DreINT0106968 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000022531 | ntn1b
Description
netrin 1b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-990415-168]
Coordinates
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Coord C1 exon
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Coord A exon
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Length
37241 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCGGTGAGT
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Exon sequences
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Seq C2 exon
CTTGTCACTGTAACCTACATGCCCGCCGCTGCCGCTTCAACATGGAGCTGTATAAGTTGTCAGGCCGCAGGAGTGGAGGAGTCTGCCTGAACTGCAGACACAACACCGCCGGACGCCACTGCCACTACTGTAAAGAGGGCTACTACAGAGACATGAGCAAGGCTATATCACACCGACGTGCATGCAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000022531:ENSDART00000039482:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005512=Laminin_N=WD(100=68.7),PF0005319=Laminin_EGF=WD(100=15.9)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]