DreINT0166558 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000077950 | tor1
Description
torsin family 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-080917-50]
Coordinates
chr21:3624130-3629040:+
Coord C1 exon
chr21:3624130-3624444
Coord A exon
chr21:3624445-3628774
Coord C2 exon
chr21:3628775-3629040
Length
4330 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGCGT
5' ss Score
9.73
3' ss Seq
GTATGTGCTCCTTCCCGCAGGCC
3' ss Score
12.45
Exon sequences
Seq C1 exon
CCCTTTTCTTTTGGCTCCGTTTACGGAAGTGGGTCGTCATTATTTACTAAACGGGACCAGTACGATATCGATCATCTGTAGATTAGATTATTTCGTGTTAGTTTGTGTCGGACAGCAGAATGCGCTCGGCCTGGCTGCTGTCGGCCGGCTGTGTGCTGTGGGTCTGCTCTCTGACAGCCGCTATTGAGCCCATCAGCACCAGTATAGCGGTCGGGATGGCAGCGGCTCTGACGGGCTTTCTGGCCGGATATCAGAACATGTTTTATTACTTCAATGAGTGCTGCAGACCCGAGTGGATCTCTTACAACAAAACAG
Seq A exon
GTGCGTCAGGCCTTTGTTTTTTTTATTTGAACGGTAATATTAAAATTGCTAATACATTTAATCATTTAGAAAACGCTTTTTTTTGAGGAATTGAGTCTTCATGTTTATTACAATTTATTCTTATTTTAATACATATAACTGTAATAAAACGGTTTTGTTAATGCATCAAATATTATAGGCTATTCTCATTGAGAAATTGATAAAAAGTGTATTATTGTAAAGATATGTGTATTCAATTATGCTAATAACTTTATAATTTAATTTAACATGTCGATTTCTAAGTCTTTTATCTTTAGTTCTATATCACTTTTACAATGTAGATTGTGTCAAAGCAGCTGAACATAGAAGTTCTAGTAAATTAAAACAGTTTCAGTTCAGTTTTTAGAGTTTAAAGTTTAGTTCAGTTCAGTGTGGTTTAATAATCACTACTGAGAGTGCAAACACTGAACAGCAAATCCATCGATGCACAGCTCTACAGCTGAGGAAAAAACTTCACCAATTGACAAAAGTGAAGGATAAAAAAACCTTGAGAGAAACCAGACTCAGTTGAGCACGACCATTTCTCCTCAAGCCAAACTTCTTGTGCAGAGCTGCAGCCTGGGCAGTAGAGTAGGTCACCGGCGAGTGTTCAGGCTGGCCCATGGCATCAATGCGGAGACTCGTCTGTAACTGGGGTCGTTCAGAAATCAGTCTTACGCTCTCCACTCGTCCTCGACCACCACAGCATCTGCTCAGGATATGGCCCGGTCCAGGATTATGCAGACCTTGGGATAATGAAAAACAGACTAAGAAAAGCATAGATGCCATTCGAATTATAATGTCTTTTAGGAAGTGTTCTCGGCTCCGGTTGCCCTAATTAATGCAGACTAACAATCCTTTAGAGTATTTATATTTCAAAATCTTTAGCTTTTTGTGTATGCTAATGCAACAAGATGAATAATGTGCACATTCCATTTTAAAAGCACACACAAAAAAAACTATTTTTCATAGGTTTATGTGAACATACAGACTCAGTAATGATTCTAAATTTTACATAAATTAGCATATTTTATTGCACATATTTTCACAGTAATATTTTTCATATTATTTATATTTTTAATGTTTCTCTAAGATTTTCCTATTTTTAAATATAATCTTATTTTAATGGATATAACTATAATAAAACGTTTTTTTTTTAAATGCATGAAATATTATTGGCTGTACTCACTGAGAAATTGATCAAAAATGTATTATTGCTATGCTAAATTATGTGTTTTATATTATGATGATGATATATGCAATACCCAATTTCTAAGTCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAGTTCAGACAGGTCTATGTAAACGTGCAAACTTTGAAATTATTTTAAACATTACATCTTTCAGTATAATTTATTACACATATTTTTACAACAAGTGTTTTTTATTATTTATATATTTTTACTGTTTATCTTGATTTTTAAAATGTTTATTTAAATTTATTTTTATGTATATACTTGTTTATTAAATGGTTTGGTCTAAATGCATTAATATTATTGGCTAAACTCGCTGAGAAATTTATTTTAAAAAATGATTATTGCAAAAATATGTGTATTATTTTATGCTGATATGCAATACCTAATTTCTAAGTCTGCATGTTCACATCTACAGTTTAAAAGCACACACACACACACACACACACACACACACACAAATACATAGACAGGTCTATGTAAACGTGCAGACTTAGAAATTATTTTTTTTGCCGAAACGTCTGTTTGTCTGTTATCACCCGTAAAATGTAAGAAAAAGTGAAAATAAAAAACGTACGAAGTAACTGAGTGCAAATCATTACCTTCTATTGAATAATAGTAACGATCAGATTAACGCACCAAACCAAAGAAGTAACTAAAAAAAAACGCAAGCGCGCAGGACAAACTTCAGTAACAAATATTACATATAGCCACATAATTTAATACACATATTTTTGCGTTCATTATCATTATTTATATATATATATATATATTTTTTGTGTTTCTTTTTCATGGTTATTAAAATGTATTCTTATTTTAAATATCGTTGTAAAAATATGTGTGTTAAATTTTGTGGATATATTTAATACTTGTTTTCTAAGTCTGCACGTTCACATATACATTTTAAAAACACACACAAAATACATTTTCTATAGACAGCATGGTCCCGTTTGACCCGTGTTTGTTGTATTTTCGTTTTATAATGATCCGTGCAGTTATAAATGTTTTTAATTTATTCATTTTTTTAAACAATAGAGCAAAATGTTATGCATGGATTTTAATAGTCATTTATTAAACACGCATAAATAATTATTATTGTTTTAAATGTATTATCTTTCTGTTGCTAAAGATGACAAAACTCTTATTTTTGATGGATATAACTGTTTATTAAAACATATATTATTGTCTATATTCACTGAGAAATGCATACAAGTTCTGTATCATTGTAAAAATATGCATTCATTCATGCTAATGTGTGTAATACCCAATTTCTAAGTCTGCATGTTCACATATACATTATAAAAACACACACAAAACACATTTTCCCTATACAGCATGGCCCTGTTTGACCCATGTGACCAACTTTTCGCGCATGCGCGTTGCGCTTATTCCAAGCAGGAAGTGGCGGCTGTGAGTTGGAGCTTGGTTGAAGCCCGCGTTGTTTTTGTTTTTTTTCCACCCTGTTTCCGACTAAAATATCGATGATTTATGTAGTAAAATGAACGCTCGGCCTCCTCGCGCATGGACGACGTTATTTCTCTGTATTTTGATCTCCGGGCTGGTCGTGGAGGCCATCGAGCCCGTGACAACCTCACTGCTGGTGGTGGGAACAGGAACAGCGATGCTCGGCAGGAAAATCTACCGCTATATTTATGAAAACTGCCACGAAAACTGGGTCAACTTTAACGCCACAGGTATACAGCAGGGGAAAATAAGTGTTGTTGTTTGACTTAGGTGTGTTTGTGGGCATTATATCCCGCAGAATTCCCATCTAAAATGCCATATTTTGTATTTCCTTAATTGGGTTTCTATTCACTGCTGTTATTAATGGTTTTGGGCATCTAACAATTGAAATTGTTAAGGTATATATATATTAATTTTTAGTTAATGCAGCCAGATGTTGTTTACTTTCAAAATTGTTGTTTGGTATGCTTTCGTTTTATAATGATCTGCTCAACTTTAAATGTTTTTAATTTATTCTTAAGCAGTAGAGTGGTCGTTTATTACACGGAACCAAGTAATTGTTATTGTTTTAAAATGGTTATATTTTATTTATAAAGTCGCTTTGTGTGATATATCTGCTTCATGAGCACTTATGCTTCTATTTATTTGTTAAAATAATTGTATTATTCTTTATTATTATTGCTTTTAAAGAACGATGATACAGCAAAATGTTATTGTATATATGTTATTGTATATATGTTTTATATCTCGCATATATGATTCTAATAATTACTTTATAATTTATATATATATTTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTATATATATTTATTTATTTATTTATTTATTTATATATATATATATATATATATTTATTTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAGATTAAATTAATTGATTTCCTCAACATTCTACACACAATCCTTTATGTTGATTGACAATGTGTTTTTGAAAATGTAAGTTTTTTTGGGAAGTGACAGTGTACAGCCATTTTCAGATCTCTTCAGAGATGTTCAATAGGATTTAGGTCTGGGCTCTGGCTGGGCCACTCAAGGACATTCACAGAGTTGTTGTGAAGCCACTGCACTGATATTTTGGCCGTGTGCTTTGGATCATTGTCCTGCTGTAAGATGGACCATCAACCCAGTCAGGTTTTGATTCAGGATGTCTAACACTGCTGCATTCATCTTTCCCTCTATCCTGACTAGTCCTCCAGTTCCTGCTGCTGGAAAACATCCCCACAGCATGATGCTGCCACCCCAATGCTTCACTGTAGGGGTGGTATTAGCCATCTGAAGGACTCTCAGATCATAAGAAGCAAAATTCTCTGGTCTGATGAGACTAAAATTGAACTCTTTGGAGTGAATGCCAGGCGATACGTTTGGAGACAACCAGGCAGCGCTCATCACCAGGCTAATACCATCCCTACTGTAAAACATGATGGTGGCAGCCATGTTTCTTTAGTTATAAAGCATGTGTTTAATTTAAGTATGTGCTCCTTCCCGCAG
Seq C2 exon
GCCTGAAGTATGACCTGGACACAAAGCTTTATGGGCAGCACGTCGCAGGTCAAGTCATCCTGAAAGCCGTCACGGGCTTCATGAACAACAAAAAACCAAAGAAACCGCTGGTTCTGTCCCTGCACGGCTGGACCGGCACCGGGAAGAACTTTGTGAGCCAACTATTGGCTGAAAACATTTACGTGAAAGGCATGGAGAGCAGCTTCGTCCATCTGTTTACAGCAACAGCACACTTTCCTCATGAGATCCACATAGACACCTACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000077950:ENSDART00000111699:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF063096=Torsin=PU(13.4=25.8)
A:
NA
C2:
PF063096=Torsin=FE(69.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]