DreINT0132549 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000007560 | sema3bl
Description
sema domain, immunoglobulin domain (Ig), short basic domain, secreted, (semaphorin) 3bl [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-2956]
Coordinates
chr8:26520279-26531315:+
Coord C1 exon
chr8:26520279-26520436
Coord A exon
chr8:26520437-26531252
Coord C2 exon
chr8:26531253-26531315
Length
10816 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAACA
5' ss Score
8.1
3' ss Seq
TTTTTCCTCTTTATCTCCAGATC
3' ss Score
12.22
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCTTCTGGACACAAATCGTACCTCAGTTTTCAACGGGTTACACGGAGATCTGCACTTGTCGGCTGTGTTTTTGGATGAATATCATGACAGGCTTTTCCTGGGAGGGAAGGATGTTCTCTACTCACTCAGACTGGATCACACGCATGATGCTAAAGAG
Seq A exon
GTAACACAGACACACTATCATTGAGGTAAGGTGAAGATTATAGGCTGTCATAAAAGTCTGTTAGTGAGATGTGTCATGAATTTCATTCTGTACTACTGGAGACTGTTATCTACACACACAGATAAAATCAGCAGACGCCTATTTGTGCTGACATATTTTACCCATGATTAGTAAGTAATCTTTGAAGACTGGTTTACAAATGACACATGCTTACTTTTGAAAAACTAGATGAAGAGGAATGGAACAAGAAGAGATTTTTGAAAAGCTGAATTGTTGGAATTAAAATAATTCTCATGGTGATTTGAAAAAAAAACTTCAAAATGCATCCTTCTAGTCAAGAGTCTCTATAAATGTTGGTTTAAATGGAAAAATGATTGCAGGGGCAATAATGTAAAAGGAAGTTTACCTTACAGTATGTAAGTTCTACCAGAAAGACATAATAAATTTATTTGATGCGTATTATTTGGTAAAAGTTAACAAAAATAGGATTTCTTTGGCAGAGGCCCTGTCCATAGCTTGAATTGGAAGCTTTTAGATCCAGCTATAACTGCTGAGGACGAAGGCGTAGCCGGTGCCTACTCCCCTGGACAGGGCCAACCTGGTGTTGGTAGGGAGGATGGTGGGTGAACATCTGCGTCAGTATCTGCAAATGAATGGACAGCTCATATATTGCTTGTGTCTCTTGGCTATTGGTTGGAACTGTTTGTGATGAGTGACGTGACATTAGGTCTTCCTGGAAGAACTAGCGCTAAAAGATACATTTCTGTTAACCCACCATCATCGTATTATTATTAATTATTATTATTAGGCATGCTCCGATAAGGATTTTTGCAGCCGATACCAAGTACTGATTCCTTGTCATGGTGATCGGACGATACCGAGAACCCATTCTAATGCTTCAAGCTTTATAATGAATAAAGCACATTTTCCCCATAAGGTGATACTTAAAGGTTCAGGACACCCTGAAGAACTTTTTTTTTTATATTAACAGATTTGTGTGTGTTGAGCATCAGTTAAGGCAATGTTAGCACCTGACAGCTTTAATTGTAGGGAAAACTGGGTAATTTTGAGCTTTTGTCAGCTAATTTCAGCTTCCGGGTTTAAAATGATTTTTAGGGCGGGATCAAAATCGGCGACGTAGCGCAGTACTGCAAGTGCAATGATGATGCGTCGGTTTCTCATTATTATTCATAGCAGAGTTTTCTTATCCTATGAGAAGAGCCGGCTGCTTAATTATTCATGAGACCTGCCAGAGTCAAGCCCGAGCTGTGAGACACGGACCCCCAAGGCACACAGTATTTAGCCATTCATGAAGGCTCATATGCGTTTGTTTCCATGATCCATGGGGTTTGTTGCATGTTTTCCCCTGCGATCTTATCAGGGCCGATCATACAGCAAAGCTATGTGTGTGCTGCTAGCATTTTTGTCGGGAGAGCAGGACGAGAATTAGAGAATGGCGGACGCTGTCTTTTATCAGGAGTTCGTTCACATTCAGACACATCGCCGTGCTGCTGTGTTTGCCTAAATCCTCCAGATTACCAGCAGGGCTAATGGTTAAAATAGACAGGAGAGCACTCAGTCTGCTGGATACGGGGATTGAGGGAGAAGTCCTCATTTATAGGGTTTACATGAACACACTTATCTTTATAATTATATAAATTGTGCTTATGTGTATATGAAATTACAAATAACAAATGTAGCAGGGCATTAAATCACTGTTCATTTCTTTGCATTTTAACTATTTGCATTTTAACTTTTTGTACTCATTTTAACTATAAACTCATGTGTCTCCTCATGGTTTGTCTCATTTTGTGAGCTAACTGACAACAAAGTTGTTCTCTCACGTTCTCCCCTGCTGGCTATGCCCACTCCTGCCCGATGGTCGCGGAGCTCCACGCCCATTAATCATGCATCTTTTGAAAAAATTCAAAGTGGGGGGTGTCATGGCCCTTTAAGTGGAGATATTTCCTTACCTAAGAGAATAAATGAAGAATATTGCATTTAATTCCCTAGGGCTCTGCAATTAATTAAAAATTTGGTTTTGATTTTGATTCAAGTGCGATTCAAAGGCTTAATTAGGGTAATTAGGCAAGTCATTGTATAAAATAGTTTCTTCAGCAGACAATCAAAAAAAAAATTTTTTTTTGATTAAGGGGCTAATAATATTGACCTTAAAATAGGTTTCAAAATATTTAAACCTGCTTTTATTCTTGATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAGGGTTGTGACGGTGAGGAAATATCCCCACTGGTTAATCGACATGTGACAACACCGGTAATACTGTGGGAGTGGGTGTTTCTTCTTTTCCTCTTTTTCTCTGCTTTTAAATAGCTTATGAATGAGTGCGTATAATACTTTCACTTTTAATTGTGCGGGAGTTGCCAATTCGGCGACAATTGTTTGAATGGACGAAAAGGAAACTACAAAAAAAAAAATCACTGTTATTAAACAACACATAACTTTTATTAACATAACGAATAAAACACAACAATGCTACAGGTGTGGTTTGAATTACATGTTTTAAATGACAGCGAGACATGCTACGTTTAGTTTTTATTGTAAAATATACATTATAACCCAGTACACAGTAAAATAATATGTTTTAAATGGCTTCTCTATTGGCGGCGTATATAGCCGTTAATTTAAATAGGCTAAGCATATTTTCATTAATATTAAAACACATTAATACAAACTAGCCACCCTTTGATTTTTTTCATTTACGTATATTTTTATCAAACGAAAAATGCAATGAATTGTTTATTTTGGTTTTCATTTTATTAGAATTAATAGGCCTATAATTAATAGGCTACACAACTCCTACATATCTTTGGCTCCAATTGTGTTTTTACAGATATCCTACAAATAGACTTTTTTTGGCTCAAAGACATTTATGCCTGTTAATTTCAGTGGTGTATTTTGACAGATTTCGCAAAGGCTTCAGCTCTTCTACCTGTCAGCTGCACCTGCCTTAGTTTTGCGACTTGACTTGTGTTGCGGCTCAATGTCTGAATGGGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATCAGACCTCGGATTTGATGTGTGGCCGCACGTTTCAGTTACTTTTTTGCAATTTTTAATATTGGCTCATCTAAATGAACTTTTCATACGATTAAAAGGCGAAATATTGCCAGACAGAGGAAGCAACTTTCGGTTTTTAAAGAGAGCGGCCTCATTTACAAAAGATGCGCGCACACACAGGATGCGCTCTTGTCGGCCTATTTATTATTGATTTTTTTTTACATTAAATACATAATCAAGAGGAAAAAAGAAGAGCTGAACTTCGGAAAATGTTCTTACGTTGCCACAATGTTGTTTCTCTGCAGTTGGATTGTCAATGGGCGGCATTGCTAAATCACTCGTTTTAATAAAAAAATTAGATTTATTATTAAACATTACACATGAGATGATGGTCGTGTGATTTTTGAAATGAGAGTATGCATTGCGTATTTATGGCCATTGATCCATCCACGGCCCACCAATAGTTAAACATAAAGGTGTGTTGAAGGTGCGTGTATAAATTAGTTATGTTTCCTCTAGATACTGCCACCTTTGTCAGGCAAAGTTTGCAGATTGCCTCATTAACGCCTTCAGGTTTTCTTTTGCATTTGGTTTAAACCCAAAATATTGCCAAACAGGCGCTTTTGCATTGCGTTTTGACAATAAATGGTCCGCCATCCTCTTTCTGTAAATTCGACTCCTCTTTTCTCCTCATGTGATAAATGAAATATGACGCATTGTAGCTATGTTCAGATTTTAATTATAGAGCATGCTCTCTTCTTAAGTCAGTTATTTATAATTATATTTTCCATTTAATTAAAATAAATGTTTAATAAAAAAAAAAAAAAAAAACGAATACTTAAAAAAAACAAATGTTGTTTTTTGTATTCAAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAATATATATATATATATATATCCCAAATTATTATGATGATGATTATGATGATGATGATTATTATTATTATTATTATTATCCTTATTTGTAGAACATATAGATTTTTTTGTAACAAATATGCTGTTATAAAAAAAAAGATTTAAAAATATACACTTTTATAACGTTCACATGCCAAATTTTGTTTGTCATTGATATTATCCAATTTAATACGTTAATTTAATCAAATAAAAACACAGTATCTTTGTGTTGTTTTTTCTTTAAAACTCCTTTTTTTCTCATCCATCAGAATGTTTATTAAAAACGGCACAAAAGCAGCTGTCCACAAACTCAGATTAAAGTCATATAAACTGACCGCACTTGTGACAAAGACTTGTTTAGACTGCACTTATAAACATGCATAAACATAAACAGTCTTGCTTGATTTTACACGTTCGATGTTTGGCGCCCTTTTTCATGTTATGGTCACAGTTTTGTGGAGTAGTTTATCCAATAAAGTTGTGAGAAATGAGAAGTGTGTGAGAAAAAAATTATCAAAGTAAATGGACTGTAAATGCTAAAGTGCTTTGGTTCTACTTGTCTCAAGGGTTTAGTGACTCTTTTTCCCAATGCAATTAACTTTGTGTATGTGTGTATGGCCGAGCTTAATTAAAGCCTCTATTCATGTGAATGTGTTTTGACTCAAGTCACTAGACCCAGAACAGGGGTGGTTGTTTTTGTATGTTGTCTCATTGTGTGTGGCCTTGTTAAACGATATGAACAGGAAGAGGAAGTGCATTGTCATGGTGTCAGACACATGGCAGTGGTTGCCACCTCTGAGGTTGTGACCCCTTGACCTTTGGCTCAGGGTCAGATGGGTTTGGCCTTGTTAGACCCTTTTGTATAGCCACTGTACTGCCACTGGCCACAGGGTTCACTAGGACTGGCCTGAATGTATTGATATCTAGATTTGGATAAACTGAGATTAAAAATT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Seq C2 exon
ATCCATTGGCCTTCGTTGCCTGGTAATCGTGAAGACTGTATTCTCAAAGGGAAAGATCCCGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000007560:ENSDART00000046863:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0140314=Sema=PU(7.0=62.3)
A:
NA
C2:
PF0140314=Sema=FE(4.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]