DreINT0129957 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000057737 | rxraa
Description
retinoid X receptor, alpha a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070314-2]
Coordinates
chr21:17873782-17879973:+
Coord C1 exon
chr21:17873782-17873961
Coord A exon
chr21:17873962-17879803
Coord C2 exon
chr21:17879804-17879973
Length
5842 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACAG
5' ss Score
8.04
3' ss Seq
ACTAGTATTATTACATACAGCCG
3' ss Score
1.57
Exon sequences
Seq C1 exon
GTAAACACTACGGTGTGTACAGCTGCGAGGGATGTAAGGGTTTCTTCAAGAGGACAGTGCGTAAAGACCTGACCTACACCTGTCGAGACAATAAGGACTGTGTTATAGACAAACGCCAGCGCAACCGCTGCCAGTACTGCCGCTATCAGAAGTGTTTGGCCATGGGCATGAAGAGAGAAG
Seq A exon
GTACAGCACATGAAGTTGAGGATAGAAGATTCTGCTTTTTCTCTCTGAAATGTTAGAGTTCCACTCGCTCCTCCATATCTCATTAAAATGAATGACTTCCAATGCTACCTAAACACCCCTTTAGCATCAACTTAGGCTAGCTGAAGTACATAAAAAAAACTTTTTATGCACCTCATGCCCTTTTGCTATTAGACATAATGTCACCTCTGTGTGACTCGAGAAGAAACATTCATATCTAATCACCCATTAAATAGTCAAGACTACAGGTCAGCACTTAATTAGCGCTCATGTAGACATTCTGTCTGCCAACCTGATATTAAGTCTTCAGTCAACAAGTTTATTCTTTGCATAGTGAACAGGTAGTGTACTCTCAATATATGGAGGAAAGGCATGAAAATGGATGGTCGATACAGGATGGTGTGCTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTCAAATAGGCCCTTTTTTGCTAAATATAGACGACCATCTTGTCTTCCAAATCATCACCTGAGGCACAGAGAGATGAAAGAGTGGAAGAGGTGAAGGGTTGGTTATCATACTGAAGAAAAGGAGGGCATTAGCACTTTTTGCACACTAAAAAGACAGACATGAAAGTACTGGTTGGAGTATTGATTGACGAGAAGAAAAGAAAAAGGGCTTATTCACACAGAATGATTTTTTTTATCATTCCAATGCTTTACTTTTCCTTTGTTTTTCAGTAGAAACACAGTGTTGATGAACATGCATGATTGTTATACTTGCGTCTTTTGAAGCGTTGTACACATCAGCATCACATTTTTATGATGCCAACTTAAAGGGCACCTATTTTACCCGTTTTTCAAGATTTAAAATAAGTCTTTTTAGGTCTTCAGAATGTGTCAGTAAAGTTTCAGCTAAAAACACCCATCAGATTATTTATTATAGCTTTCAGATAATTTGAATGTTCTGCGCTGAACACTATGTAGCTGTTTTTGTGGCCTGTGCCTTTAATGCTACTTCTCCTTGCCCACCGTTCCCACGTGCCTATAAGAGTGTGCCTCAATATCTAGCTGCTTCAGCACAGTGAAAGACATGAAGGAAGCAGGTCATTACAAAGTTCATGTACACAGCACGCTCATTTAACTTTGCACGTCTTTGCATGGCAAATGTGACAGGATACAGATCAAAATCCACTGCTGCATGGATATCCGTTATGTTAATGTACAAAATGTACAAAATGATTTCACGTCCACAAACCAGGATTGAAGCTTTTTCTTTTATAATTGTACTGATATGCGGCTGTGGTGATAAAGTAAAGACAATAAAATCACTGTAATTCATTACAAACACGCACTGTATTAATAACTTTTTAAACTTGTTAAACTCATTCTTGATCTCATTTGATCATGATTGATGATCACAGCAAGCTGAACAGATCTTTTAATCCCGGTTGCTTTGCGCTCGTCTTGTCTTGTTGATATGATTATACTGTACGTGTTACTATGCAGATATTTTAATGCGTGGCTGTCGATCAATTTGGTAGGCGGGAAAACAGCATTCCTACATCACGTTGTGGTGGGCCTCGAAATGGGAGGGATTTGGATTCTATTTTAACATCAGGAAATGAAAAAAAAAAACTTTTTGTCTTTATAGCACCTCAATATGACTATGGACACACTAAACCTACACACAGTTCTGTCCAAGCAGCTTACAAAAGATGATTTTCATTATAGGTGCCTTTTAAGTTAACAAACTTTAACTTTTACATGCAGGACCACTGCTCAGAGTCAGCTCCAATGCATTAAACTAAGAATTCAGAGGCAGGGCAAGTTTAGCAAATTTTTGTTTACAGACACTCAGTGGCTGTGTCCGAATACCCTCATGCTCTATGCTACACTTAGAACATTCTTGAGCGATGCGCCTCATATTTTTACACGTTAAGAAGTGTTCTGTGTGAATGGCCCTTAATAGTGGATTTTTGAGATATTAGTTTTTTTCAGTGTTGCATCTTTCTTCAGTTTTTAAAACTTACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCCCCTGAATTATTAGCCCCCGTTTATTTTTCCGCCAATTTCTGTTTAACGGAGAGAAGATTTTTTCAACACATTTCTAAACATTTAAAAACTCATTTTTAATAACTGTTTTATTTTATCTTTGTCATGATGACAGTACATAATATTTTACTAGATATTTTTCAAGACACTTCTATACAGCTTAAAGTGACAATTAAAGGCTTAACTAGGTTAATTTGGTTAACTAGGTTAGGATAATTAGGCAAGTTATTGTATAACAATGGTTTGTTTTGTAGACTATCGAAAAAAATATAGCTTAAAGGGGCTAATAAAATGTTTTTTTTTTAAATTAAAAACTGCTTTTATTCTAGCCAAAATAAAACAAATAAGACTTTCTCCAGAACAAGAAAAAATATTATTAAACATACTGTGAAAATTTCCTTGCTCCGTTACACATAATTTGGGAAATATTTAAAAAAGAAAAAAAAATTCAAAGGAGGGCTAATAATTCTGACTTCAACTGTAACTGATGAACTCCTTTGAGTTCAGAAGTTGTGGATTAATACATATTGATTGTTTATAGTTCATAAAACTGCAGCGTGTCATTAAAAGACACAAGGATTAAATTAGTTTTGAATGTAAATCTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGACTTGCATTTTATAAATCACAAACAAGCACAGTTTCAGATAAAAATCTGAAGAGTAAAAAGTCACCTATTTCTTGAGAATTTAATGTATTTGGTCGTACTATAGCTTTTAAGGCCTAATATACTTAATTTTCAGAAAACAGACCTTTTTTCATGAAAACTGACCCAGCCGAGGCAACCAGCAACCTTTTTGCTGTGATGCGATTGTGCTACCCACTGCGCCACCGTGCTAACCCAGCCTTTTTCATATATGATGTTATTTATATAGCATACACTGTCATAAAATGAATCTATGAAATGTGTCCAAGCTGAAACTTTTATAAAGATGTTTAAAACAACACTAAGCTGAACTCAGGTCAGAGTTACTCCAAGCAGTCAGTCAAGTTTGGCCATATAAATTAAATATTTGTAGCTGTAGATTGCATAGCCAACTTCCAGTCCTCATTTGCCAAAATGGATCTTTCTAGGTCTTGTTTTATGTGAAAGATGAAAAAAAAGAAAGCCCTGCGATCTTACGCACACGACATCTTGCTCTCGCACCCACTGTCTATGACCTCAGCTCAACCTTTTGTCTCCTTTATTTATATCATCGCGGCTTCTTTCAAGGATATGATCATTTGCTTGCGTTCGCCTGTTTCTGTATCCCATAAGCTCGCGCCGTACCCCGAGGCACAAGAGAGCTGGGCCACGCTCACCCCCCAAAAAAGAGCTGAGCGAATCTGCAGAAAAACAGGATTAAATGAATTTATGCTTTCGTCCTCTCCAGGGGAAATAAAGCTAACGTGATTTCAGCCCCTCTCACCTCTCTCTGACTCCTGGAGAAGTATTTTACCCTTGGGCTGACCTCCAGACGCCGCTTTCCGTAAAGCAAGAATCCCCCTGTTTCTGAACCCCTCCACCACAACAGTACCTCTGTGATTCGCCGCTGAGAAAAACATTGAGGGGTCCGGGAAAGGAGAAGATTTAGCGTTTGTGTGTTTGAGAGTACTGTGAATAGGGAGCGGGTTTGGAGTCTTTTGGATGAACTGCGCTCGGCACATACACACTCTTAACCGCAGGGGCCTGGATTGTGGTTAATGGCACTTTGGCCGCAGTGAGACTGAGTGACTGTTCAACACTAACCACTTCCTGTTTCTCTGAGCCGATCAAATGTCTGATCTGTTCAAATCCGTTGAAGGAACCCGCAGAGATGAGAAAGATGTTACAGCATCACATTCTGTCGTGCAACAAAGTTGGAAATTAAATCAGCTTAGTTAATCAAGTCAACATGATCTTGTTTTAAAGCGCGTGATGTTCATCAGTGCACCTTATATTTAAGGAAACAATAATAATGCTTTTCTTTGTAATATTTCGTGAGAATGTTATAATACGCTCTTCCTCTCAAGTATCTAAAACCTCCTATGATAGTCAAAAGAAGTTTCCTCTGATCTTCAAGGGAATATTTAATTGATATAAGCAATAAAAAGCTGAAATGTTATTTACATTTAAACTGACTGAATACATTTTTTAAACATACTGTAACTGAACACTGTATTATTAGCGTGAATACTCTAACCGTCAGTCTGAAATGAGCCTTTTGAAATCTGTCTTATAAACTAAGTTGCCACTCTAACGTGATCAATAATTATCTGTTAAATTGTTAATTTAATGATAAATCATTGTTGTATTTATTAACAACAATGTTGAAAACTTTTTTTTCTTCTCCTTCTCGAAATTTTTTGTTGAATAGAAAGTTCATAATAATGGTGTTCATTTAAAAGAAACTGTTTTGCTGAATTTGAATAATCACTTTTTTGAATATTTTAATGTGTTCTTAATGAAAAGAATATAAAAAAAATGTGTCATTTCTTTCTTTAAAAAGTTCAAAAAAGGAAATAATATAATTTTTTTTATATGCTGCTTATAAATAGATTGGTTTTCATGAAAATATGAAAACATCAAAAATGTTTCTTGAACACCAAATCAGCATATTACAATTGACAGTGAATCAGCAGTAACAATCGTAACACTGAAGACTGGAATGATGATGAAAATTCAGCTTTAAAATCCGTGTGAGTTACGTTTTTAAAATAGTCCACAATAGGTGAAATCAATTATTATAGATGTTTTAAGGCTGTAAAACCCCTCACTACAAACTTTATTCCATACCTGTCAACAGTCCAGTTTTTGCTGGGAGTCTATCGTATTTCAGTCCCATGTCCAGCCACCCTCCCGTTTTGTTATTTCTCCTGGAACCCCCAAAAAATCAGCGAAAATGCAAGACCGCGAAGGGTGAACTGCATTATAGCGAGGTACCACTCTTTAATAGATTATGTTATTGCATTATGTATTAAATATTAAATTATGCTAATATGTTTTCTTTCTGAATGTATCTTCGTATATAACATAAGCAAAATAAATATCCTTCAAAAACAAAAATATGGTAACAGTTTTCACATAATAATCTTCTCCCCATATAAAAATATATGAAAAACAAAGAGACCACTTGAAAATGCATAGATTTACTAAATATGTTTACAGTAAGTACAGTGTTACTGTAATATTTGTTTTATTGATATGATAACATTTTCTTCCCAATTTCAAATATAAATATTGTGTCATGTACAGCATTTTTTCCTTCGCTGAATTGATTCTTATCTCCTCTGAAAATTAGGAACATTGGTAAAACATATGTTGTCTAAAAATTAATATAGACATATAAACTGTTGCACTTTTTACCTATTTTAATGAAATACAAAGCATTCTGAATGACAGCAATTTTATTTAAATTGGGAAGAAACATTGTTTACAAAATACAAATTTTAAACAAAAATCACATTACTATAAACCATAAATTCAGAGAAACTATATTTTTTTTGCAGTTTATATAAGCCAATTATATTTTTCATTGATCATACTTTCCCATATAGTTTCAATCTTTCTTTTTGTTTCACCTACAAATACTCTTTGTATTTGAATTTGTATCAATAACTTTTATCATTTATGAAGAGAGTTACATGCTAAAAAAAAAAAAAAAAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTGGGATGCATCATATTTGGTGGTAAGAATGTATGATGTGTGTGTTGACTTTGAGTAACTGTAGTGACCGTGACTAGTATTATTACATACAG
Seq C2 exon
CCGTCCAGGAGGAGCGCCAGCGAGCCAAGGAACGCAGTGAGAACGAAGTGGAGTCGACCAGCAGCGCCAATGAAGACATGCCCGTGGAGAAGATACTGGAAGCAGAGCTTGCTGTGGAGCCCAAGACGGAAACTTACATTGAGACTAATGTACCCATGCCATCAAATTCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000057737:ENSDART00000080481:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.632
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0010513=zf-C4=PD(82.9=95.1)
A:
NA
C2:
PF0010425=Hormone_recep=PU(11.9=21.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]