DreINT0154663 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000076571 | sp5a
Description
Sp5 transcription factor a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030430-2]
Coordinates
chr9:3694872-3700382:-
Coord C1 exon
chr9:3700211-3700382
Coord A exon
chr9:3697784-3700210
Coord C2 exon
chr9:3694872-3697783
Length
2427 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTGGT
5' ss Score
8.08
3' ss Seq
AGCTCTCTCTTCTGCTCCAGGAT
3' ss Score
9.7
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGAGGAAGCCGCGACAAGACCTTCAAGTCTTGCTGAACATTTCTTTCGCGTTTTTTTCTTGTGTGGAGGGGCTGCTTTTTTAAAACGCGGGAAGCTTGAGGAACTCGAGGAAGCGTTGCCATGGCAGCTGTGGCTGTGCTGAGGAACGACACACTACAGGCGTTTCTGCAG
Seq A exon
GTTGGTCAAAAGTTTGCGATTTTGGTGAAAATGTGCTTCGCGAGACGCTAAAACCGCGGATAAAGCAGATTTCGAGGATTTGTTTGAGACTGGTTGTTTTAAAATACACAAACTGCCGCCAACCAGCCGTTTGTTGTTTTTATTTAACGACTTTTTTTTAAAAAATATGATTTCATATTGAATGTACAGCCGTTAATAAGCCCGCGAGAACTGTGAGGATTCGTTTTTATTGAGAGTTATTACTGAGAGTTTTTAAATCAACTGGAACCTTATAGTAAAGTGTTACCCATAAATAATAATAAATGCATGTTGAGTGTTTCATATTCAATGTAACTAACAGCAAATGTGTGACTGTGAAAACTCTGAGGAGGATTTCATCTGAACTAACGTTACGTTTTATTTTGAGTTTCCTAATCCGGTTTTTAGTTACTTCATGCTAGAATTTTAAGTTAAAATGTGTATTATATAGTATTAATTTGTCAGAGTTTACTGTCGATGAACATCAGTAAAGTGTATTGTTCAATCTTTGTTCATGTCAGTAAATACATTAACTAATGGGACCTTATGGTTAAGTGTTACCTATTAAATAATATTAAAAGTTGAGTGTTTCATATTCAATGTCCAGCAAATGTGTTACTGCAAAAGCTGTGAGGAGGATTTCATCATTTAATTTTAATTGAGAGTTATTACTAAGAGTGTTCATATCAACTGGAACCTTGTAGTGAAGTTTTACCCATTAAATAATAGTAAATTCAAGTTGAGTGTTTTATATTCAATGTAACTTACAGCAAATGTGTGACTGCGAAAACTGTGAGGAAGATGTCATCGCTTAATTTTAATTGAGAGTTAATACTAAGAGTTTTCAGGTCAACTGGAACCTTATAGTAAAGTGTTACCCATTAAATAATAATAAATTCAAGTTGAGTGTTTCATATTCAATGTAACTTGCAGCAAATGTGTGACTGCAAAAATTGTGAGGAGGATTTCATCTGAACTACATTTAATTTTGATTGAGAGTTATTACTGAGTTTCCTAATTCGGTTTTTAGTTACTTCATGCTTGAATTTTAAGTTAAAATGTGTATTATATAGCATTAAATGGTCAGAGTTTACAATCAATGAACAAAAGATAAGTGTATTGTTCAATCTTTGTTCATGTCAGTAAATACATTAACTAATGGAACCTTATTGTGAAGTGTTACCCATTAAATAATAATAAATACAAGTTGAATGTTTCATATTCAATGTCAAGTAAACGAGTCACTGCGAGGACTGTGCGGACTATTTCATCCTAACTATGTTTAATTTTATTGAGAGTTATGACTAAAAGTTTTCTAATTCGATTTTCAATTACTTCATGCTAGAATTTTAAGTTGAAAGGTGTATTATATAGCATTACTTGGTCAGAGTTTACAGTAATGTGTCATTAGTTGATTTACATATTTATTTACTAAATTATTGAAATCTAAATGCTCGTTAACATTGAGTTATCATGAACTATCAATGAACAACAAATGAGTGTATTGTTCAATCGTTTTTCATGTCAGTAAATACATTAACTAATGGAACTTTCTTGTAAAGTGTTACCCATTAAATAATAGTAAATTCAAGTTGTGTTTCATATTCAATGTAACTTACAGCAAACGTGTGCAGTTATGAAGCCAGCGAGAACTGTGAGGAGGATTTCATCGTAAATACATTACATTTTTTTTATTTTTATCAGGAGTTGTTAGTGAGAGTTTTCTAATTTTATTTTCAGTGACAGCTCAATTAATTAAACTGGTACTTGCTGCTTCATGTTGGAGTTTTAAGTTAAATTGTGTATATATAGCATTAATTGGTCAGAGTTTACAATGAGGTTTCATTAGTTAATGTATTTACTAATAATTAACAATACTGTTCAACATTTACTAAATTATTGAAATCTAAATGCTTGTTAACATCACTGTGAGTTAATACGAACTAATGAACAGCTGTATTTTAAGTAACTAATGTTTAAAAAAATTGAGTATAAATACTGTAATAAATGTATTGTTTGTTGTTTTTTTAAGTAAATGCATTAACTAATTGAACCTTACTGTTTCTGTATTCAAGTTGTGAGGTTTTAAGCAGTGCTTCAGTGGCAGATTTTCACATTTTATCCACTTTTTTGCTTAAAAATATCTATTAAACACATTTAAGCAGTGCATCTTAAGTAATCCATATGCAAACAAGCAGTTCTCTTCTAGTTTGTTCAATGGCTCATTTCAAAATATATACATATCAATTAATTTGCTTTATAATCTCTTTTAAAAAAGTAAAATTTCCTATTTTGTTGAACCAGATCTGTCGAAAGTTCCCCAAAAAGTTAAAGCTGATGTTTTGTTTTGTTTTTCTCAAACATCCGTCACATTTGAATGTTTAAACACAGCTCTCTCTTCTGCTCCAG
Seq C2 exon
GATCGCACTCCGAACTCCTCTCCGGAAAACAGCAAACATTCTCCTCTGGCACTTTTAGCAGCGACGTGTAACCGGATCGGTCACCACCACGGATCCACTCCCACGGACTTTATTCAAGTTCCCTACGACACCACCCTCGGCTCCCCGTCACGGATTTTCCACCCATGGAGTAATGAGGCCAATCATCAATCCACGCTTTCCAGCAACCCTTCCTTTGGACTATCCTCTAAATCTCACCTGCAGAGCTCCTACGCGTCCCACCATGAGCTCCCACTGACCCCTCCGGCAGATCCTACATATCCGTATGATTTCTCTCCGGTTAAGATGTTGCCATGTTCAATGCAATCTTTACAGTCCACCTGCCCGCCGACTTATGTACCTGCGGTTACCTACGCAGCACCTGCCCCCATCCCTCCAGCCATGCCTAGCTTTGTCCCGGGACACTCAGGCCTGGTGCATCAGCAGCAGAGACAGCTATCCCCAAATCCAGGGGAGGATATACCATGGTGGAGCCTTCAGCAAGGGAATCCTGTAGCCCATTCGGTGCACCCACACCGCTTCCCCATCCAAAGAGGCTTAGTGTTGGGACACACAGATTTCGCACAGTACCAAACTCAAATCGCAGCCTTGCTGCACACCAAATCTCCGCTGGCTACCGCCCGGCGCTGCCGGAGATGCAGATGTCCGAACTGTCAGTCGTCCAGCTCTAGTGATGAGCCCGGAAAGAAGAAACAGCACATCTGCCACATCCCCGGATGCGGGAAGGTTTACGGTAAAACATCCCACCTGAAGGCGCACCTGCGCTGGCACTCAGGAGAGAGACCCTTCGTGTGTAACTGGCTCTTCTGCGGGAAGAGTTTCACCCGGTCAGATGAGTTACAGCGGCACCTGCGGACACACACCGGCGAAAAACGCTTTGTGTGTCCGGACTGCTGTAAAAGGTTCATGAGGAGCGACCATTTGGCCAAACACGTCAAGACGCACCAGAACAAGAAGAGCAAAAGTCACGACAAAACCTCCGATTATGTGAAAAGAGAAGATCTGAGACCCGTGTAGAAGACTCAGACGACCATATAGACTAGTGCAATATCATCTTCAGGATCCTAATCAAGTCTAAAAGAAAAAAAAATTGTTTATTTTCTAGTGCTGGGCAAAGATTAATCGCGATTAAATCACATCCAAAAGTTTATTTTGACATAATATTCTAATGAAGTTTATTTGTATAGTGCATTTCACAATAATTATTGTGTCAAAGCAGCTTTACAAAGGTATATAAGTTTATATATTATTATTATATTAGTGTGTACACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCACCCCCCCCCCCCCCCCCTTTGATTTTTTTTCTTTATTAAATATTTCCCTAATGATGTTTAACAGAGCAAGGAAATTTTCACAGTATATCTGATAATATTTTTTCTTCTGGAGAAAGTCTTATTTGTTTTATTTCGGCTAGAATAAAAGCAGTTTTAAATTTTTTAAACTCTATTTTGAGGACATAATTATTAGCCCCTTTAAGCTATATATTTTTTCGATAGTCTACAGAACAAACCATCGTTATACAATAACTTGCCTAATTACCCTAACCTGCCCAGTTAACCTAATTAACCTAGTTACGCCTATAAATGTCACTTTGAGCTGTATAGAAGTGTCTTTAAAATATCTAGTCAAATATTATTTACTGTCATTATGGCAAAGAAAAAATAAATCAGTTATTAGAAATTAGTTATTAAAACTATTATGTTTAGAAATGGGCTGAAAACATCTCTCCGTTAAACAGAAATTACGGAAACAAAAAAGGGGGGGCTAATAATTCTGACTTCAACTGTATGTGATGCACATATTTATTCAAAAAACAAAACTAAACAAAACAATTTTGTTTCATAGATATTTAAATGTATATATAATTTGTATCATTGTAATCTAAATATAAATAAGGATTTTCTTAAATATACACATGCCTGTGTGTATTTATATATACATAATAAATGTACTCAGTAGGGTGGACTGGGACAGTGTTTTCACCTGGGAAAACTAATGTACTGCAGGTGTGTGGCGATCAGCAAGTTAAGCGGGGAGAGCAGGCCAGATTTGCAGTGGCAGGTCAGATTAACCATCAGACTACCTGGAAATGTACCCGGTGCTCCCTATGGGCAGTCCGCCCCCAGCACAGTACACATATTTGAATTACGTCAAAACCTTCACCTTGGAATGCAATTAATTTTTGCCCAGCACGTTTGTCAGACTTGACTGCGAGGTTGTTTGTTTTTGGGGACTTGTAAATAAAATTTTCAAGTCTTTCTCAGTTCCTAAAGGAACCCTTGGGGGGGAGGAGGACGAGCTTCCCACCCCTGAGCTACTCAAAACGCTAACAAGTTCAAGCTTGTGTTAAAGATCTCTGTCTTCGGTGGAAGATTTCGTTACTCTGTAAATATATATCGATAGCTTTTGTTGAATGAAAGTGTCAGTTTTCGCTCCTTGTGGGGTGTTTTTAGCATGCTATAATTGAAAAAAAACTCTCTGTTTAACTCTCAAAACTGTGTAAAAAAAAAATAAAGATTATGATCTGTACATGCGCATTCATACAGAAGAGAGACGGAGCTATTCAAAGTACATAGATTTATTTTTTAAAGAGGAGAAATGCTTATTAAATTGATGTCAAAGTTCGAGTTTTGTAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAAGCTGGACAGAGAAACGGTGAAACTCTGTCTGTGATTGAGTGAAATGTCCCGAATGAAGCACTGTGAGATCCATCAGTTGTTAGGATATGTAGAGTTCTCATGTTCAGTTCAAAGGACAGGTTTTTTTTACATACATTATATGGTTTTAAGAACAGGCAGCAAAAAAAATGACAATAAAGCAAACATT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000076571:ENSDART00000102900:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.294 A=NA C2=0.330
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=8.0),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]