DreINT0132848 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000061976 | sema6bb
Description
sema domain, transmembrane domain (TM), and cytoplasmic domain, (semaphorin) 6Bb [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-081105-129]
Coordinates
chr8:18980587-18986408:-
Coord C1 exon
chr8:18986310-18986408
Coord A exon
chr8:18980678-18986309
Coord C2 exon
chr8:18980587-18980677
Length
5632 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACTGTGAGT
5' ss Score
7.94
3' ss Seq
GTGTGTGTGTTTGTATTTAGGGA
3' ss Score
10.29
Exon sequences
Seq C1 exon
GACGAGTGCCGTAACTACATGAAGGTTCTGCTCAGCCGGCAGGGTGGATTGTTTATCTGCGGGACCAACGCCTTCAATCCGTTGTGTGCCAATTATACT
Seq A exon
GTGAGTACCAAATATTTGATCACACGAAAAATGGATTCTTTTGGAAACTCACCACACCCTCTAGTCTTTCATTACCCCAGTGTTCTGGGGTCTGTTTTTCTCATTGCATTTTTTTCTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGCATTATTATTATTTTATTCATTCATATTACACATTATTACTATATATTTATACATATGTAAATATTTTATTTTACCATGTATTTTTATACAGTATTAATTAATGTATTATTTTTTAATTTAAATAAAATTTGTATATATTTTTTATATTATATTACTCTACATTTATACAAATAAATATATTATTTTACATAATATTTTACAGTATATTAACATTGTTAACATAAACAATATTATTTTAACAAATATTATTACATAAACAGTATAATATTTTTATTCTGATTTTATTTTATTTATTTATTTTACTCATTCTTTCGTATTATATTATATTACTCTATATATTTATGTATGTAAATATTTTATTTCATACAGTATTATTTACATTATTTAAGTTTTAATTTAATTTATTTTATATTTATTTATTTGTTGTTCATCTTCTTTTCTGCATATTCCCTTCATTAATCTGGGGTCGCCACAGAGGAATGAACCGCCAACTTATCCAGCATATGCTCCACGCTAGAGATCTGCGCGGGACTAAATTTTGAATCCCGCCCGCACCCGCCAGGTTTTAGCCCGAACCCGACCGCTCCCGCTTATATTAAGAATTTATTGTCCCGCTGCCCGACCCGCCCCGTTTTCTGGCTGATCCCGCTAAAGAGCGGAGGAGAACAAAACCGAAAATCACCAAGCTATACAGTCCAGACAGCCAAGCTGTCTGTATAAACACACACAGCACCAAGCACACACACACAGACAAATCTCTCTCTCTCATACGCGCGCGCGCGCGCACTAACACACACACAAGCACCAAGCAGACACACAGGCGTTTGCTGTTATATCAACTCAAAGGCTTGTAATACCATGTATCAAGTACCAATGTAATACCAAAAGGTTTTATATAAAGGTAAATAAATACTGAGTCGCGCCAGCTCCGGGCCGCAGCGCACATTACTCTCGGGCCGATTCCGGCGCAGATGCGGCAGCGTCGGCTCGCTTACGGCCGCCGCATCTGGCCCGATTGATTCGGGCCAGAATCGGGCAGTGAGTCCACAAGCATCCGGAGTCCGGAAGCCGGAGCCGGGCTGAGTGGTAAGTCTCCAGCAGGCGAGAATCTAGCCGGAACTGGCCCGAGTGCATTTTGCTATCTGGGAAAGCTCTCTCTCTCTCATACACACACACACAAGCACCAAGCACACACACAGGCAAAGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCATTCGCATAGCAATATCCGCGATATTGCTAGACAGCCCGCTCCCGTCCCAAATTAAACCCGTTACCGACCGCTCCCGCGATTTATTCGGAAATTTATTCCCGCGCCGCAGAAATCTGGTCGGGTCCTGCGGCGCCCGCGGGACAGCCGCGAGAATGCAGACCTCTACTCCACGCAGCGGATGCCCTTCCAGCTGCAACACATCTATGGGAAACATCCATACACACTCATACACTGCGCACAATTTAGCTTACCCAATTCACCTGTACCGAATATCTTTGGACTGTGGGGGAAACTCGAGCACCCGGAGGAAACCCACGTGAACGCGGGGAGAATTTTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATTCTACTTTTATGCATATAAATATACTTTTTTTACACTGTACTGTGTTTTTATACATTATTATTTACATTTTTTTGTTTTATTTAATTTAAGATTTATAAATATTTTTTTTATTTTATTGTATTATATTAATTAAAATTACTGTACATTTTTACGAATAAATACATTATTTAACACTGTATTTTATTTTTATATATTATCATTTTATTTTAATTTTTATATATATTTTTGTTTTATTATTCTCTTTTTTTTTTGTACTTTCCTGTCTTTCTTTATCCCAAGTTTTTAGGCTCTCTATTTTCTCATTACATTTTCTCATACTTTATTTATTTTCCACAGCCCATTACTTCTCTCTCACATACTTTATTTCATCCTCCATAACTGCTTTTTTCCCTTCAGCACATTTCAGAGCACTGCTTGCAGCGGTATTATAAATGACTCAGGCAGCATTGGGTCACCACACATCTCCGACCCGGATGGGAATCTCTTAAAAAACCCCTAAGCTAAAAAAAAAAAAAAAAATCTTCCCTGTCGTTTGTTTATACTCTATTTTTCCACCTGTCTGGCCGTCAATATGCCCAGAAGCTGCAAGCTGTTTCTGATGACCTCAAGAGCAGAGAGCTGTCATTAATCAGTCTAGACGTGCTACTCTCTGCACGGTTGTTTATTCGTAAAAGAATGGTAATGCCACTCAACGGGCACACTGTTTGAATCCAGGACCCTTGAGTGCATGTGTGTGTTGCGCTTCATCCATCTGGTCGGTGACTCCATCGCCCTCGGCGCACGTGATGCACATTAATGGAGGATTTGAGCTGCTAGTCCACCTGAGGTATTAGCTTGAGTACCACATCCATAAACACCACACCTGAGCACTGCCTCCAATATCAGATCCGCTCCTCCTCAACCAATCACGCTAATGATATACAGCCTGCTGGATAAAGAAGAAAACACATAATTACTAATCACCCGCTCTGCTGGATTCCAGCTTGCCTCGCTCAGGTTGAGAAACACACACATGTTTATGCACATTTAAGTGTGTATCAGTTCATAAAAATGCTGGTTTGGTATATTCATTGTACAGACGTTTATTATTATTTATTTATCATATATTATTATCAGAATTTATTAATTATTAGAATTCTGTCACGTCACATTAAAGAGCATTTATTGTCTTGATAAATTTGACAGAATTAGATTAGATTAGAATGTTTAGAATGTACCAATTTTAATGCTTCCCACTGGTTTGAAATATACTTACGGTAGCTGGATTGAAACTTTTTACCCACATACAGCACAAAAATAATGTGCTTTTTATTCATTCATTCATTCATTCATTTTCTTGTCGGCTTAGTCCCTTTATTAATTTGGGGTCGCCACAGCGGAATGAACCGCCAACATATCCAGCAAGTTTTTACGCAGCAGATGCCCTTCCAGCAAGCTATCTCTGGGAAACATCCACACATACACACACATTCATACACTACGGACAATTTAGCCTACCCAATTCACCTGTACCACATGTCTTTGGACTGTGGGGAAAACCGGAGCACCCGGAGGAAACCCACGCGAACGCAAGGAGAACATGCAAACTCCACACAAAAACACCAACTGAGCCAAGAATCAAACCAGCGACCCAGCGACCTTCTTGCTGTGAGGCGAACGTGTTACCCACTGCGCCACCATGTGCTTTTAAACTATATATATATTTTTATTATGACTCTGTAAAACACATTTTCTTTTCAATGGGTTAAAGTTATTTAAAAAAGGTGTTGAAATAAAAGAAATCCACTATTTCTCTTACTTTTATGCTATTTAGGAGCCATGTCTCTACAGTTGCTTTATTGACATGACATTTAGTACAGTATTGCCAAAGCATGTTAGATATGGATAAGGTATGTAATGTATTAACATCATTAAATTAATGAAATGTACAGAAATTTAGAAATAACTAACAGAAAAAAGGAATAAAAATAGACATTATTGCTAAAAATTATAATAATTACAAGAATAAAAGTGTAGATTATTTAAATAAGGCAAATTAGTTGATTAGCCATTTCTAATGGTGTACAAATTTGGAACCAGTATTGACATCATTTTGTTCTCTCGGAATATATAGTTTAGGCCTAAAGTCGTTTATTAAATAATTAATAATTTATTGTTTCTCTCATGGCTGTACGTGTGCAGTCGGCTGCGAAAAAGTAATGCAATAACGCATACAAATAACAGCAACTTTATAAAGCAAAAGCTGAATCCCGGACATTTTAGGAGATTCAGAAACTATGACTAGACGCATTTTGGTGCAAAAGGCGCGTCTCTGTGGGTCTGCAGAGCACATGAGATTGTCTGTGTAAGTGTTGACAGAATCAGCAGTAGGAAAAGTGCAATGCGAGAGAAGATTTTCCACTGGTTAATCGATCATGAATGTTTGGCTCTCTTGAGCGGATACAAAAAAGTGTAAAAGCATGATAATAATAGTATTATTCATGTGTCACCACCAAATATACTTTGGCGGCCATTAATAATAAAATAAAATAAGCTGTAAGATGTAAGATATAATATAATATAATATATATTATTATTATATTATAAATTATTAAAAAATATACAATATAAAATTCTTCACAAATAGTTGTTGATATAACTGTATGTGTTCTGTACACACATGGACCAAACCAACAGGCAGATAATATGAAAGAATCAAGAGACCACGCTAATCATTATATTGGACAGCATAAGCTTTAAATCAATGCACTTTTGGGCTTGGCAATATTAGAGAAATATTAGGCTTAGTCCCTTTATTAATCTTGGGTCGCGACAGCGGAATGAACCGCCAACTTATCCAGCATAAGTTTTACGCAACGGATGCTCTTCCAGCTGCATCCCGTTACTAGGAAATAACCATACACACTTAATCACACATATACACTACGGACAATTTAGCCTACCCAATTCATCTGTACTGCATGCCTTTGGACTTGTCAGGAAAACCAGAGCACCTTTAAGAAGCTCACACGAACACGGGGAGAACATGCAAACTCCACACAGAAATGCCAACTGACCCAGTTGAGGCTCAAACCAGTGACCTTCTTGCTGTGAGGCGACAGCACTACCTACTTCGCCACCGCGTCGCCCATTAGAGAAATATAAAAGACACAACCTTTGATATGTGACTGGCAGTATTTGAATGTAAAAGCTCCACTGTCAGTGAGTGCCTGGAATTGCG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Seq C2 exon
GGAGACACTCTTGAGATGGTGGGTGAAACTGTAAGTGGCATGGCTCGATGCCCATACGACCCGAAACATGCCAACGTGGCCCTGTTTGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000061976:ENSDART00000089024:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0140314=Sema=FE(7.6=100)
A:
NA
C2:
PF0140314=Sema=FE(7.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]