DreINT0143527 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000097445 | si:dkey-195m11.8
Description
si:dkey-195m11.8 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-3092]
Coordinates
chr6:39373515-39381197:+
Coord C1 exon
chr6:39373515-39373619
Coord A exon
chr6:39373620-39377577
Coord C2 exon
chr6:39377578-39381197
Length
3958 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTGAGT
5' ss Score
10.13
3' ss Seq
CACTTTTATTTTATTTCCAGGTG
3' ss Score
10.09
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTCTGTGTTTATGAACAATGGTGGGAAGACTTTTGCACATCATTAGCTTTTACAATCAACTCACAAAAATAAGCTGATACAGAATTCTGGTTAAAACAGCATG
Seq A exon
GTGAGTGCAAAAGAGCAAACAGACATGTGCATTAATAATTACATTTTTGTTTTGTGCATATGTAAATGTGTTCATGCTGGACAAGATTCTCCTGGTAATGTGTGTGTTCAGCAGTAGCCAGAGAGAGAGTAATGACTTTAGCAGCTGTTTCTTTGCTCTCATCTCAAGAGTCTCTTCACTTTTTCTAGGACAAATAGTAAGTCTTGATTATTGGCTGATGCACTGATAAAAATAAAATATAAAAATTAAAATCTTTATTGTGTTAAAATTAAGTTTTTTGCCCATCAACATTGAATCAAAGTTCATTTGCAGTTCATGTAATTGGGTAATATTGTGACTGATTTAGCATTGCAGATTTGTTTGCTATTTGATTTGTTAGAAAAGTCATTGTGTGATGTACAACTTGGAGTGTGTGTGTGTGCTTGTGTGTGTGCAGAGGATGTGCTTTGTAAATAGATCCCAGGCTGAATTCTTAGCATTCCGTGTGCAGCCGTATTTATGGATGGGATCCTGTCTCTTCAGTGGAAAGTGTGTGAAATGGAGGGAAGCAGCAAAAGATATAAAGATAACACAGAAACAGCCATAGGCATTAACTATTCGGAATGAACAAGAGCATTTATGCGTAGCAAGGATTTGTTGGATTAGCCAAAAATCTTGACTCCAGAACTGTGGTGAATATAGTAATGTTGATGTATATTTGTTTAAAATGCTCTTAGTGTGCCGTCAGTCTCCTACTCTAGCTAGAACTTTACTGTAATCTGCCGATTCTAATCTGTCTTCATCTTCCAGAAGGCGAAAATAGACACACGTGCACACACACACACCCACTTATACTGTGTAAATATAACTCTTCAGTTAATCCAGCGTTCAGCACTGTTCGCTTTTTTAATTTGTCTTTAAATCATCAGAATGTGTGAGAAGGATGATGTGCGCACTGATTATGTGTTACTGAGATTGCACAGATTAAGACGCAAAGAATAGATCACATCTTGTCCAGATTACTAAGAGGTTCCATATGGTGAATTCTTGCTGCAGTCCAGTTGTGAAGTTGAAACGGTTTTGCCTCTACCACAATTACAACAAAGTAAGTGTCAGAAGGAAACAATACACCAGATGAAAATAGAGAAAGATCTTTAATGGGACTGTTTACTTTTTTAAAAGTTAAATTCAGTGGTCAATGGGATGCCAAGTAGTACAGGTTTTCTTTATTTTTAGGGTGTATCTTAGTATTCTGTCCATTTTTTAACAGCTATCTTTTTAAATAGTCGGGGAGAGTGTGGGCAGTAGTAATATCAAGGTATCCGTGGGATCCTAAAAAGCCTTACATCTACTAAAATGTTGTGTTGTAGGTCTTAAATCTTTTTTAACAGGTCTTAATTTTCCTTGGTTCGTGTATAGCTACCCAATTTGGCCATAACATCCATAGAATCACCAACAATCCCAATCTTAATAAAACTTATATCTCTTTATTTAAAATTAGAATTTAATTACTTTCCTTACGGTAACATTTGTTTAAAAGTTCTCTTTTTTTACTGATGGTGATATTGACCTGACCTAGATTTTTATTTTTAAATTATTATTATTGTATTATTAAATGTATTAAATTATAATCAATTATTAATAGGGCAAGTGAAAATCTTTTCCAACTGGGATATTCGAATAAAATCCTTAGTGTTTTGCCCTGAAAAAGTCTAAAATTTCATTCATAATGGTCTTAAAAATATCTTAAAATGTATTAAATTTAACTTGGTGAAACCTGCAGAAACCCTGAACATGGGGCAGTTGCAACAAGACTTAATCTAGCTCATTCAGGAAGCTAGAATGATGATATTCATATCACATACTCTCAGTTAGACTCTCCTTCAGTCTCAGAGAAATCAGCCAAATGTAACCGTTCCTTCAGTATAAAACCCTTTTTTAGTAAAAAAAAATTGTTTTTAAATGTTCGGAAAATTTCTCATACTGTCTAATCTGTTTTTGTGAAATATTATTCAGTTGTACAATTTAAATCATTGTTTTCTTAGCTTTACATAGGTATAGCTTTCAAGCGTTAAAGCTATTGTATCTCCCTAGCATAGACAGTTTAATCAGGGTTGACATGATGCTGCAACTGTCCAAAATTACAAAATTCATGTAAAACATGGTCATATTAACAATGTAAAATTTAATTGTATTTTTCAGTGTTGGGTTGTGGCTGGAAAGTGCATCCGCTGCTTAAAACATGTGCTGGATAAGTTGGCAGTTTATTCCGCTGTGGCGACCCCTGATTAAAAAAAAGAAAAGAAAATGAATGAATGAATTTAGTTTTATCACAGATTCAAATGTAATTTAATTTTTTTTTAAATAATGGATTAATTAATTCATTTCAAAGTTCGAAGAAGCTTCAGTCTAGATTTTTAGTAATTAAAATTGTTTTGTTCAGTTTTTTTAAGCCTGATAATTGGTTGTTGCTTGTTCTTTTAATAGTCTGTATTTATATGGACAATTTAACACATTCAGCTAGTTTACATTTTGAAAATAACATCCAACCTGATGTTTTAGAATTTTTTTATTATTACATGTTCATAAATGTTGCAACTCTCCCTTTGGGTTGTTGCAACCATCCCCTTGCTTGGGGACAGTTGCAATGTTTGATTTTGTCTTTTCAAGTTAAATTTTGCATATATTATCATATGAACACATATTATAGCAATGTGTGTGGGATCTATCTATCCAATAGATGTGGGTTTACTATATAAAAATTATCTGAGAAATTGCAGAAACAGCAAAAAAAATTCCACACTTCCCTACTATCTGCTGCAAAATTGGTATTCATATGCAGAATATTATGCATTTTTATTTAAATTCCTACAAAGTTTATTTTGCTTATTTTTTAAACAAGAAATAAAATGTAATATATATATATATATATATATATATATGTATATATATATATCAATAATATAATAGAATAATTACACAATACATCTTTATTTTTTTTATTTTTTTGTAGACTGTCTCTTTAAAAACCTCCTTAAGTTGGCTTGTGCAGTTAATTCCCAATGATGAATTTATTTATCAATAATGATTGATTGATTGATTCAACTCAAAAATCTTATTCAGAATTTTCATTTTTGGGTGAATTATGTGTTTCAATTCTTCCTTTATCTTTCTAATGGATTCATAATGAGTAAAGTAATGGAAACTTACATTATATTGTTTTATTATTTGTCTTTTCAATTTGTCTTTTTCAATATTTGTCTTTTTTCATTCATTCGTTTTCTTTTCTGCTTAGTCCCTTTATTAATCTGGGGTTGCCACAGACGAATGAACCGCCAACTTTTCCAGCATATGTTTTACACAGCGGATGCCCTTTCAGCTGCAACCCATCTCTGGGAAACATCCATACACACTCATACACTACAGACATTTTCAACCCAAGCTCATTCTGAAACGTAGCCCCGTGGACATTTCTGGAGACCGCGATTACGTGTGGCCGGAGGTACATATGGCCGCATTTGGTTTTTTCAAGCGAACGCTATGGTGACGCTCCTATTCGAATTCACCAGCTGATGGCTCGCCTTCGTGTGGAGAGCTTTCCCAACACAACCAGTCTTACCGGTTAGCTCGTCGTGTTATGTCGGTGAAAACAAAATCTGCACAAATACGTACCTCCTGGGACTTGTGGGGGAAATCAGAGCACCTGGAGGAAACCCAAGCGAATGCGGGGAGAACATTCAAACTTCACACAGAAATGCCAACTGACCCAGCTGAGGCTGGAACCAGCAACGTTCTTGTTGTGAGGTGACAGCACTACCTACTGCGTCACCGCGTCACTCAATAACTTCTTTTAAGGTTGCTAAATGAAATGTAAACTATCTATTTAAAAAAAGATCATACCCAATGCTCTTTAAACATATACAGTGGTAAAGAAACCTATAGATTGCATATAACTGTATCACTTTTATTTTATTTCCAG
Seq C2 exon
GTGTGGTAATGATGCAGTGGTCATCCGAGTGGGCGGAGCAACACTATGATGTCTCCTCCACCACATCTCCACCAGTTCATCCTAAGCCCCTCCCATTTCCTCAGCCCAGTCGTCCTGCATTCTCTGGCTACAGTGATGACATCAGTGCGCTCAGTGCCTCCAGCTTACTAAAGCGCTACGCCGAGAGGTACTCCTTCAACTCTGCCCTACCAGAACATGGGAGTTTCCTGAGAAGTGAGCAGCCCCAGGAGCCATGGCCAGGGGGGTACAGCACAGAGGGGCCTGCTGGTTTAGACCCACTGAAGGCCAGCGGAAGTGATCTCTCCGAGCCACAATACAGCAGTGCTCCCACTCAAGATTACCCTTCATCTTACAGCAGTCAGCATCTTCTGCCCAAACCATCCTATCTTCCATCACCAGCGTTTGCCTTGCCATCTGCATACTTGCCCCCTGCACCAGGCTACGCTTATCCCCAACAGTGTTACCCCCACAACACCCCATCTCTTCTGACCTCGGGTCTGCACACCCCTACACCTCTCCACGGGGCAGCTGAACTCCCACGAAACCGGAAGATCGGCTTCGACCAGTCCAAAACTGCCAGAGTGTCACCTTACACAATCAGGGATAAGAGTGAACGGCAGAATGGTGACAGCGGTGGAAGTGTCAACGAAAGCTGTGGGACGGACATCCAGAGCTATAGGCCAGAGAGACTTTCCACTCTGCCCGATCTCGAGGCAGATGCTGAGGGTAAGAGCAGTCACCTGCGGCCTCTGGAGACACGCTCTTATGGAGGTCCAGGACAATATACGTATCCCTGAGTCTACTTGATGTAGCCAGTTGATGCTTTTTTTATACGTTTATAGCAATACTTGAATGTATTAAACATCAGGACGAATGTTACTGTGGTACTGTGGTAAAATTTAATTGTAAAATCAGAAACTCCATAACAGAGCCATTTTTCATTCCCCAAAGAACCTGTCAGTGAACAGTATTCAGTTCTGTAAAGAACCATTTTTATGCAAGGAACAATGGCAAAATCTAATGAACCAGTAGAAAGATACCATGGATGCTCAAGCTAAATTTTAAATCGTCATTATTTAAGGCACAGATATACTTCAAACAAAATCAACAAACTAAAATGACGTAATTTCAAACAAAATCCAGGCAAATCGAAGTTATTTGGAGTACATTTTGGCAGTTTGAAGCAGCTGACCAAAGCAAACTTTTGGGGGAGTTCGTTTTAGCTCCTTTTTAACTTGTGTTAAACACCTTTGAGCTCCCATTGGTCAATGACGATAAGGCAATCAGTGGCTGTAACTCCGCCTTCTTTGATCCAGACAGGAGAACAACATCCAATTGCTCTGACACCAGACAAGAAGCCCACCTTGTTGCACCACATCTTTTTCATGAATTTGCGCACACCGGCGGCAAATAAAAAAAAAATAATAATAATAATAATTCCTTACGTTTATATAGCTCTTTTCTGGACACTCAAAGCGCTTTTAACGATGGGGGAATCTCCTCATCCACCACCAGTGTGCAGCATCCACCTGGATGACACGATGGCAGCCATATTGCCGCACACCACACACCAGCTGATTGGTGGAGAGGAGACAGAGTGATAAAGCCAATTATGATATAAGGATGGTTAGGAGGCCATGATAGACAGAGACCAGTGGGCAAATTCGACCAGGATGCTGGGGTTAAACACTACTCCTCTTTGATGGACATCCTGGAATTTTGAATGACCACAGAGAGTCAGGACTTAAGTTTGACGTCTCAGAAAAACAGCGCTCATTGAGCAGTATAGAGTCCCCATCAGTATACTGGGGCATTAGGACCCACATAGACCGAAGGTTGAGCACCCCCTGTTGGCCTTTCTAACACTATTTCCGGCAGCAACCTAGCTTTCCCATGTGGTCTCCCATCCAGGTACATACCCCTGCTTAGCTTGAGTTAGTGGCCATATAGGAGTTGCAGATAGCTAGCTGCCAGAAATCAGTGTAAAAATGTGATGCACTTCTTGTGTAGATGGCTGTTTGCTAGATGTTTATGAAACTGTTCTCTCTCAGCCACCATTGTTGTATTTAGGGCTAAATGACACATTTACAACCCCACCCACTAGAGCTAGGGGTGTCAGAGGGTTTCAAACAGTACTTCGTCAATCAGTCATTAATGATACAGAATGATATAGAACATAGTTTGAAGTATATCAGGGTCTTCATTCACCTTTCACATGTTTCAAACATGTTTGAGTTTCTTTCTTCATGTGAACACAAAAGAAGATTGTGGTAGAAGAATGTGGTAAACTCGCAGCCAAAAATGGTAGTCAGTGGATACCAGTTTACAACATTCTTCAAAATTTATTCTTTTGCATTCGTGAGGGTGATTAAATAATGATTCATTTTCCATTTTTTTGGGGAGCGAACTATCGCTTTATTAGAGGTTCTTCAGAAAACCATAAAACAACATTTTTAAAAGTTTATGAAACTTCAGATTGGGAAGATTTACTGATGTCTCTTTAATCAACATTATCATTATTCCTTACTGCCACTTTAACGGGACCTGTGGCACAGATACTCTTTTGTATCCTCTTTTTGTATTCTCTTCCTTTCCTCTTTTCCTCTTTCTGTCGCTCTATAATTATGCTGTGCAGTGAAGCACGTTATGGTGGCAAGCACTAAACCACCGCTTCAATCAATGAAATCCAAGCCAAAGGAAGACTGAAAGAGAGGAACGGAAAAGAAATAGAAGAAATAATGAACAAAAAAATGAAGCTGCGTTAAAGCACACATTTGAAAGTTTCATGTCACACGTGTAATATATGGTTCTCATTCTATTTGTATGTCAGTGGTGATAGTCATGGATGTTCTCCAACACTGAAGTCCGTGAGCTAAAAACACTCATATTTTAGGAATATTATGTAAAATTCCTCTATAAACTTTGAATGTAAAGCCGATTTTCCTCAGGAATTGTGAATGAAGCCATACTTTATGTTTATCTTATACAAATTTTAAGTTTTTAATGTCTAGTTAGTGTAGTTTTTTTGTTGTTGTCATGTCTGTCATTAAAATGAAATGTATTTGTAACTTTACTTACAGTATTTCAATGATTAAACAACGACTCGCCGTTTTTTTTACAAACTGCATAATCCTAGCTTTCCCAGGGCTGCTGCAAAAAAAGGCTAAAGGGATTTTTCGCAGTCTTTTCCACTATTCACCTATTGTGAGGTTTACTATGGGAACCCGCAGAGCAGTCCCAGCCCCCTGAGTTGATCACTGGATGTGTTTTCCTCTGACCCTCTGACCCTTCTCTGTTTTAAATGAGGCATGCAAAAGAATAGAGAGCTTTTGTTATGGTGAGGCACGCTGGACATACACTGAAATGTACAAACTGAACTGAAAATGACAGTTTAGTTAATATTTAATTTTGATAAATGTGTCAAATGTAACACTCACAAACGCATTACATGGGACAAAATCATGTTACTTCATAAATATACAATACGTTCTACCTCACGGTTACAATTCTGAATGTTCAAAGTATGCAATTGTGTATTACATGTTTAAATGTCTACCTCAAGAAAAAAACACAAAATAAAATCTATCATACCAATACAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000097445:ENSDART00000157165:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]