DreINT0132536 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000011672 | sema3b
Description
sema domain, immunoglobulin domain (Ig), short basic domain, secreted, (semaphorin) 3B [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-081105-78]
Coordinates
chr8:26576480-26586071:-
Coord C1 exon
chr8:26586009-26586071
Coord A exon
chr8:26576600-26586008
Coord C2 exon
chr8:26576480-26576599
Length
9409 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTAAGT
5' ss Score
8.62
3' ss Seq
TGTGTGTGTGTGTGTTGCAGACG
3' ss Score
11.35
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCTACTGGCCAGCGCCTGTCGACTGGAGAGAAGAGTGCAACTGGGCCGGGAAAGACATCAAT
Seq A exon
GTAAGTTTCTGCAATAATCAGATCTTGTGGTCACCAACACGCCCTGGTTTACACACTTATCAGGACCATCTCTTCTATGAGGTGTTTACACACAAACACACACTCGGGCAATTAGCACTGTTATCACAAGCAGCTCTCCCAATCGGCTCCATCACTTACAGATGCAAACCAGTGTTGAGCCAAAGTTATCTGTCAGGGGCAATGAACATAGATACTGAATGTTCTTTAAAAGATTTGTTTTTCATTATATTATAATTTTAGCATCAATATCGCAATGTGCACATCCACAATAGCCACATCGCAAGATCTGAAATGTTAAGTCTGAATTATAGTTGACCAGGAACCACAGAATTGTATTTAATTACTGTATTTATATGGATTTTATGCGATTTATGCAAAAAAAAAACTAATAAAAATAAAATATTTTTTCTCACTTATAATTTTTGTCTTGTTTCTAATCCAAATAGCTATATTTCGAAGCGAAAACAAGATTATTTTATATTCCCCTCTGGCAGATCATTTGCTTGTTTTAAGGAAAAACTCAATTTTAACTTATAAAACTTAATTTTGACTTTTTTTTTTTAAGTTGAAAACAAAACAAATTTTTTTGTACTTGATCTAAGAATTTGTAGATATTTGGGGTAGAGAAAAGACGAAGCAAAGTAAAAAAGAACATTTTTTGCATTGTGATTATTCAATTTCTGTACCTGAATACTGTTAGACTCCACAGAACATCATCAAATAGTGCTATTCAAACCATCTTGTGAAACTGTATTCATATCGCAATATTTATCGCAGAAAAATGAAATATCGTAATATCAAAGTCACATTGTTCACAGAAATTGTACAGTCCTCATTTGCATGTGTGTGTTTGTGCTTATATATATATATATATAAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAGTAATAATAATAATAATAATATGTGCAGGTCTACTGTAGGTGTAATGCAAAATTTTGAAAAGACTTTGAATGGTGGACTTGAACAGACTTTAAATATGTCCAGTTTGTTAATGTACAGTAATGTGATGACACCGGAATACAACTATTCATAATTCTGAAGTTGAATTATTATGTTTCAGACATATGCTTGTTGTTTGTCATTGACAACATTATTAGACCATTTTTTCTGCTGGTAAAATCAGACATTTGCCATTATTAGATTCTCTCTTGCATTAAATTCAACATTATATGGGCTAGAGTAGTTATACTGACACTGTTCAACCTTTATTCTCATGCACAACATTCTGTTAAAAAGAAAAACATTAAATGCTTGTCACAATCATAACTTTGAAATGCAATATGATTATTGAAATGATGTGCACGGTTCAGTTTCATTTTCATTCTTCCCATGCTTCCAAATGATCGCTCTGTACCCCAAACTGAATGTTATTCACAACTTTATTAGCTGTTATTCACAGCCTATGCAGGTTCTGTTCACTAAAGTAGACTTCATTCAAAGGTGCGCGTCCGCCGTCTCTGTGGTAACAGCTTGTGGTCAGCTCACGTCACGTGTGATTTTGTGGCCGCGAATACGTCATCACATGAAAACATGAATTACATTTTTTGGGTGAATTTTACCTTAGAAATACAGCATGTGACTCTTTTAACACCATTTAGAGGTGTCCACGTTGTAACAAGAATCGAATGAAAAACAGTGTTCAGACTTGTAAACACTGTATATACAGTTTTTTTTTTTTCATTTAACTTAAAATTCACCTACAAAGACTTAAAATTAGCATTTTTCTTAGGCCCTTGTCTGTAGATTCATGTTTATATCGATGAATGATTAACATGAACATAGGAGCCTTAGAAAAATGATCATTTACGAAGAGGATTTCAGACAGCTTTTGCATGTGAACTCTTCAAATATATTTGTGGAATTTGTACAAAACATCATACATCAAACTTATTGTAAGTGTTGTATACTATTTTACAGTTTAACTTTAATACTTATGTGTTGTAACACAACAAAGGGTCATAGTTAGTGTAAGTTGTATTGTGTTTTATCTGGAGCGTTAAGCGGATATGTGTGGGATGTTTCTTGGACACTCTGTTTTTATTCTAAAGGGTGTGCAAGATTGTGCAACTTCAAAATTTGTGTGTGTGCGTGTGTGTTTTTGGTTCATTCTGCGGTGGGTAACATACTGAAGTCAGCTGACAATAAGATCTGTCTCACACACATACACACACACACACAGAGACACAGACTTTGTTCAGTGCGCTGACCTGTGAGTTGACCCTCATTACATGTAGGTGTGTACAGGACGGCAGGGACAGACTAGACCTCCATGAATAAGACTTAAGATTTTCCCTAAGACTCTCCCCCTGACCTTTCACTTTCTCCTTTGTTCAGTCTCTCAGTCTGATCTCCTGATTTGTCATTCAGTATTGTTTTCATTTGACTCTATTCCCTTCATCTCAGTCTCTGTCTTTCAGTGCTTTATGTTTCTGTCTTACGGTCTCTGTCATAGAAGCACAGTTCAAAGTGACCACATCTGTTGGGTCAGCAGAAAAATTCAAATGTTAATTTATTCATCCTCAGCTCATCCAAGATGCAGGTCATTTTCTTTACTCAGTGAAATCATCATCGTCATCTTGATTGTTTTTTTTTTTTGTTTTTTTTTAGAAATGATTCATAAAATAAAAAGTCAATGGCTAATGGCACATTGTAAAAAAAAAAAAAAAAAGCACTTACAGCAAAACCAAATTAAGACCAAATTTAGACATGTCTTCCTTTTGTGGAAAATGCATTTCGATATTAAGATCTTCTAAAATGTCAGTGATTCTCCTTTTGTTTTTTTTACAATTTTCATTTATTGTTTGGGTTTTTGCATTACATATTCATTACACCACCATTGGTCGGTTATGTACGTATGCAAACATTGGTCAGTGCATCTGAATTCCTCAAATCCATATAAAAGAAAAGCATGGGAGCAGCAGCTTTTACCTGCTAGTGTCCACAGTGGGTTCCTGAGTAGCATGAAAGTGAAATAATAATTTTTTAGCTGGTATTTTAGTTTACTTAGTTTACCTATTAAAAATAAAACTGAAATATGGTCACTCTATTTAAAGCAACTCGGTCTGTGCTAAAAGCATAACATTATTTAGAATGTAATTTCATTTAATCCATTGTCTTTAATTAAAGTATGTAACTAGAAGCTCCAAAACTGTCGTCAATATCATGTCATGAATCCACCATAGTGTATTGTCTGGACTCACACATTAATTTTGTTTTGCCTGTATATGTGTTTTTGCCAAAAGCTGCTTTGAAAGTAACATTTAATATGGTTGTTATGTGTGTACCCCTGAGAATCATTGTAGATGAATCACTGAGAAGTATGAGTTAGAGAACCAAATCAGTTATATTTATGAGTGAATATTTTAGGATGCTTTTAAACTAAGACGTTAGTTTTGGAACCTGTCTCGTTTGCCTGGTTAGTGCGGTTCGTTTGGCATATGTAAAATCTGCAATCGCGCTCAGATCCACGCCAAAAAACCATTTGGTCTGAGATCACCTGAATTAGGTTGGTCTCTCAGCTCAATTCATGGTTGTGTAATAGCCATATGTATATACGGATATTTGAAGAGAGAATTATATGTATTGTGGGATGCCATTTCTACCGATAAATGTGTGTTTTATGTTGAATACGGAAGTGAAAGCATGCCGAAATATCAAGAGAGCTGTTTAACTGTTTGACCGAAATTACCATCTGATAATTATGCCATATTTTAATCTTATAATATTTTGTATTTGTCATATTATTTTGCTCATTTCACCTCAAAAGAAAGAGTCTTGGTTCAACTGTTATTTCTCTCTATACTTTAAGCCTATGATGCATAATTTTTAAAAGTTTTTTTAATTGATAGACTGATTGAATATATAGATTTTTACAAAACTTGACAACTGAAAAGAGGCTGTGTATGAGAAAGTCTTACCTCTCTGATTTAGAACAATTTGGTGACGATGTCTGTGGGTGTTATAATAAAAGTGTACCTTATCACTTATGTCTTATTGCTTATGATAAATTAAAATAACGATGTGACAGCTCAGCGGAATCCATGGGACTCTGAAAAGTTGACCAATGTGAGGAGTGTCTATTCGCACATGACTTGTTTTAACTATTCTGGTCTGTTTAGAAACTTTGCCGTGTGAAAACGAACCTTATTGAAAAAAAAAAAAAACATTGTAACAATTTTAATTCCTCTTTCGGAATAAAACAATCAGTCCACAGGTGTAAAAGCACCCTTAGTCAGATTTTTTTGTATCTGATCAACATCATCTGCATGAATCACACTAATTAAATCTTATCAGATTAAATTAGTTAAACTGATCCCACTTCAGTTTATGAGTGAACAGCATAGTAGAGAGGAAGAGTATGTGTTGAGATAATTCAGAGTTAAATCTAAAATTACAATGTTTTTAAAAATCAGTGCTTTATTTTTAAATGTGATTCAGGCTACTTGTAGAGAATCACACAGTGGTAAGGCTAATAAAAGGTCAAAGTTGAAAGTTCACTGCACGTGTATCAGCAGGAAATTGACACACATATACAGCTTATTCCTCCTGAGACACATTGTTTATTTTAAAGCTCTTTTTCTTTTGTTCTGCGGTCTGTCTCTTTCTTTCTCTGTCTTTCTTTCTGTCTTTTTTCTTCTTTTCTCGTGGGCTCACTTCAAAGAGCCCATCAGCACACACACAAATACACATGCTCACACACACACTCATAACATGTCCTTTCCTTATTGAAGGGTGTAAAGCTCTCGAAACAGTAGTCTTAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGAGAGGTAGAGAGAAAGGCAGAGACCCCTTCCTGTATAAACACAGTTTGTCAGCAACTTAATTGGTCTTCGATGATTCTATTCCGCCACCCCCACCATACAACACACACATACACACTCACTC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Seq C2 exon
ACGGATTGCGTAAACTATGTGAAAGTGCTACACCACTATAATCGAACTCACCTATACGCCTGTGGTACGGGGGCTTTCCACCCCACCTGTGCTTATGTGGAGGTGGGACAGAAAATGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000011672:ENSDART00000027301:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0140314=Sema=FE(4.5=100)
A:
NA
C2:
PF0140314=Sema=FE(8.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]