DreINT0165355 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000098686 | tmprss2
Description
transmembrane protease, serine 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-041212-48]
Coordinates
chr10:38780671-38783047:+
Coord C1 exon
chr10:38780671-38780840
Coord A exon
chr10:38780841-38782951
Coord C2 exon
chr10:38782952-38783047
Length
2111 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTAAGA
5' ss Score
7.61
3' ss Seq
TCATTTTCTTCTTATTTTAGCGA
3' ss Score
9.4
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTTCAAATCCAGGGGGCTGGACGGTGTATGCTGGATATCTGACCCAATCAGAGATGGCGTCGGCCTCCGGAAACTCTGTAAACCGAATTGTCATTCATGATTTCAACCCAAACACCAATGAGAATGATATCGCACTAATGAGGCTAAACACAGCACTCACTATTTCAA
Seq A exon
GTAAGACTGAATTTTCATGTTTCCCAGCCAATAAGAATGTCCTTTGAGAATTATTCCTTAGTTAAAGTTAAAGAATGTTTGATTAATGCCATGTCATTTTAGAATTATTTGTGTGCCCTCATAGTGTTAATAGTGATCAATTTTTCTTTATATTTTCACTTTTATGTTTGATTCAAGTTTTTATTTTAATTTTAGTAATTTTTTTATGTGAAAAAAAAATATTCAGCTTACTTGGTTTAATTAATATAAGTGCCTTTACTCTGGTTTTGTGTTCCTATCCAATATATATTTTTTCAGTTATATTTTGTTAATTTTTGTTGACAACAAAATGTAATAGTTTGTAATTAAAAATTATGCATATACTATATTTTATTTTACTGTAATGATTTTATATAGTGTTTATTCATAGTTTGTGCTAGATTTTTTTGTTTTTGTAAATAGTTTTTTATTATTTTTTATTTTTGTAGTACTTTCATTTTTAAGTTTTTATGTTTTAATATTTATATTTAATATAATATTGTATTTTATTTATTTTATATTTAGTCAATGTGTTTATAGTTAAGTTATAGTATAAACAACTATTTTTAAAAATTCTTTTGTTTAAACTTTCATGATTGTATGCTTTGGATAAATGGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACAGACGGACGGACGGACGGACGGACGGACGGACGGACGGACGGACGGACGGACGGACGGACGGACGGACGGACGGACGGACGGACGGACAGACAGACAGACAGATAGATAGATAGATAGATAGATGGATTAAAACAGTTGATAGATAGATAGATAAATAGATAGATAGATAGATAGATAGATGGATAGATGGATAGATGGATAGATGGATGGATGGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATGGATAGATAGATGGATTAAAACAGTTGATAGATAGATGGATAGATGGATAGATGGATGGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATGGGTGGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATGGATAGATAGATGGATAGATGGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATGGGTGGATAGATAGATAGATAGATGGATAGATAGATAGATGGATAGATAGATGGATAGATGGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATGGGTGGATGGATGGATGGACGGACGGACGGATGGATAGATGGGTGGATAGATGGGTGGATAGATGGGTGGATAGATGGGTGGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATTAAAGCAGTTTATAGATAGACAGACAGACAGGCTGAAAGAGAAACAGACAGACTGACAGACGACAGGTAGACTAAAAGAGACAATAAAATAGACAGACAGATTGACCAACCAAAGACAGAGAGATTGAAAGGCCGATAGACAGATAGACAGACAGACAGACAAATACTGTAGATTGAAGGCAGAAAGATAGATAAATTGAAAGGCAGACAGACAGACAGGCTGAAAGAGAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGAGTAAATGGATAGATAGACAGATAGAGTAGATGTATGGATGGATGTTTTTATTGTGCTTTATGATTTTGTTAGTTTTTTTTCTTCAGCTTATCTCCAAATCACCATGTTCATTTCATTTTCTTCTTATTTTAG
Seq C2 exon
CGAACATCAGGCCAGTCTGTCTGCCAAATAAAGGCATGAGCTTCACTGCGCAGCAGGACTGTTACGTCACTGGATGGGGAGCCCTGTTTAGTGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000098686:ENSDART00000163099:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0008921=Trypsin=FE(25.0=100)
A:
NA
C2:
PF0008921=Trypsin=FE(14.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]