DreINT0132764 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000088143 | sema4gb
Description
sema domain, immunoglobulin domain (Ig), transmembrane domain (TM) and short cytoplasmic domain, (semaphorin) 4Gb [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-111117-1]
Coordinates
chr12:33736381-33745212:-
Coord C1 exon
chr12:33745037-33745212
Coord A exon
chr12:33736520-33745036
Coord C2 exon
chr12:33736381-33736519
Length
8517 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTAAGC
5' ss Score
8.15
3' ss Seq
TTTTTCTTTCACACTGCCAGGAG
3' ss Score
7.85
Exon sequences
Seq C1 exon
GGGGACATTGGAGGCCAGAGGACTCTTCAGAGGAAGTGGACGTCCTTTCTCAAGGCCAGGCTGGTCTGCGCCATCCCTGATTACGAGCTTCAGTTCAACGTTCTGCGCAGTGTGTTTGTCGTTGAGGGAAGCAACGTGCATGACAGTGTCTTTTATGGCATTTTTGGACTTGAGTG
Seq A exon
GTAAGCGAATTGACATAAGAATTTGACAGGTTTTGTGTAATTCAAGAACTAGTTGAGAATGCCTTGCATGAACCAGAAGTGCACATGAAGTGGAAGCTCTGACCATTTTTTTCCATATTTTGACGTAGTTCTTAGAGAAACGGAATATTAAATGAGAAAACAGTGGGTGTGGCTCGTTTTTTTATACTGCATGTTGATTGGATGTAGTAAAGAAGGCAATTTAATCAGAATGATCGGGAAACAGGTTTTAGATGTTATTACAACCTAACAGACACCTCCTCCTTACTGTTTCTGATTGTTGTCAAAACTGACAGTTGGAGAGGTGTGATTAAGTATGTAAGCCACGCCCAATACCTCAGACAGTTCTATCAAAGAGCTTAGAATGACCAAGAGGCGACACTCTAGTGGGAAACAGCCACTAGAGGGTGTGGTGGCCATTTTGAAATGAAAACTCCAATAGAACTACAGCGTATTATAAGTCTGTAAAATAAACTATTAAAAGTGCTGATGATTGTGATAGTAAGTGTTGTATTGTCGTCTTTCAGGTTGTATGCCAGCTTTAATGCGCTTTTTAAATAAATAAATAAAAAACAAAGCAGCTGCTTGCCATCGCGACAGTAATTAGATCCAATGGATGGCCGATCACTTTCACTCCAAAATGGCGAAATCCAGGGCTGTTGCCAGGCGCTGCTGTTGCAATGGAACGTTCTATTGAGTGTCGCCTCTTGGTCATTCTAAACTCTTTGGTTCTACTCTGAGAATTTACTGAAAACAAACAGGAAGTGCATTTTTTTAAATGTAAATTTGTTATTACAAAAGCACGCTACAAAGACAAACTATTTTTTTCTTAAAGGGGTGGTCCACTCTATCATATTTTAAACTTTAGTTGATGTGTAATGTAGCTGTGTGAAAATAAACAACACCTCTGAATGTAAGACGATGAAGGTTCAATGCAAAAGGAGGCTCTGGCTGTTTCTCAATATGCGTTCTTTAGCGATCTTGCGATCTGCGTTCTAGGAATTGGGAGCAGCCATTGGCTTTTACAGAGTTAGCCTAGCAAAGCCTACAGTAAACGAATTTGGAGACTACAAAAAAAATGCGTTCAGGTGAGTGAGGGCTTCTGGCTAAGCAAAATTCACTCTGCGCACACCCCCCACACAGCAAAGAGGCGTGGCCAGAAGCTCTATAATGTTATAGCAGAGAACGCTACAATGGCATCCAAACACTGCTATTTCCACAGAGCTTCTTCTGTTTCGTATTTGGGCTTCCAAAGGACACTACACAAAGAGAGAAGTGCTTACAATTTAATTATGTTCCAGAGAATTATAAAAAATATATAGCTAGCATTTGACATAGACACAGAATCTGTCCCAGTTCAGTGCTGGATTCAGCTAAAAACTCCTTAAAGAAGGAGCAGTTTCAACGATAATAGCAGAGGCTGTGTATTGTGAGCCACAACCTGTAAGTATTTTTATTTGTTAACATTGATCAATTACATGCACAGATTCTAGCGGTAACGGTATGTTGTAGCAAGGACTTAAACAAGGATTAAACAGTGGGAAATGCTGTTTGGCACAGCCAACAATTTAGCTACATATTTATCAGTCAAACCGCTGTAAACAGCCACAATCTTCAGCAGCGTGTGCAGTGTCTCTCTATGCAGACGCTTTTCCTGGATTCTACATCTTAAATAACCAACTCGCAAAAGATATACGAATGTTTTATATTACTTACACATGTTTATTATTCGAACATATGTGAAAGACACCTGTCAGATTTTATTTTAGAGAGCTGGCATGAGGTTCAGCTGTGTCCTCTTCATTTCCTGTCTGATTCAGGCAGCTAACTCTGCTAACAGTGGCTCTGCCAACATTGTTTACACAGCACAAAAGCCTGTGCTTGTAGGGGCGTGACATGGTGACGTGGAGCCAATCCGCAAATTACAGCAAATAAATAATTTATTTTCTACAAATAAAGCATGAGCACATGCACACATCATATAAACACAATCAAGCCTTAAAAATACACTGTGGACCACCCCTTTAATGACATGCACAGATGAATTGTTCGCCACGAAGCTTGCAATGTGAGCTAACAAATTGACCAACTAATGGTTAGTTTCAATTTCATGTGTACTTTAAAGGGATAGTACACCCAAAAATGAAAGTTTTCTCACTATTTACTCAAACTTAAGTATTTTTTGAAGTTTCCTTCTTCTGTTGAACACAATAATATCTTGTTATTTAGTGTATAACTAAGAAGGTATATTGAAGAATGCTGGAAACCAGAAGCCAATGACATTCATAGTAGAAACAGAAACTACTACGGAAATCAATGACTGTTTCCTTCCAACATTTTTCAATATGTCTTATTTTGCGTTTAACAGAAGAAAGAAACTTAAACATATTTTGAAGTGGAGAATGAGTTATTAATGACAGAATTCTCATTTTTGGTTGAACTGTACCTTTAAGATTCAATTTAGCTCCTATATTTGAACAAAGTTAGCTGACAGGATGCAGAATTGTAATGGTAATTTATTGAATTTGAATAGAGAGATGGATTGTTGGATAGATGGGAGAATGAATGGACAATTTGATGAATGTGAATGGACGCATGGATGAATAGACGGATGACTGGACGCATGGATAAATGGATGGATGGAAGGATGGATAGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGAATGGACTGACGACTGGACAGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGAATGGACGGAAGGATGAATAGATGGATGAATGGACAGATGAATGGATGGATTGATGAATGGGCGGATGAATGGACGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGAATGGACTGATGACTGGACAGATGGATGGATGAATGAATGGACGGAAGGATGAATAGATGGATGAATGGACAGATGGATAGATGGATAGATGAATGGGTGGATGTAGGGATAGGTAAATGGACGGATGGATGGATAAATGGATGGATGGATGAATGGTCAAATGTATGGACAGATGGATGGATGAACAAATAGATTGATGGATATAAGGATGAAGGAATGGACGGATAGATGGATAAATTAATTGATGAATGGACAGATGACTGGAAGGATGGATGGATGGACGGGCGGGCGGGCGGACAGGCGGACGGATCGATGGATGGACGGATGGACAGATGGATGGATGGATGAATGAATGGATGGATGGATGGGTGAATGAATGGACAGATGAATTGACAGATAGATGGATGGATGAATAGACAGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGACAGACAGATGAATGGATGAACGGATGGATGGATGGATCGATGGATGGATCGATGGATAGATAAATGCATGAATGAACAGATAGATGAATTGATGAATGTATGAATGGACTGATGGATGGATGGATAGATGGATGGATGCGTGACTAAATTTAAACAAGTGACAGATAAATAGATGGACAGATGTTTTCTGCAGGCAATGGAAGGATAATTTAAATGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATTTATGTATTGTATGGATTGACTGAAATATACTATAAAAATTGATGGATGGATATAGACTTTGACAGTTGCTGTAAATGTGTGGATGAATGAAAGGATAGATACTATAAATGAATGGATAGTATAATAAAAATGTCTAAAGTGACTGTATACCATCACAAGATTGATAGTTGGATGTACAGTATAGGAGGACAAACGGATGGTTGCTGTAAAGAATGGCTATTTAAATACTATAATTGATGGATGCCGTTATGGATTAATGAATGATTGATGGGTGAAGAGGTGGATAAATGGATACTATAAACAGATATAAGGATAAGTGGAATGGATGCTTTGAATGATGCATTTATTGATGAACTGATGGATACTATAAAATGTACATAAAATGTGGATGTGGATCGATGGATGGATGTTTACTATATTAAATGATGGATTGACTCTTTAAATGACTGATAGAGTTCTGCTAAATTTTTCACATTCTAGTTTCAACTGTTTTTCTTTAAGCTTACTCAAAGTAGTCAAAGTGCAATATAATCACTTAAGGTTTTAACTTTGGCACTACATTGACTTTCCGAGGCTTTAGTTTTAGAGGGCTGAAATGTTTTTAAGTGGGTGAGAGGTGCTGCAGTCTCATTAAATGTGATGTGAACAGAAGCAGCATTAATCTGCTAGCATGTGACCCTTTTATCCTCCTTCTCTGAAGCATTTTAGCATGTAAACCCATCTCTAAATATTCCTCTGTGCTTTCCTTACTATAACAGGGACACTCACAATAGGACACAGGGCACTGGGCCAGTATTTGAATTGGCAGAATCAAGAGAAGAGTATGCACAGACATGCCACATTAAATTGTCCTTCAAATGGGACTGGTTGGGGATTAAACTTCTCCTATAAAGCTTGATTCTAGGTAGTAAACAGGACAGAGCACTGAGTGGCAAATGTTTAGCGGCCTGAAGGGGGTTATAACATCACAATTTCATTATGAGGATTTTTAGCATTATGTTTGTCAGTGTAAAGAAGCGCAATGGCTTTGTTTCTGTGCTTGAGTGAGTTTTACACTTTACCTTTCTCCATAAAGATACACATTCAGGGATTTTAAGTTTAGACAGCACCACTTGAAATATGACAGTTTGACTTCTTCATCCTCTACACACAAACAGCCTAGTAAATAATTCACACAGTTTGCCCAACAGCATAATGTGGATTCTCAACAGTGCTGCAGTTCCATGAGAGTGTCACTGGCACTCAGCATAATAATCTCTATTTTTATTTGCTCTAGAATTATTTTAAAAGTTTATTAATTATTGATTTAAATTGATTCAAGATTCTGTTGATACCATAGTTAATTATTTGGACTAAGTATTTGAATTACTCAAACAGTAAAATGTATAAAA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Seq C2 exon
GAGAAACGTTAAGATGTCTGCAGTGTGTCGGTATTCCCTCAAAGACATCCAGACAGCTTTTAATGGGCCATTCATGGAACTTCAGGACTCCAAATGGAGGGAATACACTGGGAAAGTTCCGGATCCACGACCTGGTTCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000088143:ENSDART00000131181:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.128
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0140314=Sema=FE(14.8=100)
A:
NA
C2:
PF0140314=Sema=FE(11.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg19)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]