DreINT0110591 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000103379 | pax6a
Description
paired box 6a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-990415-200]
Coordinates
chr25:14946104-14948892:-
Coord C1 exon
chr25:14948743-14948892
Coord A exon
chr25:14946158-14948742
Coord C2 exon
chr25:14946104-14946157
Length
2585 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
5' ss Score
11
3' ss Seq
TGTTTCTTTATGACTAATAGAAT
3' ss Score
4.69
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAATTTAAATTTTCCACCCGAGATCAGTTGGAAACTATAAAAGACAAACTGTTTGAGGACGATTTTCTAGAACTCCAGAGTCTTCTCGTTATTGTAAACGAAGAACTTCAGCGAGGATACAAAGGCTGTTGGAACTATGCCTCAAAAAG
Seq A exon
GTAAGTTAAGACATTCTTCTCTTTTTAGCAATATGCCCCGAAGTCTAGTTGAATCTAGTGTTGGTAAATAGAGGCCAGCAAAATTAAAAAGTAGTTATTTAGAAATTATAACTATGAGGTAAAGAAACTTAAATTATGTTGGTTCTTGAAAAATGAACTTTTAATGAAAAGAACGTAGCTAATAAAACAAAACTTAAAGCTGCACAACCTCGTGGTGTCAACGAGATCATCGATTTTTCACGGAGCCTCTTTGCCTTTTTATGCTTCAGCTATGTCTAGTTTTTGTGCCAAGCAAAGTTCTTATTTATGACAGAGGAAAGCAAAAAGTCACAGTAGGCCAAGACCGCGATCAGTCCTGAAAATGGGAACGCAATGACCCGATGAGGTGGAGTGTCAGGTTGAATCACACCATCACATTCAGCCGGGCGCCACCACCAAATCGCGCCGTGAACTTGGTGTTTTGCTGGGTGTTTCAGTCAATGGTATGCTACCATCTTTGTTCCCGATTAACTATTTAATAACACGAATTATGACAACAACAAAAAAAATGTTGTCTAAAATTCAATACAACATGTTTAAAGATTTAGTTGTGTATTTAGGTTTCAAAACTACAACAATCATCGACGTTGTATTGACAGTTAATCCCTACAGATATTAAGTACGTTTATTTATAAACCTTTATTAAATTGGAAAAAATAATCTAAAATGTATGCAATAAAATTAAAATTAAATGTATCTCATTCTCTCTGTGGTGATTTTAAACAGTTGCAGTAGCCTAGACTATTTTATATCCAGCCAAATTTTTAATTTTATATATCTAGTGTGATAATATTCAGCATTTTAAAATAAAATTGAACATTAACTTTTAAAACTTTCACACGAATGTACTTACTGCAGAATTTCAAAGGCCTGATTAGGGTTTAATTAAGAGTCTCCATGTTGCACATTAAAACGAACAAAAATGCAGATTAGGCCCTGCCAATTACATATAGCACTATTAAAACATGCCTTAACTGGAAAGTTAAGTGCAGTCAGACGATTTTAAACAGTCCATATGGGTAAGAAATACTAAACTGTTTAATGTATTAAAAAGTTTAGCGTTGAACAAAATATTTAATAATCATTATATGCGTTCACAAATGTTTGAATTGCTGTATTTTGTACAATTGCTAATATGTAAAAATAATAAAGAATAGCAAAATATGTTATTTAATGAAACACGTGCATCGCTGGCTGGCGACTGGTGTATGTATTTATTTGTTGCTGTGCACTGTAAACCGCGCACACAATCCATCTACTTAAAAAGAAAAAGAAGAAAAAATCAAAGCAGGGAGTATTTCTTCAGTGGCCTCCTTTTCGGTAAATGTATTGAATGGGTTCTTTATTGCAATTGTCTTTTACCAATTGAGCGCCCCACTGTGCTGTTGTATATTTTTTACAGCCCTTAACGACACATACCAGTAGCACAATTACCTCCAGATACTTATAACAAGAAATTACTTTTCTATTTCGCGCTATGAGACAAACAAAAAGGCATTGAGGTAACGGGCACCGGGTCATAGTGAGCTGCACTGGCTGTTGCGGGTAAAGGGGGGTTATGCTGAACCGGGTGTAGGAGGAGGAGAAGGAGGAGGGGGTCTCGCTCTCTTCAGCTCTTTGTATTTTCTGAGAGTTGTTGGTACGTTTAGTTGGAAGCGGTGTAGCTAGTTAGGGAGCCCGGGTTTTACTCTCTGGGTTTTGGTGTAGAGGGAGAAAGAAAGCTATTGTTAAAATTCAGCGGGGCTTTGTCGGGGACCCCTCACCCCCTCCTGGCTTTACTTTTCCAGCGCAGCCAGGCGAGGTAGACAGCGTGTGTCACCAGAACAGAGTATCTGAAGGAGTGAAAAAAAGAAAAGAAAAAAAAAGTAGGCCTTGCCCACAACATTTGAAGTTGTCTAATCGTGAAGGTTAAGGAGAACAGCTGAACATGTAAAAAAGTAAAAAAAATAAATAAATGATAATAATAATAATAATAATACACAATAATGTTAATAATAACAACAACAACGATTATACATGTATTATAATTATTGTAACAATTATTATAATTGTTATTATTTTTTATTATTGGCACTAACGAATAAACTTAAAATACCATTAGGAAACGCTGAAAAGTACAAATTTATCGAACCAAGCAATACATTTATTATCTTCTAAATTAATAAACATAAAAAAGCCAATATTAGTTTTAATTGTAATTAAATAATAACGTATAGCTGTACTAATAAATTGTTTTGCTTTGTCCTAGGGATATTTTAATAGAGTGAAGCAGATGACAGTCTATAAATTGTTTTAAGCGGACAGTCAACTCTGTTTCCAGGCAAGTTTTTTTAAACCCTGGACATAAGTGTATTTGTGGAGACAGTATTATTTTATTTTTATTTTTCACTTTTTTTGCAGCATGAATGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCTGAAGCTTCAGCACACACTATTGCCCGTATTTTTTCTGCACACATTGCACTGCAATACATTAGATTGAGAATTTGTGAAACTGACCATTACTGTTGTTTCTTTATGACTAATAG
Seq C2 exon
AATACTATAACCGGGCCACGTGGGAGTCTGGTGTCGCGTCCATGATGCAAAACA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000103379:ENSDART00000164384:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=1.000 A=NA C2=0.944
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0029213=PAX=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]