DreINT0105902 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000018721 | npnt
Description
nephronectin [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-090312-201]
Coordinates
chr1:49520858-49527403:+
Coord C1 exon
chr1:49520858-49520977
Coord A exon
chr1:49520978-49527268
Coord C2 exon
chr1:49527269-49527403
Length
6291 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTACGT
5' ss Score
7.7
3' ss Seq
CTTGTGTTTGTTTTTTGCAGATG
3' ss Score
11.86
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGCCCGAACTTGCAGCATGGCGAACTGCCAGTATGGCTGTGAGGTAATGAAAGGAGAGGTTCGCTGCCAGTGCCCGTCTCCAGGTCTACAGCTGGCTCCAGATGGCAGGACCTGTGTGG
Seq A exon
GTACGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTTTTTGTATGTTTATTTGTGTGTGTGTGTGTGCACATTATCATTCCTCCATACTATAAGCTAGTAAAGTGATGCTATCTATAAAAAATAAAAAAAATAATAAAGCAATAATAATAATAATAATAATGGCGATGTGGTAAAGCAGTGGGTGTTGTCTCACAGCAAGAAGGTCGCTGGTTCGAGTCCAGGCTGGGTCAGTTGGCTTTTTTGTATAGAGTCTGCATGTTCTGCTTGTGTTGGTGTGGATTTCCTTTGAGTGCTCCGATTTTTCCCAAAAGTCTCCCCACAAAGACATGTGCTATAGATGAATTGGGTAAGCTAACATGGCCGTAGTGTATGAGAGTGCATGGGTGTTTCCTAGTACTTGGTTGCAGCTGAAAGGGCATCCGCTATGTTAAACATATGCTGGATAAGTTGGCGGTTCAATCCGCTGTGGTGACCCCTGATGAATAAAAGGAATACGCCGAAGGAACATTAATGAAGAAATGATAATAGTAATGCAATTATTACACACATTAGAGTTGATAATAAATGCAACTCTCTCAACAAAATATTCCAAAATGTGTCAATATAATTATAATTAAATATAAAATATTTATCTTTTATTATTAATATTGCATTGTCAAGCATTCTGTATGCAAGTAAAATAACTTTAGCAGTATATAATGTTGTAATAATAGTATGCAAATGTGACATTTAATATGCAAATGGGTATTTAATATAATTATTTATTGCCAATAACTATTAGTCACAGAATATTTTATTTTGTCACATATTATAATAATCTTTTAATATATTACTAATGTAATAATTTTATTTTCTTTTATATATGTGTCTTATGTGTTCTTCCCTATTTACTTAATGATTTTGTGGCAAAATTAAGTTTAAAATAAATTATTTAATATTCATCTATTTATTTATTCATTCATTTTCTTTTTGGCTTAGTCCCCTTATTAATCAGGAGTCACCACAGTGGAATGAACCGCCAATTTATCCTGCATATCTTTTACACAGAATACGGCTTTCCAGTTGCAAGCCATCACTGGAAAAAACACATACTCTCATACACTACGGACAATTTAGCTTATCCAATTCACCTATAGCGCATGTGTTTAGACAGTGGGGGAAACATGCCAACTCCACAAAGAAATGCCAACTGACCCAGTCAAGACTCGAACCAGCAACCTTATTACTGTGAAGTGTCAGCGCTATCCACTGCACCATCGTGCTGCCCTTATTAAATATTAAGGTCCCACTTTATATTAAGTGTCCTTAACTACTATGTAGTTGCATCAAAAAATAAATACAATGTACTTACTGTGTTCATAATGTATTTGAGAACACTTGTGGTGCTCTTGAGTTGGGATAGAGGTTGGGTTATGGACAGGTTTGGTGGTATGGGTAGGTTTAAGGGTGGGTTAAGGTGTAGGGAATGGTCAGCAGTGTATTTACAAATGTAATTACAGAAGTTAATTACAGATGTAATTACATACAGGTATTTAATCAAGCATAAGTACACAGTAAATACATGTATTTAATAAGTACATTGTAACAAACTATTAATTCCTGTGCAAGTAAATATTAGTTAAGGCCACTTAATATAAAGTGGGACCAATATTAATAATAAATATATTCATTTATTGTTGATATACATAATAAACAGCCACATTACAATATTTTTCATGCAATTAAAATGTTTGAATATATTAAAGATTTTAAGTTATTATTCATGAGATCTTTTAATGAAATATCATGCCAGGAATGCTGTTTCCAGCTAGCATGAATGTATTTCTTTAATGCACTGTTAATTGCTGCAGGTAAAAGCATCTTCGTGAACATTAACAGATGAAGAATTCAAGCAGAAATAAAAGCATTAAATAATCATACGACCTCTTCAAGTCAAGAGAAAAGAGAGCTCGATCTGTCTAGCCATCTCTCATATGTGTGAAATAATGTTTCATGTGGCTGTCAGAGGAGATGAAAAACCTTTGCAATTTAGACATGTCACAAAACACAATGGCTTTTGTTCACAAAGGCAAGCTGTAAAGAGCAGCCCAGGTATTAAGACTTCTATAGCATAATGCTGACATAATGATGTAAAAGAAGTCTTTTTCTGAAATATGTTGTAGAAAAACCAACGACAGATTCACATTATTGAAAATGTGCGTTCCCTGTCCAAATGTCTGTCTCAGTTTCGGTGTATAAAGTTGAAACCAGAAGTTTACATACACTCTAAAAATTGAACTTTTTTATTTTTTTTTATTTCTGATTTTCTGATTTCTGATTGATTTTTACATTTTCTGATGGTAAATCATTCTAAACGTTTGCTATTTTAGGTCTGTTAGGATTACCTAAATCATTTACATTTGCTAAATGCCAAAATAATGAGAGATTTTGTCAAATTAATTTTTAGACAGTCAAAAGTTTGGTCAAATGTTTTGGGTATCCTTCCGCAAGCTTCTCACAATAGTTTGAAGGAATTTTTCCTGACAGAATTGGTGTAACTGAGTCAGATTTGTAGGCTGTCTTGCTTGCACAGGGCTTTTTTAACTCTGCCCCCAAATTTTCTATAGGATTGACTTCAGGGCTTTGTGATGGCCACTCCAAAATATTCACTCTGTTGTCCAGAAAGCACATTTGAACTAATTTGGCAGTATGCTTAGGGTCATGGTCTGTTTGGAAGACCCGTTTGTCGCCAAGTTTTAATTACCTGGCTGATGTCTTGAGATGTTGCTTCAGTATTTCTACATAATGTTCTTTCTTCATTATGCCATCTATACTGTGAAGTGGGCCAGTCCCTCCTGCAGCAAAACAGCCCCACAACATGATGCTGCCACCCCCATACTTCACAGTTGAGATGGTGTTCCTTGGCTTGTAAGCTTTCCCCTTTGTCCTCCAAATGTAACTGGTCATTATGGCCAAACAGTTCAATCTTAGTTCCATCAGACCACAGGACATGTCTCCAACAATTAGTCTTTTCCCAGTGTAATTTAGCTAATAGTCATCTTTTTTGTTGTTGTTTGTTGTTGATTCTGGCTTGTTGATTTTTCTATGTTGTCACACAAGGAAGCAGTGTGTTTGAGGTTTTTCTTAAATACTATTGTACAGTTGTGCCTCCAATGAACTCAAATGTTGTCAATTAGCCAATCAGAAACTTCCAAAACCTTGACATCATCATCTGAGCTTTTTCAGAGGCATAATAATCTTATTATATGTAAACTTGACTTTCAAGAAAAATTAAAAAAATTTCTCAAAAAATCTCTCTCCCATTATTCTGCTATTAAGCATAACAGAAACTAATTTACTAATCCTAACTTACCTAAATGAATTAACACATCAACATCTGACTTTTTTAAAATGGTTTTTGCCTTTTTCATACAGTGTATGTAAACGTCTGGTGTCAACTGTATTAAGGCTGCAACTAACAATTATTTTTATAATTGATTAATCTGTTGATTATTTCTTTGATTAATCGATAAATCGGATTTAAAACAAAACAAAACAAAACAGGAAAAGCATTCATTTCCAACCTGTTATTAAGAAAAGGCTCATCTCTGAGCTGTTATATTAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAAAATAAAAACTAAAGAGTTATGTTCAGTTTTCAACCCAAATGTCTAAAAAAAAATCAAGATACATACTAGACCAGGGATGGGCAAACTTGATCCTCAAGGGCCGGTGTCCCTGCAGAGTTTTGTTCCAACACTAGTCAAACACACCTGAACAAGCTCATCAGTGTCTTCAAGATCACTAGAAATCTATAAGCAGGTGTGTTTGATTAGAGTTGGAGCTAAACTGTGCAGGACACCAGCCCTCCAGGACCGAGTTTGCCCACCCCTGTACTAGACACATGAAATAGCTTAAGAAATTATGTCTTGTTTTCTGAAAAAAACACCTTAAAATATGTTATTATTTGCTTAAAACAAGCAAATTTATTTGCCATTGGGGTAAAAAAAATAATATATAATTAATAATATATAATCTCAAGCATCACTTAATTTTCTCATGTCATTTTTTTCTCTAGAGAACAGGTGTGATTTACTTTTTTAAACAAAAACGATGTTCTAGAATCAACAGATGTTAATCCAGGATCGCACTGTACTTGGCAAATTCATGATGTGCAGCATACATTGTGCTGCTTTAAGCCATACACGTCTCAATAATCAGGGTGCCCTTTAAGGGTCTCAACAGTCCTTGACAACAGAGCCTGCGCTTTATTCTGTTGATATGCTAATTACACTTTAGGTGCCTGGAAGTTTGATTATGGCATTCGTTAATTACTGCATTAATGACCTTCCATCGCCACAGAAACCAAATCCAACAGAAATATTCAGAGGAAGCTCGTATTCAAATTTAAAGGGGACCTATTATGCAAAAATCACTTTTATAAGGGGTTTAAACAGTTGTGTGGCAGCAGTCAATGAATATAACCAGCTCCTAATGATAAAAAATGTATTAATTTTACTTTTTATAATCACACTTGATAAAAACAGTCCGCAGAAACACTTTGATTGACATTCTCCTGTTATACGTGTCATAAGAGAAAGAGAGCTCCGCCCATTAGTGACAATTTCACCCTCATTAGCAAAGGACGTTAGCTTTGTTTTTGAATCCACCACTATGCTGACACAAAGGCATGTGTAGCTCCGCCCTCTTTTAAAAAGAGTACAATCTCATTTGAATTTAAAGAAACAGTTACCAAAACAGCACAATTACGATTTAAGCCTAAAGGGGGCAGTTTAAAAGAGTTATAAAACATTATGTGTGCCATATATTGAGCTGAAACTTCACATGCACACTCTGGGGACATCAGAGGCTTATTTTACATCCTAATTCACAAATGGAATTCGGCTAATTGAGCAAGTTAACCTGCGCCACTTCACACACATACATCTTCAGAAATCAACAGAAACATTCGAAGGAAGCTCATATTCAAATTTAAAAGGGAAACTATTATGCAGAAATCACTTTTATAAGGGGCTAAACACAGTTGTGTGGCCACAGTCTGTGAATATAACCAGCATAAAATAGGAAAAATTTATTAATGTTGGCTTTTATAATCACACTTGATAAAAACAGTCTGCAGAAACACTTTGACATTCTTCTGTTATACGTGTCATAAGAGGGAGAAAGCCCCGCCCATTAAGGAGGATCTCACCCTCATTAGCATAGGACGTTAGTCTTGTTTTTGAATCTGCCACTATGTTGACACACAGGCATCTGTAGCTCCGCCCTCTTTTGAAAAGAGCACAATCTCATTTGAATTTAAAGCGACAGTCACCAAAACAGCAAAATTACGATTTAATGCCTAATGGGGCAGTTTAAAAGAGTTTAAAAAAACATTATTTGTGCAATATTTTGAGCTGAAATTTCACATACACACGCTAGGGACATCAGAGGCTTATTTTACATCCTGTAAAAAGTGGTCCCCTTTAATTAACAAATGGAATTCGACTAATTGAGCGAGTTAACCTGTGCCACTTCCACACACATACCTCTTCAGAAAATCTTCCCCCTTTTTCTGGAGGCAATGAGTGCAGAAAACTGTGTTTTTTGTTTTTTTTTTACTGGAGGACCATCAATCAGAGACTGACCATCTTAATGCTTCACAGCACAGGTGTTCAACTCTTCAGGTATTCCAGCAAGGACATTTATTGCTCCGAGGAGGGCAGCTCCTGTCAGATGGATGTCTGTACATGCAGACAGAAGTGTTAAGTTTGCCGCTCGCTGCTCTCAGACTCATGCGGAGCGCTGATGTATGTCTCACTTTAGTTTAAGACAAGACACTGCAGGTGAATGGCGGGAATATAATAGTTAAATTAGTCAGATTTCCCAGGCTACGTTTAAATATGCAAATCAGACATTGTTGAATGAAATATGCACCATTTATCGTGAAAATCTCAACAGAGAAACATGTTCAAGTTTTTAATTGTTTAAAATTATACAGTGAATGGATTTATGCTACAAAGAGACTCCCCAAAACTGTGTTGTATAATTAATAATGTATACAATTGAAAATGATTAGCCCTCGTGTGAAATTTTAATGTTTTTAAAAAATATTTCCCAAATTCTGTTTAACAGAGAGAGTTAACACATTTTTCAAACACAGTAGTTTAAATATCTTATTTCTTTTGTTTTTGCCACATTTACAGTACATAATATTTGATCAGTACATAATCTTGTGTTTGTTTTTTGCAG
Seq C2 exon
ATGTGGATGAATGTGCCGCAGGTCTTGCTGTTTGTCCCCGTTTCCGGAAGTGCATCAACACATTTGGGAGTTACATCTGCAAGTGCCATGACGGCTTTGACCTTCAGTACGTCAATGGGAAATATCAGTGTACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000018721:ENSDART00000018469:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0764510=EGF_CA=PD(8.9=9.8),PF146701=FXa_inhibition=PD(92.7=92.7),PF0764510=EGF_CA=PU(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF0764510=EGF_CA=WD(100=95.7),PF0764510=EGF_CA=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]