DreINT0129997 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000004697 | rxrgb
Description
retinoid X receptor, gamma b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040718-34]
Coordinates
chr20:34013119-34017141:+
Coord C1 exon
chr20:34013119-34013224
Coord A exon
chr20:34013225-34016588
Coord C2 exon
chr20:34016589-34017141
Length
3364 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACAG
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
TATTTATTTTTTTGCTAAAGGTT
3' ss Score
6.8
Exon sequences
Seq C1 exon
ACGCCAAAGGCTTGTCAAACTCACTGGAGGTGGAGGCACTGAGGGAGAAGGTTTACGCCTCGCTGGAGACCTACACTAAACAGAAATACCCCGACCAGCCTGGCAG
Seq A exon
GTACAGTCACAAACACTTGACTTTCCTTCACTACATACTGATAAAGGCCGTAGGCAGTCATATATCTCCACCCCAGAAGCACTTACATACAGCAAACATTAAAGTTTTATTCTGTAGGTTTTTACTGAGGGATATCCTCATACATAACTTGCCCGATTTTTTTTTTTTACTTTCTTTCTGGCTGTTTGAATTATTATTTGAATTATGGAGTGATAAAAATAGATCTCCCAAATTCCCTCTGTAAAAAACTATCAACTATAATATGTATTTTTTTAAAAACTACTTTTTTTTAACCCGACTTCAAGATAAACAGTTAATTTTTATATGTGATTTATTTGTTCGATTTTTATGACAGTTAAACAAACAAGAAGAGAAAATATCAGAAATAAATAATAACAATACAGTCTTAAAATTCAAAGACATTTTATATAAACCTAACCTCAACCCACAGACTGTACAAAAAACAGTATATGATAAGCATAATAACTATAAGTGCCAATTCAGAAATATAGACACAGATCAGTACTGAAAGTAGAGGGTGGCATTTAGAGGACTTTTTAAATTAAATAATGTGTCATTTCCATATTTAAACATAACATTTTATTCTTAATGTAAGCAATCAACTGGGAAAGTATGATGAAGAGGAGGACGTATATGTAGGCCAATATAGGCTGTAAAACAACATGCTTATCCTGATGTATTAATACAGGCTAAATATAATATTATATAATATTAAAATATAATTTTCCCAGATATGGGTTGCGGCTGGAAGGGCATCCACTGCGTAAAAACCTGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATTCCGCTATGGTGACCCCGGATTAATAAAAGGACTAAGCTGACAAGAAAATGAATGAATGGATTAAAATATAATGTAATATTATACTATAATATAATATAGGCTAAAACACTGCTTTATTTATTTATTTGTTTTTTTTATATATATATATTGTTTAAGTTTACAATAATAAAGCTTGTTAACAAGATTTTAATAATTATTGAAGGTATTATAGTGCTTTGTTTCGTTATTTCACCTTCATTTACAAGTACTGTATATTTCTGTCCGTTTGCATCCCAACCTTTTATGCCCCCTGGTGGCATACTCACAAACTGCTGTTACACCTAAAAACATGTTCTTGATCCCTTAGTCCTGCCACAGCTTCACATGAGGAGTTAACAGTCATTTTGAATTGTAACCTACGATAGTATGTGAAATAAATATATTACAATTAGTAGTTACAATTAATGATTATTAGCGTAAACGGGACACAATGCAACAACCTTACATTTAAAAGAGAAACATAAGGGCGATCATATGCAAAAAAGACCCCAGCCTATAATTTGTTCCAGATGTTTTCTTTCTCTTATTTATTTGTATGTTATGTGTTTGGCGCATGTACTCGTGTGCGATCGGAAAACTGTGCCCGCCTCTCCTTTCACTCCGCCCGAAGCCCCGGCTGGCCCTCTTTGGCCCAAGGTATTCGGTGGGCCGAAAAAGGCCAGCCGCTGGCCCCAAGAAAGCCCCGCTTTGGCCCGATTAGGGCCCGGAAGTGACAGTTGAAACGCCACTGGCCTTGAATCGCCCTGGCTCGCTCGCTTTAGGCGCGATAGTGGAAACGCAGCTAATGTAATGTATAGGAGGTGGGGTGTAGAGCTTTAATAATAAGATCTTTGTTAGATGTAGAAGCTGTTAACCAGAAGCTTCAAATCAATAGTTTCTTGATTTTGCTGTTTCATATAGGCATGGGACGATAACTGGTTTTAAGGTTTAGCACAGTTTTAAAAGTCAGGGTTTTAAAACCATTAAAATTTCTTTTATACCGTTCCTAAGGTATTTGTTCATTTTGTTTCTACATGTTTTTTTACAACTATATTATTGAGGGTTTTTTAGGGCAATAGTACAAAAGGACCCTCCACATCAAAAGCCACTAGTCAGTCCTTGATTCAGGAAACATTTGAAAAACAAATCTCTTATAAACCAGCATGTAGACCTGAACAGTGCAGTGACTTGCTTTTTATCCAAGTATCTTGCTTTATCAGTAGGAATGTCCAGATCCGATTACGCAGTTTCAGACTTGATCGGAAACAGACGTTACCTCCCGATCAAGACTCAAATACAAAAATACATATGTGTGCGTGTATAAATACAGTTGAGGTTAGAATTATTAGCCCCCCTGAGTTATTTTTTCTCAATTTCTGTTTTATGGAGAGAAGTTTTTTTAAACACGATTCTAAACATAATATTTCAATAACTCATTTATAATAACTGATTTATTTTATCTTTGTCATGATGACAGTAATTAATATTTTACTAGGTCTTTTTCATGACACTTCTATACAGCTTAAGGTGATATTTAAAGGCTTTACTAGGTTAATTAGGTTAACTAGACAGGTTAGGATAATTAGTCAAGTTATTGTATAAGGATGGTTTGTTCTGTAGACTATCGGAAAAAAAATATAGCTTAAAGAGGCTAATAATATTAACCTTAAAATGGTTTTCCAAAAGTTAAAAACTTATTTAAATTCAATAAAATTAAATCTAATTATTTATTCTATAATAAAAAAAATTATTATCGGACATACTGTGAACATTTCCTTCCTCTGTTAAACATCATTTGGGAAATATTTAAAAAAAAAGAGAAAAAAATCAAATGGGGGCTAATAAATATGACTTCAACTCTATATATATATATATATATATATACAGTATATATAGATAGATATTGGTTAAATGCCGGCAAAGAAGAACATGGGAGTAGCTTGAAAGCGCGAGTATGTCTGCGGTCTGCAGGTATTATAAAGTGACGACAACATTGCCACAGCAAACTGTGAGATATGTAAACTTGCAATTGCCTGCTGGGTATTTTAAGTTGAGGTTGTATTTGTTTTTCTATTCGATTTTTTTTTTTTGATTTACTGTTGATTACTGTTTGATGTTATTTATTATTTGATTGTTCAAGCTACCTCACAGAAGTGCTCTGTTAACTGAGTTGTTGAATGTTAAAATAAGATGAATCAAATAAAACATAAGCAACATCCAGGATGTATTATAGAAGTATCAGATCAGGTTTCAGTATCGGCAGATACTCAAAATCAAATGACTCAGACACAAGGGCAAAAAAACCTGATTGGGACATCCCTAGTTATCATACTGTCAGAATCTTATACCGGCCCATACCTAGTTTCATATAGGCTAATCCAATTTTATGATGTAAATAAATTATGATCAGAATAATATGAACACAGCATGAACGTTTGCAGTAAATGACATTATATTCTTAATGTAAGCAATCAACTGAAGTATGATGATAACTTTTAGTTGATTTTTTTATTTATTTTTTTGCTAAAG
Seq C2 exon
GTTTGCTAAGCTGCTGCTGCGTCTTCCTGCGCTTCGCTCCATCGGCCTCAAGTGTCTGGAGCACCTGTTTTTCTTTAAGCTGATTGGAGACACACCTATAGACACTTTCCTCATGGAGATGCTGGAAGCGCCACATCAGATCACGTGACACCAGCTCTAATGGACCATTTTTTGTACATATTCTTATGTAACTAATATAATAATGAACCTGATTGAAGATACTGTAGGATGCTGCATCTTTTATACTGAGCACAAATTGTTATTTGACAAAATATTGGCAGGGAAAAGACGAAGAGGAAGTCTCAAAATATATAAGGATAAAATAAATGTTATTGGTATGGTTCTGAAAAGAAATGTCTCTGTAAATAGGTAATGTCCAGGTATCCATTGTGGCAAGACAATGCAAAAATTTATATTTTATTCAAGGAATATGCGTATCAAACCCGAACAGTAATTTCTAAAATGAAGTTTAGAATTGTTTGAATAAATATTTAAATATTTAAATGTTACGTCATCGTTTTTCTTGTGTTTTTTGAATAAAAAAACGAATGAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000004697:ENSDART00000002554:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0010425=Hormone_recep=FE(17.9=100)
A:
NA
C2:
PF0010425=Hormone_recep=PD(14.3=56.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]