DreINT0166067 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000020771 | tnr
Description
tenascin R (restrictin, janusin) [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030804-1]
Coordinates
chr2:35442052-35448343:+
Coord C1 exon
chr2:35442052-35442318
Coord A exon
chr2:35442319-35448223
Coord C2 exon
chr2:35448224-35448343
Length
5905 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATTG
5' ss Score
8.35
3' ss Seq
ACTTTTCTCTCATGCTGCAGGAA
3' ss Score
10.13
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTTCCGCCCAATCACACAGCTCTTCTTCTCTGAGGTCTCCTCTGATTCATTGACTGTGGCGTGGAGTTCACCGGCTCCACCTGCTGACGCATTCATCTTGAACTACAGCGCTCAGGACTCCAGCGAGGATTCTGAGATTGCGCTTGATGGGTCGAAAACCAGAATCACCCTCACTGGTCTAATGCCATCCAGGCGCTACACTGTTACATTGGTCACCATGCATGGCAATGTGACTTCAAAGCCAGTTGTAGGCTCAGTCAACACAG
Seq A exon
GTATTGACACTAATGAATGTCTGGATATTATTTTACATGTATCTGAGGCTGGGAATGTGCTATCAATGTTTGTCAATGTTTTATACAAAATCTTTTTTTCAAAGCATTTTGACATTTACTAAAAAAACTATATATAATTGATATGCATCATTTTTGAGAAGAAATGCAAATATCTATGACCCACGATTTATTCATTTAGTAATAGTGATGTTCTAAAAAGTACTGTGCATATGGCATATTTTAAGTATGTTTATGAAATGTTCTCAATTGACTTTACACATCTTTTACACAGAGTGCAAACATGGCTCTAAATATGATTATCACATTTAACACATTTTACTGAATGTCATGCAAATTGAAAATCTCATGCATAATTGTAATGAAGCATTTCAGAATAATCTGATTCAAGTTTTTTTTTCCATTGAAAAACATACAAGGTGAGACTAAGGCCCAATACCAATTATTTATTTATTTTTTTTATCCCTAGCCTGTCTCCTCGGCCCTTGAAACAGATTGTAAAGGGGAAGGGCTTCAAATTTTACCACAAAAAAACGGGACAGTATTACATAACCTGCACACGTCATCATGTGTCATTGCAATCTCTTGCTTCATATGGGATCGACGATCCCAACTGCTGTAGTTATTCCAGTTGCATTATTGTTTTGGTATTTATCTTAAGGAAATAACTGAAGGCATATATCATGTTATCATAATGATATAATGTGGCAAAAAAATCATAACGCATTTACACCGTGGCCATATTCATCTATGTTCATCATATCTATACTCATCAGACACTGTAAAAAGGTCATTCCAAGCCACTAGACTTTTCTGACAGCGTATTCGAGTGTCATTGAGTGACAGATGTGAAAGTATGTTGTGGGACTGCTATACAGGAGTTATTATTATGGATTTATGGATAGCGAAATTTGGCAGTTTTTATTTTAGAGTTTTTTTAAAAAGCATGACGCAACATGAACGCGGTTATAAATGTATTAAAACATATGCTTGTTTGATGTAAAAATTTGTAGTATTGATAAAAAATACTAATTTGTGCATCTCCTGACTTCCGTGTGCAGCCATGCTGCCGTTGTAACTGGTGTATTCTGGAAAATTTTTGTACCCCTTGGTTTCGAGTGTGGTCTTGTAAAATCTTCGTTTCAGGGGCTCTCTAGTCCTTAGCCCTATGCCTTCAAGCTAAAGAGAATTGGGACACCCCTACACCTTCACGTGAACGTGCAAAACGTAAGGTAACATAAGGTGAAGCGCTAAGCGGTAGAACTGGGACTGGGCCTAAAGTAGTCATTCTTAAAAGTATGGCACTTTCTACTCTCTTAATATTAAGTGAAGTTTATTTATAAACTAATTTTGAGAGGATCCCGTGCTTATGATTGACACAGCTGGCCCGAGTCAAGCTAATGTATGATCCACCAATCAGACTATTTCTAACTTAGTATAAATAACCAAAGCATCTTACTTTAGTCATCTTCATCTTGAAGAATCCCTCTTCCACCCCCCTCTCCTCCTCTTTCTCCTCTATTGGGCAGCACGGCGGCCCATTGGCTAGCACTGTTGCCTTACAGCAAAAATGCCTCCAGTTTGGGTCTTTACACAGCCAGTTGGCATTTCTGTGTGGAGTTCATGTTCTCCCCATGCTCGCGTGGGTTTTCCCCGGGTCCTCCGGTTTCCTCCCACAGTCCAAAACATGAGATATAAGTAAATTGACTAAACCAAATCAGCACCATAGTCAATTCCACCAGCAGCTCACCCTCATAGCAATTCTTAAGCAGCAGGAAAGGGGTTCTCGAGATCTACCTGAGTTCAAAGTTCCCTTTCGCCCTGCAAAAAGGAGGGAGCCCCGGGCTCGAGGATCTTACGAGCTCAGGGCTCTCTTCCAGGACAGCATGCCAAACTCGCTTTATTGTCAATTATCAGCTAAGTGTGAACTCTTCAAATGATCTTTATTGGCATTGCTGTTTTTTTTTTTTTTTACAGAGCCTTTACTACCCATAGAACCTTTTTATTTCACAAAAAATTTTATATATTCTGCATAGTTTTAACAAGAAGGTTATTTGTTGATCCAAAAATGGTTTCCCTATGGCTTGGGGTTCAATTCAAAGTTTCGAATCTGAAATTTCAAAGGTCTGGATTTTTTTTTATAAAACTTGTTTTTAATGAACATGCACATAAATCAATCATTTGAAAAATATTTTTTTTTTAATTAAAGTTAATTGATAAGAAGTTCAAAAGTGGCTAAATGAGAGGTGTCAGTCATTTTTATGAACATAACACAACCATAGGTAGGTCAAAAGTAGCATGGTGTAAAACAATGTTCTCATTCTAATGTGAGAAATGGCACTGTCTGGCACATGTCTGGCGTTTGATATTTGCACTTCACAATTCCTGTCTCATTACAAATCAAATAGAACAGTTTGTTCTTGATTAAAGCAAAAAAGGAATGCATACCTCTCTGTCCAATTATATTTAAAAACTTTTCTTCGTAAACTTTTCTTTTCTGGTAAATTACACCCTCAGAATGCTTTCTGTAATCGCTCGATTACAGAAAACATCATAAGCTGACTGGATGTCATGACAACACTGTTTTTTTTTTCGCCTTGATTAACATATCGCCTTTGGTTTAATTTCGGACCATTAATAAAAAAAAAGTTTAACATACTACTCTCAAAGTAGTAAATCCACATTTTTTATCTTTTACACATAATTAGTGTTCTTGAATATGAAATGGATGTCAGTCCGAATTGAATTTTCCCTGGATCCAGACCCTGCTAACTAGAGAAACCATTTGTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTTATTATATTTATTTTATTTTTATTATTTTATCCTAAAATGTAACTTTTATTTTACATTTTATTTAGTTTGATTACACCGTTGTTTGCTTGTTGCTGGTGAAGGATATTTTAAGCTATAAAGCAGTATAGTATCAACAAATCAAGTCAGTTCCATGATCAGTCCAAGTTCATACATCAGTGTCTGTTTTATAAAAATCTCGAGTCATTTGTGATCATGCATGGAACAGGATTTCTCCCATACCTGCTTGATTTATTCATTATGATTCCTGCACACAGCTGCACAGCAGATTTTTCACCCTTTTGTGCCTTAATTAATTCAACAGTGTGTAATCCTCCCCTAATTACTTCCCTCTGAATGTGGAGGTGTCAAGAATAATTCAGTCGTTCTGTCAGTGAAGTGATATTTACAGTTGCCAAAGGAGATATTGTCTCACAGCTATTTCTATACTTCGACATTAACTCGTCAGAGGACCACCTGCGCGGCAGCTCTATTAGTTCAGTAAAAAGTTTCAGCTTTTAGTCGGCTTGATATTATTAATATAATGATGTGATTTGTACATGAGCACTTGAAGTATTTGCACCTGTTGTTGTCTACTGTGTTCTCTAAAGCCTGTTTGCCTAGAAATGTGTTTCCCGCTTTATTTATAAAGCTGTATTTTCACACATTAGCGCTACTTTACATTAACATAAGTGAAAAGAAGGTCACCATATGCTCAACAATATGAAACCGAATAAATGCAGATGGAATGCGCTGGGGAAAGAAAAGTTGTTCTTGGTGCTCTTTGTTCAAAGTCTGAAAATATATTTATTGACTGCTCTGCTGAGTGGAAAATAAATTAAGATATGCATACATGAATAATCACAACTCATTTACTGAGGAATATTTTACCCTGAAAGCATTTAAATGAGGTTGACAACCTGTTTATGAATTGCCATCCATAGTTTATGAATTGAATGCATTAGTCTAATGAATATGGGGAGGTGTGAATGGCTTTCCACTCCTTTTAAAGACTGGCCACTTCAGTAATGGCAGGAGTAAATCAGTTGATTTCCTTCACAATTGCATGAACGCTCCAGAATCACTGTTAGTCTGTTTAAATGATCTCGGATGCTGTCTAACCTTTGCTTTTGTGATGCTAAGAGCTTTTGGGACAGATAAACAAATCATGAAAGTGTCCCTGCTGGACAGTGGCGAACAATAACAATGCAAATGTTCTAGCGAAGAGTGTCGTGTGTCTAGCATACTCAAAACTCCTGCTGCACTCTTGAGACCGCTGAAAAATAAAAAGAGGAAATAAATGACATGAGAGAAAGAAAAAAAATGAAATATATTCACTATTTCATGGATTTCAAGTCACAGGAGGCACACTAATATAATGCAGATGATGTCTATTAACAATTTATTACTATTAAATCCGTCATATAATAAAAAAAAACAATAATTTGTAATCAATAATATAATATATTAAGATCTAAACAGAAAAACAAAAGGAAGCCTAACTTTTTTTTACATGCAGTAGTTGCTTTATAGCAAGAATTTGAGATCACATAATGAAATTATTCATTCTTATTTTATGTCACTAACCACATTATTGGAGACTTTTGGTCTTATAATAAGTTAATCATAATGACCACTCAATGTTCCTGATGTTACTGTACATTAAAACTATACAGTTTGGAGTCAGTAATATATTTATATAGTAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAGTGGTGGATTTTCAGTCCATAATATTGTAGTGATATTACTGTAAACTTAGTAACTAAATCATTTTGACTAAGGTATGTCTACAAATAAAAGAGTACTGCTGACGATATTAACAAATTTTGCCATCTGAATAAACATAAACAAAGAACACTGATCACACACTTACCAAATCCGTAGACACAGGTCAATCAACATGAACTAGAACCGTGTCTTTATTCAAAAGGTGGCGAGTGGCAAATCCAGATTTCACCATTTCCAAATTCAAAAAGCTCTCGGGCAAAAAATGTTCCTTAAAAACATATTTTTGTTGCATGTTAGTGACCCATGTCTCTAAACAATTCTTCTACTACTTGTTTGAGTTACGGTTGTCAACACAATGTGGCATCTCACTGTA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Seq C2 exon
GAATGGATCCTCCTAGAGACATCACTGTGCTGTATGTCACTGAAGAATCTGTAACCATAACATGGATTCAACCCCTCGCTCTCTTTGATTACTACAGAATGTCTTACCAATCATCTAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000020771:ENSDART00000015827:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.122 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0004116=fn3=WD(100=88.9)
A:
NA
C2:
PF140541=DUF4249=FE(26.3=100),PF0004116=fn3=PU(54.4=90.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]