DreINT0130962 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000059460 | sbf2
Description
SET binding factor 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030911-10]
Coordinates
chr7:66787895-66793731:+
Coord C1 exon
chr7:66787895-66788008
Coord A exon
chr7:66788009-66793602
Coord C2 exon
chr7:66793603-66793731
Length
5594 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGA
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
TTGTTTTTCACCCTCACCAGGCT
3' ss Score
7.59
Exon sequences
Seq C1 exon
GATAAGGAGGTGAGGGCCGTCTTCCTGCGCTTGTTTGCACAACTCTTCCAGGGCTACAGGTCCTGTCTGCAGCTCATTCGCATCCATTCCGAACCCGTGATTCACTTTCACAAG
Seq A exon
GTGAGAAGAGGCTGATGATCTGCAACTTTAGAATGTTAAAGCTGATTCGCAGAGCAGCAGTGATTACTGTTATCATGCCAGATTGCTCCAGTAAATCTGTGCAACATGTCTCAAATGCTTGCAGAATGACTGTTTGAGAAGGATCTTCTTGCTGTTACAGTTTACTTTAAAGAACACTGCCATAAACACTATTCTGACTTAAGGTTTTAGGCTTGTTTCTTGTCCAAATATCTAACAATTCTTAAATCAAGGAGCATTTTCTTGAGAAGCCAAAAATATTCTCTTGTTTTCAGAAATAATAAGTCGAAATTAAGTGTGTTTTTCCTTAAGACAAGTAAAATAATCAACAAATGGTATAAGAAAAATATAGTTTTTGCTCAATTTTGACATATTTCTAAAAATCAAGGTCATATTTTTGCTTGTCTAGACGTTTAGTCTAGAAACAAGACCAAAACTAAGAAAGCATTGTTGCTTTGAGGGTGTTCATACGACTGCTATGAAACCTTTATAATCACGTATGCGATTTTGTACATGCTTACGGCAACTGTCACTACTGAAATTTTTAAAACATCCTTTTCCCGCTAACACGTGAGCTCTGTTGAGCACATTCTTAAACGGCGCAGATTTGCCATTGTGTTCACGTACTCAACAGAAATGACTGTGATTGGCCATGAAGGTCATCAGTTCACCAAACTCAGCGCTGTTTACTGAGTGTAACCACAGATACAGGGAAACTGGAGCGTTTCGAAGATCAGTCGATTCATCAGCCGATCGCTCGTATGTCTGTTCATATACAGACCAGGCAATCTACGAGGCTTTAAAATGCGATGTTTAAGAACGCGCTCAAATGTTAGCGTGAAATGGACATTTTTAAAATGTCAGTACTGTTACCGATTGGTACCGAAATGTAATATCGTGACAACACTTCTATTATTAGATGTCAATTGCTCAGTTGTGTTATTTTAAATGCAAAGGTGACATTGTTTGAGATCTTTATGACAGCTTGATATAACCAAATACATCATAACTTGTCATAAATCTGTCATAAACATGAGGCCATTATAATTGTGTCATGAATATTTTCTCATCACTATTTTCTGTGGAATAAAAGTATATTGGTGAAAAAAATCCTTGCTAAAATGTCAATAATAATTTTATACCATCATAATTAATATTTAATGACATTTCATAACATTTTAATGACAAATTCAAGCCAAATAATCTGCAAGTGGTGTACGAAAAATAATCTTGTTCTCACTTTGAAATAAGATTATTTTGCTTACCACATTGACTGATTATTTAGCTTATTTTAAGGAAAAACTCACTTAATTTCGACACATTTCTGAAAATAAAAACATATTTGTCTACAAAATGCTTCTTGATGTAAGAATTTTTTAAAATATTTGGACTAGAAACAAAACAAAACTCTACGGAAAGCAATTTTTTTACTGTGGGGGTGTTTATGCAACAGGAATAACCATGAATAAATGTCATTAAATGTCAATCGCTCAGTTATGTTATTATAATACAAAGGAGACATTGTTTGAGATGTCTATGACAACCTGACATAACCAAATACATCATATCTTGTCATAACTCTGTCATAAACATGAGGCCATTATAATTGTGTCATGAACATTTTCTCATCACTTTTTTTCAGTGGAAGAAAATGAATTTATTAGTAAAGATTTCTCATTAAAATGTCAATAATAATTTTAAAATATTATAATGATTAATATTTAATGACATGTAATGAATATTTAATGAGGAGTATTACATGAATATTTAAAGGAGTTTACTTTAAATTTAAATAAATGTATTTTATTTTGCTTTCAAAAATTGACGATGAGTTAAAGTCCGCATGAACCGGAAGCTGCGACCATTTTTCTGTTCTATTCTGATGCAGCTCCTAGAGAAACAGAATATTAAATGAGAGAACAGTGGGTGTGGCTTGTTTTTTTTCTACTGCGAGCTGATTGGATGTAAAGTAGGCATTTCATTCAGAAAGATCTGGAAAAGGGCTTTAGAAGAGTTATTACAACCACAGACACCTCCTCCTCACCATTTCTGTTTGTTATCAAAACTGACAGCTGGAGAGGCGTGGTTAAGAATGTTAGCCACGCCCAGAACCTCGGACAGACTTAATCTGAAAGTTTAACTGAAAACAAACAGGAAGTGCTTTTTCAGATTTCAGTTAAACATTACAAGGGCAAGCATGTTTTATTTTTTCTTAATGACATTCACAGATTAATTGTTCATCACAGAACTAGAAATGTGAGCTAGCAAAATCATCATGGTTAGTTGTGATTTCATTTGTACTTTAATAATTTATTTGAATGCACCTGATTTTTTACATTTGAACCTGACGGCCTGTCATGTTATAGACTTATTGCACATTCTATGCACAGTACAAGCTACTCTGACTGCTTTGAAACACAGCATTGTTTATCTTACCTTAACTCAAGGCAGCCTGCACTTGTACAAACACCTGCCTTTTCATAAACACTGCGGGTTTGGGAGACGGCCAGAGAATGAAGGAATAATCTCAATGAACTCGGCAGATAAGCGTCAAGCTTTTCCTCATCCACGTCTTTTGCCTTTGAAGTGCTAGCGTAAGCGCTCATGCCGATGATATCGCGGTCGCTTTGTTTAAAACACTCGATTGTCCTCGCGGTGAGCCATATGAAAAGTATCAAACTTGCATTCGCGAGTGTTATTTCACCCCCCAACCTGTTTTTGTTTGTGTCGGCCGGTGTCTCCATGGCAATGTTTCAATAGGACCCTCGTAAAAGCACCCCACATGGCTGAGATTATAGCACAGGAATGCTTCACGTCTCCAAAAGTGAGCATCTTGTCCTGCCAAATTCTCCTTCGTTTACTGGCTAATGCTGTGAGGGGATCTGTTTAAATCACACATATGTCCATCTCATTTGATATACAGTCGAAGTCACAATTATTCGCCCTCTTGTGGATTTTCTCTTTCAAATATTTCCCTAATGATGTTTAACAGAGCAAGAAATTTTTCACAGTATTTCATAAAATATTTTTTCTTCTGGAAATTGTCTTTTTTGTTTTGTTTTGAATAGAATAAAAGCTGATTTTATTATAATTTTTTTTTACTTTAAGGTCAATATTATTAGCCTCCTAAGGATTTTTATTAACTGACAGGTTGTTTTCAGAAATAGTAAGTTAAAATTAAGTGTTTTTACTTAAAACAAGCAAAATAGTCTGTTAGTGGTGTAAGAAAAATAATCTTGTTTTCGCTTTGAAATAAGATTATTTTGCTTACCCCATTGTCAGATTATTTAGCTTATTTCAAGGAAAAACTCACTTTATTTTGATATTATTTCTGAAAACAAGACCATATTTTTTGCTTGTCTAGAAAATGCTTCTTTATTGAATACATTTTAGATATTTGGACAAGAAACAAGACAAAAACTCCAAGAAAAACATTTTTTTCATTCTTTTTTGGAGTGGGGTGTTCATACGACTGTTATGAGACATTCATAAACCTGAATGTGATTCTGTACATGCTTATGACAGCTGTCAATAAATGACAACTGCTCAGTTGTGTCATTTTAAATGCAAAGGTGACATTGAGATTTTTATGACAACCTGACATAACCAAATACATCATAGTTTGTCATAAATCTGTCATAAACATGATGCCTGGCAAATTTTTCTTTGAGTACTGGCTAATGCTGTGGGGGGATCTGTTTAAATCACACATATGTCCATCTCATTTGATATACAGTTAAAGTCACAATTATTCGCTCTCTTGTGGATTTTCTCTTTCAAATATTTCCCTAATGATGTTTAACAGAGCAAGAAAGTTTTCACAGTATTTCATATAGTATTTTTTCTTCTGGAGAAAGTCTTTTTTGTTTTGTTTTGAATAGAATAAAAGCTGATTTTATCAACTTTAAGGTCAATATTATTAGCCTCCTAAGGATTTTTATTAACTGACAGGTTGTTTTCAGAAATAGTAAGTTAAAATTAAGTGTTTTTACTTAAAACAAGCAAAATAGTCTGTTAGTGGTGTAAGAAAAATAATCTTGTTTTCGCTTTGAAATAAGATTATTTTGCTTACCCCGTTGTCAGATTATTTAGCTTATTTCAAGGAAAAACTCACTTTATTTTGATATTATTTCTGAAAACAAGACCATATTTTTTGCTTGTCTAGAAAATGCTTCTTTATTGAATACATTTTAGATATTTGGACAAGAAACAAGACAAAAACTCCAAGAAAAACATTTTTTTCATTCTTTTTTGGAGTGGGGTGTTCATACGACTGTTATGAGACATTCATAAACCTGAATGTGATTCTGTACATGCTTATGACAGCTGTCAATAAATGACAACTGCTCAGTTGTGTCATTTTAAATGCAAAGGTGACATTGAGATTTTTATGACAACCTGACATAACCAAATACATCATAGTTTGTCATAAATCTGTCATAAACATGATGCCTGGCAAATTTTTCTTTGAGTACTGGCTAATGCTGTGGGGGGATCTGTTTAAATCACACATATGTCCATCTCATTTGATATACAGTTAAAGTCACAATTATTCGCCTTCTTGTGGATTTTCTTTTTTAAATATTTCCCAAATTATGTTTAACAGAGCAAGAAATTTTTCACAGTATTTCATATAATATTTTTTCTTCTGGAAAAAGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAACAATTTAAGGACAACATTATTAGCCCCCTAAGGATTTTTATTAATTGACAGGTTTTGTGAAATATTAAGTTGAAATTAAGTGTTTTTCCTTAAAACAAGCAAAATAATCTGTAAGTGGTGTACACTGCAAAAAAATGCTTTCTTTTGGTTATGTCGGGTTCTTATAAAAATCTTAATGTTATCTTTGCTTTTAAAATAACATAACTGAGTCACTGATACTTAATGACAGTTGTCATAAGCATGTACAAAATCACATTCAGGTTTATAAATGTTTCATTCAAATGAACACCCCCACTGTAAAATAATAACATGCTTTTCATGAGTTTTTGTCTTGTTCCTTGTTGAAATGTCTAAAAAAATGAAGCATTTTCTAAACAAGCAAAACATATGGTCTTGTCTTTAAAAATAATGTCAAAACAAATCAAATTTTTCCTTAAGACAAGCAAAATAATCTGTATATTCTGTAAGTGGTTATGGAAGATGCAAGCCGCGCACCTCCATTTGAAATGACAAACACACACCCTAAGCTTATTGGCATTGCTTCCCAGGCACGGCTCAGCAGCCATAATTTAATAAAACTAAAGCGCTTTATACCGAATCTTTTTTTAATCAATATTGACAATTTTGTTAGGTCAATATATATCGATACAGATTTTATCGGCCAGTCTTACGTTAAAAATACAATTTATTGGGTAATTTAATAACATAATTTTATAAATAATGTAAATAATTCTTGTTAACTTCCAGCCACAACCATATTTGATCTAGAAACAATAGACTTCTGACTTTGTTTCCTCTGGATGTTGATTTGTGTTAAATCTCTCAAACTCGACTTCTTGATTTGAAGCATTTTAGTTTGATCGCTAACTTTTGTTTTGTTTTTCACCCTCACCAG
Seq C2 exon
GCTGCCTTCCTGGGCCAGCGGGGCCTAATAGAAAACGACTTCCTGACCAAGGTGTTGGATGGCATGGCCTTCGCGGGATTCGTGTCTGAACGGGGACCTCCATACAGGGCCTGCGATTTGTTCGATGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000059460:ENSDART00000082664:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0345514=dDENN=FE(52.9=100)
A:
NA
C2:
PF0345514=dDENN=PD(42.9=69.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]