HsaINT0118630 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000070882 | OSBPL3
Description
oxysterol binding protein-like 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:16370]
Coordinates
chr7:24881898-24892253:-
Coord C1 exon
chr7:24892123-24892253
Coord A exon
chr7:24882033-24892122
Coord C2 exon
chr7:24881898-24882032
Length
10090 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCCGTAAGT
5' ss Score
10.27
3' ss Seq
TGGTTTTGTTCTTCAAATAGGAA
3' ss Score
8.85
Exon sequences
Seq C1 exon
TTTACTTCACTTTAAGGTCAGCTTTTAATATCATGTCAGCGGAGAGAGAGAAACTGAAGCAGCTGATGGAGCAGGATGCCTCCTCCTCCCCGTCTGCTCAGGTCATTGGTCTGAAGAACGCCCTGTCATCC
Seq A exon
GTAAGTTACATGTCTGCCTCCAGGAATGCCTGAGATGTGTCCAGGCTCATGAATGGTTTGTAATTTCTATTTCCATGATTATGTTGAAAATTCAGGAGAAAACCAAATTATCCAAATTATATTCTAACCTTTCATCAAATCTGCTTATTTGAAACACCAAAACTTACCTATCCAAGTCTTAATAGCTAGTATTTTATTAAGTGATACCTTCTTTAAGTTTGGTTTCCTCTGACTGATCTTAATTTTTTTGTTTCTCTAACATTTTTATTGTACGTTTTTGTGTGTATGTGTGCGTGTCTTACAGACATTTTTCTGTTAATGCTTACAAAATCTGACAGTTTGGAGGAAATTTTATGGGCATGAGACACCACAAGCTTAGCCTTACTTTCCAAATGACAGGTGGCAGAGTGAAATTTCCAATTCATGCTCTTATCTTCCCTATTGCAAAGCACTGATCCTGTTTACCACTCTTTCAAAGACATGAGAGCTATTTTGTTTGATGGGATAGTACAAGACATTTAGCTTCCCTGCCCTGCCCCCCTACTGTGGCTACAAAGAGATGAGTCACATGAAAGTGCCTGTCAGGCAATCACTATACCTTCATAGTAACAGGAAAATCACTGACAGGGTCCCAAATGATTCTCAGCCATTGTCACTCATTCTCTCTCCTTTTTTCATCAGTTTCAATTAATTCCTCAGAATAGTTAGGCTCCATTAAAGTGCCATGTCCTACCTCTATTTGAATAAAGTTATCTCGTTTTTTTTTTTTTACCCTGAATCTATCAGGAGGCTAGAGAACTTTTGAAATAGCATACTGATTTGCTTTTACTCTTTTCTTGTACTTTGGAATTCCTACTTTAGAAAGAGAAAGAGTGTGTGCACATATGAAATTGCCATCTGAAGCAATACTGAATTTTCTATTTCAGGTCAGGTAGGGGAGATAAATTTTAGGATCTTGTAACCAGAAGCCAACACAGGCATTGAGAGAACTAGAAAATGTTGATTCATATTTTCTATTTATCGTATTGCCAAGAAAAGTGATGCTCTTAATATAATGTTAGTGATAAATCCTCTGCCAGTAGCACATATAGTTGTTGTAGAATATGTAAGGAGTATTCACTGATGGACCATTACAAGTATGCTATCTTCAAAAGAAATTAAAAATAACATTGGCTTGCTCCATATATAAAGAAGAGTCTTAACGTTGTCTTAAGGTCACAGATAGAATCGCCCCCTTTTTATTGTACAAGACAGCCATACACTGGTGCCATTTTGGTTTGAGAGAAGCAGAAGCAAAGTGTTTTTGTTTTTTTTCCCTAACTTTCTTATTGTTCTCATTAAGCTAGCTTTTAGTGCATTTACAAAAGGTATCTCTGATGGGCTTCCAAGGTCCCTCTCCCCATGATCTTCCTCTCCCTGCCTCCTCCCACAGAGGCCTGGCCTCATCTTGTCAATCTGCCTGTTTGGCCACTGAGACCTATTTGGCTGTGGTATCCTAGGCCAAGGCTGTTCTCACCTTCACTAAGGAATTCATTCTCACCCATATTCACGATTTTGGAAACTTCAGATAAAACCGAATGATCCTTTCTTTCCTTTTTGGCTTGGATTCACAATTGGGGTTTAAGACTTGTTTTTTGAAAATAAAATTTTTAGAACCATATCAGAGTTATCAGAATGGGTATGTCGGTGCTGTATGCACAGTGTTGCCATGTTTTCTTCTTCTGCCTGTGGCTTACAAAGGAAAGAAAAACTAATAAAATAGCACAATTTTCAGGCTGTACTAAGATTCTAGCCTCCCTACCTCTGTCATTGGCCAGAATAAAGTTAGTGCTCCAGAGAGACTGTTATATGTGGCTGTGTGATCTTAGCTCTTGTGCAGTTTTTCTTAAGTGGTCCTCAAGGATTTTCAAATAACCCATATGCTCTGCAGGGACTGAAAAACAAAGCCAGCATCCCTGTTGGAGATCCAGGTAGAGGATTAGGCAGTACCACATCCTTCTATGCTTTCAGCAGGTCGGTCCTGCAGGCCCTGGTGGATGCAAAAGGCTCAGAGCTTCTTAGAAAAGAGTCAGAAAGACAGACATATAGGCTGAATCTGCATGCGAGCACCCGTGGAGCTGATCGTGTGAGTGTCTGGGAAGACAGTCAGGAGAACTTGTCCCCCTTCCACAGACAGACCATTGGAGAAGAGTTGGTCATGAAGTGCACAGGAGTATCAGCGTGAAGGAAACAGCTTCCTTTACCTTTCAGCCACTTTCCTCCTAGTTGAGAGGTTGAGATAAGGAATGATCCCTGCCCAGGGAAATATAAAGGAGGCCTGGGGGCATAGTCTCAGATTTGCTTTTCATCTCACATTTACCCATTCCCAGAGCCATGGTCCTTAAGCCCTTATGCAGGTAAGTGAGGCTTACTCATTTCTTTTTTGAAATAGATTGCCTTAGTCCTGAAGAATGAATAGAACAATCAATACCCATATTGGAAAAGAGTAAAATTAATCTTTCACAAAGTCCTACTTCCCAGCACACAGCACACTTTCTTTATTTCTTTTTTTTTTTTTCGTGAGACAGGGTCTCACTCTCACCCAGGCCGCAATCTCAGCTCGCTGCAACATCTGTCAGCCTCCCAGGTTCAAGCAATTCTCCCACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGTGTGCCACCATGCCCAACTAATTTTTGCATTTTTTGGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGTTCTCAAACTCCTGACCTCAAGTAATCTGCCCGCCTCCACCTCCCAAAGTGCTGGAATTACAGGTGTGAGCCACCTTGCCCGGCCTCCAGCACACTTTCTAAAATCTGATTCAATGGGTATGATAATTAAGTAACATTGAAATATGTCCAATCATAAGGGATGGGGCCAGCATATTCTTCAAAGCAGATAGAAGCCTGGATTCCTTAGGAAGGGATTTGGCCAAAGAGACTCCAGACAGTTGGGGAGGAGGAGGAGATGCTGTGGAACCACTGGTCTTAACAGAAGCCGACAGTGTCTGTGACTTCCCTCTCTGTTGCACTTACCAACCCTCCCTCCATGTCTGGAATGAGAAAAGAAAAAGAGCATCATTTCCAGAGCCCAGGTTTGTCATCTCCCAGGCATCTCAGAACCAGTATCCTCTTGGAGAGCATTCAAGGAAAAAGTCCAGAAAGTGCGCTGTCAGACCACGTCACTAAGAGTTTCATCAAGCTCTTAGAGATCGCTCCTGCAGGGCCCACTGCTGTGCTTTTCTGAAACATCCATTTATTAACAGAGCCCCACTATTTTAACATGTTCCAGGCCCTAGCACAAAACACAGATCTTAAAGAACGCTTACGCAGAATCCATGCCGAGTCTCTGCTCCTCGACTCCCCCGCTGTCGCCAAGTCGGGTGACAATCTGGCAGAGGTGGGTAGGTTTCTCGTCTGGTAATGTCTCCCCAGCTGCCGCCCGCTCCCGTGATACCATCTGTCCCATTGCACGACCTCCCTGCTTCCCCTCATGGGTGCTGTCCACCTCTCTGCCCTCCTCCTCTGGGTGCTGGCCACAGCTAGGTCATGGACTGGGGTCTCGGGCTCAAACGCTTTCTTGAGCGTATGCTGCTAATTGCATTTTTAAACTGCTTCCTTCCCCAGAACTCTCTTTTTTTTTTATATTTCTGTTTCGCTCCTAAATGTCACCCCTTTCACTAGTGGTACTGGAGTGGGAACTATAGAGAGATAAACATTTTCTCTTGTTACTACTGAAGAAACCTACGTTTCTCTGACCTGCAGTATCTTGGTTCCCTGCCAGCCTCCTTCCCCTCTAACCCTTTCTCTGTGGCTGTTCCCTTCTCCCTTTTCTGTGATTTTCTTTTTCTTTTATAGAATGCGGCTGTACACTCTGAGGGAAAAAAAATACTTCATTACAATTAAAGTGTCTCTTGGTCAGTTAAAAGTATGTTAAAAAAAAGTCTTTCTTCAAGACTAGGGATGTTTATCCAAAATAGTCTTTGCATGTTTAAAATGAGAAATTTCAGAAAAGTACAAGTAGGTTACTCAAAAAATAAGTAGGAAAGAGTAATGAAAGTAAAAACTGTTTTTAAGCTATTTTTTATATTAAATGCCTGCTTCAGATATGCTAAATTTTTATTAACAAATGAATTAGACTGAGTACACTTAAAATAAAAAATGTAAGGCAGGTAATAGACAAGAGGTGTGTGTTTATGTAAGTTTTTAAAAGAAGTTTGTAATGTTTAATCATAGTGTTTCGTCCTTCTTTTTCTGTCCTCAGAGAAAACAAACCCCTCACACACCTTCACTCCTTGGGAAGCCATTGTGCGGGGTGGTGAGGCGAGTTGAGGCTGAAGTCAGTCAGTACATGGACTGTAGGGCTCCGGGCACCGAACCCATTTGGAGACAAGATGGTGCCATGTGTGGACAGGCCCATCCACTCCCATGAGCCTCACCCTCTGTCTGGCAGAAGCTTGTGGGTCTCTTACTACTTCTGAGGCACATGCTAGTGGTTAAGTATGACATTCTTTTATAGAAGCGCTACCCACAAGAGGTCACTTTTCAGTTATGTTAGCCCAGACCTAAACTGTCACCTGCAGCATTGAGCACCTAAACATTACTTACGGCGCCTTGACCTTAGGCCTGGGCAGGCCCTCTTTTGAGTCTGCACATTGGCTAAAAACAGGACCCAGTCATGGCCAGGATCAGCCATTACTGACCAGCTGCCATGTACTATGGTATTATCTGGAGTTTGTGCATGTTTTCAGACAGTATTTACCTTTTAAATAGTATTATCACAATTTACTGATTTAACAGGTAGTTAAATACATAACGTTCATTTATGCTTTTATGAATTTATGCTTGGCATGTCTACTTGGAACTATTTGTGTTTTGGAAAGGAAACCAAAATCACAAGTCTTTTAAAATACATGTTTTTAAACTATATATTTAAAATGCATATTTTAAACTGATCTTAAAAGT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Seq C2 exon
GAAAACTCCAGAGATGAAAACCGAGCTCTAGTTCATCAGCTTTCTAATGAAAGTAGACTCTCCATCACTGACTCCCTTTCTGAGTTTTTTGATGCTCAGGAAGTTCTGTTATCTCCAAGCTCTTCAGAAAACGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000070882-OSBPL3:NM_145321:11
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.375 A=NA C2=0.369
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)