DreINT0124571 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000079872 | rapgef4
Description
Rap guanine nucleotide exchange factor (GEF) 4 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070912-385]
Coordinates
chr9:2952873-2955387:-
Coord C1 exon
chr9:2955309-2955387
Coord A exon
chr9:2952971-2955308
Coord C2 exon
chr9:2952873-2952970
Length
2338 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGAGTGAGT
5' ss Score
7.36
3' ss Seq
GTGTGTGTTTGTGTGTTCAGATA
3' ss Score
9.39
Exon sequences
Seq C1 exon
CACAAAGTCCTGCTGCGTCAGTTCAGCACAGGGAACGACAGGCTTCAGAAGAGACAGCCCATCAAAAGCACAGACGAGA
Seq A exon
GTGAGTCTGGAAGCCCTCTGCAAAATCCATTTATACAGGTTAAGTTAGAGATGAAGTACATCCAGGAGGTTGTTATCACAGAATAAAGCCCTATAGATAGCTAGATTCAATAAGCACGTGAACCAGCGTGTTGTATTATTTGAAGCGATGTATTAGTGTAAGTGTATTGTTTTTGGTGTAGTCCTCTTCAAGGTGTACTGCAGTGATCACACCTACTCTACTATCCGTGTGCCCGTGTCTGCATCCGTCAGAGAGGTCATCGCTGCTGTATCCGACAAACTGAGCTCAGGAGACGATCTGCTGCTCATCCATCTCAACTCAGCTGGAGGTCAACACACACACAGACACACACACACATTTATATATTGTATTGTACTGTATTCGTATTGTTATACTTGTGGGGACATAAGGAAAACATGGTACACACACATACTTTTATGTGTGGTTTACAAGGACTCGCCATAGGCATAATGTATTTTATACTGTAAAAATCGCTTATTATATGTCCTTACCCTACCCCTAAACCCAACCCTCACAGAAAACCCATTTTTAATAAGTGTGCATTTATTTATTTATTTATTTTTATTTATTTATTTATTACGTTTTATTTATTTATTATATTTTATTTGTTTATATAATATGTTTTATTTATGTATTTATTTATTATTATGATTATTAATTATTATTTTTATTTTTTATATACTTATTATTACGTTTATATTAATTTATTACACTTTGTTTATTTATTTATTTATTAAGTTTTATTTATTTATTATTTTATGTGTGATTTATTTTTATTAGTTTATTTATTATATTTTATTTATTTAGTATGTTTTATTTATTTAATTAATTATTATTATTTTTTTTATATTTTTATATATTTATTTACTATGTTTTATTTATTTGTTTATCATTATTTATATTTATCATTTCATTATTTTCATATGTATTTGTTATGTTTTATTTATTTGTTTTATTTATTTATTTAGAATACTTTTTTATTTTATTATTTTTATATATTTATTTATTACGTTTTATTTATTTATTACATTGTATTTATTTATGTATTTATGTATGTATTTATAATGTTTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTATAATTTTTATTTATTATTTTTAGATATTTATTTATTACATTTTATTTATCTATTTATCTATTAGGTTTTATTTATTTATTATTTTATTTCTTTATATATTATGTTTTATTTATTTATTTGTTATTTTTGTATATTAATTAATTAATTTATTTATTTATTTATTTATTTACTGTTTTGTCCATGGATTTCTATGGACATATTGTAGAAACTTTTAACTAAACTAGAGGATTTTGCCAATTAACTAACTGAAGAAAATGAAAACTGAATAAAAAAATAAGCATAACATAGAAATAAACGTGCTAACCTGAGGTAAATTAAAGACATGCATTGAGAAGGAGTGCAAAACATTAGTGAACATCAACAGATCACAAAACAACGCAAGATGGAGTCTTCCAGAAGTGAAGATGATTTTGTCGTCTTCTCACACATATCACAATTACGAAATAAACGAAACAACGAAATAAAATACCTTCATTTAATTTGACTAAACAAAACATTATACAGAAATAAAATAGAATAATACAGTTGTTTTTTAATAATATATATTAATTAATAATATAAAAAATATATATTATATTATTATATTATATATATTAATATATGTATATTAATAATATGTTAATTAATTAATATAATTTTTTTTTAATCTTTTTTAAATATTTCCTAAATGATGTTTAACAGAGGCAGGAAATTTTCACAGTAAATCCTATAATATTTTTTTTCTTCTAGAGAAAGTCTCATTTGTTTTATTTCGGCTTGAATGAAGTACGTTCCTAATTTTTTAAAAAACATTTTAAGGTCAATATTATTAACCCCCTTTAGCTATATATTTTTTGGATAGTCTATAGATCAAACCATCGTTTTACAATGACTTGCCTAATTACCCTAACTTTACCATAACTAACCTAGTTAAGCCTTTAAATGTCACTTTAAGCTGAATACTAGTGTCTTAAAGAATATCTAGTCAAATATTATGTACTGTCATCATGGCAAAGATAAATACTTCCTTCTGTTAAACAGAAATATAGGAAAAAAATATACTGGGGGGCTAATAATTCTGACCTTAACTGTATGTTATATTTCATTATAGGGGCACTGTGATAGCATAATAACCAGTGGCTTAAATGTTTGATAGCTGACATCTGTTCTAACACACTCTTTAAAAGCATCTAACTCGCGTATTGATGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTTCAG
Seq C2 exon
ATAAAGAGCTTCTGAAGCCGTCTGATGTTTCCATCTTCTCATCTCTCAGCATTAATGGCCGTCTGTTCGTCTGCCCGAGGGACCAAATCGACTCTTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000079872:ENSDART00000144046:20
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.358 A=NA C2=0.020
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0078818=RA=PU(4.7=7.4)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]