DreINT0129221 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000060192 | rpusd1
Description
RNA pseudouridylate synthase domain containing 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060929-444]
Coordinates
chr3:35415390-35419970:+
Coord C1 exon
chr3:35415390-35415491
Coord A exon
chr3:35415492-35419060
Coord C2 exon
chr3:35419061-35419970
Length
3569 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACAC
5' ss Score
7.29
3' ss Seq
AAATATTAAAAACCTTGTAGGAC
3' ss Score
3.62
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTGTGAGAATCCAAAGCCATGCCAAACAGAGGTCACAGTTTTAGAGTACGGCACGTATGATGGAGATCCAGTCACAAAAGTGCTTCTGCAGCCTCTGACAG
Seq A exon
GTACACGATTATTATTGTTGACACCTATGCATTAAACACAAGGTCAAACCTCTACTTTTTATGAAATCAAACAGAATAAGGGATCATACTCTTTTATTGTATTTTTCATTATTATACATTTTTGGATGACAAATTGGTATAACCTAGTGATTTAAAATGACAATTTATTTATACTTTGGGGATGCCATGTTATTCTTGAAAAGGTCGTTTTATGTGTAATCAATTATTATTGTTGTGATGTGAATTTGTCTTATGATAATTGTTAGTAAGTAATTTTCTATTAGTCTCAACAACATTTTAATGTGTATTTTCAGTAAATCATGGTATGAAAAATGCATGAACATCATTATTTTTTAGCTGAAAAAAATTAAAACACACATTCTAATTTACATCAAAAATAGCTCTATCATAATAATACAGAAAGGGTTTGGGCAAAATATTGTGAACACTAAGGAAATTGTTTCTGTAATTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATACATATGTATGTATATAATAGGTGGGCATAGATAGTTTTTTAAAATCTAGATTAATCTCGGAATTAATCTAGATTAAATTGGCTCATTTGAATTCTGCCGAAGGCATTCAGAATATGTGTGCTTCCCAAATAATAAGTCTTTGAGAACGGGTTTCTCAAGCCAGGTGGCGCAGTAAGACCAGGGGCAAATAAATGATGTTCAATAAGATGTGTTTACTAACTATTTTTTCAGGTAAACATGAATTTTGAACTGTAGGTCTACATAAGCTCCAAACAGCAATTTTTGATTACCTTAATTCGACTAAAGTTATAACTAAACTAAACAGAAATGGAATTAAGACGTGTGGAGTATGCATATATTAGTGGCATTCTTAAAGTAAACACTGCAGACTCATTCTCACCCCAAAGACGTCAAAATCTGAAGCATGGTCAAGCACCTTGCGCATCAGTATGAGAACACCAAAGGTGCACCTTGGCGTCACTATACCGACGCAAAAGGAATTGCATTGCTTTCAATGGGTTGCCCCAAGCATCATATGGAGATACTCAGACCCTCGTATAATTTCATGTAGGACTTATCGGATTTTCCAACAAGATCACACGCGGCTCTCAGTAAAGGACCGCACACACACACACAGACACAAACACACATGGCGTTCGTTATTAAATCCCATAACACTTTCACCAGTCCTTACTACTTATTTGCCTCTAATACCCCAGTTTGTCACGGGGGATGAATGAAATGTTCATGAGTTAAAGTGAAACTGCCAAACTGCAGTTAAAGTCAGGCATCCTGCTGATTTGATTCGAAGGGCACTTTTTTGTCAGACGACTCATCAGTCAGGTATACATCCGCGCTAAAATATCAATGTAAAAGTCATCATAGTAGCTTGCATAGAATAGCCCCAGCTCCCACCCCAACTTTGAGAGTAGATTAACAGCGCTATTTTTTATCACACCATAAGAGTTTTGCGTTAACGCCGATAACGGCCCACCACTAATATATATATAATTAAAGTAGGACTGTGCAGTGGGTAGCGCTGGAAGGTAGCTGGTTTGAGCCTTGGCTGGGTCAGTTGGCATTTCTGCGTGGAGTTGACATGTTCTCCCCATGTTGATGTGAGTTTCCTCTGGGTGCTCCGGTATCCTCAAAAAGTCCAAAGACATTCTTTAAGTGAATTGGGTAAGCTAAATTGGCCGTGGTGTATGTTTGTGAATAAGAGTGTATGGGTGTTTCCCAGTGATGGGTTGCAGCCGGAAGGGCATCCGCTCGTAAAACACATGCTGAATAAGTCAGCGGTTCATTCCACCATGGTGACCCCTGATTAATGAAGGGACTAAGCCGAAAAGAAAATGAATGAATGACTCATTAAAGTATTTTAAAGTCTTTCAACTTTATTAGAACAGAATAATACACACCTTGACTTTTGGATTTTTGTGCCTGACTTTATTGTTTTTAATGAATCATTATTTAAACAAATCATGTGATGAAAATTTCTAAGATTTGTGGTGGACCGTTTTTCTTGATTTTGTGCTTTTGTTTAGGGCCAGAAAAAGAATGTCTTTGCCTAATTTGCACCAGTGTTGTTAGTAGATTAAACACTTTTATCATCATAAGCTCTGCTTGTTTGCAAACACATTTGTACTGATGTATGAGCTAAGTTTAACATTAGGAAAAAAACTGCCACGACTACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCCCTTTGATTTTTTTTTTTTTCTCTTTTTTTAATATTTTCCAAATGATGTTTTAAAGAGCAAGGACATTTTCACAGTATGTCTGATAATATTTTTTCTTCTGGAGAAAGTCTTTTTTTGCGGCTAGAACGAAAGCAAATTTAAACCTTTTAAAAACATTTTAAGGTCAAAATTATGAACCCCTTTAAGCTGTATTTTTTTTAGTAGTCTACAGAACAAACCATAATTATACAATAACCTACCTAATTAACCTAATTAAGCCTTTAAACGTCACTTTAAGCTGTATAGAAGTGTCTTGAAAAATATCTAATCAAATATTATTTACTGTCATCATGGCAAAGATAAAATAAATCAGTTATTAGAAATGAGTTAATAAAACTATCATGTTTAGAAATGTGCTGAAGAAATCTGCTCTCCGTTGAACAGAAATTGTGGGAAAAAATAAATGGGGCTAATATGTCTGACTGTATGTTCTTAAAGGTTTTTTTACTACTGTGTTGTTGATCTGCACATGTGCAGGTGTTATGGTGCAAGCAAATTAAAAGAAATGCATAGACCTAAGTCTGGAGGGGGTCGAAATAAAGGTGCCTCAAAAGCATGTATACAGTAAAGTACAGATACAATGTATTATCAAGTCATTTGATCAAGGTATAACGACACCACCACTTTCAAAATAACATTTTGTGTATTGACAGTGACAGCTGACATGAAAGAGAACTTCATTTACTACTCATACAGCACGCTGCCTGACAGCTTGTTTTCTAAGAAGACTGAATATGAGGAGTTTTTAAAAGGCATGCAGAGGTTTTGTTTGTTGTTAGAATGGGGTGAGGAACAGAAACTCATTTAATTTAAATAACTCGTTTGAAGTTATGCTTTCACCCAAAAGGGCCAATTATAGTGTTGCATCATAAATCATCTGTAAGGGTTTTTAAGATGGGTCCTTAATAATACATTTGTTTTCCAAAAGATATATATTGCATTAAACGTTTTGACCATCGTCATAGTGCACATACACAAAACCAACAGGTTATTGCCTTAATTAGTTGCAAAAAAATGTACAAACAAGATAATAATAAAAGAAATAACTGAAAAACCTCACATGAGACACATTTGTAGTTCTATTTTTTTCACTGTAGCCTAACCATGAAGTGTAGTCAGAACATTAATATTTGTCTATTTTTGGAGCTGTTGTGTGGCTTTTATGGTTCACCTTAACCTATACATATAACAATGGCTGTTCACATTATTTAAGCGCTGTAGCTGAAATGCCTTTCTCTAAAAGTCTAAATATTAAAAACCTTGTAG
Seq C2 exon
GACGGACACACCAGCTGCGAGTGCACTGCAGTGCCATCGGTCACCCCATAGTGGGTGATTATACCTATAGTCTGCGCACTGACAACAGTCCTTATCGCATGATGCTGCACGCCTACTTCCTGCACATTCCCCTCCACAACGAACCCATCCACGTCACCGCGCCAGATCCGTTTGTACCCAGCCTTGATGCCAAATGGGCTCCTCAAAGATGTGTGAACATTCTGGAGGATTTACTGAAGAATATTTTAACTAACCCGCAAGCTGAGATGCAAGAAGAGGCCGAGCCGGAGCCCAGGACGAGCAGCCCAGTGGAGAGTGAGGAGCAGCGGGCACAGTGTCAGCAGTGGTTATGTGAATGGAGTCTGGAATGACTAACTGTTGCCATGTTTTACCAGTAGCAGAAGTTATGCCGCAATGTGCCCAGCTCCATAGGGAATCCTTTACTCTTTCTTTTTTAAATTGACTAGGCAGAGCTCCTTCAAATTTGAATAGAAAAGAAACTTGAGGTGTACAGGAGTGTTTACCGTTTGCCCCCCATGCTTATGTCAAGCTCCGCTACTGTTTTTAAAGTTTTTTAATATATATTTTTTGAATTGCGTTTGTTATGTTCACCAAGGCTGCATTTACTTAATCATAATCTTATAGTGCTGCAGGAGTGATGTCAAAACCAGAGTGTCTTAATTTGTCACTGGTTCCTTCAAGATTTTCATATGTGTTTTATATACACTTGTGAGTAATGTATGTGGTAGAAGTATTTTGACAGTAGTTTACAGTTTCATCAACATAAAGTGTAATTGTAAAGCTTTTGCACTCCTATAAGTAAATTTCATGTATTGAATCAAGTCCCATAGTTGCATAAAATTTACATCAAGTAATTTTAACTTGGTCATTTGAAGTTCACTCTGCAATA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000060192:ENSDART00000146529:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.029 A=NA C2=0.195
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0084917=PseudoU_synth_2=FE(20.5=100)
A:
NA
C2:
PF0084917=PseudoU_synth_2=PD(6.6=8.9),PF094095=PUB=WD(100=22.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]