DreINT0138652 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000042213 | si:ch211-233h19.2
Description
si:ch211-233h19.2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-061009-14]
Coordinates
chr18:8991554-8997554:+
Coord C1 exon
chr18:8991554-8991719
Coord A exon
chr18:8991720-8997255
Coord C2 exon
chr18:8997256-8997554
Length
5536 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTAGC
5' ss Score
5.61
3' ss Seq
AACCGTGTTCCTGTTTCTAGGGC
3' ss Score
10.31
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTGGAGTATAAATATTCCAAACTAGTGATGTCTGCCAATAAAGAGTGCGAGTTACCGGCGGCCGACAGCTGTGCCATTATGGAGGGAGAAGCAGAGGAGGAAGAGGAAGCGGTTTATGCCAAGAAGTCATCCCTTCTGGCTAAGCTAAAGGCTGCTGCTACTAAG
Seq A exon
GTTAGCTAAACTGCACTAGTTGGTTGATTGGTTGATTGATTGATTCACTCGTAAGAAAAAGTTTATTTGTATGCTTATTTTTTATTTAATGATGATAATTATAATTGAAAAAATAAAAATAATAATAAATAAAATAACGAAAGTAAACAAAAATGAACAAAATAAACAATAAAATAAACAAAAGTAAAAACAATTTCACTGTAAAAGTTGAGTATTAATAGTTGTAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACAGAGTGTGCACAGACAGCCACTTTATTAGATACACCTAGTACTGGGTTGGACCCCCTTTTGCCTTCAGAACTGCCTTAATCCGTCGTGGCATAGATTCAACAATGTACTGGAAATGTTCCTCAGATTTTGGTCCATATTGATATTATAGCATCATGCAGTTGCTGCAGATTTGTTGGCTGCTCATCCATGATGCAAATCTACTGTTTCACTACATCCCAAAGGTGCTCTATTGGATTGAGTTCTGGTGACTGTGGAGGCCATTTGAGTACAAAGAACTCCTTGTTATGTTTAAGAAACCAGTCTGAGATCATTTGCACTTTATGACATGGCATGTTATCCTGCTGGAAGTAGCTATCAGAAGATGGGTACACTGTGGTCATAAAGGGATGGGCATGCTCATCAACAATATTTAGGTAGGCTGTGGTGTTGACACGATGCTCAGCTGGTGCTAATGGGCCAAAAGTGTGCCAAGAAACAACCCCCCACACTATTATACCACCAGCCTGAACTAATGGTGCAAGGCAGGATGGATCCATACTTTCATGTTGTTGACGCCAAATTCTGACCCTACCATTCAAATGTACCAGCAGAAATCGAGACTCATCAGATCAGGCAACCTTTTTCCAATTTTCAGTTGTCCAATTTTGGTGAGCCTGTGCATATTGTAGCCTCAGTTTCCTGTTAGCTGACAGAAGTGGCATCCATTTAATCTTCTGCTGCTGCTGTAGCCCATCTGCCTCAAGGTTGGATGTCCACAGAACTGGCGCTCAATAGATATTTTATCTTTTTTTGACCATTCTCAGTAAATCCTAGAGATGGTTGTGCATGAAAATCCCAGTAGATCAGCAGTTTTTGAAATACTCAGATCAGCCCGTCTGGCACCAACAACCATGCCACATTCAAAGTCACTTAAATCACCTTTCTTCCCCATTCTGATGCTCTGTTTGAACTGCAGCAGATCGTCTTGACCTTGTCTACATGCCAAAATGCTTTGAGTTGCTGCCATGTGTTTGTCTGATTAGATATTTGTGTTAACAAGAAGTTGGACAGGTGTACCTAATAAAGTGGCCGTTGAGTGTGTATATTTATATATACCAAAAAGCGCAAATAAGCTGCCAATGTCTAAAAACAAAGTGTCACGCTTCACTATAAAACATAGTGTGTATTTTTGTTTAATTAATTGCAGTCTTGGTAATTTTTAAATCCATTATACCATTTTAGTTTCGTTTAAATTTATCATGCTAACTAAACCCAACATGAACTAATGTCTAATGAAATGAAGACATTGAAATGACATGAAATAGTTGCTTTTTAAAGTGCCGTTTATTTTATATGCCTCTAGTGGCACCAAACCCAACAGCACTTCAAAATAACTGTTTATTTTGTTTGAGCTTCCCTGTTACTTACGAAGTTACTTGCTAAATATTTGGGGTGGACAATGTAAAAGTGCCTTTCAAATGCATGGCCTGTACAGTTTATCAACATAGGGTTTTTTGAAAATATGCAAGTTGTTAATTAATTATAAAAAAAATATGCAAATTCTCCACAGCGTTGCTTTTAAAAATGACCTCAGTTCAACCCAGTTGTCTTTTTTTTTTTTTGTCTGTTTCTCTCTTACCCTGCGCTAGCTCTCAGAAAATTCAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCCTTGATGTTTAACTCGGGGCAGTTGAAGGAGCCGCTGAGGGACCTCTAGAAACATCTGTAAGATTAAAGACTATGGAGCTGCATCAGCATATGCTGTGTGTCACACTGTGTTCACAGCCAATTAGAAGCGAGTTTAAGAGGAAGAGCGTTGTTTTCAGACATCACTCTTCAGAACTGTTTTTTTTCACTGAAAGTCTCCAGCGTTCGCTCCTGATAGATGCAGTTTGGACCTCCCAGTGGAGCTTTGCTGCAGTATATGCAGTCCGGTTTGCTCTTGTATTTAACAGAGAAGTTAATTAAATAAATTCTCTCTCCTGATCAAGAGGAATTGATCAGTCATGTTCCTGGTGACTGGTTTGCCTTAGATAAACCCTGAATAAAACTTTTGTAAATCTTTTAGCCTGGTTTTAAAGCACAGTCTAGCTGAACCACCTACTAAATGCCAAGGAGAGCAGTTCAGCTAACATTAGTGAAATAATGGGTTACAAATTACACAAAGCAAAATATTTTATGACACGGTTATATTGCCTCTTGACAGTCATGTTTATGACAGATTTATGACAAGTTCTGTAGTCTTGGTAATGTTAAGTTTTCAAAACCAACAATATCATCTTTGTTTTTAAAATGACATAACTGAGCAAATGACACTTAGCATGCTTTGACACTAGCCCTTTCGATCCACACCAGAATTCGTTTGACGTCAGTTCTGTGCGTTTAGCTAGTGTAAATGATGTCTTACGAACTCAGGAGCTCACCTGCAAACCATATCAGAGTCCGCCTAAAAGAGGTAGTCTTGGGTATGGTTCACGCAAACTCTGGTCCGATTCTGGAATGAATGCAATCGTACCAAAATTAGGAAGTGAACCACCATCTGTACAACCGTAGATCAGGAAGTGGGTTTTAGAAGAGTTATTACAACCTAACAGACTCCTCCTGCTCACCATTTCTGTTGTCAAAACTGACAGATGGAGGGGCGTGGTTTTGTATGTTAGCCACACCCAAAAACCTCAGACAAGCCTAATCTGAGATTTTAATTGAAATCAAACAGGAAGTGAATTTTCAGATTTCAATTAAAGATTAGAATGGCAAACTTTATTATTTTATATTATTAATGACGTGCACAGATAGTTCACCACAAAGCTAGAAATGTAAGCTATATGGTTAGTTTTGATTTCATTTGTACTTTAAAGGGCCATGTAACCCCCCGTCTCAGCAGGGTGTTTTCACCCCTCAACTTTGAAAAGTCAGGAAAGTGGGCGAGTCCAGCTTTGTTTAGGTGGGAGTGTTGAGTGGCGAAAGAGTGAAGGGTTTGCATGAAAAGTGTAGTTTCAGTACGTGCTCAACAGCTGATTTTCACATATATTATGATATACAGTAAGACAATAATATGATTAGGTGTTTACCTGAGTTGTTTTTTGAATGATCCCATTTTACATGGTATAGCACATAATTCGATTAACGTCATTCCGTCATCGCACTATTCACATTTCGTCCATAGTTTCATGTAATTTTGGGCGTTTCATTTTTAATTTGTCAACTTTAACTGTAGTTTGGCACTTTCGCTTTCATTCAGGAACATTTTTATGCATGCCCGCAGTGACAAACAAGATATTGGATGCGAGTATGAACTGCCAGGAGAGTGTTGTTTTAATGGAGTTCGATAAAAAAAAAATACTTTGGCATTTCTCGGTCGATGCAAAGACTTGGTCGGGGCAGAGAATAGCATCAAACCGCTATGTGTGTATAGACTGTCCTGTCACAAAATGCGTCAAAAAATATACGCTGAAAATGATACGCTGTGAAAATCCTACACGACGGTAATGGTTGGATTAAGATGTTTACATTCGCAGAGCAGCATTTACAACGCATCTTTCAGCCCATAATAATGTAGTGATATTAACTAAATAATTTTGTCTTAGGTTTGTCTTTAAAAACTAAAGGCGCACTGCTGATGATACTAACTTTGTCTCTGAATAAACAAAAACAAAGACCACTGATCACACACTTACCAAATCCATAGAGACAGGACGATCAACACGAACTGGAACCGCATTTTTTTTTAAAAGAAGACAAGTAGCAAATCCGTATTTCACTATTTTTTTCACACATATTTTTGTTGTGTGTTAGCAAACCACTGTATTCCACTTACGTGGATCCACATACGAGCGATGCTTTCATCACGGGGAAATGGAAACAAAACCTTCATTGCAGCACATTTGTAAACACAACACTGACGACCCATGTCTCCTAACAATTCTTTTTCATTCACAAGTGTTGAGCGATATATGAAATTTTCAGATTGGCATATCGCCCCACTGTGAGATTGCTGATACACAATACTACCACATGGGGGTGCGTCAGTGTTGTTTATTTATATAGAATATATTACTTTTATATTTAACCATATCGAAACGTATTTAATAACCTTTCAGCTGATGTAAAAAAATGTATTTAATAACCTACTACATTTGCATCAAGTTTGATCTTGGATAATACAAATTGCTGCAAATCACAGCGCTCTTACGCCCCATTCACACGGGGCTTCAGCATCAACGCTTGACTGAAGGTGTGTCTGAAGTTGGGGCTAACGCAATCGTCATAGCAGCGTCAGCCAATGAAATTCAGCCAGCAATAGGCCACTGCCTAGCTGGTGTATTTGCATACAGCGATCTGATTGGCTGACGCTCCCGTCGGCGTTTAAAGTTGAGCTTGTCCCAACTTCTGCAGCGAGCAACGGCTCTAAAACGGCGCAGACAGATCCACAATGCAGTTAGGCAATGCCTGACGTCACCCATTCAAAGTGAATCGGAAGCATTGACGCTGACACCCAATGTGAAAGGGGCGTTACAGCTTAATAGACGCTGAGACCATCCATCCATCAAATATGTCATATTGTACTCGCTGGTACAGACAGCCAGTCTACACGCTGGTATTTACGCAATGATTTCATTGCCATGATG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Seq C2 exon
GGCAACAAGATGAGCACTGAAGCCGTCCAGCTGAAATTCTCCAATACAGACAAGTCTGTGTGGGGATAAAAGACGAGCGGAGAGAAGGATGAATGGATGGAAGTTCCATATCACACGCAGTGGCCTTAAGAATACAAGGGCACAAGTGTCCGATGAAGAAACAGGGTTAAATTGACGCCTCAGGAACCTGCACGGACTTACTCGTTGAATATTTCTGTCACTATGCAGTTATGTATCATGGATGTGTGTATTTATGTACGTGTGTGTGTGCGCGTATGTGTACGTGTGTGTGTGTGTAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000042213:ENSDART00000145226:21
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]