCTTTCTCTATCACAACACTTTTATTTAACCTGGTACAAAGCATTTTTGTCTTGTTAAAGAAAATCAATTAATTAAAATTCTCTTTTTGTTCTAAAAAATAAGATATAGCTTTAATCAAAACAACAATTGCCATAAAATGTTCATTCTTCCAATAAAAAAAAATAGGGTAATGGTTTCACATCTAAATTTGTTCACTTTAGCCAATAAAAAATAAATCATTTGCCAATGTTTTTTAAAGACTGTTAGGCCAGTGGGCCGAAGGTAAATATAGTTGCCATTGGTAATTTCCTAATTTATTGAATAATATTTGAAAAAATAACTAGAAAGCGTTGCGTTTTATAAACTAATATAGCTTAATTCTTTAACATTTAATAATGAACCTATTACAGTATATACAAAAACAATCTCATTTACAACAGAATGGAGTTACACTAGTTTTTGTCTTGATTTGCTCACCAGTGTCTTCTGTATGGCTCTCTATCTGTCGAGTGACATCATTTACATAAAAAAATAAATAAATCTGCTTCATTTACAGCTTTTAATTGGAACTTTAATTTCAGTTAGCTTTTTTGTAGCTCAGCAATAAAACGAACAAAATAGATTACGTTCAATCAGAAATGACGATCATTTTTTAAAAGCATTCACCCCAATCCTCTCCATTCTTCTCAGATGGAATGGTGGGCCAAATCAAAGGTTACAATGGGCCAACTTTGGCCCGCAGGCCCTTATTTGGGCATCTCTGCATTACACACTACCCTCATTGATGGTGATGGTCAATATTTTAGAAATAAATGAAATATTGGGCTTAAAAAACAGAAGCCAACTCAAACATGAACACACAACGTTTATAATAAAACAACCGATATATTTTAAATAATATAACATGAACTAACTCTAAACCATTTCCCATTATGCACCTGGCTATAGTGCTGTGGGACACGTCGTTACTGTGTGAGTAACCTTCAAATTTTACATTGGTCAAAATATTTCTTAGTTGAGCTCATAATCAAGTATAAGTGTTTTGAACTTAACATTTATTAGTTATAAAAATAAAACAAATAATATTAAGCTGAAATAAAAGATACAGTTTTGGTAACACTTTAATTTGATGGTCCATTTGAGTTTTAGTAGACTGTCTGCTTAATATCTGTTAATACTGCTTTTTCAACAGACATTTAACTGACTAAGAAACTTTGTCAACTTACACTAACCCCAACCTAACAGTCTGCTTATAATCTAATGAGAATTAGTTGGCATGTAGATGCAATGTAACTTAAATTCAACAAACGGACCATCAAAATAAAGTCTGACCAAATATTTAAGTACTTCTTGAAAAAAAAGTTCAGTGTACTTAATGAATAAACATGCATAAATGCATACTGTATGTACACTAAAAAAAGTTGACAAAAAGACAACAAATATCTTAATGTTACCTTTTTTTTAGAAAACTAGTCAGTTTTCAACTTAAAACCCACAAAGTTTAACTTAAGATTTTTAGTCAGTTTAATTGATTTAGGTTGAGATGACTAGAAAAGTTCATTTGATTCAACTAAAAAAAATAAAGGCAGCAAGATTTGTTTTCGAAGTGGACAGTTTAAAGACTTGGTCCTCTATTTTGACGATCCATGCGCAAAGTCCAAAGCGCAGGGCGCAAAAGCATTGAGGACGTGTCAAAATCCACTTTTGCTATTTTAAGGATGGAAAAATTCTCTGCGGTGCATGGTCTAACAGAGTTGAACTTATTCTCTTAATGAGTTATGGGTGTGTTTTGAGAATAAACCAATTAGAGTGTCTTCTCCCATTTCCTTTAAGATTCAGTTGCGTTGCACCATGACGAGAAAACAGTTAAACAGCTCTTCTGCCATGTGAGAATGAGAGAATGAGCCTCCTCATTCTTTACCTTCGCTAAGAAAACATGTTGCACGCACAGACATCCATTAGCCTATTCATAATTAATTTAGTTTGTTAAGCTCAAAGATTTGTTTCAACACTACTTCTAAATTTGGTTCTAATTTCCAGCAAAGAAATAAATGACCAATAATAACGAAGTGTGGTCAATAAACGAGTTATATCCTAATACACATGCTATGCCCCATATGGTCTAAAACCTTTTTTAGACTAGAACGCCTATGGTCGCACATAAGAGCGCAAACGCAATTGCTATTTAAACAGCGTGGGGCAAAACGTTGAAGCTGAAACTAGCAAACAACAATTGCGCCGCTTTTGGTCCATTGTGCGACCCTTATGTTTTCAGT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Seq C2 exon
CCACCAGCTCGTATCAGTGGTACTCGTGGGGTCCTCCCAACATGCAGTGCCGACTCTGTGCCTCCTGCTGGACCTACTGGAAAAAGTACGGAGGTCTGAAGATGCCAACCAGACTAGATGGAGAGCGGCCCGGACCCAACCGCAACAACATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000007198:ENSDART00000045583:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.841 A=NA C2=0.275
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0032022=GATA=PU(13.2=11.4)
A:
NA
C2:
PF0032022=GATA=PD(84.2=62.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]