DreINT0108821 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000040482 | osbpl3b
Description
oxysterol binding protein-like 3b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-090109-1]
Coordinates
chr16:21548156-21558786:+
Coord C1 exon
chr16:21548156-21548263
Coord A exon
chr16:21548264-21558648
Coord C2 exon
chr16:21558649-21558786
Length
10385 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGGGT
5' ss Score
8.56
3' ss Seq
TCTGACTTCTCTTAATACAGAAG
3' ss Score
5.03
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTGTAACGCAGAACGCTGAGCTGAGAGAGCGACTGTGCAAGATTCATGCAGAGTCGCACATCTCTGAGCCCACTGTGCATATAAACCTCAGCCCTGGCCCCCTGCAG
Seq A exon
GTGGGTCTGGGAAAAATGAAAATCATTACCCCCTCACTCCACTTCCATTATCTAGATCAGGGGTGCATTTCCCAAAACCATTCTTAGCCATCATTGTTACACATCCCATTCTTACCTACATAGATTGGCAATTCTGTGTCTTTAAAACTACATAATTCCAACAAACAGCATAACAAACTTGATTAAAAGCTTGTCATTAGAACCACACATATGGACCAAAGGGATAGTTCACCCAAAAATGTAATTTACTTACCCTCAAGTGGTTATGAATCTGTATGTGTTACCTTATTCTGTTAAACACAAAAGAAGATATTTTGAAGAAAGCTGAAACTCTGATTTCCATAGTAAGAAAAACAAATAGTATTCACGTCAATAGTTACAGGTTTCCAGCTTTCTTTAAAATGTATTTTATGTTCACTTTTGTGTTCAACAGAAGAAAGAAACTCAAACAGGTTTGAACAAGTAAAGGGTTAGTAAATAATGACAGAATTTGCATTTTGGGTAAACTACTGCTTTAAATCAGAGATGCCTAAACTAAGGCCAGCGGGCCAAAGTTGGCCCATGGTAACCTTTATTTGGCCCACCATGCCGTCTGAGAATGGTTTAGAGGATGTTGTTTCAAATTTAACGTAATCTTATATTTGCTTGTTTTATTGTTAAGCTACAAGAAAAAAATGTATCTGAAATTAAATGTTTTAATGTAAACGGTGAAAATTATTTAGAGATGCTCTGATCCAGATACTTGGATCGATCTTGCACATGTGCTGTATTAAGTTAAATTTGTTTAATTAATAAGCCAACAAAAACCCTAAAGGTAGCCTATTATAAGGGCCTAAAAATGTGTCATGTAGGCCTACTATATCCAAAATGTCATTCTACAGTTTAAAGTGAAGCACAGATGAATATACACGTGGTTAAATTCATGTTTAATTCAGCATTTCCCTCCGCTGCACCTGTCAATCATTCTCCATTCATTCCCAATTCAGACTGCGTGTTTCGTTCATGACAACACAAAAAACTTTCTCCAAGACTATTTGTTCCTATTAGTTTTAATAATCAGTGGAGAAATGCATTTAGCTTTGCAATGAATGGGTTCATTTTGACTTGCAACAAGGCGTTCATTGCTTTTTCTAAATCATGTTGCGCTGTGTCTGCAGCAGATCGCATTTGCAACACTGGAGTTGAGAGGGTTATTACCTGCTCTTCACACACAAAGTAGGCCTACCTAAATTTTTTAATTAGAAAAAGCTCAATGATACATTGGACAGATCCTCAGTGCACTGATTCCTTCCCTTTGTGCTGCTATGTTTTGAAAGTGTTCGCAGATACCCGAGGGCGCGTATACAGGCTGATCAATGTCATTGCGAATGCTCAAATAATGTAGGTTAGTTTAGGTGAGCAAATCAAGGCAAAGGCAAATTCTGCTTGACTAATTTATTCAGCATTGATTCCACTGATTCCACCATAAATGTGACTAATTATGTTTTTATTACAACAAATTCTAATTGAAAAAAATATTCTGCATTAGTTAATACTATTCAAAGTATTTTTTTCTATTTCTAATGAATTAAAAAATTACCCATGGCAATTTTATCGTAAAATAATTTGGTATATTTATATTTGGTCCACAGATATCAGTGATATTTAGATTTGGCCCTTCTTACAAAAAAGTTTGGGCACCCCTGCTTTAAATAGGCAATGAACAAACAAACAAGTATGCTAACATGCAGTATAATAACTATCTTTGTTCATTTTGTATATTTAAGTTTGTTTAAAAAATTAAGCACAGTTTTAAACCCCAGTGTGACTTCAGGGAATGCACATAATAATCTAAGAGAATAAAATTGATAAAGCAGTGTTTTGATGTCATGGTTATTATTTATTAATTAGCAATAATTTGCCAAAATTGTGATCTTAGAATTTTTAATTATCAAAAATTAATATTCCACCACCAGCATGACATCACTAACAATAGTTTTAAGCAATGTAGCTCACTTTTAAACAACATACATTACTCAGCATAACTGAGTACACCCCATTTTGAAAATGATTATTATCCATGTAAATTATTATACATTTTTCAGTGAATATAGGCAATGTATTTTGGTGCATTTAAACAAAACAGATTTATTAAACAGATATTTTTATTAAAATATTATTTTAGTCACCAAGCATATTTAGAAATTGAAAGATAATACAAATAAATTCAAGGAAAATATAGCAAAAATAAATTACAACCTAAAAAAATGTAACTAGTTTGTAAAAAAATAAATAAATTACTTCTCTTCATTTTTCCTCTTTTTTAAATTTGTATTTAATATTTTTTTCTAACATATGAATTTGTCTGTACTAGGTTTTAGACCATTGTCATAAGTTATTTTGACAGATAAGCTCCAGATTTTGGCTTCATTTTTGACCGATTTAGTGTATATGTAAGTACAACTATAATATTGTATAGTTTTCTATTAAAAATATTAATTTAAAAGATAGATTTATGTGGGGTGTACTTATATATGCTGAGCACTGTATCGTAACAAACAACGCATTTCAGAAATAAAAATGTAACTAGCTAGTTGGTTTTTCCAAAAAAGCATTTTATTATATTATTACATTGATAGTTCAGAGCATCAATGTTTGTGCATCAATGGATTTGCTCTTAAGAGGCTGGACTCTATGCAGTGAAAACCAAACCACACAGAACTAAGCTAAACTTGAACTCTGAAAACTGGATTGACACAGTTTCAATCTAAAATAATCCTCTATGTTAAGCTGCTTTGACACAATCTACATTGTAAAAGCTCTATACAAATAAGGATGAACTGAAAATCCAACAGTTGTCACCGACCATACACAAAACTTTTCATTAGTCACTGCAAATTATTCACATCTTTATTATAGTAAAAAGAATTGGTGCAAGATTTTTCAACCCAGGAGATTTTGCCACCTTAGGATGAAACCCGCAGCTCAAGATGATTTATGCTAATTGAAACCAAAGAAAGTCTTTGGAGAGGCTGATTCAGACTCACTAGGGCCAGTTAATCATGTCTCTGGATAGTAAACGCCCAAACCCACTTGCACGCTCTCTAACAACATTATACACAGCATGCACCCACGCTTCAAATTCTATCAGTGATATGTTCCTGTAAAATCTCTCTGTCAATAACCAACTTCCCTAATTGGCATTCTAGTCAACATAATGCTTTTTACGCTAATTAGCTTGCAAAGCTCTGCCAACTGTCTTTCCTTTTTGTCTTATAATAACAAGTCATGAATCAAAAGGAATTTTTGACTAATTATGTTTTTCTTTCCTTTTTTCTTGTGCTGATTAGAAATGTTTTCCCTCATTCTGCATTTCTTTAATCTTCTGTCAGCACCTTCTAGACTGTTTGTCTTGTATTTGAGCTAATGAGGTGAACTTCATGAATCTTAACATGAAAGTAAACAAATGTTAGATTATTTTATGTGTTTTTTATGAAAATGGACCAGTATTTTAAAACCAATATTTTAAAACTTTTTTGATATGTGCATATTTATATATATATATATAGCCATTTATTTACAATCATTGTTATATTGCAGCCATTTGCTAAAGTGATTTAAGTTTATTTCCCCAATGTACCCCATATTGACAAAATAACACAGAATTGTTGACATTTTTGCAGATTTATAAACAAGAAATAATGAAATATGACCTGGTCCTATGTATTTAATAACTTTGGTCAGTATTTAGTAGAAACACACTTTTGAAGTTCTTAAAGTTTTTCTTTTTTTAATAAATCTCTAAAAATGTCAACAATTCTGTCAATATGAGGTGCTGTGTGTACATTAGTACATTAATGCTGAATAAATGAACCTAAATGATTTTAGCAAATGGCTGCAATAAAACAAAGAGTGAAAAATTAAAGGGGGGTCTGAATACTTTGTGTACCTGCTGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTATATGTGTGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTTATTGATATATAATAAAATGATTATGATTTTTTTTTTATATTTACCAAATGATTTTTAACAGAGCAAGGACATTTTCACAGAATGTCTGATAATATTTTCTATTCTAGAGAAAGTCTTATTTGTTTTATTTCGGCTACAATGAAGGCAGTTATTAATTTTTAAAAAAACATTTTTGGGACAAAATTATAAGCCCCTTTAAGGTATTTTTTTCCCCGATAATCTACAGAACAAACCATTGTTATACAATAACTTGCCTAATTACCCTAACCTGCCTAGTTCACCTTATTAACCTAGTTAAGCCTTTAAATGTCACTTCAAGCTGTATAGAAGTGTCTTGAAAAATATCTAGTAAAATATTATTTACTGTCATCATGGCAAAGATAAAATAAATCAGTTATTAGAAATGAGTTATTAAAACTATTATGCTTAGAAATGTGCTGAAACAATCTTCCCTCTGTTAAACAGAAATTGGGGAAATAAATGAACTGGGTCCCTAATAATTCAGGGGGGCTAATAATTCTGACGTTAACTGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATACACACACACAACGCTATGTATATATATTAGCGCTTGCACGACTACTGGTTTCTGCTAATCGATTTCTTTTCAAAACAATACTCGAGTTACTAGACTACCCGTGGTTTAAGCTACTAGTTAAAAAGACACAAAGATATCCTTTTCAATACGTTTTATAAATTTGTAGCGCTAACATAAATTGTCAAAACATTTTATTACTTTTTTATGTTACAGAGTAATATAAAAAAAAAGCTGCATGCAACATTGTCATTTAACATCTGCGTCATAAGCTTGCGGTATATGCGAAGC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Seq C2 exon
AAGCAAGACTCCAGTGATTGTTCCCGCCCCCTTGTTCACCAGGCATCCAATGAGAGCAGAGCTTCCATTTCAGAGTCACTGTCAGAGTTCTTTGATGCACAGGAAGTGCTGCTGTCAGCGAGTTCTTCAGAAAATGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000040482:ENSDART00000145886:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.417 A=NA C2=0.522
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]