DreINT0105444 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000052094 | notch1b
Description
notch 1b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-990415-183]
Coordinates
chr5:65034230-65037151:-
Coord C1 exon
chr5:65037032-65037151
Coord A exon
chr5:65034383-65037031
Coord C2 exon
chr5:65034230-65034382
Length
2649 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACAA
5' ss Score
6.82
3' ss Seq
CTTCTTTTCCGTACTTGTAGGCC
3' ss Score
9.59
Exon sequences
Seq C1 exon
GCGAGAACTGTGAGACCCTGTTGGCCCCGTGCGGCTCTAAACCCTGTAAGAACGGAGGCGTTTGCAAGGAATCGGAAGACTACGAGAGCTTCTCTTGTGTGTGTCCTGCGGGATGGCAAG
Seq A exon
GTACAAGATCCACACACATACAAGCAGGATGTATTGTGCTAGCCTCAGTATTGTGTATAAGGTCTTGGCTCACTCGAAGTGCCCCCTGGTGGACTGGAGCCGAGACTTACTTAATACGTGAAGATACACAGAGAATTCATCAGTGTTAATTTTTGGGTGTTAAAGCATTTCAGAATAAAGTGTTGAAATTACAGAGTAAGATTTTGATAAATGAACACAATCAGAGTTCAAAGCTGATTTGATCCAGAGTAAAATCAAGGAGTTACAGGTAACCAACACTTGATGGTGTTATATCCAACATTTGCTAGACAAAAAAATCTTATTGAAACATTAAAGTCATGCCATTTTTTTTAAATCCTTCAGTCTTAAAAAAAGTGTCAATTTGTAAAAAGTGTCAATTTTAGTGCTGCTGTCCAGTGTTAACATGTTTTTGTTGATAGAAATGACTAATAAAATAATTATGATTTATTTTTATTGCCATTCTTGGAGAACTGTCCTATTTTGAAGCTATTTTAACTATCAATTAGGAGTATTGTAATGTTTACTATGTAGACTAGAGTTAAATTCTCTCTGTCAAAGTGTTGAGTCAGGGAAAAGTCAACTCCCAGTAGTGTAGATCAGAGTTATTTTTCAGCTCAATACAGTGTAAATTTAACTCACTTATAGTGTAATTTAGCTAGAGTTTAATTCTTTCTGTTAAAGTGTTGAATTTTCACTTTTTATACTAGAGTCAGGGAAAAGTCTACTCCCAGTAGTGTAGACCTGTAACGTCGGGGAGTAACACCACAACAGAAGGTAGGATCCAATATGCAGGTTTATTCAGTCAGGCAAGCAGTGGTCAATACGGGAGCAAACAGGTATGAGAGGACAATCTAGAATCGTAGTCAGTTTAACAATCAAGAGGTCGAAAGGCAGGCGGCAGACAAGAATAACTAAATAAACAAGACTAGGTTCAAAACACAGGAAAACAAGACAAGGAAAACGCGTTGTAATGCTACTTTACAGTGAACAAGACTCGGCAACCTGAATGAGTGTGTGTGCTGCTTAAATACTGTGTGTAATCAGTCTTGAAGCAGGATCAGCTGTGGGATTCTAATTAGTGGAGACTTGGAGCAGGTGTGTGTGTGGCATGATTGAATATGTAGTTTATCAGCAGATTTGTAGTCCTAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGGTGTGTGTGTGTTTACCAGCAACATCTGGTGGTTGTTCACTGGTGAACATGACAAGACCAGAAATATTTTTTAACTCGATACAGTGTTAACCCATTTATAGTGTAATTTAACTAGAGTTAAAATCTCTCTGTTAAACTGTTGAATTTTCACCTTTTACACTAGAGTCAGGGAAAGTCAACTTCCAGTAGTGTAGACCAGAGTTATTTTTCAGCTTGATACAGTGTAAATTTAACTCATTTATAGTACATTTTAACTAGTCAAATTATCTTTGTTTAAGTGTTGAATTTTCATTTTGTTTTAAACTAGAGTCAGGGAAAAGTCAACTCCCAGTAGTGTAGATCAGAGTTATTTTTCAGCTCGATACAGTGTAAATTTAACTCATTTATTGTGTAATTTAGCTAGAGTTAAATTCTCTGTTAAAGTGTTGAATTTTCACTTTTTACACTAGAGTCAGGGAACAGTCTACTCCCAGTAGTGTATAAGTAGTGTTGACCAGAGTTATTTTTTGACTCGATACAGTTTAAATTTAACTCATTAATTGTGTACAATTAACTCTCCCATGAGTGTTATAGTGTAATTTACCTAGAGTTAAATTCTCTCTGTTAAAGTGTTACATTTTTACACTAGAGTCAGAGAACAGTCAACTCCCAGTAGTGTAGATCAGAGTTAAATTTCACCTCGATACAGTGTAAATTTAACTCATTTATAGTGTAATTTAACTAGAGTTAAATTCTCTTTGTTAAAGTGTTGAATTTTCACTTTTTTACACTAGAGTCAGGGAATAGTCGACTCCTAGTGAAGACCAGAGTTATTTTTAACTCGATACAGTGTAAATTTTACTCATTTATTGTGTACATGTAACTCTCCCAAGAGTGTTAATTTAAATCTGAAAATATTGGGACAATGTTTACTCATTTGGAGCTGGTTTTAACCTTGATAGAGTTCAAATAACACTGCTATTCTGTGCAGTGTATACAAGCCTTGAGTGATACCAAGTACATTAATGTGATAAAGAGCACTACTGTGGAATAATACCTTGCAATTAAATTAGCCAATTGGAAAAAGGTAAAAGCTCTGGTTGCCAGTTAGTGTCATACAACACACACTTTTAATTATGCTGAAGCTTTTGTGTTTTTAGCACATTATTGTTGTGTGAGTTTTAGAAAGTCATACAAATGTTTCCATTTAAAACATATGTCTTAATTTAATAAAATAAAAAAAATATGCACATTATGTTAAATATTTTTGTTGGGTAATAAATGTGCCATATATGGACTATAAAGTATCAAAACAAAAATGACAACAAATTTTACATTTATTTTTTAAATGGCATTATTTATGTTTTTAGATTTTAATGTTACAACATCATTGTATCAACATCAAACCTGCAGATATTTAAAAAAGCAAAAAAGTCTATACTCATACTTCTTTTCCGTACTTGTAG
Seq C2 exon
GCCAAACATGTGAGGTGGACATCAACGAGTGTGTTAAAAATCCTTGCCGAAATGACGCCATCTGCCAAAACTCCATTGGCAGCTACAAGTGCAGTTGCAAAGCGGGCTACACGGGTCGCAACTGTGAGACAGACATCGATGACTGCAAGCCCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000052094:ENSDART00000130888:16
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0000822=EGF=PD(6.5=4.9),PF0000822=EGF=PU(90.9=73.2)
A:
NA
C2:
PF0000822=EGF=PD(6.5=3.8),PF0764510=EGF_CA=WD(100=73.1),PF0000822=EGF=PU(9.7=5.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]