DreINT0111831 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000011671 | pde6b
Description
phosphodiesterase 6B, cGMP-specific, rod, beta [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-090421-2]
Coordinates
chr21:20334292-20339971:+
Coord C1 exon
chr21:20334292-20334445
Coord A exon
chr21:20334446-20337307
Coord C2 exon
chr21:20337308-20339971
Length
2862 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTTTGA
5' ss Score
2.58
3' ss Seq
TTGAATTTTTTTCCATACAGCTG
3' ss Score
9.15
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGTTCTCCCGTTTCCATCCTGAAATCAAGCCAATGTTTGATGGTATTCTAAACAATCGGATGCATTGGAAAGAGAGGCAGGAGGAATATGAGGCAAAACTAAAGGCAATGGAAGAGGCAGTCAAAGCCAGACAGGAAGCAGCTGCCAAAAACG
Seq A exon
GTTTGAACAACATGTCAAGACTATTGAATATTCACTGCATCTGCACTAGACTTGATATAAGACACACAGAAAAGACCTACAACGTAGTAATTTTGTTGATCAATCATGGTCTGTGTCATTGTGTCACCTAGCAGTGGCACCATACAATTGTTACTTTATTGCAGGGGTGTTCAAATTTGGTCCTGGAGGGCTGGTGTCATGCAGATTTTAGCTTTAACTTTCCTCAACACACCTGCCTGGATGTTTCTAGAAAGCCTAGTAAGAGCTTGATTAGCTAGCCCAGGTTTATTTGATTGGGTTGAAACTAAACTTTGCAGAACACCGGCCTTCCAGGACCAAGTTTGGACACCCCTGCAATCAGCTATCAAGATGTTGAGTATTGAAATCTCTTTTGAATCATTTTTGATTGTGTACTATGTAATATTTAACAATGATGCTTAAGATGCTCTCCAAATCCTCCACTGATTTTTCAGTCATCTGTATTTAAAGGTATAGTTCACCCAAAATGAAAATTGTCATCATTTTCTAACCCTTGACTTGTTTCAAAACAGTTTTTCGTTCTGTTGAACACAGAAGACAATATATTGAAGAATGCTGGAAACCAGTAATCACTGACTTCCATAGTAGGAAAGCAAATATCAAATCAAATTAAAATCACTTTTATTGTCACATCATCAGCAGCACGTGTGCTATGATGAGTGAAAAGCTTAGGTGCTGGCTCCAGACAGTGCAAATACAACGACAGTGCAAAATACAACAGCCCCAAAAAAAAAAAACAGAACAAAGTTTTATTGACAGCGATATGTACAATCAATAGGTGTACACATAGTTGTAGGATGTATTGTTTTATTTATGGATTGGTTAAAGTGCAGTGCATGCTACATATTTATGGTGTGCAGTGAGGGGTATGGAAGAGTCTGTGTGAGGTGTGTTACGTGATCATCAGCTTGATAGTCTGAGGGCAGAAACTTTTCTTTAGTCTGCAGAAGCTTTCCTTCAGTCGGAAATTATTATGGAAGTGATTGGCTACCAGTTACCAACATTATTCAGTATAGCTTCTTTTTTTTTGTTCAACAGAAAAAGAAACTTAAAGGGGTCGCACACCGGATTTGCACTCAGCAACTCACACAGCATTTTACAATTCTAGGCATAGATTTTTTTTTTATCAGGGTATGCACACCAGTGCCGCTTAGCTATGATTCAGGACACTGTTCATACTTCTGTCGCACCACAGAGCACCATCTGCATAGTTTTATATTAAAGGGATATGAAACCCTCTTGTTTTAGAGGGTGTTCTCACACCTCTAGTTTGAAAAAAAGTCAGGAAAGTGGGTGGGTCCAGCTTTGTTTAGGTTGGAGTGTCTACTGTTGTGGCGAAAGAGAAAAGGGTTTGCATGAAAAGTGGAGTTTCACACGCTGAATTTCACAAAGGCAAAACAAACCTAGACGCAGGAGAGAAAGGCAGTGACTTTGTTTACATTGATCACTTACCAAATCTGTAGTCAGGACAATCAACACGAACTGGAACTGATCCTTTTTTTTTAAAGGAGATGAGCAGCAAATCTGGATTTTACCATTTCCAGATCTAAAAAGCTCTTGGCTAAAGAATGTTTCTTACAAACATATTTTTGTTGCGTGTTAGCAGACCACAGTAATCCACAAATTTGGGTTCACACACGAGATGTGCTCTCATCATGGGAAAATGGAAACAAAACCTTCGTTGTGGCAGATTTATTAACCCAACACTGATGACCCATGTCTCCAAACAATTCTTCTTCTTCCACTTGTTTTAATTATGGTTGGCAAAACAGCATGGTGTCTCTCTGCCATCTGAACACTGTAACAGGTAAACACAGTCTTCGAAGCTATATAATGCATATTAATGTAGTTGCACATGAATTAATACTGAAAACTCAAAGACGTCACATTGTACCAGCCGGTACAGACATCCAGTCTCCATGCTGGAATTTACACAAGGATCTTATGGCCGTGACGCAGCTTCAAAATTTCTTTTCAAACCGCAAACAACCAATTCTCACTTTTTAGTGAAATACATGTGTCCTAATAGTGATTTTAGCAATGTGGGATACATATATGATTGTCAACATCTCAAAAAATGCGTTTTGGTGTTTTGTGACCCTTTAAATAACATTGAAATGTGCTCGTCCACGGTGTGTTACTTCCAACTGATATAGGCGCTGCACGGCGCTGAGTGGCGCATCTAATGTGCAACCCCTTTTAGACTGGTTTATAAGAAGTCTAAGGTAAGTAATTGATGACAGGATTTTCATGTTTGGGTAAACTATTAATTTAATCTCATCAAATGATAAGTGAAATCTGACTTCTACTGAGTCAAGTGCAAAGAGAGTCTAAAACCGTAAAAGCTGGTCCACTTTTAACCACTTCCAGAGTTGGTCGAACTTTGATCTGATGGCTTTTGTAGTGCAAGCATGACAAATTTAGAACAAAGTCTCTCAACGAAATCTAGGGTAGGAAAAGAGACACATTTGAATGCATGTAAATACCTTGTGATCAGACAGAAAACACATTTTAATACTAGGTGGAAACAGAACCATAAAATCCACACCTTTCTACTGCACTGCAAAAAAGTTTTGTTACTTAGTTTTGTTTTCTAGTCCAAATATCAAAACATTCTTAAATCAAAAAGCATTTTCTAGACAACCAAAAATTTGTTTGTCAGAAATAAATCAAAATTAAGTGTTTAATTTAGACACAATATAGTATTTCTAGATACAGGACAACACTCTTACCCAAAAACAATGTTCATATGTTATTGGCGGTGTAAGATATAACCCATTTCTCAGATTTGGATTCTTTCTGTTTGAATTTTTTTCCATACAG
Seq C2 exon
CTGCAAATTCCAACAGCACCGGCGGATCAGGGTCCAAGACCTGCTCTATCTGTTAGAGAAAAGACAACAGTACAGAGAGCAAGGCATCTCAAGATGCAGCCTGGCCTCCTAAGTATTAAGTCAAACAGGGGGAGATCATCCTTATCCCTAGGATTTGCAAGGATCTGATCAAAGAGTGAGTGTAAAAAAACATATCAATGCTCTCAGCAAGTCACAAGACCACCTACTTACTAAAACATTGTTGGATCTTGCCTTGCAGTTAGTATTACTCTTCAATTGTCTTTCCTTTTGGTCATAGTGTTTGTTTTAAGCAGTTTCATTGAGCGATAGACGGTTTCAATAATGACGATGCATTTTAAATGTACTACAGAAGTGAATGTTTTTCATTTAGTCCCTTACTGGACATTGCCTGATACTTGATATCAACCAGGTCCACAACAAGTTGATGTACAATCATGTGCAGAATGTTATTGTAATTTAAGGAACTTGTGGTAATAAGAAACGGGAATAATTGTGCATTTAGCGTCACCCTTAACTTACATATTTATTCCCTCTAAAAGTGATCACATCATACTGCTGGGATGCTAATGAGCTTTTGTAGGCGCATTAATGTGCAACTGGATATATACTAATGAGCCAAAACAATATGACTGAGTAGATTAGATGTAACCAAACAATCACAATCTTGTAAATCATTGTGTTGGATACAGTAGAGATGGGTAGGAAAAAAAGACCTGAGTAAATTTGACGAGGCTCAAAAAGTGATTGGTATCTGGGTCTCTGAAACGGCAAGATTTGTAGGTTGCTTTTAGTCAGCGTTAAGTGAAAATTTACTAAAAAATGTCAGAGGAAAGACAACACTAAAATTAGCAACAGGATGTTGGGCAGCTAAGCTCATCAATGACAACAAACAATATCCTGTATGGTCCAAGCCAACAAAAGGTCTACTGTGCCACAAGTTGGAGTAGCATGGTGGCACAGTGGGTAGTTCTGTCGCCTCAGCAAGAAGGTCACTAATTCGATTCACGGCTGGGCCAGTTGGCATTTCTGTGTGGAGTTTTTGCATGTTCTCCCCATGTTCACATGGGTTTCCTCCGGGAGCTCCGGTTTCCCCCACAGTCCAAACACATGCGCTACAGCTGAATTGGGTAAGCTAAATTGTCCGTAGTGGTTGAGTGTATGTCCTAGTCCTCCAGGTTGGGGTTGAGCTTTGGGCTAATGACCCACCTTATAAAATATTAGATGTTACGAAACACCAACATGGTGCAGCTAAATATAAACTTTGATTTAAACGGCCCTGGGAGTGAGTAAGGAAGTGACACAAGTTACACAAAATGTAATAGTTGTTAAAGCAGGAGTGTGTCACAACACAAAATGTAATTCAGCTGCTCTGTCCACTCATGAAAGCACCTAACATAAATATATGAGTGTCGGAACTGGAATTGGAGAAGTTTTGGAGAAGCTTGCTTGACCAATTAAGCTCTCTGCACTTTAAGGTTGGCTATCTAGATGTACACTATTTACTTGGGGGAGTGATAGGATGTAAATTTGATATGCTACCTAAATAAATATTGTTGCAGACTGGGTATATCTATTGATGTCAATGGCATCCTTTTTGAAAGTGGCCTCTTTCAGCAGGTTAATATACCCTGTCACATTTTACACATTGTCCATGAATGGTTTGAAGAACATAAAGAGATCAATGTGTTGCTTTGGCCTCCAAATTCCCGAAATCTCAAACCAACTGAGCATCTGTGGGATGTGCTGGACCTACAAGTGCAAGCCACAATGCTTCCACATTAAAACCTACAAGAACTGAAGGACCTCTGTGGGTCTTGTAGCCATGCCTCAGCATGATGGTGCTTACTAGGCAGGTGGTCATACTGTTTTGGCTCATCTGTGTAGATGTATAAAACTAGCTCTAAAGTATTTTTTCATGTCTTCACTTAAGCTGACAGGTAATGTGCGCTATTGTCCTTCAGACTTATTTACTACATCAAGTGCTGTCATGGGTGTGTTTTACTGAGCGGTGTCCCATTTCTCAGTGTCTCTGCTGTTGGGACATGCGTTCACAGAGAAAACTAATTCCAGTGGCCTTGATACTATTCATCTGTCCAGTTCTCAGCCGACCTGTCATCGCAGTCTCTGTTTAAATCCATTATGTTTTTCAGATTTGGGCTTTTGTTTTGTCTTATGTCGGACTTTTATAGGATTCAACTGATTGTCTGTAAAGCATCTTAAAAAGATCTAATTATGTAAATATACTTAAATGATACATTTTACTAGTTTAAAGTGAAACACTATTAAGGTGTTTTCTAGTGCACATAATGAATTCTACATGCTTATTATATAAAGCTGCTGCTTGTGTTTCACAAATTAAAGTAGTGAAGGATCAGACTGTAGCAAGAAAATGTTGAAATCATCATGTCAGATCTGACAGCAAGGGCCTAGAAATAAAACTTGTTTTGACAAAAATGTGATTTACTTGCAGAGCAAGTTTAATCATTTGGCAAGAATTTGATTATTTATTTGATCATCAAATATGACTACGTCAAACCATCAAAAATACCTCAAATTGGGTGATTCCAATTTAATTGGTAAAAAATGTAAAGCTTCACTTTGTATGCTCAATACCATGACAATTAAAGCATTTATTTTGTATGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000011671:ENSDART00000135816:21
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.154 A=NA C2=0.389
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0023314=PDEase_I=PD(7.6=36.5),PF141951=DUF4316=PU(85.7=80.8)
A:
NA
C2:
PF141951=DUF4316=PD(12.2=31.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]