DreINT0168625 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000057918 | tsc1b
Description
tuberous sclerosis 1b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-3404]
Coordinates
chr21:17273297-17275789:+
Coord C1 exon
chr21:17273297-17273400
Coord A exon
chr21:17273401-17275636
Coord C2 exon
chr21:17275637-17275789
Length
2236 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGACC
5' ss Score
6.78
3' ss Seq
TTTTTTGGTCTCTTTCTCAGCAC
3' ss Score
8.3
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCGAGGGTCCGTGCTGCTGAATGGTTTGGTGGATTATTTCCTGGAGACCAACTCTGCCCAGACAGTGCACATCCTGTCTTCAGTGAGGGAGCCACATGATAAG
Seq A exon
GTGACCGTTTGAGCATATTCTGTGCATATTGTTCCAACACAGTCTTGAACTTGCTTCACTGCAGTTTTAAGTGTGTTTAACTTACAACAAAGTACTGAAAATGGAAAATTACAGTTGAAGCTAAAATTATTAGCCCTCTTGAAAGGCATTTTTAAACATAATAATTTTAATATCTTATTTCTTATAAATTATTTCTTTTATCTTTGCCATGATGACAGTAATTAATATTTTAGTAGTTATTTTTCAGGATAGTAGTATTCAGCTTAAAGGGCAATTTAAAGGCATAACTAGGTTAATTAGGTTAATTCCTTAAATTTTTATTGCGCTTTTCTGGACACTCAAAGCGCTTTATACATTGGGGGAATCTCCTCATCCACCATCATTGTGTAGCATCCACCTGGATGACATGATGGCAGTCTTTGCGCCAGACGACAGGAGGCCATGATGGATGGAGGCCAGTGGGCAAATTTGGCCAGCATGCCAGGTTTAAACCCCTCACTGAGCAGTATAGAGTCCCCTTCACTATACTGGGGCGTTAGAATCCACACAGACTGCAGGTTGAGCGCCCCCTGCTGGCCTCACTAGCACCACTTCTGGCAGCAATCCAGCTTTCCCATGTGGTCTCCCATCCAGGTACTGACCAAGTTCAGCCCTGGTTAGCTTCAGTGGGCGACCATGAGAGTTGCAGAGAGCTAGCTGCCGGCTGCTAGGTTAACTAGACATGTTAGGGTAATTAAGCAAGTCATTGGACAACAGTGGCTTGATCTGTTGAAAATGGAAAAATCTTATAATAGATTACAATTATTTTTAAAAAAATGCATTTTTCCCAGTCAAACTAACAGAAATAAAACTTTCTCCACAAAACTGTACAGTATAATATAATAGAAAATTGTAATGTCAAGGGGATGGTGACAGCGAAGTGCGGATCCAAATGCAAGTTTTATTCAGCAGAATGGTCAGGCAAACAGCAGTCAACACAGGGACAAACAAGTATATGCAGATTATCCAGAGTCGTAAACAAATAACAGGTAAGTGGTCAGAAGGCAGGCAGCAGACACGAACAAACAGTAAAACAAACAACACAAAGTGAGAGTCAAAACCGGCAAGGAAAACATGTCTTAATGCTCACAATTCAGTATAGCAAGACTCAGCATGTGTGTGTTGTGCTGTTTAAATAGTCCTGTAATCAGTCCATGAGCAGGTTCAGCTGTGAGTGTTTGCAATTAGACAGGATCAGGAACTGGTGTGTGTGCAAAGTGCATGCAGTGATTTGTAGTCTATTTAATGGCGGATGTGAAGTTCTAAGTGATCTTTGTGTTTATCAGCTATCTGCAGCTGCTAGATTGCTGGTGATCATGACAGAAATACTGTGAAAATGTCCTTGCTCTGTTGAACATCACTTGGGAAATAATGAAAAAGTGAAAATAAAAAAGAATTTAAATGTCACAGTAGTAATCATTTTAGTAATAGATAATAATTACAAGTATTTAAAGTAATCATTTTGCCTTTAACTGTGTACCTTTAGTTTTTGATAAGTTTAGCATGTAAATAACAATTGTCAAAACCAGCCCTCTTCACAAATCCATTTTTGAGCATTGCTGTTGCATGTGTAAATATAAATGTATTAAAATAATAATATAAAAATTATAATAAAGTAAATAATTAATGGTAATAATAAATAATAATAAATAAATTGTACAGTTTAATTATTAATCTTAGTAGTAGTTGTAGTAGTGCATGCGTTATTCTGGCCGATTTTTTTGGTAGATTTTTATACTAATGTTTGTTGCTTGCTTAGCTATATTTTTGTCAATAAAATAGGTCATGCTTTGATCATGTTTTTATATTAGCCAAGTAGCCCAAAAACAATCATGCATTAATTATTTTTATTGATGCACATATATAAAAATGGAAATTTGAAGTTTAGGAACTGGTTCAGTTAAATTATAACTCATTGAAAAGAGGTTTGAGTTGTTTTTAAGTGTGAACGCCCAATTCCCCCCACTCAAATCATACAAAAATGAATAAACAGCTATTAAATATATGAACAAATGAAGCTTGTCAACTCACTATCATCATTTAAACACCTGCATATCAGAATATCTTTAAGCAGTATTTCTATTTTCTATCAATAATATTTAATAACAAAAATGTCTGATGTCAGTGAATACATTAGCAGCAGTTTTAATAAGTCTGGTTCATAATATGACTTGGATTTTTTTGGTCTCTTTCTCAG
Seq C2 exon
CACCTTTTTGATAAAATGAATGAATGCATGGCTAAAGCCCCCTGTCGCCTGCCCACCCTCACTCTCCTGGGGCATGTTGTCCGTAAGCAGCCATCTTGGATCCACAAGATCGCGCACTATCCGCTGCTGCTATCTCTCCTCAAATGCCTCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000057918:ENSDART00000145057:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF043887=Hamartin=FE(4.5=100)
A:
NA
C2:
PF043887=Hamartin=FE(6.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]