DreINT0156938 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000005318 | stam2
Description
signal transducing adaptor molecule (SH3 domain and ITAM motif) 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-041114-64]
Coordinates
chr9:38242504-38247089:+
Coord C1 exon
chr9:38242504-38242650
Coord A exon
chr9:38242651-38247019
Coord C2 exon
chr9:38247020-38247089
Length
4369 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATTC
5' ss Score
6.49
3' ss Seq
CATGTGATCTGAACTTGCAGAGC
3' ss Score
8.21
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTCACCCAAAGGTTAATGAGAAACTGAAGGCCCTGATGGCGGAATGGGCTGAAGATTTCCAGAAAGACCCGCAACTGAGTCTAATCGGTGCCACCATCAAGTCCCTGAAAGAAGAAGGAGTGACCTTTCCCACTGCAAACCCACAG
Seq A exon
GTATTCCTACTGGCTAACATCCTGCTGAATCTTTCTTTGAAGTCATCTATCCAGATAAACAGATGCTGGTAAACAGATGCTGCTTTTTGGCCTAGATAAATGACCTTTGGCTGCTTCTAGATCCAAAGTGGCTTTTTGCACCCCTGATCTGCATAGTTCATTAGTTATTCAGTTTGTGTGCACTGTTCTGGTAGGTCACAGAAATTGGTGACAGATGCATGTCTTTGTTGTCATCCCACATCTGCAATGTAGGTCGTTACATGGTTGTTTTGAAGTTTATATAGATGAATTGTCCGAATTAAAAAATGATGGGAAGCGTTGTTTGTATGTGTATGTTTGTTGTTGTAGTTTTTTTAAGGGGGGAGATTTATTAATTAATTAGGGCTGGGCAAAATTAATTGAGATTAATCGCATCCAAAATAAAAGTTTATTTTGACATAAAATATGTTTGTTTACTGTTTATATTTATTACGTGTATATATAAATACACACATCCATGCATACATTTTAAGAAAAGCTGGGAAAATAAGTATTAAACACTTTACCTGGGAATAATGTTTCTAAAGCTCTTGACATGGAATTGAACCAAATTTTGGTAAAAACCCCAACAATACTAACATAAAAAAAAACTGAAACATTAGTTATGTGTAATAACAAAAAAATGACACAATTAGAAAGTTCTGAACTACTGAAACATTTAATACTTTATATAAATGACTTTTTGGGTGATGGTAACTTAATTACGCCTCTCATATGGAGAATGCGCAGTCAGTTCGATTTTTTTTTACAGACATTAAAAGAGTGTAAAAATCTTGATGGTTCTGTGGGTCTCGTCTATTAAATCTGATGTTCATTTTGTATTTTTTATTGGATCCAAGTCAGGTGATTGGCTGGGCCATTCTACAGCTTGATTTTCTATCTCTGAAAGCATTTGAGAGTTTCCTTTTCTGTGTTTTGGATCATTCTCTTGATGAAATGTCCACTCTGGTTTCATATTCATCATCCTGATGTAGATTTAGGACAATGACGAAGGGCAGAGGCTTGCTGAATAACTGCTGAGAGATTTCAGCTGCTGTCTGGGCTTTCACTGCCTTTCTGCACTTCCCTTTCTTCATGTGTTCAATACTTATTTCCTGTGTCATTTCATTATATTATGCATAACTTAATTTGTTAAGCAATTACATTTTTTTTTTGCATATAAGGATTTCTTTGGTTGTCACCAACACCCTGGGAAAATTTCAAGTCAACAGCACCTTTTAAAATGTGCTTTCTGAGAAAAATGGTGACGTGTTCAATACTTATTTTCCCCGCTGTTTATTTAGATATAAAAATATATGTACTGTATATGATGCAAATTATATGTGAATTTAAATATACATGTAACAAAGTATTTTTGTGTAGTTTTGTCCCTATTTATGTGTGTGTATCACATATACATAGTATTTATATTAAATACACACACATATACTATGTCAAAACAAACTTTTATTTTGGATGCGATCATTTGCGAATAATCTTTGCCCAGCACTACAATTATTAAATAGTACATATATAGCACAATGTAGTTACAGGAACATTAATATTCAAAAATTAAAATATTAGGATTGTGGTCAGTAAGATGAATAAGTGAGTTTGTTTATTTATTTAAATGTAATATAAAAAAAAACTACTTTTTATTCAGGAAGTACACAATACATTGTTAGAATTCTTCTAAATATTTCAACATTAATTAAATGTAATTTTGCGATTCATATTTATCATAGATACTTGAAAGATATGTTATAGTGTATTAAAAACCTTCATTAAGCATTCACTATAATAATATAATGCACTAAGCTAATTAATTTGATTTGTAAAGACAATTTTGACGCATGTAAACAATAACAATGTTTTAATGTTTTGTGGCAAGTAATTGTATTTTTCACTATTAACAGCAAACAATACTTATACTTGCCATGAATAAACTTAATTCATTACTGAAATCATAAATTAAGTTTATCATACTTAGTTCATTTAATTGCAACTAGTCAAGGTAATTTAAGTTTTTACTTTTTACAGTGTACATCGAAATGGTCCATAGTATGCTTTTATACGCCAAACATATTAACTAACTAACCGTGTCTGGACCTGTTTTGCACAATTTATGAATAGCTTCTTTTGTTTTTGTTTTTTTGTTTTTCTTTCTTTCTTCATTCATACTTTTTAGTCAGTCTTTAAAAAAAAGAGCATGCTTAAAGTCAATAACCAATAGTAAGTTGTGTAAAAGATTAATTTACAAATGAATCATGTGACCAAACACTGTTTCTCACATGACATATCTGCTAACGCTTTAGCGATTTAGATTAGTGACGTGTGAATCAGCTGAGTGTGTCTGGAATGCTGAAGCTTGTGTGTAAACTTGAGACAAGAAAACCAATGGCTAGAATGGAATTTCCTGCCACATATTTGCTGTACTGCCCTCACAGCCCAATTTGAGATGTATCCTTTGTCCCTTCTTCCTTTATTTATGATAGACTTAGACCATTATGTTTGGCTGTGACTGTGAGACTACTTTTGTCCAGCTGTTAATAAGTGGCGACTATGTAAAATAGGTCATTGACTTTACTGTGTCACTCAAAGGTCGTTCTATATATGTTATCTAAAAACTACCTACTTTCGTAAATGGTTTGTGGGAATGATTTATTGGTAACCTTATCTGATCAGTATGCAGTATGTTTTTAGATACTATTTTTTTTTCAGAAATTACTATAGAACACCTATAGGTGGCATTATCATTCTGTGTATATACTGTATAGCTGTTGTGATATATATTTTTGGACACAACTATTTAAAGATTTGGGTTCAGTGAGATTTGTTTCAGCTCTTTTGTGAGTCCAGTGTGTCTTGAGATTAAAAAAGACATATTTTTACAAGATGTTTGTGCATTTCCACAGCAAAACACAAGAATTGATGCAAATAAGACTATTTTGGAAAAAAAAATCATCACAAAATTAGTCATTTTAGGCTGTAAAGGATTTTTTTTAAAGATGAAAATGTAACAGCAAAAATCTGTAGGTACTGTTATTTAAATAAATGATTAAATAAATAAATTCAATCAGGTCTGCACAATGTATGATTTCAGCATCAATATCTTAATGTGCAGATCTGCAGTAGTAACATTGCAATGTTAAGTCTGGATTATAGTCGACCAAGAGCTACAGAATAGTATGTAATCACTTCATTTATACAGAATTTATGCAAAAAAATAAATGTTTTTCTTACTTAGAATTTTTGTTTCTAGTCCAAATATCTACATTTCAAAGTAAAAACCAAATTATCTAACAACCCACTGACATAATTTAGCTTGTTTTAAAAACAGAGAAAACTCTTTATTTTGCCTTATTTCATCTGAATTTTAAAACAAAACACTATTTTTGCTTGATCTCAGAATTTTGTTTAGATCTACAACTAGAAACGAGACAAACTTTAGTAAGAGAAGCATTTTTTTGCATTGCGATTATTCAATTTCTGTACCTGACTACTGAATAGCCTCCAGACAATGGTCAAATATCGCTGTTCAACTATCTTGTAAAGCTGTATTTAATTTGCAATATTTATCACAGAAAAATAAAATATCGCAATGTCAGAATTTTTTCAATATATATTTTTCAGCCCTAAATTAAATAATTAATCATTTTAATAAATAAATTCTACCCATGATTGATATAGGGGCATTTGGAATGATACAAAGGATTTATATTTTAATTAAAAAGAAAATAATATATTATTTTGGTCTTTGTTTTCATCATAGAATATTGAAATAAGTGTTATGGTTTCCACAAAAATATGAAGCAGCAAATCTGTTTTCAATATTGCTAATTAAATGATCAATAAATCAGCATGCTAGTGTGGTTTTTGAAAGATTGTCTGACTCTGATACTAATGTTGAAAAATCAGCTTAGACATCACAGAAATCATTTATATTCTAAAGTATGATAAAAAAGTAAAACATTCAGCGCGATAGCCCAGTGGTTAGTGCGCTGACATATGGTGCGGCTGCGCTCTAGTCATCCTGAGTTTGAATCCCGGCTCGTGGACCTTTCCCGATCCTACCCCCCTCTCTCTCCCACTTCACTTCCTTTCAACCTACTATCCTGTCAAAAAAAAGGCAAAATGCCAAAAAATAAATCTTAAAAAAAAAAAAGTAAATCATTCCAGTATTTTTATTAAGTAAATGTAGGCTTGGTGAGCTTAAAAACTTTAAGAAACAATCAAAAATATAATCTGACCCATCTTCTGCATGTTTTGCATTATTTATATATATAAATAGCTGATTTTTTTTTTTTTTTTAATCAGTGCTGATCTGTTATCATGTGATCTGAACTTGCAG
Seq C2 exon
AGCTCCAGCACAAAGCCTAGCAGCACTCCTGCCACCAGCAGAGCTTCTGCTGATGATGATCTGGCCAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000005318:ENSDART00000022574:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.224 A=NA C2=0.750
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0079014=VHS=PD(28.9=79.6)
A:
NA
C2:
PF0280915=UIM=PU(50.0=37.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]