DreINT0132721 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000079611 | sema4c
Description
sema domain, immunoglobulin domain (Ig), transmembrane domain (TM) and short cytoplasmic domain, (semaphorin) 4C [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-080303-16]
Coordinates
chr5:14054270-14060859:-
Coord C1 exon
chr5:14060761-14060859
Coord A exon
chr5:14054367-14060760
Coord C2 exon
chr5:14054270-14054366
Length
6394 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATTGTGAGT
5' ss Score
7.35
3' ss Seq
TTCTGTCTTCCGTCTGATAGAAT
3' ss Score
8.26
Exon sequences
Seq C1 exon
ACTGAGTGCTTCAACTACATTCGCTTCCTGCAGAGCTACAATCACACGCACCTGTATACATGCGGGACGTACGCCTTCCAGCCCAAATGCACCTACATT
Seq A exon
GTGAGTGCGCACTCTTGTCTTTGCCTCAGAAATCCGTCAGACCCACATGATAAAGTGGAGTGGGCTGTGATATGATGGAGAAACTAAGTGTGTGTGTGTATCTGTGTGGCATCCAGTGTGTCAAAGAGAAATATATCAAATGGAAATGAGGTTGGGTTGTCACGCGGTGTGAACCGATGTGATAAAACAGCATCAAGTGGCTTGTGTGCTGTGGTACATGCGCTTGTTTATTTGCTTATTCATATTTTATACTGTATTATATATCATATTTATTCACTAACTGGTCATCTTATTTGCTAGTCCCAGTTTATCCATATTTTGTCTTGAAGGAACGCTGCACTTTTTTGGAAATTACTAATTTTACAACTCTCCTAGAGTTAAACAGTTCAGTTTTACCATTTTTTAATCCATTTAGCTGATCTTCAGGTCTGGCAGGAGCACTTTTAAGTTAGCTTAGCATAGATCCTTGAATCCGATTAGACCTTTAGCATCTTGCTAAAAATAACAAAAGAGTTTTGATCTTTTTTTTTTTTTTTTGATCAAGTGCAAATTTACATTAGATGTCGCCTACGCTGTTGTTGTCAATTGGAAGGAATGAATCAATAGAGCCACCATTTTAGTGCAGGGTAGCACTCCTTTGAAATTAATGTGAGACCATAGATATAAACCCCGAACCATAGATATACACAAATATATACATATACCTCTGATCGGGAGTTTTCCCGGTGGTCAGTATGCAAATATTTTTTTTAAATTACGAAGATTATAATTGTACATCACTTTTCTATATCGATGGATAAATGACCGCCGAAAAAGAGCGTGTGTTTGTGTACATGCCCTGCTGAAAAAACAGCTTAAACCAGCCTAGGCTGGTTGGCTGTATTTAGCTGGTCGACCAGGCTGGTTTTAGAGGGGTTTTGGCCATTTCCAGGCTGGTTTCCAGCAATTTCCAGCCTGGTCTTAGCTGGTCAGGCGAGGAGATGTCCAGCTAAAACCAGCTTGACCAGCTTAGCCAGGCTGGGAGCCCAGCCAAAACCAGCTATGTCCAGCTTAAACCAGGCTGGTCAAGCTGGTTTTAGCTGGATTTAGCTGGTCATTTTCAGCCTGGAACCAGGCTGGTCAACCAGCTAAAACCAGTCAACCAGCCTAGGCTGGGTTAAGCTGGATTTTTCAGCAGGGTGGAAATGTATTATCCTTCCTCCCTGTTAAATTTGATCTAATCTATGTCCTGAAACATACCACCTCTCCTGCTTTTACTTCTTATTCTAATGAAGGGAGCAATTTGTTTGTGAACAGATCTTCAATATGAACGATTCGTTTGAACCATCGATATCAACATGATCTTGCAACATTCTTGAAGGGCAGGCACTGTTATGTTATCAGGCACCCTTATAAGTTACTTCCAAAACTAGCCATTACTTCACCTAGCCCACAATAATACAAGTTTCTTGCACCAACGTCTTGTTGTCATATTTCATTTGCGGATTTTATTCAACAAAACTAGCATAAGCCTAGCATTTAGTGTGAGTTGGTGTTGCTTTGCCTTATGGTGAATGCAGTAAGTTACTGTATTATCATCAATAACGTGACTTGTTTAGCGCAAAAGTTTGTAACATACAAAAACTTTAAAAAACTCAATTTCACCTATGAAATAAAAAACAAAATTACATTTTGTGTTCTTTGTTTCCTCGTTACTACACCTGTACACAGTGCATAGTATGCCTGACGTCACCCATAGGTTTCTAAAGAGCGCAAATGAAGCTACAAATAGGCGTGGCCAACCGTCTTCAATTTGTTCGCAAGTCAACACACCGACTGGGGCTGACCAAAAAGGCGAAGCTTCAGTGGAGCTATAGAAACCTGCTAGCATTTTGCTTAGACAGGCTTTTCTTTGGAAGAATCGCTTAATACTTCAATACCTGGGACTCGTTTGTGTTCTGACCACATGTGCTTGGTTGTATACTATATCAATAAAGTGTTTAGTCTTTTTAAAAAAACAATCTTGTAATGCATTTTAACTAGAGAAAAACACAAATTACTTAAAATACTTCAAATATGTGTTAGTAAATGCTAAACATAAAAGGCTATTTATGAAATCCAGGCAAAACACTGTACGGCAACATTTCACATGATGTTCTAGAGCCTACTGCTAATCAATCTGTCAGATTTTGGAGTGCATTACAGGTCTAAAGAACATTATAAATGAAAAATTATCTTAAATAAAACAAACACATTTATAGAGATGGTATATGAGTATATAATTTCCCTCACCTGGGAAATGGAGACCACTCAAATGGTTTGGGAGCACAATTAAGTGCACATAGCATGCTATATTATCTAATAATTGTAGGAAATAATCCCAAAAGGCAATTGACTGTGTAAAGCCACATAAAACAAAACAAAAATACATTGTATATGCTGAGTTCAGTGGCTAATCAGCCGGAATCAGCTGATTTGATGAGACAGCGAGACCTGTTTGTCACTCAAGTGACCACACCCTTTATTAATTAAAAATAAAAATTAATTCACCTACTCACAGTTGTCATGAAGGGTAATATTAGCTATATGAACCAAATCCTTCTTCTGTACCAGTCTGTAAGCATGTTTTTATCAGCTGTAATTTAAAATTTCAGTCAGTCAACATCTGGATTTCTTGGACCCAGCCCATAAAGGTGAATCGATGAATCGCAGTTTCAGTTACTTCCGTATTGGCTTTACGAGGAAGAGTGGGAGGTTGCCGCTTGATACATTTATACTTATACCAATTCTGATCCTGAACTGCATATATTTTAACTGAAATACACAGAAGTTAGCCGATTTTTAAGTGCTGCATTTTATCATTGCAGCTATGTTGCCTTGGGACGGCAGCAAAATTCCTTGATTTTTGCGCCAGAATGAGAGTATAGTTCCTAGCCATATTAGCATTGGAAAATTAAAAAAACTCATCTGTCATTTTTAGAGTGATGCTAATGGTCTAATCCGATTCAATTATCTATGCTAAGCTAAGCTAAAAGTGCTCCCGCCAAATCCAGAGGTCGCTAAATGTACGCAAAGAATTGTAAAACTCAACTGTTTAACATTAGAGGAGGTGTAAAATAAGTTTATCTTCCAAGAGTGTTCCTTTAATCTTTTGATACATCAATTGAACTAATACTAGACACAGTCATCAGAGATTTTGGTCTATGCTGACATTGTAGTATTACACAATTGGTGTAAAAATGTCAGCTACACATACAGGATGTGAATCTCTCAATCCTAAATGTTTTCTATTGGACTTAGGTGACTGTGAAGGCCATTTGAGTGTTATAGTGGACTCACTGTCATGTTCAGAAAACCAGTTTGACATTATTTGAGCTTTCTGACATGATGGGTTATCCTGCTGGAAGGAGCCATCTAAGTGGTCCTAAGTACTAAATGGCACAAAGTGTCCCACAGAAATTCTACCACACTATTACACCAGCAGCAGAACCTGAGCCATTTATACAAGGCAGGATGGATCCATCCTTTCATGATGTTTACACCAAATTCTGACACTACCATCTGAATGCCACCGCCAAAATTGAGACTTATCACACCAGACAACCTGTTATTACAATGTTCTATTGTCAAAAGTTGGTGATTCGGTGTAAACTGTAGTGTTATTTTGTTGCTTTCAGCTGACAGGAGTGTCACTTGTTTACTCTTCTCTTGCTATTGCTGTAGTTCTTCTGTCTTCAGGTTTGGTGCTCAGATAGTATTTGTTTTTATAGTCCCACTTTATATTAGGTGGTCATACCTAATATGTACTTGCAATGAAATTAAAAATTTGTTGTAATATACTTATTACATAAATACATGTTTTTACATTGTGCTTATGGTTGATTGATTGATTAAATACCTGCATGTAACTACATCTGTTGACCATCCCATACACCTTAAACCTACCCATACCACCAAACCTGTCAAGAGCATCAGAAGTGTTCTATAATACATTATGAATACAGTTAAGTACATTGTATTTGTATTTTTGATGCAAGTATATAGTAGTTAATGCCACTTAATTTAAAGTGGGACCATTTATATTAGTGTTCCGTTATTAATAATAGCTCTTATTAAAAGGTTTTTCAACTCAAAAATAAAAATTCTGTTATCAATTATTCACCCTCATGTTTCTTTCTTATCTTTTCTTTCATTAATTTATTTTTTTTTTGACAAAAAATAAGTGAATGCACTTAATTCGTCAAGCATAAGACAATACATTTTTAAAAAACTTATTTCCCTTGTGGTCCTTGATGTAAAGTACGGATTATATTACTCTCGGAAACAAGACACTACATTATAAAAATAAGCACAAATACAATTACAAATAACCATTAAAATTTACTGTAAAATCCACCAACATATTATTGTGCTTGAGAGCCACACTGAAAAAAAAAAATCTGTAATTTTCCAGTTTATTTTTGGCAGCTGGGGTGCTAAAAAAAAAAAAACATAAAATAACGGCTGTTAAATTACAAAAGTTTACCATAAAATAACAGACAATAAATTACATAAATGTCCTTAAATTTAAATTTCTGCAAAAATTTCTGTAATTCAACCTCTGTTATTCTACAGTAAATTTCCATAATTTAAAGTCCATTGTTTTACCCCAGCTGCCAGAAATAAAACGTAAAATTACAATTTTTTTCACAGTGCAGCTTTTAGATTTTGAACTAAAGTAACCACATTTGTAACACTTTTAATATCCACAGACAGTTTATTCCATAGCCAAGAATATTTAAGACCAATGAATATAAGCAGTTTTAAAACAACATAATGTAAAATCCATAAGACTTCGCCTAGTTTTATAATAATGTTGCTAGTTTACCATTGATAAAGATGCATTTAAATAAGAGGGTACTTTATTATTCATAATGTTGTATACCATTTTATTTTTAAAATTGTTTCAACACAAATCCCAACAGAACACAAATTAGGATATCGTAGATGAAATCCAGGAGCTCTCTTATATAAATCCTTCC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Seq C2 exon
AATGCAGATCATTTCACTCTGGATAGCGCCGCCCTGGAGGACGGCAAGGGAAAGTGCCCTTACGACCCCGCCAAAGGTCATACAGGCCTCATTGTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000079611:ENSDART00000160511:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0140314=Sema=FE(7.4=100)
A:
NA
C2:
PF0140314=Sema=FE(7.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]