DreINT0111500 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000011886 | pdca
Description
phosducin a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-031023-1]
Coordinates
chr2:21224892-21229378:-
Coord C1 exon
chr2:21229233-21229378
Coord A exon
chr2:21227600-21229232
Coord C2 exon
chr2:21224892-21227599
Length
1633 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAATC
5' ss Score
7.46
3' ss Seq
CTATGTTCGACCATCCGCAGATG
3' ss Score
7.74
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCCAAAAGGTGTCATCCATGATTGGAGGAAGTTTAAACTTGAGAGTGAAGACCATGAAAGTATCCCTTCCAACAAGAGAGAGCTCCTCAGACAGATGTCCAACCCTAAATCCAGTGATGACCCACGGGAAAAAGTGAACCGCAAG
Seq A exon
GTAATCACAGAAACATATTGTCAACCTTATTTGTCCCAATACAGTTGGAAAGTTTGAGATTGGTAAAATTTTTTGAAAAATAAATACCACGTCTACATTCGCTTAAGATCCCATTTTCTACATTAAGAAATAAAAAATATATTACCTTGTGATTATAAAGTGGATTGGTACCAGCCAATGATAAAACACATCAGAAAATAATTACCAGGTTTCACTAGGAGGAAAAAACTTTCAGTTGAAAAATTAAGGGTCCCAAAATCGATTGCTGAGGAACACCCATAGATACTTACATTAGAAGTCATCTATGCTATTGTTGTCAATTGGAAGGAATGTGTCGATATAGCTGCCATTTTAGCTGCCACTACACTGAAATGAATATGGCCCAAGGTGCAGTGGAGAACTAGCCATCCGAAACCAGAGATATATACACATATATACATATATCTATGATCAGGAGTTTACCCGGTAGTCAGTATGCAGTTTTTTTTTTAAATCCTGAAAATTATCATTTTACACCATTTTTCTACATCGATGGATAAAGGACCACACAGGCATTGCCGACAAAGAGCATGTGTTTGTGTGTATGGAAACGTAATATTTTCCCTCCCTGTTAAATTTGATCTAATCCGTGTCCTGAAACACCCCCCTCCTGCTTTCACTTCTCATTCTAACAGAGGGATTGATTCATTTGTGATTGAATCTCTGTAATGACTCGTTCACTTAACTTACAATAATACAAGTTTCTAGCACTTTTCATTGTTTGCTGATTTTATTCAACAAAACTTGCATAAGCCTATAATTTAGTACAAGTTGGTGCTACTTTGCCTAATGGTCAGGGCAGTAAGAGATTGTATTATCATCAATACATGTTTAGCACAAAGGCTCGTAGCATACAAAAAACGTAAATAACAAAATCTTACCTATTATATGTTCTGTCTTTGTGCTTTGTTTTCTTGTTTGCTCATTATTACACCCGTACACAGTGCTAAAGTCCAGTATCTTCAGATTGCCTTTAGTCTTGACTAGTGCGGTTGAATGACATTTCTCCAGGGAGAACAGTACAAATGTGGCGGCCTTATTGACGCATGCTCAGGGTCTGTATGCAATATCTAGTGTATATATCTATGAGGAACACCTAAATGAACTTTGGATATCCAGCAAAGAAAACAACCTATGTAAACTAGTTTAATGCCAATATAAAAAGTCAAGATGAGCAAGTAAGACCTGTGGTGCTTAATATTTTTATTTTAAATATAATACATATTTTTGTCGAGATTCCTTGATGAATACAAAGCTCAAAAGAATAGGATTTGCGCCAGACAAAAATCTTTTGAAATACTTAGATTTTTTTTGCTAAATAAAACTACTTTCTTTCTCTAAAACATTTTAACTGAGCCCAAACTTTTGCACAGTTGTACTGCCTTATGGACATGTTGACTGCTTTCCTATATTTTCTTCCTGATTAGATACAGTGGGCCAAATAAATAATTTAAAACTGAAAATTATAATAAAATGAACAAGATTACTAACATTTCTTTAATATCAGCTTAATCATTTCACAATCAAGTCACTCAGGTAGGACCAGATTTGTGTGTATATTTATTAAAACAGTCCTATGTTCGACCATCCGCAG
Seq C2 exon
ATGAGCGTTCAAGAATACGAGATGATCCAAGAAGAGGACGAACAGTGTCTCCGTAAGTATCGCAAGCAGTGCATGCAGGATATGCACGAGCGCCTGAGTTTCGGGCCCAAGTTTGATTCTGTGTTTGATCTGGAGAGCGGAGAGGCCTTTCTGGATGTCATCGAGAATGAGCATCGCCTGACCCTAGTGGTGGTGCACATCTATGAGGATGGGATAAGAGGTTGTGATGCCCTCAACAACTGCTTGACTTGCCTGGCAGCCGAATATTCCACCGTCAAATTCTGCCGAATTCGAGCCTCAGCCACAGGAGCGGGTGAGCGTTTTTCAGAGGACGTTCTGCCCACACTGCTGGTCTACAAGGCTGGAGAGATGCTGGGCAACTTCCTATGTGTTACAAAGCACATGAACGAGGAGTTCTTCGCCACAGACGTGGAGAACTTCCTAAATGAGTACGGCCTGCTGCCAGAGAAAGAGTTTGCAGCAAGTCCTGATGAAGAAGAGAATGCCGATGTGGAATAATCAGAAGTTAATTACTTTAGTCAACCTGTCAGACCTATTTCAGAGATAGAATGAGTAATGACGCTGTGACTGCTGGGCCATGATTCCCACAAACACGCACACCTCAAGGCATTTACTAACAGCTGATTTACAGCAGTTTAATACTTCATAGTGTTATCAAAGGCGCACAGTCATGCTTGTTTCATTAACCAGAGCTCCCACAAGTCTTTCAAAGACTTTTCCATGACTGTTCCAGTAGTTTCTGATAAGGGTTTTAATGCCCATTCAAATCAAATTTTCAATTTTTGAAGCAGCTAAGTGGAAAAAAACCCTGATTCATTTAATTATTACTTTTGTAAGTCAGTTCTTTGCTCTTTACTCCACAGAACTTTAAAAAACTTAAGACCCACATATATTGTGTATCGCAAATTGATGTGACGTCTTCTCAAACAATCAAAGCAAAATTTAATAAACCTCATAGAAAAGTTTGCATCGCATGGTAAGCCATTTTAAAACTAGAAACCTAAAGTTCGTTGTCAAACTTTGATGTTGGCTTGAGAAAGCCAACCTGACTGCGCTAGGACTGGAAATGGCAGTTGGCAGGAAGCACAGTGGTTTCTCAGTATATGCTAGGCAGCTGCTAAAATGTTTATGACATTGGTGGTTGCTAAGCATTTGCTAAATGGCAACGCTCGTGTACATGTTTGATCAAGTGCTAATACTTTGTAGACATTTCTAGCATATGTTATTGCACTTAGATAATCATTAATAGCTTCACTTATCATCGTTACCAAGCATAGTACACAGGAAGTCCCATTGCTAGCATGAGTAAATTGAAATAATACCCAGGTCCCTCCGATGTTCTGATGTCGAGATATTGCTATCTTAAAGGGTTGCTAAGTTAGCCTGTTTTGTTGCTATGGGGACAACTGACAGCTTAGCGATGATACATCAAAGCTTCTTGCACATAAGAGTGATAAAAATCAACCTCGATGTCAGAAACTGGACTCGGACATTATGTAAAAATGGCTTGCCAAATTTTATTGAAAATATAATGCTCAATCAGTGTGAAAGAGATACATGCAAAAATGGCTTGGCATATCAGTAAAAATATGGAGTTTAAAAATAATGCTTAAAATACTTTATTGGAAAACAATAGGTCTGAAAAAACTGACAAGATATAGCAACAAAATCTAATGCAGAACACAGTTAAGTGGACAAATATGGGGCTTGTATAATTTTGTTTAATGCCCGGATTGTTAAAATGTAAAATAAAATAAAAAATTGTTCAAAAATGATAAGTCTGATTGGCATGAGGAGATATAGCCACAATCGTGAATGCAGAAAGCACATTTTGACAGAAATTTGGGCCTTGAAGCATGAACGGCGAGTAGTACTCTCTTAAGACAACATAACTAGAATTGGTTTCCAGTGAAGATGTCATGGCAGATTTGGCTATGAGGCTCTTTTCTTTTTAAGGTAATCTCTTTTTTAGGTGTTGTGTCTTTTTTTAACCACCTGTCGATTTATAACCTCATCACTGATCTCGCTACCTGTTTGTCTGATCTAAAACCTCACCTCTAATTCTAACACCTAACCATAAACCTACCATGGGGTATTAATTTGGCGGGGAGTCACAATTTGGCACACAGCCTATTCACATCCTTCTGTCCGTTGATGTCAGACGATCACAAGTGAAAATATAAACACTGAAGAGTAGCTTAATACTACATTGTGTTCTGTGAAGGTTTTATATTGGATCAGTACAAAAAAAGAAAAAGTATTCATTAGTTGCACTGACCAAACGTTGTACTGAGGAAGTATTTTAAATAAATGATGCTTTTAACATGATCAAATAATCCATAAAACAATTTGAACAGTATACCTGGTTTTATTCTCATTTGTTTACGTATGTATGATTTATTTGTTTATGTATTTATTTATTTGCAGCCTTGGTAAGTATAAGACACATTTTCAATAATATACAGAATCATGGTGACTTTTTACTGTTTATATTCATATAAAGAATTTAAAATAAACTATTTGATACATTTCTTACCTCTTCAAGTCTATGAAGAGTTCTGGTTTTCCCTTTTGAAACTGAAGGTTTGCCACTCATGAACACAAATGGTCAAACATTGACACTGTAGTTGTCATTTACTGTGTATGGAGCTGCTGTCTGCTTAATAAATAAATGATATCACAAAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000011886:ENSDART00000149989:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.796 A=NA C2=0.093
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0211411=Phosducin=FE(20.6=100),PF057696=DUF837=FE(51.1=100)
A:
NA
C2:
PF0211411=Phosducin=PD(72.5=97.7),PF057696=DUF837=PD(40.4=22.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
ACCCACGGGAAAAAGTGAACC
R:
TCCTCTGAAAAACGCTCACCC
Band lengths:
358-1991
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]