DreINT0100839 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000061635 | myo5aa
Description
myosin VAa [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-041027-2]
Coordinates
chr18:39037497-39047552:+
Coord C1 exon
chr18:39037497-39037597
Coord A exon
chr18:39037598-39047353
Coord C2 exon
chr18:39047354-39047552
Length
9756 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATAT
5' ss Score
7.88
3' ss Seq
CTCTGTGTGTGTCTGCGCAGGCT
3' ss Score
10.14
Exon sequences
Seq C1 exon
ACGACTATGACTGAACCTCTGCCATACATTGAGGATGTGCAGAAGCTCACTGATGCCAAGGAGATCTCACAGGCCTACATGGGCCTCAAAGACACCAACAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000061635:ENSDART00000133618:29
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.727 A=NA C2=0.789
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
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INCLUSION PATTERN[edit]