DreINT0151496 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000028173 | slc4a2a
Description
solute carrier family 4 (anion exchanger), member 2a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-051101-2]
Coordinates
chr2:32458248-32474705:-
Coord C1 exon
chr2:32474559-32474705
Coord A exon
chr2:32458407-32474558
Coord C2 exon
chr2:32458248-32458406
Length
16152 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
TTGTATTTGTGTCACATCAGGTT
3' ss Score
6.77
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTATGCTGCCCGAAAGTTCCCAGTTGAGTCTGAGTAAAAGAGAAAAGGGCTAAAGCCGGAGCACTTTAAAGCATCTCCCACAAATCTGACCATAAGCAATGAGTGACCCTCAGGATGCCAGTGACGTCACTTCTGCCGCAGGCTTGACCAGACATTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000028173:ENSDART00000041319:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]