DreINT0151532 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000013730 | slc4a4a
Description
solute carrier family 4 (sodium bicarbonate cotransporter), member 4a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060526-274]
Coordinates
chr5:45157419-45162612:-
Coord C1 exon
chr5:45162544-45162612
Coord A exon
chr5:45157593-45162543
Coord C2 exon
chr5:45157419-45157592
Length
4951 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTCAGT
5' ss Score
8.94
3' ss Seq
TATTGCTCTTTGGTTCTCAGTTT
3' ss Score
7.79
Exon sequences
Seq C1 exon
TTCATACCCATGCCAGTGCTGTACGGAGTCTTCCTTTACATGGGTGTTGCATCACTTAATGGCGTGCAG
Seq A exon
GTCAGTTACCAACTGTCTAGTTTCATTTTTTTGAATGTAAAATTTAGAATATAAGAAAGTTTAATTAAATCCATTCACATTTTAAATGCAGGATATTTCCATAAACAGTACATCTTAAAAATCTTAAGCTGGGCTGATTTAATTTTGTTTAACTTTAATTTAGCTGATTTAAGTGTTTAATTTTGGCCACAATTTAGTTATTTAAAGCAATTTTTAAATGCTTACATTCCTGTAATTTGATTGATATGTTCATTTATGGTGACCTTTAAAGAAGGAGTAATTAAAAAAAAACATTTATACTGGTTAGAAGCACCAATAATTTAAGTGGTATAAATGTGTAGAAGGTGTGGGACCAAAAAAAAAAAAAAACTGGGTTTGATTTTCACAGACAAGATAGGTCATCAGCACATTCCCACTTTGCAGATTGACAGAACATGTGTCCCCTAAAGCAGCTGAAAATGCCAACGCTCTTCCAAAAATTCTCTGCTGTACACTTGAGAGCTTATTTCTGCACTGTGTTTAACTCAGAGTTGAACAATTTCCACCTGCCAGCACATTTAAAAAAACACTGGGTGCATGTCTGCATGATACTACATGTGAAACCGCCTTGTCTTAACACGGCAACTACCAGAATGCTATAACTACTGTACTTAAATTACCATCGAGGTCATTCTGAATGTTATCATATAAAAGAGGTCATATTGTCACAGCATATTACATACAAAGCTTCTATTGAGATGTCAAAATCAAATTTAAATGTATGTCATATCTAGTAATTTCATCACCCTAAAAATGTGATATTTGTGACATGACAGCCTATAAATGTATAGTTAGGCTATTTTAGATCACCTGCGAATGTTTGAGCCCCACTTTAATTTTTGCTTTCAAAAGTAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACTGAATATGCTGTTTATCTGAAGTAAAGTTGTGTTTTTGCTATCAGAAAGTTGTTTTTGTTATCAGGAAGTTGCTAGGCAACAGAGGCACACAAATTCAAAGTCACTGGGAAACCTTCCTTGTTGTTGCTAGATCAGATATGGTTGCAGCTGGAAGTTAATGAAATTAATTTACAGTATTTATTAAATTTCCCATTAATTGTATTTTATTAACGTCTTCCCCCACCCCAACCCTAAACCCAACTTTCACAGTAAAAATATTAATTATTGTTATACAGTGTCATAAAAAATGCTGCTGTATTGATGTGCACATCACACTATTAGCCGGCCGTGTATCCTATCTAGATTTTACCAAAATTAGCAGACACTGAAATGTACAGTATGCGTTGGGCGACGCAGTGGCGCAGTAGGTAGTGCTGTCGCCTCACAGCAAGAAGGTCACTGGTTCGAGCCTTGGTTGGGTCAGTTGGCGTTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCTGTGTTTGCGTGGGTTTCCTACAGGTGCTCCAGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGTGGTAAAGGTGAATTGGGTAGGCTGTATTGTCCATTGTGTATGAGTGTGAATGAGTGTGTATGGTTGTTTCCCAGTGATGGGCTGTGGCTGGAAGGGCATCTGCTGCGTAAAATCGTGCTGGATAGGTTGGCAGTTCATTCTGCTGTGGCGACCCGGATTAAGAAAGGGACTAAGCCGAAAAGAAAATGAATGAATGAATTAAATGTATGCGGTCATTTAGAGCACTATGGTAGTTAAAAGTAGAAATACTTATAGCTCTCTTGTGTTTAGTAATTTTAATAAAATAACAGCGTTAACAGTGTGTTCATTTATTCATTCATTCATTTTCTTTTCGGCTTAGTCCCTTTATTAATCTGCGGTTGCCACAGAACCGCCAACTTATCCAGCACGTTTTTACGCAGTGGATGCCCTTCCAGCCACAACCCATTACTAGAAACTTCCATTCACATTCATTCACACTCATACACTACGGACAATTTAGCCTAGCCAATTCACCTGTACCTAATGTTTTTGGACTTGTGGTTGAAAGCGGAGCACCCGGAGGAAACCCACACGAATGCGAGGGAACTTGCAAACTCCTCATTGAAATGCCAACTGACCCAGCCGAGGCTCGAACCAGCGACCTTCTTGCTGTGAGGCGACAGCACTACCTACTGCGCCACTGCGTCACCTTCAGTCAGATATATCTGTTTTATTTTAACTAAAATATTACATTTCAAAAATTAAAAGTAGTCAAAGTAACTGCCTCTGTAGTTCTAGGGTTAAGAGCCTCATCTTACTACTGGTGTTCTAAACAATGTGCCACTCTCAGAGAAAGCAGCAGCCTTGGAAAAAAAGTGCTTTGGTGGAATTTTTTCTGCAAAAAGCTGGGACACACCAAGCCGACAGTCAGCCATTGGTTTAAATCAATCTGGCTAGTTTGTTTGGTGTGTTCCAAATGTCACATCTCCAGGTTAACCTCAGAGCATTTTGATCCAATTCAACATTTGAAATTGGCATTAGTCATCAGCTAAAGAGAGCACTCTGACTGGGAGGGGGATTTTGCGCCATTGTGCCAAATAATTTTTTAAATTATTCTTATAATTAAAATAAATAGTTTTTGTTAATGTTTATTTTGCATTTTATACGAGTTTAATATTTTATTTTATCAAATAAAAAAATATATACCACCTCTCCCACTCCATTGACCATTTGATTGAGTCGTTGCAGCTGGATATTATTTCGTTGCTTGGTAACAGTCGCATGTTTAACATGGAGAGAATAATGAAGAGATGTGGAGCGCAAACTAGGAAATAAGAAAAAAAGAACAAACAACGCCTTGAAATGAAAACTGCCATGACAAATTGGATAATAAGAGATTGGTAAGCTTAACCCAAACAATTTATATCAAACTTTTAATCAACTTCTAATGTTTTAAGGAGTGCCGGAGCCATCATATCATTAATTATTCATTATCGTCACCTAGTCACTGCCTGGTTTTGTCCAGGCAGGGGGACAGTGATGCACGACCACTCCTGGACTGCATCCGAAATCGCACATCCATACTGTATAGTATGTGAAAAGCAGTATAATTCTATGGTCTAAAGCCATTGGGCTGACGTAAAGTTGACTTTATGCTGGACGCTTGATAGTCATAAATTTCTGGACAGTCAGCTTTAAAAGATGAATTTTTATTTACTGCATTTAAATATTGATTAAAGTAATAGTTATATAGTAAAGAGCAGCAAATGAATCTCAGTTTGATCCACTGTTTTGTTTGATAAGAGAGGTGTGACTTCAAGAACGCGCATAATGAAAACACTAGTTTTGTTTACGTTCATTTAAGATAATATTAGTTGTGTTTTAGAATAAACCATGCTAAGATGTACATGTTTAAATATTATTATTATTTGTCAGTTCACACACCCGAATCTCAAAGTATCTGCTTTCATCCATCCTCAAATCATGTGTATATAAGTCGTCTTTATTTCTACGAAGCGCGTCTGTCAGTCAGCACTGTTATACTTTAATTGACTGATTCAGAGGCTGCATAAGGGCGGTGATAGATGCATAAAGCTTTACTGAAAAGGATGTGAATGCAGCCGTTTTTATATTACAGTAATTTCAACGTGCTGTCAATCCAAAATAATGCATTCTTTTGCCCTTTAGGACTACCACATCTATCATTTAGTTTTACAAATGTTAGACAAAATGTAGTACAAAAAGTACATTGGCAAGGCATGTCAAGGTGAAAATGAAATTGAGAAGAAATTTAAGGTGTGATGAGATGTAGTTCTTTGTAACTTAACATGTTTACTGTAATTATACTTTTACCACTTCATTGTATATCAGTTGGGTTCAGAACTGCGAAATGCATTTGTTTGAAATATGTTGATAAGGAAAAAAAGTATCCTTAATTTATTGATGGAAGTATTTTGATACTGTTGGGGTGGTGGGGGTGAAAATTTTGAACCCCAAATACCCCTCAGTAAATGTACCGTTGCGCCCCTGGTGATAATGGTACTAAAGGCTACTTTGTTTATGGTTTGCACGTTCTGGTTTTCCTTTGTGGAATGAGAAAACAGACTACTGCTCCCGCGGGGGCAGAAAACACTCTCATTTTAAACTGCTGCTGTCCGTTTGGTGTGTTCACCGACATGAGCCAAGGGTGCTAGTTTTTGGCATCTGACTCACTGTAATAATACTGGCTTTGAACTGTAGTGTTTTCTCTCTGGTGAACAAGACATAAATCTTTCTTTCTGTTTTTTTTTTTCACCTGATCCTCCGCTCTGCCTGTGCACATTCATGTTTGTTGAAGGAGGCATGGCTTTTGGACAGTGATTGTCCCAAGAGGGCAGAATCTTTAGCTTTAGCAGCTGCTTGCATCTCTGAAATCACCCCACCTTCAAAGCAAGAACCAATAGGGGCACAAAACCTGATGATGCAATAAGCAAGACAACTTCAAACCACCTCAGGGTAAATGTTGAAGTGAGTCGTATGGACAGAACAACAATAAGAGAATTGCATTAAGTTATAAAGTGAAAAGGAGTGTTTGTGTTGCAGCCCAATGTATCATGAATGGGCCAACAAGAAATAAGCATTTCAAATACAGTCACTAATTCTAAAACATTGAAGTGAATATGTGGGGAATTTGTTTGAAATACTGATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGAGTTTTGTTATCTTTAATTTCATGTTTACTGATGACAAGGATCTTCGTGTGTGTCCATTTTCATTCCTGATAGTCATACATTCTGACATTATGACAACTGAGTTCTTAAAGTGTGACATGAGAATCATGTTCATAGTCTGACAAGCAACACTAGTAAATAGCTATTAAAAATCAAATATGAACCTGACTTTAGTTAAAATAAGTGTATCTGGTGTAAAAAATAAAGTATTGCTCTTTGGTTCTCAG
Seq C2 exon
TTTATGGATCGGCTTAAACTGCTTCTGATGCCTGCCAAACACCAGCCAGACCTGATCTACCTTCGACACGTTCCTCTGAGAAAGGTCCATCTCTTCACCTTTGTCCAGCTGCTCTGTCTGGCTCTTCTTTGGGTCCTCAAGTCCACCGTGGCGGCCATCATCTTTCCTGTTATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000013730:ENSDART00000124336:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0095516=HCO3_cotransp=FE(4.2=100)
A:
NA
C2:
PF0095516=HCO3_cotransp=PD(10.7=58.6),PF103594=Fmp27_WPPW=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]