DreINT0114607 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000060946 | pip5kl1
Description
phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase-like 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060526-248]
Coordinates
chr5:31103439-31109826:-
Coord C1 exon
chr5:31109632-31109826
Coord A exon
chr5:31103490-31109631
Coord C2 exon
chr5:31103439-31103489
Length
6142 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCTGTGAGT
5' ss Score
7.21
3' ss Seq
ATTTTGTGTTTTATTTTTAGGAT
3' ss Score
11.54
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGGAGATGTCAGGGCCGAGTGTGAACCGCCGCAGTCGCACGGTGAAGAGGCGACGGTGGGGAGGACTGAGGCAGCAATGGAAACTGCTGGGTCTGTTTGAGATCGACCAAGAGCATGAGTTTCACAGTCTCACCTGCATGATGAAGGAAGGGCTGCGTGCTGCTGTGCAGAACACCATTGACAACCCTTTACCT
Seq A exon
GTGAGTATACACATGTTTATGAGCTCACACCTCCAATCCCTAGAGAATATCACTCCTTCCAGATGCAGGAAAAAACTATAAAGAGACTGTCAAAGAGTTTTGTAGATTTTTATAGTAGTCTGTCAAAAAAATTGAAACTTGTACATAAAAAAAATACATTTTGTGATCTCTGGTTTAGTTTTTATTCATGAGTACATACATTTCAGATTTTTTTGTGGATAGTGCCCATAAAAGTTGACCTTTTTTGCACTAAAGATTGTTTAGTTTTTAGATTAGTTTTCCAAAAGATGTATTACAAAATTTAATTCAAATGTATAATCCTTTTATGGGATTTTTCATTTCATCAAGTTCATGACTTGGTATTGTTAAAATGTTTGTTTAATGTTTTAATAATTAGTCAGTGGGCATGTTTACAAGGTGACCGTGCCTTTCCTTTGTGGTTTTAAAAAGGTTTGTTGACGTAACAATGTTGTCTCAGATCCACAAAAACAACGTGCTTGCCAGGCCCCTATGTGCAAATATAAACCTGTAAGTTTGCCATTGTTGCTTTAATTTGTCAAGTACTTAGACATGCGGATTGAACATGTAATATGCATTCATGAAATGTCAGTATTTCCACAAAATTATGTTTTTACTTAATAATACTGAAATAGTGACTTAAAAAAATGAAACTCATTTAGTTTCAAGTTAAACAACAGTTTGCCACTGTAGCGTAAACGACAAAAACATCAACTAATCAAACTGTTTAAAAAGCAGAAGAAAATGTGTAGTAACAATTCAGACATGCTAGTAAATAAATTTATTGTAAATTGAGGACTTAAGACAAGAAAAAGTAACATTTTAAGCGTGGAATTATTCGTTATATATATATATATATATATATATAATTTATTTACTTTTATTATTATTATTATTATTATTATTGTTATTATTATTATTATTATTATTGTTATTATTATTATTTTATTATTATTTAATTGTTTAACCAGTAATGTCCCATTAAGATACAATATCCCTTCTACCAGGAAGAGACAGGAAGCATAGGACAAAGTTACAAAAAAATTAAAAAATAAATACATGTCACAACACAGACACACACAGAAATAATATTAAACAATAATTGATTGCTAAAACATGTGCACTGTTTTAAATCGACAGTATTTAGAATATTTTTAAATATAAGTATTATTATTTGTTGTGTTGTTTTATTTACAGCTTTTCAAAATTCTGGTGCAAATAATCTTGTACCAGAAAAAAAAACTGGTATTTTAATCTGGTAATCTGTTATTGTTATGAAACAGTAGAGACGAATGACAACAAACCCAAAATGCAGTTACCAAGAAATAAACCATTCAGCTCATATTACACGTGCTGAAATAAAAGGTGAGAGAGACAAAAGCTTTGGTCTGATCAAAGACCTGCAAGGAGACAAGACATGCTCCATTTGCCCTTAATTAGTATGAGGGGAAGCTCCATGGAGAGGGCCTGGTTTAGTTTGATCTTTCCATGGAGACTGTGTGTTTGTGGTGCTAAAGGGCCTCCATATTACAGTGATCGAGCTTGATTACAGCTTTACTCTTCATTATGGTCAATTGCTTAAGAGAAGCTGATCTGGGGGCAGAGTTGGGGGTAATCCATTAGTAACACAAGTTATGTAATTAGATTATCTTTTTTAAAGTAACTGGTAAAGTAACAGATTCATTTTTTTTTCATTTCCAAGAAAATAGTTACTTTTATAGTAACTTGAGTTACTTTTTAAAAATATATATATTTATCGATGGCTCTCCTTTTGTTGAGAGAAATCAAAAGTGTTGTCTACTTCAATATCTGACAAAAGTCTTGTCGTCGATCCCAATTGTAAAAGCAATATAATATTGCAATATTGTATAAGCAAAATAATAACTTCACTTCCCAGAAAAGTGTCAGAAAGCAGATTTTTTTTCCTGATGAATCATCTGTTGAACTGCATCCCAATCATCATAAATACTGCAGAAGACCTGTTAGAACATGCATGGACTCAAGATTCTCATAGAAATCAGTCAAGTTTGGTGAAGGAAAAATCATGGTTTGGGGTTACATTCAGTATGGGGGCGAGCAAGAGATCTGCAGAGTGGATGGCAACATCAACAGCCAGAGGTATCAATACATTTGTGCTGCCCATTACATTACAAACCAGAAGAGAGGGCAAATTCTTCAGCAGGTTGGCACTCCTTCACATATTTCAGCCTCCACATCAAAGTTCCTGAAAGCAAAAAAGGTGCTTCAGAATTGGTCAGCCCAGTCACCAGACATGGATGGAAAATAAGTCATTAAAGATGAATCCAAAGAATCTTAATGAACTCTGGTAGTCCTGCAAGAATGCTTTCTTTGCCATTCCAGATTACTTTAAAGTTTAATTAATTTATAAGTTATTTGAGTCATTGCAGAGATGTGTGGATGCAGTCCTCCGAGCTCATGAGAGTCATACACAATATTAATTATTTTTTCCACTGCTACACGACTTTATATTCTACACTGTACATTATTTCTGTTTAGTGACAAGACTTTTGTCAAGCAAAGTCAGACCTTACTGTCCTAATTATATAATTAAAAATCAAGGCATGATTATATTTTATTTTGGTAAAATAAGCATAATAGAGGCCTTTACCTTTTACATAAACCACTTCTGATCCCAAATGATCAACTAGAAGTCAAGCCATTATTTGTTGTTCTTAAACCTTGGATAGGCTGCAAGACTTTTGTCAGGTAGTGTATGTGTAAACATGGTATGTACTTTACTGTAGGTCTAGTTTAAATGTGAAAATGAATTTACTTGTATAATTTACATAAACACAGATTCAGGATCCCTTAAGATGAATTAAAACTGTGAAAAAAAACTCAGGATATTCCGGTAACACTTTACAATAAGGTTCATTAGTTAATTCATTTACTAACATGAACTAATCATGAACAACACATGTACAGCATTTATTAATCATAATTGAACATTTACTAATGCATTATTAACATCCAAGTCCATGCTTGTTAACATTAGTTAATACACCATGAGTTAACATGCACTAACAATGAACTACTGTATTTTCATTAACTAACGTTAACTAACATGAACAAACACAGTAGTAAATGTGTTGTTCATTGTTTGTTCATGTTAGTAAATGCATTAGTTAACATTAACTAATGAACCTTATTGTAAAGTGTGACCGATATTGCTTGCTGAATACTTTTTTTTGAGCTGCTCCTCAACTGCACAGATTTGAATTTACAATTCCTTTAGCCTGAGGTTTGTTGACTTCACACTTAAAACTTAACAATCAATCTTTTGTAAAAGTTCATACATTTTTCAAAAACTTTTTATATTAATGCAAACAAACAAGGCCAGTCCAGGAAAAAAAAGCAATGCACAAGTAACATAACATATTTTTTTCTTTAAAAAAGTATCTAAGTACTTTTTAAAGTCAACTTTTTACTTTTAAAGACAACGTATTACTTTGTTTTTGAAAGTGAGTTTCCCCAACTCTGGCTGGGTTGTGGAAGAATTGCCAAGTGTTTGAGCAACAAACACCATTGTACTGCATGCATTGGGGAGGAGGAACAGAATGCCAACAATGCACCATAGAAAATGAAAACACCACAATAGAGCGCAGAAACGGGACTGCTAAAATGTGAGCCTTCTTCTAAACCATGAAATCAGTACGAAGTAGAATGTTGATAACAGCAGAAGCATAATACACAGTGTACATTTAAGCCTAAGTGTGTATTACACTGACATATCAGTATATTTCAACTCTGGACATGATGTTTGCATGACTACATTTTTCCCCATTTATACTGTACAATTTTCATCTGCAGAACTGTATACTGAATAACCGTATACTGTCTCAATTTTAAGACCATTTTCTGTAAACAAAAGATATGTATTTAGAGTTGTGTTTTGGGGTTTTAATGTATATGAAAACACAGCCAGGAGTTAATATTAATCTCATTATAGAGAGAGATTAGTCTTATGAAGTTTATTGGCTTCCTTTCACTTCAGAAAAATCACAATTGATTGATATGACATGATGCAGAAATGCACTTTAAGCACACACATATTCAGCAGTTCACATGTCGTTTGCCTCATTACTATCATATTATCTAGCAAATTTCACAATATACATGTTGGACTAACAAAAGAAACAGAGTCCCATAAACATAGTAATTCTAGTACAAGCTTAGATCAACTTTAAAAAAAGTGAGAAGTTTATCAGTGTTGTAATCTCACTAGGAAAGGTTGTGGCCAATTAAATGCTGCCTGAGCCTCCATTTTAATTATTTAATGTGGTTCATCAGAGTTTGTGTTTTTGTTCAGATTAGCTTGATTTACCCCAGGGTTTTACCATGTCTTACATGAGAACAAGGAAACTATGACATTTGAGGCTTATGGTTTGTCAGTTCTATTTTCTGAACTCTTAATATTCAGCTATGTTTTGGTTCAGATTGTCATTCTGTGGCATCTTTAATATCTTATTTTTGTTAATAAATGTCCACTGCAAGTTAGTAAAGCCGTTAAACACCTTAAAATAACTATATGGATTCATTTCAACAGAATTGTGAAAAAAATGTGAAATAATGTTCCCTCTTTTAACAGTACATTTTTAATAGTTCTGTTTTTTAAACCACAAAGAAGGTTATGAGGCAAACACATCCCCTGATCCTATTCTTTAGTTTGGTCGCACTCATGGTCATGTGCGTGTCTGTAAACAAACACACACAGAGATGATGCTGCAGAGAGCTGCTTCTATTGAATCCAGTGTGCTTATGCAGCAGAATGAATCCCAAATGTGCTGCCTATTGTCCTGGGGTCAAAGCACTATTGCAATGATCAGTCACAACTTTACTTCTGTATTATATCCAGCTTGATTTTGACCAATAAGAAAGACATAGTTTCAATTAACTTTTTATTAGGAGAATAAACTTAGCAATGCATTAATGACCTTATTAAAATATATATTTACACATTT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Seq C2 exon
GATGAGCTGTGTGAGGATGACTACAGTCTTGAGGTTACTCAAATCCATAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000060946:ENSDART00000141328:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.215 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]