DreINT0110736 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000100494 | pbx1a
Description
pre-B-cell leukemia homeobox 1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-000405-1]
Coordinates
chr2:19065215-19069488:-
Coord C1 exon
chr2:19069379-19069488
Coord A exon
chr2:19065305-19069378
Coord C2 exon
chr2:19065215-19065304
Length
4074 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGA
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
TTGTGTTCCGGTGTCTGCAGGTG
3' ss Score
10.04
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTCTGCTGGCTCTTTTAACATGAACTCCGGGGATTTGTTCATGAGTGTTCAGTCTCTGAATGGGGACTCATACCAGGGGGCCCAAGTGGGGGCCAACGTTCAGTCACAG
Seq A exon
GTAGGAAGAGAGGGCAGATGACTGTAACTAATGCCATTAAATTAAACCCAATCACACATTGTGCTGTCCAAATGACATTCCTGATTACTCCACTCACTAAATCACTTCTGGGGTTGCTGTAGTTTACCAATCTAAATCTATTATTGCTCTGACTCTTTTGTTGTTGTTTTTATTGAATTTTAAAGAAAGGCCCCTAGAATAGTTTTTTTTTTTTTGCATTTTTTATTGGTTTTTGCTTTTCTTCGTCCCTCTTTTTTGAAAGCCAGCACATGCTGTTTTAAACCAAATAATGTAATATTTAGAGGGCCAAACACTGAAGGTACTTAGGCATCTATTGTTAGAAGTTCTTTGTCTTTTTTCACCGATTGGTTTAAAACAATCATCCCTGCCATCGTCATTGGATTTGCAACACGTGACCCCCTATATTTAGGCTGCATTCCAGTTCAAATTGCGGTCCCACTTTATACTAAGTGGCCTTAACTAATATGTACTTACACAGGAATTAATAAATTGTTACAATATACTTATTGTGTAAATACATTGCAGTGTACTTAGGCTTAATTAAATACATGCATGTAATTACATCTGTAATTAACTTTTGTAATAACATTTGTAAATACACTGTTGACCTTAACCCACCCTTAAACCTATCCATGCCACCAATCCTGTCCATAACCTAACATCTATCCCAACTCAAAAGCACCACAAGTGTTCTTAGATACATTATAAACACAGTAAGTTCTTTGTATTTATTTTTTTTATGTAAGTGCATAGTAGTTTAGGACACTTAATATAAAGTGGGACCCAAATTGGTATGCCTTTTACTCACTGACTTTCATCCTTCTTGTTGACTTGGGTGTGTCTCATTGATTGCGTTACAAAGTCTCCACTACAGGCAGAACATCTGACAGTTTCATAGGAATACGCTAAACCCTTGAGCTCTTGGAAACTACACAGTTGTGATGTCGCAATTGCATTGCATTGCATTCTCGTACACATAGGTGCTGGAGAGGACATTTGAAGTAGGCTTGAACATAATCTAGCAAAATAATAAATCAAAATAATCTACCAGTAAGATAACTTACTAATTTTGAAAACAAAACAATATTTTTTTGCTTGTCTAGAAAATGCTGCTTGATTTCATTTTTTAGATTTTTCGAGTAAAAAAAAGTGGTTAGGATATATGAAAAATTTCTGCTTGAGACTTTTTAACTAAGTTCATGGCTTAAAGCACACTGGGCAGATGCACTTAGTGCACATTCAAATTCACTTGATATTTGGGAAAAATAATAGTAAAAAGTCTGTGCACCCAGAGCATAGTCTAAAAGAGATATTCTTTTTATCTTAATCAGTGTTTTTTGTGGCAAAACAAATTTGCATTAAACAAATATGTGTTTTTATCTCCCATTCTCTTTTAAAGAGAGTGATGATCATGCCATGGCACATTTGCTATTTACATGGCATCACATCAAACAATAAGTCAACCATTTTTTAAATTTATCAAATAGATAAAATTGCCTCATGCTGTAACTGTCCAAAACATTGATATATTGACACAAAGCAATGCTGAGCAAATATTTGTACTTAACAATTTTAAATAAATATGTACGCTAAAAGATGTCTTCAGTAGAGTGAGTACAACATCGTTTCCTCATCCATGAGAGTAAAGGGGAGTAAAACTAAAGTAAAGAGAAAGTAAAGAGGCTGAAGGGAGGAGGCTTGTTCTTTATCCTTGTTTTGCAGATGATTTGTTGAACTTGTTTTCTCTCTAGTGAAGGGTTCAGTTTTTCCACTTATAAATAAATAGCAAATGCACCATGGCAAACTGACTCTCTTAAAGGGAATGGAAGATGAGATTGATTGGTATAAAGCTCGTCATGCTCAAAACACACCCATAACGCATTAAGAGAATAAGCACAACCCTGTTAGACCATGTACTGGGACACAGAGCGTATTTTTCAATCCTTACAATAGTAAAAGTGGATTCGGACATGCCCTTAATACTTTTGCACTTTAGACTTTGTGCCTAGATCACTAAAAAAGAGCCCCAAACTTTGTGACATTGTCACCTCACACTGACCACAACAAATCAATTTGGTCAAAATTCACATACGATTAAGTAATTTTACAAGTAAACCTATTTATGATTTTTCTTCCATTTTCTCCTCTTTGTCTGACATACCTTCTGGTTCTGCTTAATTGCTGCTAGCAGCTATATTTTATTGTTTTGTTAATCCATATTTTTAAGGCAATATTTTCTGTGAGTTCAAAATGGTGTGTTTCTGTCATAAGTGATCAAACAGTTATCGTCTTGTTTTATATCCTTGTCACAACAAAGTTCATCTGTGAGCTCCAGCCGCTCATATCCCAGTGTCGGACGCGTGTAGATTTGTGTTGGTGACGGGCCTCCTGACCTTGAGGACGGTCTGGGGTTACGGTTTGCCTCCAGCAGGCCATTGTCAACTTCCAAATGAATAGACCATCAGAGACAGTCTTGGAAACAATACAGCTCTTGTCAGCAACATTGCTGTCACGTCCGCCACCGCGGCAGCCTGACCTTGCCCGATACGCTAGCATTCAAACACTGAGCACTTCGGTTTGTCCTCTTTTGACGTCCATGTTTTTCCTTTCCTAACGAAGCAACTTCTCCAAATGCTCTGGGTGATTCATGAATATTCAGTGCCGGAATCCCAGAGGAAATCTTCTGAAATGAGTTCATGTGGTGCAAGAATTACACAAGAGAGATTTTTCATTAGGCTATTTGATGTTTTGAAAGTGCTGTGAAAATGTTTCAAAAATGTTTTGAAAATATTTTTGCTACATATTACTTAAATTGTTTAGTTAGTATTTTATCATTTATATATTTACACATTTATTTACTTCTTTTTCAAACACATATTTGTTCAAATAATTAAATCAATTTAAATTAAATTACTTGTTTTAAATAAATGTGTATTTATTATATTCAAATATTATACTATTTCTTGGAATCTTGTTTTACTACTACTACTCCTACTACTACTACTACTACTCCTACTTCTACTACTACTACTACTACTACTATAATAATAATGATAATAATAACAATAATAATATTATAATTATATTAATAATAATGACAATTATAATAATCATTATTATTATTACTATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTTTATTATTATTATTATTATTATTATTGTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTAATATTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTATTAGTAGTATTTAAAATAAATTAATAATAATAATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTTTTTTTATTATTATTAATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATCATTACAATATCACAATTAACTGAAACCACATAATGTAATGTAATCATACTTAAATGTAATTAATTGATTGATAACTGATTAAAACATAGTGGATTTTAATGGGAATCATAATTTAGATGCATATTTTAAAAACTGTATTTAAATGCATTTATGTACACAAACAAACTGCCACATGTAATTACTTAATAATAACTGTTATTTTCTTTTAAACTTACACATATTTACAAGTATAGTAAAAAAAAAACAATTAAGATTAAAAATGGTATTAAAAATTAAATAAATTAGTTTATTTATATACTTTTTCATATACACATTTTTTTATTATTATAAAATATTTTATTATTATTATTATTATTATTTTATTTTAATCTCAAGTAATTAACTGAATTCCCCCTTATGATTAGACTGTAAACACAGATGTATTCCCTCATCTAAAATCCAGAACAAACCGTGTCTTGTTTGATATCTGCAGCACAAACATTTCATTCAACATTTGATGACCTTTTGGGCTGCCAATATCCTTCTGATATCAGGCTGACCTTTTCTCAGCACAGACGTCTTTGTTTTGAACGCTTTTGTGTGTTGTGTTCCGGTGTCTGCAG
Seq C2 exon
GTGGATACTCTTCGCCATGTTATCAGTCAGACAGGAGGATACAGTGAAAGCCTTGCTGCCAGTCAGATATACAGTCCACAGGGCATCAAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000100494:ENSDART00000165698:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.486 A=NA C2=0.600
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]