DreINT0099040 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000070331 | muc5.1
Description
mucin 5.1, oligomeric mucus/gel-forming [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-120822-1]
Coordinates
chr25:8292403-8294739:+
Coord C1 exon
chr25:8292403-8292649
Coord A exon
chr25:8292650-8294698
Coord C2 exon
chr25:8294699-8294739
Length
2049 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTATGA
5' ss Score
6.56
3' ss Seq
ACTATTTTGTTCATTTACAGCAC
3' ss Score
9.24
Exon sequences
Seq C1 exon
AATCTGAGTGTCCGGAAAACATGAAACACTCCTATGAAGTGACCAGCTGTGGCAGCACCTGCCGTTCTCTCAGTGGACAAGAAAACACCTGCCAAGGGTCCTTCACACCTGTACATGGCTGTGTTTGTTCTGAGGGAACCTACCTTAATGAGGAAGGCAAATGTGTACATGCTGGAATGTGTCCTTGTTATTATGGCAACCAGGTCATACAGCCATCCGCAGAGTTCAACAAGGAAGGTGCTAAATG
Seq A exon
GTATGAATGAGAACATTTACTTATTACCAATTATTATACTTTACGTATTGCACTTTACAGTTCTATTCACAAGCTTATGATTCAATTCATATCTAAATTGATTCAACATATGTTTATTTAACCATATGGTATAATACATCAGTTTTTTCTAATAGATAAAATCTCTCTCTAAAAATACTGTACATTTAATCAGTCTGTATATCACTATAATAAAATGTGCAGTGTGCAAAAATTGCAAACATTTAAACTGCACATCATGGTGGCTCCGTGGTTAGCACTGTCGCCTCACAGTAAAAAGTTTGCTGGTTCGAGTCCCAGCTGGACCAGTTGGCATTTCTGTATGGAGTTTGCATGTTCTCCCTGTGTTTCCCGTGGGTTTCCTCCAGGTGCTTCAGTTTTCCCCACAGTCCAAAGACATGTGCTATAGGTGAATTGGGTAAACAAAAATTGGCCATTGTGCGAGAGTGTATGGGTGTTTTTCAGTACTGGGTTGCGGCTGTCCATCCGTTGCATAAAACATATGCCAGAATAGTTGGTGGTTTATTCCGCTGTGGAGACCCCTGATAGATAAGGGACTAAGCCAAAAGAAAATTAATAAACTACATATATATATATTTTTTTTTTTTTTAATTGAGAGGTGAGCAATAGTTAATAGTGAAGGATTTTTGTTTTTAAACTTCATTTTGTTTTAAGTAAACATGGTTATCAACAAGGGTAATAATAGAAGTCCTCAACATCAACTTGTTTCAATGTGTATAGCATGGTTGATAACAGTATGAAACAAAATAAAAATTGTACAAATTATATATATATATACACACAAACAGACACACATATACAAATATATACATATATCAGGGTTTCTACGGGGTTTTAAAAAGTCCAAAAATGTCTTAAATCTCAAAATCCAAACTTTAGGCATTAAAAAGCCTTAAACTTACTGAAATATTGTGTTGTAGGTCTTAAATCATTTCTAAATGGGGCTTAATTTTCTTTGGCTCATGTATTGCTACCCAATCTGGCCAAACCCTGTACAATCACCAACAAACTTTTTTTTAACTCTATTCAGCATAATAGTTTAATTATTTTCCATACAATAGCATTTGTTTAAAAGTTCTCCATGTATTTACTGCTAAGGACACTGACCTGCACAGATTGTTGTCCACAGATTTAGTTTATTGTAACTTTTTTATTTTAAATAAAAGTTTATGTTGGGAAAAAGTGTATGGATAAAAGTAGAGCTTGCTTGTTTTTTCACAATATTTAAAATATTTAGCTAAGTAATAAAATCTAAAAATATTTAATTGTTTATTATTAATGTATTATTGTATTATTAGGTGTACTAAATTATAATAATTTTTTTGATAGGTCAAAAAAAACTTTTCCATCTGGGCAATTTGAAAAATTCATTAGCCTTTAGCGCTTTATGAGTCTAAAAATTTATTCATAATGGTCTTAAAAATGACTTAAAAAGTCTTAAATTTAACTCTGTAAAATGTGCAGAAATGTGCAGATGTATGCATACAGAAACCTATAAGTATATAGCTAAGTAAAAAAAGGAAAAACGTCAGAGAATTTAATAACTGAAAAAAGTGTCTAATAAAGTTATTGTAGAACAGATCAAACAGAAAACAGAGAAAAAATAGTTTGTTGTCACCTATATCTTATATATCTTATATCGCTTCTCCTACATCATTATATTAAATCACTGAAGCTTTAATAATGGAGATCAAATTATCATGTATTTGGTTCCAATGAAGAGTTGTTGAAATTGTGAAGGTTTTTTAATGTATTAATGAGACAGGCTAAGATTAAAATGATTAGGATTTAAGAGTGTACAGTGAAGTGGTTCATAAAAATGAGAATCATTTAAAACCAAGAAATCAAACTCAACTTCGAACCTAATAAAAAGTGCTGCAAAATGCTTTTAAAAGTAGTTTTAGATGTTCTATGTCCCAAATGCGTATATCCATTTGATTATATTGATATGTTATATGAACTCGTCTTGGTAGATTTAGCAATTCTCAGAACTATTTTGTTCATTTACAG
Seq C2 exon
CACCTGTAACAATGGCAAACTGGATTGCTCCAGTCATGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000070331:ENSDART00000153708:18
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF087426=C8=PD(0.1=0.0),PF0182612=TIL=WD(100=69.9)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]