DreINT0134222 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000028099 | sh2d3ca
Description
SH2 domain containing 3Ca [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-080102-1]
Coordinates
chr10:10306951-10311068:+
Coord C1 exon
chr10:10306951-10307066
Coord A exon
chr10:10307067-10310896
Coord C2 exon
chr10:10310897-10311068
Length
3830 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGG
5' ss Score
8.41
3' ss Seq
ATTTGTCTCTCATTCAACAGGTT
3' ss Score
10.62
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTGCTAGGATACTGGGCGTTACCAAGGAGATGCAGAGGATGATGGGAGTGAGCTCAGGGCTGGAGCAGCTGACTCTTCCTCATGGACATCAGTTGAGGCTGGATCTGCTGGAGAG
Seq A exon
GTGAGGGAAGGGAACACATCTGATATGTGAACATATCCAGATTGTAGTGTGTCATAGACTTTCAAAATCCTCTGAAGCCCCTTGAAATGTGCATTCGAAAGCTTAGGCTGTGACTTTGTGAATGGACAATGGAAAATTCGGACTTGACTTTCAGTGATTGTGAATGAAGGCACCACACAAAACTTGTGAGACAGCATAGCGATTAATGTTTAATTTAGCAATTTTCACACTTTAGATTTTATTTAGCACTATTATGGTGCATCTGTAATCATTTGTTTTTTAAAAGTGCTATGTATTTCATGAATATTTATTTCCATTTCTACATCCATAATCAAACATTTGCCCAGTGACTTTAAATCATATGTCTCAAACTCGATTCTTGGAGAGCCGCTGCTCTGCACAGTTTCTCTCCAACCCTTATCAAACACGGCTGATCCAAATAATAAAGGTGTTCAAAAGAGTCTTGGGCTGCGTCCGAAACCGCATACTTCCATACTATTCAGTACGCTAAAATCAGTATGCTAGCCGAGTAGTATGTCTGAATTCATAAAATTCGAAAATCAGTATGCAAGAAATACCCGGATGACTTACTACTTTGGGCAAGATGCTGGAGTGTGCATCCCATGCATGCTGCGCTATCCCATGATGCCACGCAAGTGAAGTATAGAACGTACTTTTCTAACAGCCGAGAATGTTTAAATCTACATGTTTAAATTTAAATGCAGTACCTACTGAGTAGAAGGCGATTTCGGACGCAGCCTTGAACACCTTGATTAGTGGCATCAGGTGTGTTTGATTAGGATTGGAGGAAAACTGTTCGGAGCAGTGGCCCTCCAGGAATCCAGTTTGAGACCTATGCTCTAAATCAAGGTTTTTCAAAGTCTAAGACAGTGGGCCTCCCTTTTGACACAACTTATCTATTGGCGCCCCCCTCCTCCCAAACACGCACGCGCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACGCACATATATATACATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGTATATATATACAGTGTATATTTGACACAGACAGATGTCAGACTGTTAACTTACTTTTATCATCATTTGCATAAAAGTGCAATTATTTACAGAGTAATAACAAGTATTTTAATATAACGTTTTTAAAACCAGGATGATTGTTCAATATGAATAGAACAAATCCAAGAACTGGTCATCCCAGTCAAAACAGTCGAAGTTTAGCGGGTCTCATGCTGTCATTAGCCAAAATATCTTGACAAACCACACATAAAGGTCGTGGTTCCTCAGCTGGTCCTGTCCACGTAAATCCCAAACTCAAATACTGATCATCATATCGTTGTCTTTTGGGTTTAAGCCCTGAACTTGAAGGCTTTGAATCGGGGGGGTCTCAGGAACCGATCCATTGTGTTAGCAGGCATATACCTGTATTGGCGGGCTTGCCAAACAGAAACGAATTCACAGCTATGGCCTTCTGCGTAAAAAAGGTTTTCTTATGTTTGACGTATTATTTTTTTAGCTTTGTTTAATTAAGACGTTTAAATATAATAAAAAATTCATATAATAATTAAACTTAATAATTATATTTTTTTATTATATAATATTTTTTCCCGTGCCTCCCCTGACATGCTCTGGCGCCCCCCAGGGGAGGCGCGCCTCACACTTTGAAAACCCCTGCTCTAAATAAAGTAAGAAAGTGAGTATATACTTTAAAGTGAAATATAGTCCTATCCATGCAGTCAACATATGCAGTCAAGCTTGAAATTTTTCATACCACTGGCAATTTCTGACTTTAAGCTTTTGTGCAAATGTAAATAAATGCTGAGGAATATTTTTTTTCCTGTTTTGATGCCTCTTGTAAATCATCTAATTGTCTTTTGGGAGAAGCCTGCATCATTTCCAGTCAAAAAACTAAACTTGCTGTTTGAATAAAAGTAACTTTAAGTCAGAATTTGGTAGAGGTGTCAAAATTAATTGTTTCTTTGATGCACCACGATGCAGACTCAAACAATTCGGTGTTGGTTCATTAATAGATCATCACCGGTTATTACGTTAATATATTTATTAGTTATTTTATTTACACAAGGGCGGACTACTGTTCACAATTCACTGCATGCGAGTTTGCTGGACATTCTTTTACTGACACAGAAGTTACAGCAGAACAAGGAGACACTATTTCACTGCTAAAGAGAAAATGAAAGCTCTCTCTTTCTGTCTGCCCCTTTATCTCTCTCTCACTTTGGACCTTTGAACTGCTAGCTTGTTTGTAAGGTAACTGTTTCTCTCCTCTATAGCTATTAAAGTGATACTTGTGGATCCTGACACAAGAGTGTCTGTAGATCGATTTTGGTACTACATCGTCTATTATGGATCAGCTGTGATAGCTACGAAACGTGCGCTTTATTACTCGCATAAAGACTGTTACTGCTAATTTTTCAGTGTTCGCGTCACTCATTGGTGAACAGCGATAGTTAATAGTTTTAGAGCCAGTATTTCAACCCTTTCTATTGAGTGTGTGAACAAAATGACCAATCATAGGGATGTAATAAAACGCTCGACAACACTCAAAAAGCAAGCGGAATAATATTTACATTAGTGAATTTGCTTTAAATTCTCATGTTGTCTTCTGTAATTGTATATATTTGAGTTTTGTCTGAAGCATTTAAAGAGTTTTCTTTAAGCAGGTACAGCTTACATATCTAAATGCTTGTATTAAAGGACAAAATTGTAATACAAATAATACTGTATAAATACATTTTAAAAATTAATTCAAGAATTCTTGTGTTGTGAAGAAAAATATATAATTGTGGATGAAAAGCATCGTCAATGCACTGTGATGCACCAAGATATCGAATTGAACCGAATAGACATGATAATTGTAACGGAATCGAACCCAGAGACCAGTGTAGGTTCACACTCCTAGAATTTGGCAGGGGTATGAATACTAGGGGTATGAAGGGGTATGACACTTTTCGTGTCATGTGACACTATCGCAATGCACATTAAAAGCCTGTTTGAACTAGGTCTCATGAGCTGTATAAATCACAAAATTTCTATAATATTATATATACTGTATGCATTTGCTTAAAACGTAGCCCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACACACACACACACACGTCCACACAAAAGTAAGCACGTGATCTCTGCATAATTTCCATTAACATGTTCAAATAGCTATCAAAAACAGAGACAGCTTAAGTTTTAATTTCAAAACAATTGGTTTAATTTTCAAATATGATAAAGCAGGCTTAAGGGTAAACTTAAGTTTCTCTCTGTTCTCTCTGTTTTCCTTATATAAATTTCAAAAATCAATGGTTCTCGAGATAAAAAAAAAAGTCAATAATGAATTAAAATGTGTAATTTTGCACACACTGACAAAAAAATATTCAGATATGATTTCTTTGATTTACTAATTTTTTAAGTTAAGTGGTTGTAAACAATTTATTTTGGCTGAATTTAAACAAACAAAAGTTGTTTAAACTCAACACATATAAATTGCTTGCAATCATTTGCAGAAATAATTTTTTTTCAGTAGCTGCAGAACAATATGCAAAAACTTGAAACATAATCAGTCATTTTAGAATAAAATCCGTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTAAATACTGGAGGGACTGATAAACTGTTGAATGAATTTACAGAAAACATTGTTATCGTAATATATAATACCATGCTTCCTGAAACCTTGCTGATGACTGTATTTAGTGTATTTCACTGTATTTGTCTCTCATTCAACAG
Seq C2 exon
GTTTTACACCATGTCAATAATGATGGCGGTGGATCTGTTAGGCTGTACAGGCAGCACGGAGGAGAGGGCAGCCCTTCTGCATAAAACTATCCAGCTGGCTGCTGAACTCAAGAGCAACATGGGTAACATGTACGGATTTGCTGCGGTCATGAGAGCCCTGGAGCTGCCGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000028099:ENSDART00000144214:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0061714=RasGEF=FE(21.5=100)
A:
NA
C2:
PF0061714=RasGEF=FE(32.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]