DreINT0126441 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000071213 | rgl3a
Description
ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 3a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-101130-1]
Coordinates
chr6:7982284-7985989:-
Coord C1 exon
chr6:7985905-7985989
Coord A exon
chr6:7982362-7985904
Coord C2 exon
chr6:7982284-7982361
Length
3543 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGCAAGT
5' ss Score
3.32
3' ss Seq
TTGGTGTGTGATTGATTTAGGAG
3' ss Score
6.88
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAGAGTATGGCTGTCTTTGAACACCTCTGCGACACCTTTCCTGATGAGAACTGTGTGCTGATCAACCGAGAGATCTTAGTAGAG
Seq A exon
GCAAGTTTTTACTGGTTTGCCAATTTTTTAACACTTTACTGTTGATTTGGCAATTTCAAGATTGAGACAAACAAATAAAATTATATTTAAAGATGATTTTATTCTCTTATAAGAGAAGGTCAGACAGTTATGCAGAAACACAGGTCACTGCAGAGTAATGGAGGGCTTTCTCCCGCTTACCTTTTTGTTCCACTCAAGACAAGGAAATTAACTAAATATTGTAATACATCACATCTTCTACACTAAGGCCTCCATCTTTATGGTGAATTAAGACACTCAAGATGCTACCTGTCTTTCTTCAGAGTTAGTTATTTCACATTTCTCACTTATCCATTTACTTAATTTTGGCCATGGCTTAAAAATTTCAGCAATGGTTTTATATCTGTCTGGGGTTACCTGCTTACATCAGATTAATCTTTGAATTTGTGTTACTTATTTACAATTAAAATCAATCTAAGAAAGAGGTTATTCTTTTGCACGGACAGAACTTACAAATTTCTTTGTCCTTGTACAGTTTAAACCAGAGTCATGGTGTCGGCCAGTCACGAGATAAAATCAGCTGTTTCACTGCAGTCAAATGCAAATGCAAAACAATAGCTTCCCAAGTTTCCCAAAATGCCACTGCAAGTTTCTGTGTCTGTTTGTAGCCTGTTAAGGTTGTTGTAACTTTCCAGTCAGAAACACAGGCTAGATTGATGATTTTCTTTCACTGAGTTTTAAAAACACCCATAAGGGGAGAGCTTCGTAGCCAAGCTGTTTACCACATTTGCTCGTTTGTTTTATTATTTCTACCAAGACTTATCATTCATTCATTTTCTTTCGGCTTAGTAACTTTATTCGTCAGGGGTCGCCACAGCAGAATGAACTGTCAACTTATCCAGCATATATTTTACACAGTAAACGCCCTTCCAGCTGCAACCCAGTACTGGAAAACACCCTAGGAAACACACATACACTACGGCTAATTTAGTTTATACAGTTCATCTGTAGCACATGTCTTTCGACTGTGGGGGAAACCGGAGCACCCAGAGGAAACCCACCCCACATGGGAAGAACATGACAACTCCACACAGAAATACCAACAGACTCAGTCGGGACTCAAACCAGCAACCTTTTTGCTGTGAGGCGACAGTGCTACCCACTGAGCCACCGTGTCGCTCCAAAGACTTATCACATTTCCTAATTAGTCACTCATTTCTACATGCCAGTTTTTTCTGCATAATCCTTCTTTCCTTCTTCATCCAACAATTCACTGTCTGCTTACACACGTCTCATACAACCTCCTTTCTGTTGTTTGCGATAAATCACTAGACTTAATTAATTTCTCTTTATCTTGCAAGCATTTTTACCCATATAATTGTTTTTTTATTTGATAAAACATCAATGTATTTTAATTAGTGAGCTTGCTCTAGGATTAGAACTTCCCTATAATAAAATGTTGAAAATGTTAAGTTCCACACAATCACTTCATGTCACCCCAACGCAAATCGATCAAGTTAACTTAATTTTTATTTTTTTTACAATTTAAAATTGATTAGACATAAAACACTTCAGCTGTCTCACAAAAAAACTAAAAAATTGTGTTGTTTCAGCTGACTTTAAATTAAAGTAGTTAGAATAAGTAGCAAAGCAATTTTTTGTCTATTTGTTTTCTCTGTGGATTTGTTTCCGGCAACATATGATCTGCTGGAGGTCTTCAACAGATCCGATCATTCAGGTGGAGCCCTTTCCTTTTTAATACCCACACCATTTTAAATTCCCTCCTGCAAATAAACTGGGCTGTCTTCACTATTAATCTCAATTTCATTCATTCATTTTGCTTCAGCTTAGTCCCATTGTTCATCTGAGGTAGCCACAGCGGAATTAACTTATCCACCATATGTTTTAAGCAGTGGATGCCCTTCCAGCTGCAACCCAGTACTGGGAAACACCTATACACTCTCACTTGCACACTCATACACTACGGCCAATTTAGTTCATCTAATTCCCCAAATCACCCGGAGGAAACCCATGCCAACAAGATGAGAACATGCAAACTCAACACAGAAATGCCAACAGACCCAGCCAGGACTCGAACCAGCAACCTTCTTGCTGTGAGGTGACAGTCCTAACCACTGAGCCATCATGTTGCCTGATCTCAATTTTCCTTCCGAGAATTACTTAATCACTGCCCTCGACTAATCTCAATTTTCACTCTGAAAATGTCTTGAACACTTTGCACAAATGACCTCAATTTTCCTTATGGAAATGTCTTGATCGTACTGCACAAATAATGACAATTTTCCTGTTGAAAATATCTCCATTGCCTTGACCACATATACTGCTAGTATGACTTTCCCTTTCCAACTAATTATAAAATTATAATTTTCACCCATAATCTTTCAAAAAACTAAATTCTTATTTAGATTAAATAAAGGTTTTTCTCTCACTAGAGTTTTGATATCACTAGAGTTGGTTTTGCACACTCCAGTAATATCCTCCAGACTATGACTTCTAAGTCTAGGATGTGCAGTTATCGTCCGCTTTTAAGTCCAAAAAAATGTGTATATGATATTTAATAAGCATTTAAGAGCAGTAAAAAAAGAATTTTCCTCCACACTGTAATCTTCAAAGTTTTGTGGTCAGTAAGAGTTGAAGTCATTTTTAAATGCCTTTAGTTTAACTTTAAATGTGTTAAGTTCATCAAGGCTGCATTTATTTGATCATAATACAGTCAAAACTGTAAAACTATCAAATATTTGTACAATTTTAAATACAATCTTAAATGCATGGCTTCAGTGACACATTATTATTATTTTTAAACCATTCTAATATGTGATTTTCAACACAAGAAACATTTATTAATATTATTATTATTAATGTAGTTGAAGCAATATTTTTGTGGGCACGGTGATTCATTTATAATCCATAGATTTAAAAACACAGCATTGATTTGAAACGAGAACCATTTGTAATATACTAGTATTAGAACATCAATTTAATGCGTCCTTCCTGAATAAAAAAATATCAATTCCCTCCAAACATCCATCATTTGTGCCGCACTTTGGCCTGCAGTGTTTAAACAAGCACCTCTAATGATTTAACATTACGTGCAAGAGCTGATAGCGGTGTTGAATCGCTGATAAGACAGGTACATGATGTCATCCTATGGCTGCCATTAAGTTCGTTTTACTATATTTAAAGATGCTCACAGGCCACATCCCCACACCCTTTTTTCTGCTCACATAAAAAGACTAAATCAATAGGCCATGCGGAATTATCCTGTTGAAGAAAAACATCCCATAATGTTCATTTAGTGTTGTTATCTGTGCTGGCTTGTAATAGTCCTCTGCAGTCTTTATCGTCTTCTGTTAAGTGATATATCTTCATCTTGTGTTGCATTTGCATGCGGGAGATTGGATTTGAATGTGATTTATGTCAGTGGTATTCAGTACATCTAGTGCTTAGCTTTGCATCGCACCCTTATCTTAAACACAGTTTGAGATTGCATGCATTTCAGTGTACCAAATGTCTTCTAATCTGTTTGGTGTGTGATTGATTTAG
Seq C2 exon
GAGGGAAACCAGGCAGCGGATGTAGAAACTCACTCTGCTCCAAAGTCTCCCAGACTCAGTCCTACGTGTAAGCACATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000071213:ENSDART00000151358:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.717
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0061714=RasGEF=FE(12.2=100)
A:
NA
C2:
PF0061714=RasGEF=FE(10.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]