DreINT0166081 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000020771 | tnr
Description
tenascin R (restrictin, janusin) [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030804-1]
Coordinates
chr2:35413143-35424745:+
Coord C1 exon
chr2:35413143-35413616
Coord A exon
chr2:35413617-35424481
Coord C2 exon
chr2:35424482-35424745
Length
10865 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTCAGT
5' ss Score
8.94
3' ss Seq
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3' ss Score
7.23
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TTTTACCTCCAATGAATCTGCGAGTTCGGGGAGTGTCAGAAAACACCATTGATCTACAGTGGGAAGGCCCAGCGATCCTGACAGACTATCTCATCACTTATGCCCCCACAACTCCAGGCGGAGTCCAGCTAGAAATGAGAGTCCCGGGAAATGTTACCAACATCACCATCAAAGGTTTAAATCCGGGTCTGGAGTACAATGTCAACGTGTATGCAGTGATTGACAACATCATCAGCTCCCCAATGAACACCTTAGTCTCCACCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000020771:ENSDART00000015827:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF126612=hEGF=WD(100=8.2),PF079748=EGF_2=WD(100=17.0),PF079748=EGF_2=WD(100=17.0),PF079748=EGF_2=WD(100=17.0),PF079748=EGF_2=WD(100=17.0)
A:
NA
C2:
PF0004116=fn3=WD(100=89.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]