DreINT0100777 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000010186 | myo3a
Description
myosin IIIA [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-041026-4]
Coordinates
chr24:6156050-6161024:-
Coord C1 exon
chr24:6160983-6161024
Coord A exon
chr24:6156122-6160982
Coord C2 exon
chr24:6156050-6156121
Length
4861 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAATG
5' ss Score
8.73
3' ss Seq
TTTATGCATTTCTTTTACAGTCT
3' ss Score
8.7
Exon sequences
Seq C1 exon
TTGGATTGCCTTTTGTTGTTCAGTTCTGTATCATTCAGTGAG
Seq A exon
GTAATGATCCCGTAGTGTTTGTGCTGTTAAATGAGCTCATTGTCTGTGGGTCTTTCTTAGGCATCAGTGTTTAATATTATTATTATTATTATTATTGATAATATTATTATCATCCTATTATTATAAATTATTTATTTTATTTTTTAAATAATTATTTATTTATAATTTTTGTTACTCAACTGTTATTATTATATTCAAAATAATAATTAAATTAAAAATATTGACAAAATAAGCTTATTTTTCTTATTAAACAAAAGAAACTACATTATGTATTGTGATAAAATTAATCAATTTGAATATTAATTAAAATAATAAAAGTGTAAATAATTATTATTATTTAAAATAACAAAAATTGCCCAAAAAATATTAATAATGTCTACAAAATTATAATCAATATAAAATATATAATTTTCAATATCATTCAATAGAATTTTCAATTCTAAACGGTCAGTCCTAAAAATATTAATTTTTATCCTAAAATGTCATTAAAATTTCATTAGTTTGCACCCTTTACAGTAACGATTTTCATTATTTTTACTTATATAATACTTTTATATACTAACACTTTAATAATACTAACACTTTATATAATACTTTTTACTTATATAATATATATATACACACACTTATGTAAACTCAAATTATATTTTTTATTCAAAGCAATTTTAATTATTTATTTATTCATTTATTTAATTATCCATTTATTTATTAATTTATTTTTTTAAATATCCATTTATTTATTTCATGTTAAGCTTATTAAAACTATACAATACGATTGCTTTAGTTAACGATTCTTGATAACTCAAAGTGAATTAATATTCACAAGCACAGCTTTGGATTTTAATGATGCATTAACAAGTGTTGAATTATTATCAATAATTGCTGTACAGGTATTGTTCATTATTAGTTCATGTTAGTAAATACATTTAAATGAACTAAGTAATGAATGAACTAACATTTAATAAAAAGTAAACATCTAAAGTAAAATTCTTTTTTATTGTGAATCTTTTTGTCATACTACCTGACGAAAGTCTTGTCGTCGATATCAGTTGTAAGTGCAACATATAATAACATGACTTCTAATTGATCATTTGGAAAAGTGACAGAAGGTCAATTTTCCAATGAATCATCTGTTGAACTGAATCCCTATCATCACAAATACTGTAGAACACATTTTGGAACCTGCATGGGACCAAGATTTTTACAGAAATGAGTCAAGTTTGGTGAAGAAAAAAAAGTCAGTCACCAGATATGAACCTTATTGAGCATGTCTTAGGCAGGATGTAGGAGGAGGCATTGAAGATGATTCCAAAGAATCTTGATGAGCTCTGGGAGTCCTGCAAGGATGCTTTTTTTGTCACTCCAGATGACTTTATTAACAAGTTATTTGAGTCATTGCAGAGATGTATGGATGCAGTCGTCCAAGTTCATGGGAGTCATACACAATATTCGTTCTTTCTCCTCTGCACCATGACTTCATATTCTATACTGTTCATTATTTCTGTTAAGTGACAAGACTTTTGTCTAAGCAAAGACCTTACCGTCTTAATAAAATAATTAAAAATCAAGGCAGGATCATATTTTATTTTGGTAAAATAAGCGTAATATAGGGCCTGTTGTCTTTCATGTTAGCCACTTCTGATACCAAAGTCATTATTTGTTGTACCTAAAACTTGGATAGGCGAAAAGACTTTTGTCAGGTGGTGTAATAAAGCAATAAATGTTACATCGGTAGTTATGGAAACATAAATGTATGCCATTTCCTGAAAATTTCATAAAAAAACACAATGAAAGAGTATTTTCTCATGTGACCCTACCAGCTACCTAATAGCTAATGCATTCGTAGACTGACTGAATTACAGCTTGATTAGTTCATTTAATTGCTATTAGATTTGAGTGTCCCTTTAGAATAGAGAAATAGATTCATGTGTTTATGTGCGGTTAGATTTTAAAAACATCCACTTTGTGTTTCAAGTTTTATGTTTTTCGGCATTAAGCTTATTATCCCTCTGCGAATTATTAAGAGAATCTGTGAGCTGCTTAGAGCTCTTATTCAGGTTGTACTCTGAAGTGAATGAGGGTTTTAAACATATTGAAATGATGTCTTTGATGAAGACCCGCATACATTATCATTCATTTGCATATTTAAGCATGCCGTCTTTAGAAAATTTCACATGAAAGATTCCATCTATTTCAAGCCCACGTAAAATAAAAGCACCTGTGTCACTGATTCTGCTTTTGTGGTCGGTGTCCAAACACCTTGATAATATAGCCTGGTGAAACATTCATGACCACTTTTATTGAAAAAAAAGACGTTTGTGACCCTGGACCACAAAACCACACTGTAAAACAATCCTGATTTCCTTAAAATTTTAAGCTGAATCAAATTAACCTTATGGGTACATTGATTTTGTATTATGTTAAGACTTAAAACAGCTTGCGCAACTTATAAAATTAAGTTAAAACATGATTAACTCATTTTAGTATGTCCTGACTTATTGATCATTTCATTTTTTTACAGTGCAGTCAAAAGTGTAATGTTTTTGGGAGGTATATGCGTCTATGAAAGCTGAATAAGTTATCTGTTAAAGGGTCATGACACCTCCCACTTTCGGTTCAGGTCTACCTCCGAATTTTTTCAAAAGATGCCACATAATAGGCGTGGAGCTCTGCGAGCAAACGGCAGGAGTGGGTGTGGTCAGCAGAGGAGAAGGGGGGGAGCGAACAATGTTGTCAGTCGGCTCACAAAATGAGACACAAACCATGAGGAGATGCATGATTTTATAGTTTACAAAGTTAAAATGCAAAGAAATAAACAGTAACTTATTGCCCTGCTACATTTGTTATTCGTAATTTCATATTCAGATAACCACAATTTACATCATTTTAAAGATAATCGTGTTCATATAAACACTATAAATGAGGACTTTTCCCTCAATCCCTGGGTCTGAATGTAGACTCAGTGCAGCAGGTCTCTTGCCCTGTCTATTTCAACCATTAGCCCTTTTGGTAATCTAGAGGATTTAGGGAAACACAGCAGCACGGTGATGTGTCTAAATGTGAACGAACTCCTGATAAATGACAACATCCTCCATTCTCCAATTCTCGTACTGCTCTCCCGACAGAAATGCTTGCTGCACACAAACTGCTATCGGCCCTGACAACATCGCAGGGAAAAACATGCAACAAACCTTGTGGATCATGGAAACAAACACACTTTATGAACAGCTAAATACTGTGTGCCGTCGGTCCGTGGACGCGGTCTCACCCAGTCATCAGCGTGTCTCACTGCTTGGCACTGGCAGTTCTGTCTTGCCTTCGGAAAGCACGTGCAGTCATGAATAATTAAGAAGCCGGCTCTACTCAAAGGATAAGAAAACTCCGCTATGAATAATATTGAGAAACCAACGTGTCATCTTTGCACTTGCAGTTTTGCGCTACATCGCCGATTTTGATCCCGCCCCAAAAATCATTATACACCCAGAAGCTACAATTAGCTGACAAAAGCTCAAAATTATCCAGTTTTCCCCACAATTAAAGCTGACAGGTGCTAACATTGTCCTAACTGATGCTCAACACACACAAATCTGTTAAAATCTCAAAAAAAGTTCTCCAGGGTTTCGTAAACCTTTAATGTACTATCCTGTTAATGTATTATTTGTTAGGATAGGGCAATATTTGGTTGAGTATAATATGGTATGATATGACTTTTTGAAAATCTGGAGTTAAAATCAAAACTCAAAATATTAGGAAAATCACCTTTAAATCGTCCAAAATAAGTTCTCTGTACTGCACATTACTAATCAAACCTTTGGATTTGATTTATTTACAGTAGGAAATGTGCAAAATATATTAATGATCTTTATTTAATATTCTAATGATTTCTGCACTGTAAAAAATACTGTTTTTTTATTAAAAATGCTAAAGGTTAGCAGTAAGTTTTCTTGATATACGTAACCTTAGATTAATTTTTTTTATATATATATTTATAGTGTGGCACAAATGGAAAATTATTTCTTTTTCTTAATAATAAATATACAGTTGAATTCAGAATGATTAGCCCTCTTTTGATTTTTATTTTCTTTTTTAAATATTTCCCAAATTATGTTTAACAGAGCAATGAATTTTTCACATTATATCTGATAAATGTTTTTTTTCTGAAATAAAAAATCTTATTTGTTTTATTTAGGCTAGAACAAAAGCAGTTTTTAATTTTTTAAAGCCATTTTAAGGACAAAATAATTAGCCCCTTTAAGCTATATATTTTTTCCTGATATATTTTTTTTACTGAACAAACCATCGTTATACAATAACTTGCCTAATTACCCTAATCTGTATAATTACCCTAATTAGCCCAGTTAAGCATTTAAATGTCACTTTAAGTTGTATAAAAGTGTCTTGAAGAATATCTAGTCTAATAGTATTTATTGCCATCATGGCAAAGGTAAAATAAATCAATTAGAGATGAGTTATTAAAACTATTATGATTATAAATGCGTTGGAGAAATCTGCTCTCTGTTAAACAGAAGTTAAAAAATAAACAGGGATGCTAATAATTCAGGGGGGCTAATTATTCTGACTTCAACTGTAATTGATAAACAATGTGTTTTTTCTTTGCTAATGCCAAAAATATACCCATCCAACTTAATAGTTTTTTTCTTGAAGATTTTGTTGTCCAGGTTCACATTTGGTCTACTGATAATTGACCTATTGATAATTGAAAATTTACACCTTAATCAATGCTTGTCTGATGTCTTTGCAAATTAACCCTGCAGTTAATTCCAAGTATATTATGATATTTAATTTTTCATGACTTTAAATCAAACTGTCTTATCACAATCTTTATGCATTTCTTTTACAG
Seq C2 exon
TCTTCCTCTCGGAAATTAACTCCACCCATTGACAAATCAATGCTTGCCTTGCCTGTTGACTCTGTACAAACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000010186:ENSDART00000136041:25
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.167
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006316=Myosin_head=FE(1.8=100)
A:
NA
C2:
PF0006316=Myosin_head=FE(3.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]