DreINT0104479 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000068710 | nid1a
Description
nidogen 1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050302-58]
Coordinates
chr13:49753659-49757132:-
Coord C1 exon
chr13:49757020-49757132
Coord A exon
chr13:49754683-49757019
Coord C2 exon
chr13:49753659-49754682
Length
2337 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACGC
5' ss Score
10.12
3' ss Seq
GTGCTGCTTGTTATCATCAGGCC
3' ss Score
7.31
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTTTCTGTAGTCGTGGTGGATCGGCATTTGAGGAGAGAAGTGGATGAGTTTCAGCCTCAGAAACGAACACGTCTGTATGGCATCACCACAGCACATGCTCGCTGTCCTGCAG
Seq A exon
GTACGCACACACTTTATTACTCCTTATTACTGTTACAGTCATCATTATTGTTGCCAGATATTTGTGTTTCACACTTGATCTGTTCTGACAACAGGAGTTTCTTCAGGTCTTGAATGTGATCGTATGACATTATAAATGTTCTTGCTGTAAATAACAGCACTAGATTTGCATACAATATCTAGTAAACTTCATTTGACTTCTTTATTATCTACAAATGGAAATTTATCTTCGGCTTCACCTCATAATTCCATCAATATACACGTCAAAAAAAACAAATGCATTCAATAGCACAATGAACTCTGTTTTTAATGTATTTAATGGCTTGAGGTTGTCTAAAACATACAATTTTGTGACTCTTCATACATTATCTATCTATATTCTATATAATTTTGTATATCAACCAATCAAGTGATATTTTAATTCAATAATAAGTAGATGCATTTCCCTGCAATCAGCTGATTAGAGATGCTTTGAGGTTAAAATGTAATTTAATCATTAAAATTAAAAACATATTTCAATTTAGAAACATTAAAAGAGAATTTGGGAGAAAATAAAACAAAATGTATTGGTCTCTAAAATGCATTTTTTGTTGAATCTTGAATTAAAATTTTTGCAAATATGTATATATTCCAGTTATTTATAGTTATTACACATGCTTTTAAATTAGATGCGTTTTAATTATAACATTGCAAAGACCTTAAAAGAAATTTTATAAGGAAAGATGTAAATGTAAGTGATTATAGTTATGATGGCGTCTTTGGAAAAATATCTTCCATAAACGGACCCAATTATTGTTTTATTAAAATAAATGGCTCAAGTTTTTATTTAAGATGGCTGCTCTTATATGGAATGTTTAAAATAGGTTTAAATTATTCAAAAAGCATAATAAAAATTGAAAGTTGAATTTTTACAAATATGTAAATATTTTCATATTTCAGTTATTTATAGTTATTACACATGCTTTTCAATTAGTAGCATTTAATTATAACATTTCAGAGACTTTAAAAGAAATTTTATAAGGAAAGATGTAAATGTAAGTGATTATAGTTATGATGGTGTCTTTGGGAAAAATATCTTCCATAAACTGACCCAATTATTGTTTTATTAAAATAAATGGCTCAAGTTTCAGCCTATTTTTATTTAAGATGGCTGCTCTTAGATGGAATGTTTAAAATAGGTTTAAATTATTCAAAAAGCATAATAAAAATGAAAGTTAATACAAATTTACATTTGGATATAGATTTGTTATCAGAGGCAGAATGCAAACAAAATTGTGTTACTTTAATATTATTATTATTATTATTATTAATATTATTAAAATTGTTATTGTTGTTATAGTAATTATTTATTATATTATATACATTATTATACAATACTATATAATATTGCTGCTATAATAATAATAATAATAATAATGATTTTAAATAATCATTTTAAGTTATTTAGTTATTAATTAGTTAAATAATTTTTGTTATAATATATTATTATTTTTATTATGATTAAGATTGTTGTTATTATTGTTATTTACTTTATTGTATTTTAATATAATTTGGATTTTTTTAAATTATCAGATGCAAAATACAAACACAATTACAATTAATATTTAATATTATTACTAATAATGTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTATTATTATTACAATTATTATTATTTACTTTATTGTATTTGAAAATAATTTTTAAAAAGTCACATGAAGGAAAATTTAAACATATTATTATTACATTATTATTATTATTGTTGTTGTTATAATTATTATTGATATTATTATTATTATTGCTGCATGTTCTCCCCATGTTGGCATGGGTTTCCTCCGGGTGCTCCAGTTTCCCCCACAAGTCCAGGTGGTACAGGAGAATTGGGTATGCTAAAAAATGTCCGTAGTGTATGTGTGTGTATGAATATTTCCCAGTGTTGGGTTGCGGCTGGAAGGGCATCTGCTGTGTAAAACATATGCTGGATAGGTTGGCGGTTCAATCCGCTGTGGCGACTGCAGATTAATAAAGGGAATAAGCCGAAAAATTAAATGAATGAATAAATTGTTTTTATTGTAATAATAACAAAAATTATTATTATTATTATTATTGTCTTTATTGTATTTGGAGGTTTTTAGTGTTGTTATTTGATGTCATGTTTTTAATGTGATGTTTATTCAATATATTTAAAATGCTAAACTTGAAGCCATCGTTCATTAGCATATTGTTTGGGAGACAGGTGTGACCCATACAATATGCTAATACAAGAACCCTTCTCAACCTCCAAAAAGTGAGGAATGCCAGTTTGAGAGAAGTGCATTAATGTGATGTGCTGCTTGTTATCATCAG
Seq C2 exon
GCCAGAACTACTGCTCGTCCAATAACGGCGGCTGCACACACTTGTGTCTGGCGACCCCTGCTGGCCGCTCATGCAGATGTCCTGATAATGCTGCAGAACTGGGCTGTGTGGAGAGAGAATGAACAAACCAGAGAAACCTCCAGGAGGAAACACATGGCGGAGCGATGCGTTTGTCAAGTGCCTTACTTTATCCTTAACTTACAGATGCTGTTTTTACATGCAATTCTTGCCTTTAAATACAGTCATGGTGCTTTAGAAAATAAGTAAAAACAGACAGATATAAATTGTGGCCGACTTTGAAAATCTTATTTGGTAACTCTTATTTTTCAATATCTTAGATGTTTTTGTGTGCATTACGGAAACAATTGCAAAAGCACATGACTTATGGAAATTACTACAATAAGAGGTTATTTTTTTGTAATTGTCAGAGTTATGGTGCTTTAGACGATTTGAAGAAGAGAATAATAAAAAATCTAAATTGTTGGCGACTTTGAAAAGTCTATTCGATATTTGCAGATAACTCAATATTTTTATTATTTAGATATTATGTTGTTTATGTCTGTGCATAAATGAGTACAAATGCAAAAGCACATGATTTATGGAAATGACTAGAATTTAGATTTTTGTAATTTTCATAAATCATGATGCTTTAGAGAATTTGAAGAATAAAGAAGCTAACAAATATAAATTGTTGGCGACTGAACTTTATTTGAAATCTCTAGATCATTTTTTTTAATTTTCTGTTATTATTATTATTTTAAGTTTTTATTTTAGTTTTTCAGTGCATTAATGAGTATATTTGAAAAAAAAACACGATTTATGGAAATTACTAAAAGGAAATGAAATATATTTTTTAGTAATTTTCACAAATTATGATGCTTTGGAAAGTTTTAAGTAAAAAACAAAACACAAATATAAATTGTTGCCGATTTTGAAAATTTTGTTTGATATTTCCAGATAACTTTTTTTATTTGAGATGTTTTTGTGTGCATTAAAGAGTACAATAAAACATGATTTATGGAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000068710:ENSDART00000133308:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF146701=FXa_inhibition=WD(100=68.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]