Special

DreINT0129955 @ danRer10

Intron Retention

Gene
Description
retinoid X receptor, alpha a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070314-2]
Coordinates
chr21:17843875-17872624:+
Coord C1 exon
chr21:17843875-17844144
Coord A exon
chr21:17844145-17872473
Coord C2 exon
chr21:17872474-17872624
Length
28329 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGC
5' ss Score
9.88
3' ss Seq
TGTTTGTGTGTATTTTGCAGTTG
3' ss Score
9.23
Exon sequences
Seq C1 exon
TAAATGCTTCTTTCTGCTTTCCTCCCCACAGACTGCACTGGACAGGTGACATCCTCTCCTCTCAGCTCACCCACGTCCCACCGGGGCATGCACCCGTCACTGCTGAGTCCAACTTCATTAGGCCCCTCGGGGTCCCTGCACTCCCCCATCAGCACTCTGAGCTCACCTATGAATGGCCTGGGCTCTCCCTTCTCCGTCATCAGCTCGCCTATGGGGCCTCATTCAATGGCATCTCCTGGAGTGGGTTACGGCCCCAGTATCAGCCCTCAG
Seq A exon
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Average complexity
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Mappability confidence:
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Protein Impact

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No structure available
Features
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Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]