DreINT0106772 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000060025 | nsmfa
Description
NMDA receptor synaptonuclear signaling and neuronal migration factor a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-091204-32]
Coordinates
chr21:13377028-13383304:-
Coord C1 exon
chr21:13383215-13383304
Coord A exon
chr21:13377156-13383214
Coord C2 exon
chr21:13377028-13377155
Length
6059 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACAGTGAGT
5' ss Score
8.34
3' ss Seq
GTGTTGTGTTGCTGTGACAGGTG
3' ss Score
9.12
Exon sequences
Seq C1 exon
CATTTGCAGAGCGCAGGGCGAAGAGTTTCAACCGATCCTGGAGCGATCCAACCCCTGTCAAACAAGACTCTCTAACCGACTCAAAAGACA
Seq A exon
GTGAGTCCACCTGTACACACACACACACTCACACACACACACACACTCACACTTAGAGTTCCCATATCTCAAGATGACTACATAACATGCGGGAAAACTCAACATTAGTTAGTTGATAAGCAGTTGTCAGTTCATATCTGATTATTTGTGTATCTGATTGGAATCTGATCTAAATGATTGACAGTTCATGTTGATCTTTTGTTTTATAGAATATCGACATGATTTTCTATGGCATTAAATAAGTATTTTATTGGTATTACTAACTAAAATTCAACGACAACAATGGTTGCAATATACAATACCTGACAAAAGTCTTGTTGTCAACCCCAGTTGTGAGGGCATCAAATAATATAATTTGGTAAAGTGGCAGAAGGTAGATCTTTCTGATAAATCATCTGTTGAACTGCATCCCAATCATCACAAATACTGCAGAAGACCTTTTGGAACCTGCATGAACCAAGATCCTTATCGAAATCACCAGACATGAACATTATTGAGCATGTCTGGGGTAAGATGAAGGAGGAGGCATTAAAGATGAATTCAGGGTGTCTTGATAAACTCTGGGAGTCCTGCAAGAATGATGTCTTTGCCACTCCAGATGACTTTATAAATAAGTGATTTGAGTCATTGCAGAGATGTATGGATGCAGTCCTTCAAGCTCAAGGGAGTCATACACAATATTAATTCTTTTTCCACTGAAGCATGACTTTATATTCTATACTGTACATTATTTCTATTTAGTGACAATAATTTAGTTTAAGAAAAGTCAGACCTTACTTTCCTAATTAAATAATTATAAATCAAGGCATGATTATATTGTATTTTGGTAAAATAAGCATTGTCTAGAAGCCTTTGACTTTCATATAAGCGACTTCTGATACCAAATGATCAACTAGAAGTCAAGTTATTATTTGTTGTTCCTAAAACTTGGATAGGCGACAAGACTTTTGCCAGGTGGTGTACATGTCCTACAACATGACAAAATATCATAGTTGTGCTGGATTATTGTCATATAAGGGGATCACAAAAAATGTAGCATTCAAAGTGTTGTGTTGTAGAACTGTGTTGTGATATCTTTTATGATTTTTTTTTCAATATTAAACAATGTTTGAGATTTAAACAGTGTTTTAGTGCTGGTATCTTGGCTAGTTTAGGCCTTACGTGGATAAGTCATTAAAACACTAAAACCAGTGTCATATAGTGGCAAGTCATGTCTTAATAAGTGATTCAAAGAGTAATTCTTTTAAAAAAATGTAAATCACTGATTCATTAAGTAATGTCACTGTCTTGAATGGATCATTGAATCATTCTCAATATGTGTTTCTATTTTCTTTAGTTTTTAGATAATGTAAGGTCACACATCTCTAAAACAGCAATTATGAGATTATTGGATATGATATACAGTTGAAGTTAGACTTATTAGACCACCTTTGATTTTTCTTTTTTTAATCTTTCTCAAATTATGTTTAAAAGAGCAAGGAAATTTTCACAGTATGTCTGATAATATTTTTTCTTCTGGAAAAAGTCTTATTTGTTTTATTTCAGCTAGAATAAAAGCCGTTTTTAATTTTTTAAAAGCCATTTAAAGGTCAAAATTATTAGCCCCTGTAGACTATATTTTTTTCTGTTAGTCTACAGAACAAACCATCGTTATACAATGCGTTTGCCTAATTACCCTAACCTGCCTAGTTAACCTAAATAACCTAGTTAAGCCTTTAAATGTCACTTTAAGCTGTATAGAAGTGTCTTGAAAAATATCTTGTCAAACAGGGGGCTAATAATTCTGACTTCAACTGTAAAATTCTTTTCTTTTTTTTTTTACAAAGGTTGTGCTATGTGTAACGTGTTTTGAAGAAATCAGTCAAATTGAGCTGTCAGAATAAACTGAAATCTAATTCAATAGTTCACACTTAGATATTGCATGTTGCTATTTGCAGATTTTGCATGCTGTCCCGGGAGAGAACCCTGAGCTTGGAGATAATCAAGCCCAAGGCTCCTGCCTGGTCAATTAGCACATAAGGAGATCATATCGAGAGCTCCTGGTAAAGGGAGGAAATGGGGTGGAAGAGGGTTTCTTCCAAAATAAAGCTAAAGCAGTAGGGGGAAATCAGTCTATTTATTGTATAGGCTTCAATCAGTCTGATTGGATTATTGCTGATTACAGATGAGAGGCCAGTCACGATCAATCACATGCTTCTCTTAAATTAGTTTGTAAAACTTCACTAAATGTGATTCGAAAAATATTCCAAACCACATTCAGTATGAGTGTAGGATTTGTACATTTCTTTTGGTTATTAAGCGCTTGATAAGTATGATTGTACTCCATCCAGATATGCACAAAAATCTGATATGGATTTACAGTCTAAGCAAAGGTACATTTACACTACTGTTCAGAAGTTAAGGGTCAGCAAGGGTTTATAAATGTTCAACTAAAATTAAGCACGTTTTGCTTACCAAGGCTGCATTTATTTGATCAAAAACTTAATATTAGAAAAGAAATTAGGCAATTAGGTAAAATATTATTATAACTATACAATGAAATTGTATTTTAATATGTTTTAAAATGTCATTTATTCCAGTCATTGACATATTCCATGTCAAAGCTATATTTTCAGCCTCACTACTCCAGTCTTCACTCCTCGGCAATCCAATTTGCTGGTTTGTGGTTAAAAAACATTTAATAATAATAATAATAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAATTATTATTATTATTATTTTTTTTAAATTACAAATCTGCTTAATATTTGGCGACAGGGTGGCGCAGTAGGTAGAGCTGTCGCCTCACAGCAAGAAGGTCGCTGGTTCGAGCCTCGGCTGGGTCAGTTAGCATTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTTCCCGCATTCACGTGGGTTTACTCTGGGTGCTCCGGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGCAGTTCAGGTGAATTGAGTAAGCTAAAATTGTCTGTTTGTGAATGGGAGTGTGTGAGTGTTTTCCAGTGATGGGTTGCAGCTGAAAGGACATCTTCTGCATAAAACATGTGCTGGATAAGTTGACGGTTCATTCCGCTGTGGCGACCCCAGATTAATAAAGAGAAAAGAAAATGAATGAATGAATGCTTAATATTTCTTAAAGTAGATACTTTAAAAAGCATACTTTTCTGAATTCTTTGATTAGAAAAATCTAAATTATTTTGAAATAGCAACATTGTAACTTTACTATTACTTTTTTTAAAATTCTTATTTTATTGAACATTTTGATTTTGAACTAAGCCCGAGATCCACCCAACAAGATATGTAAAATAAAAATAAAAAACAGTAATATCGTATTAATAAGTACAAAATCAGGATTGAAATATAAATGATTCAGTCTCTCTCATATTTGACCAGAGTTTTTTTTTTTTACTGGCTTCATTGATTTTGGCTGTGGTGTATTCCAGACTAATAATGTCCAGTAGATAGAGCCTCCAGGATAGATCAGTTGGAGCAGATGGATCCAGCCATAGTTTCAGGATACTTTACTGTTACTTTTGGTCAATTAAATGCATCTTTGCTATTTATTTTCTTTGGATTTCTTTTTTTTTCTTTCTTTTTTTAATCCTGCCCCAAACTTTTGAACATTTTACATAAAGATAAAACTCAATCCCCAGTAGTCAGAGGTGTTGTTGTACAGTCTGGCAGTGTTGAAGCTGATGCTGTTTGTCTGTGTTCCTCTGAGCTTCTTCTGTCCCGAATCTGTGCCCCTCTCTTTCTCTATCTGTGAGTATCTGTCCCGCCTGGAGCGTCTGGACTCTGGAGACACCACTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGCGAGTGTGTGTGTGTGCGTGTGTGCGTGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAATTCTGTGTCAGCATGTTAACTGTGTACAGTAGTTTGTCTTTGGACTTATTTTTGTCTTCATGTTTGTTTTTGACACCTGTGTCTTCGGGGAGCGTGGTGAACGATTGTGAACATTTGACTTACAAGTGTAATATTTGTGTGTTTTCTCTGTCTGTTTTCTCTCTCTCTCTCTTTGCAGCTGGAGTTTTTCTCTGCTTTTTAATCTCTGTCGCATTACAGTCTCTTGTTACAGTTTAATATTTATACGCTATAGTTATGTATTCAAATGGACTGCAGTCAAACAAGTAATTGGGGATTCATCATTTATTATTTTATAATTGAAGTTAAGAGGTTTGTTTATCAGTTAAAGGGTCAGTTCACCCAAAAATGAAAATGCTCTCATCATGCTCTCATCATTTTCTCATCATTCCAAACCCCTGTTGTTTTTTTTGTGTGGAAATTGTTTCAAACACCGGCTATTTAGTTGCTGGACAAGAAGGACAGCTTTTCTGTTAATGCGCAGCAGTTACAATGAAAAAAAAACAAACCTTTCTTTTTCTTTGTAATTCAAACAAGATTATGAGTGTTTGTTTTTATAGGCCTATAATGTTGATTATGAGTGTATTGTTTCTTGTCAGTTATTATGTTACTTTTTGCGCAGGTTTTACTTATTTGAATATCATTTTATTATGTTTTTTTCCCTTTAATTTAATTAAAAATATTAAATTTTTACTTAATTTAAATGAACAGTTAAATTTAATTTAAAAAACATGTAATTTAAGTTAAGAGAATTTTTACTTTCTAAAATGATGGAAGTATATTGCACAGTTTAAGTCAATTATTAGCCCCACTTAGATTTTTTTTTTCCTTTTTTAATTATTTGCTAATTGATGTTTAACAGAGCAAGTACATTTTCACAGTATGTCTGATAATATTTTTTCTTCTGGAGAAAGTCTTATTTGTTTTATTCCAGCAAGAATAAAAGCAGTTTTCAATTTTTATGAACCATTTTAGGGTCAAAATTATTAGCCTCTTTAAGCTATACAGGTACAGTGTTTTTCGACTGTCTACAGAACAACACTGTTATACAACACTGTTATAAAATAACTTGCCT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Seq C2 exon
GTGGAGAGCTGCAGGGCACCTGCTGCACCCCAGATGAGGCCAGATGTGAAGACATGGACTGGGAGGAGGAGAGAGAGATGGAGAGACTGGCCTGTGAGGGAGACGACTTTATCCCTCCCAAAATTATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000060025:ENSDART00000139568:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.774 A=NA C2=0.314
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF142521=DUF4347=PU(1.4=4.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]