DreINT0129955 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000057737 | rxraa
Description
retinoid X receptor, alpha a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070314-2]
Coordinates
chr21:17843875-17872624:+
Coord C1 exon
chr21:17843875-17844144
Coord A exon
chr21:17844145-17872473
Coord C2 exon
chr21:17872474-17872624
Length
28329 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGC
5' ss Score
9.88
3' ss Seq
TGTTTGTGTGTATTTTGCAGTTG
3' ss Score
9.23
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
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Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
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Other Inclusion Isoforms:
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Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]