DreINT0102521 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000005783 | ncanb
Description
neurocan b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050208-586]
Coordinates
chr22:17977148-17979864:-
Coord C1 exon
chr22:17979690-17979864
Coord A exon
chr22:17977276-17979689
Coord C2 exon
chr22:17977148-17977275
Length
2414 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTCAGA
5' ss Score
7.41
3' ss Seq
GTTTTGGCTCCCAAACCCAGGTA
3' ss Score
5.42
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGTGGTGTTTCATTATCGTGCTCCTCACAACCGTTACGCACTTTCCTTCTCCGACGCTAAAAGAGTGTGTGTGGAAAACTCAGCCAACATCGCCACACCGGCGCAGCTTCAGGCCACGTTTGATGACGGATACGACAACTGTGATGCCGGCTGGCTTTCTGACCACACCGTCAG
Seq A exon
GTCAGAGGACTCTCACGTCTGACAAACTTAAGATATTCACTATTATATTACTCTTTAAGATCACTTATTTATATAATATGATTCATATTATTGTTTATATAGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTAAGACTTTATTATTCCCAATGGAAAATTCACATCACAACAGAGCTCTCTATACTATAAGATAAATTAAGTAAAGTACATATATAAAAAGACAATAATATTATTAAAATTACATTCCTACTGCACACCTTAGTTTCAAACAAAGAGTAATGGATTATTGGATTAACAGAATTAATCCTGTTACAACTCAACATAATTCATCTAATATGACTTTGCTTATAGAATCTGATCTTTGTTGGTAAAAATGACTTTTTTATAGTTTCCTGTAACACGGGGGCGAAATTAATCTTGAGCTAAAAGAGCTTACAGAGGGTTTATTTACTGACAAATTTGTCCATTGTTCGATCATATGCTATCTCTTCTAGTAGGTATTACACACCCCACAACAGAACCTGCCCTTTTTATAAGCTTATTTAATTTGTTTTTATTTGTATGTATTTTATTTTATTTTCAGCAAGGAAAATGGAAAAATTCTTAGCTTATTTGTCAATTTTTTTTTGTAAATTAATTTTTGTTTAAAAATGTTATAACATTCAGTATAACATATCTTTTGAGTTTTTGTATTTGTTTTATACTTTAACAAAGTATTTTATTTTAATTGGTTTAATAATATAATAAAAATTGATATATTATAATGTAATTTTAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATACATTTTACTATAATTTTACATAATATAATATAATATAATAAATTTTAATACAATATAAAATGATAGCATTTTATATTATACATTTTAATATAATTTAATTTATTTTAAAATAGTATAATATAATATAAAATAATATAATATAATACATTTTATTATAATTGTATAAAATAGAATATAATATAATACAATTTTATATAATATAATATAATAAAATATAATATCATGTAATTATAGTATTTTATTATATGCCCTGATGTTTACTATTATTCTACTTGTTTTTATTTTTAACATCCCTGTCTACAGTATTTAAATGCATACATTTATAATAATTTATTCAGTATTTCTAGTACATTTTGTCCATTTTATCAAATATATATTTTTTCACACAAACTTTTTATAGTATTTGTTACACTATTGTATGTGAAAATAAATCAAATGCAAAATTACACAGGTCAGTTACATTAATACAAATCATTCAATTTAAAAAGCGAGATTTTACTTTTCTCTTGAGTCCTTGGGTTTGTCTTTTAGATTCAGAAACATTTGCCTGCGAGCGCTCTTTGAACATGTTTACATAATACTTTTCCCCAGTGCATCTCTTAATCTTCCTTTTAATGTTACCCATAAAACCATCACTTTGTACATCACAACATACAGTATTAGAGGAATATATGAGCCAATCAGGAGCAGCATGGTGGCGCAGTGGGTAGCACAATCGCCTCACAGCAAAAAAGTCCAAAAACAAGTGGTAAAGGGGAATTAGGTAAATTATCTGTATTTGTATGAATGAGTGTGTATGGATTATTCCCAGTGATGGGTTGCAGCTGGAAGGGCATCCGCTGTGTAAAACATATGCTGGATAAGTTGGCAGTTCATTCCGCTGTGGCGACCCCAGATTAATAAAGAGACTAAGCTGAAAAGAAAATGAATGAATGAATGATTGAATGAGCTGATGAAACTAGTCTCCATTGCATGAAACAAAATAGCTCTACTTTCTTTAAAAGCAGTGTTGGGCTTCAAGCAATTTAACAATCAGCCTTTTTTAATTAATCATAATAACTATTATGTATTGAACGTATTATAGCATCGCCTCTTTGATCTTCAGTTCATGATTAAATGTCAGTCGGCTATTGATTTCAGCATGTATATCTAGCACATATTGTCAGCTCATAATTGAGACTCAGGCCTCACCGAATAAAAGGCGTGAGCGAACGTTTCCCTTCCCGCCTGCAAGAACTTTAATTGGAGCATCTCTAGAGAAACTTGGCTACACATCAGTGAAAACGCAAACGTGCAATTAGCGCACGCGTATGGAGACATCTGAGATCTCTGGACGGCCATGGAAAAATACGTGGGCTGTTTTAATGGTTTTATATAACCGACTTCAATATTTGGGCCGCGCTAGAACCCCCATCGCTATTTCTCTTCAGAAACCCCGGAGTGCTGTGTATAATCTCTTAATCAGACTTTAGCCGCCATCCAAATCGATGCGCTTTCGAGTAATTGCACAGTTTATCTCACTCACTCCTGGCCCTCCTTGGAAATAATTTCCTTGTTTTGGCTCCCAAACCCAG
Seq C2 exon
GTATCCCATCCAGTCCCCTCGGCCGGGCTGTTTCGGTGACAGGGAGGATTCGCCTGGCGTGAGGAACTACGGCACACGAGCCCCCGATGAGATGTTCGATGTGTACTGCTTTGCCAACAGTCTGCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000005783:ENSDART00000141563:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.227
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF073547=Sp38=PD(51.2=71.2),PF0019312=Xlink=PU(60.4=98.3)
A:
NA
C2:
PF0019312=Xlink=PD(38.5=84.1),PF0019312=Xlink=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]